High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by
Valid After Annotation
not done
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 45104
Chr: 5
Strand: 1
Status: Ordered
BACs: RP24-332F7 : RP24-464J20 : RP24-281P10 : RP24-132P13 : RP24-170C13 : RP24-546B24 : RP24-127M2 : RP24-376E12 : RP24-367F21 : bMQ_237p18 : RP24-332N7 :
Instance: Plate 55: Well H02: BACs RP24-332N7 RP24-332F7 RP24-464J20 RP24-281P10
Instance: Plate 267: Well H01: BACs RP24-332N7 RP24-332F7 RP24-464J20 RP24-281P10
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 107540903 107540952 50 CTAATTTCCTTGCACTTTCTGATTGTTGGTTTATTATTTTATGATCCTAA
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U3 107545281 107545330 50 ACTTATATCCTTTGGGATAGCTTTTCTAATAAGCCAGAAAATATTTTCAA
D5 107546401 107546450 50 TTAATGCCCCCCCCCCATGCTCTTTTAGATGTGGCCTCTTTTTGTTACGT
D3 107546569 107546618 50 GGTTTCCTGTAGTTCTTGTCAGACCTGGGGCTTTTTACTTACATGTTATC
G3 107551422 107551471 50 TGTTTAATGAAAGAGAATGCAAGAATATGTCTCATAACAGGAAAATGTTA
Oligos:
Type Start End Length Seq
15_E_15 107770471 107801920 31450 GGTGGCACCAAATCCCAGCTACTTGAGAGGCTGGGGCATGAGATACATAAATCTAAGACCTGCCTGGATAGCTGAGTGAAACATGTTTTAAAATAAAAAATAGAAAGTGTCTGGCTTCCCCAGGGAGTGTCTGTGAGCACAAGGACCATGTGGTCTCTATAATACATGCAGACGTTATTCTGGAGAGGCTTCAGCAACCTGAGCTGATAAAAAAAAATCCCAGTTCTTGTGTGGACTTTTACCTTGTAGTGAGAAGTGCACAGCTATAGACAATAAGCAATGCACATGTAACTTACTGTAGTAGGTCAGAAAGTGACAGGTGCTAAGAAAGCCAGACTATTTCAAAGGGATTAGAAGCTGGCTTTTATTTTAAATGAGGCTGTTATGGTAGGCTTTACTGAAAATGTAATGGTTGAACTAGGATTTGAAGACAGGACCAGATCATAAGCTTTGATGCCACGTGGAGAGAGTGCTTTGGACAGAGAAGATAATGTAGAAGCCCTTCAACAAGAACATGCCTGGCAGGTGTAAGGACAGGGGACCCAGAACGGGATCTGGAATTTATGACTGGATGGTTGCATCTAGGCCCCTACATTTATGCATTTACAGCAGATGTAAATAAGCCAGAGAAGAAACGAGGTCTGGGGGCTGACCATGGACTATTTCAAGATTTAGGTAAGAGGTTGAGTCCCCGCACTCAGCAAGCTGAGGCAGGAGAATCACTTTGATCCTTAAAGTTTGAGGCCAACCTTAGGCTATATAAGCAAGACCCTATCTCAAAAACAATTAAAAATAAAGATTAAGCCATTTCTGGTGGCACCAAATCCCAGCTACTTGAGAGGCTGGGGCATGAGATACATAAATCTAAGACCTGCCTGGATAGCTGAGTGAAACATGTTTTAAAATAAAAAATAGAAAGTGGGTTGGGAATATAGCTTTGGGGTAGATGGAGCACCTGTCTAGAATACATGTGGCCCAAGGTCCAATACTGCACACATTTTTAAGATTAAGAGATAACCAGTGAGGTTACAGGGAGACAGGAAACATTTCTGTAGTGTGAAATAGTCAGTTGTAACAAATGTTGCTGATTGATTAAGTTAGGTCAGTACTAGCAATTGTTGTAACAAATGTTGCCAATTGCCCACGTTAAGTAAGTACTAGCAATACTCCCCTGGACTTAGGAATGACCTTGACAAGCAGTTTCTGGTGTGCTTGAAAACCCTGAGTAACTTTAATAAAGAATGTGAGAAGCAGGCATTAGAAACAACTTACAAACTGACCTGTGTTTTGATAAAAAGAAAAACAAGTAGAAGATTTGCTGGTGTGGGAAGTGAGATCAAGAAGAGATGAAGATGGGAGAGATAACAGACTGTTTTCTGTTCCAAGTAACTGTTGGAGACAAGACACTTGGTGATGTAAAAGAAACAGGAGAGCTGTTGGAGTAGTTTTCTGTGATAGGCAAAAAGACAGGATCTGATATCTACTCAAAGGGCAAACCTACAGAGATGTTGCTTAGTGTGTCTACTATAATTGGAGGGGAATAAAAATCATTGAGTGCAGATGATGGTACCTGTGGAAGCTCAGTTCTGGGTGGCTATATATTTAATATTTAAATACTAGTATAATACAGTTCATGTTTATGAAGTACTTACTGTCTTAGGGTTTTATTGCTATGAAGAGACACTATGACCAAGGCAACTCTTTTTTTTTTAAGATTTATTTATTTATATTTTATGTAAGTACACTGTAGCTGTCTTCAGACACTCCAGAAGAGAGAGTCAGATCTCATTATGGATGGTTGTGAGCCACCATGTAGTTGCTGGGATTTGAACTTCGGACCTTTGGAAGAACAGTCGGGTGCTCTTACCCACTGAGCCATCTCACCAGCCCCCAAGGCAACTCTTATAAAGGAAAACATTTAATTGAAGCTGGCTTATAATTGTAAAGGTTTAGTCCATTACCTTCATGTAGAAAACATAGCAGCATATAGGCAGACATGATACTGGAGAAGGAGCTGAGAGCTCTACATCTCGATCCACAGGTTTCAGGAGACTGGTATACCCTTCTTACTGGGTATACCTGGAGCTTAGGAGACCTCAAAACCTGCCCCCACAGTGATACATTTTCTCTAATAAGGCTACACCCACTCCAACAAGGCCACATCCCACTTCAAGAAGGCTACACCCACTCCAACAAGGCCATACCTCCTAATAGTGCTACTCCCTAATGGCTAAGCCATCAAACACATGAGTTTGTGGGGGCTATTCCTTTTCAAACCAACACACTTACTAATAGTAAATATATCACTTCTTGTGAAAGCAAAGGAAGAAATGCTGTGGGGTTCTTCTCTTTACAATCAGACCTGGGGATTGAAACTATAATCTCATATATTCTTTGTAAGCACTGTACCCCTGAGCTATATCCCCAGCCCAGTGTTGCTCATTTGAAGAGAATTAGCCTATAAGGCTGTTATCTCAAAATGCCTTAAACAAAGAAATGATTTACAATAGCAATTTATTGCCTACACTTTTTGGAGGCAGGGAAGGCTCCATTCCTCACAAATGTTACCTTTTATTCGTATTTTTCTTAACTAACTCATTTTTATGTTGAATGTGCTTTGCCTGCATGTATGAATGTGTACTAAATTTTATGTCCAGTGCCCTTGGAATTCAGCGAGGGTGTCAGATATCCTGGAATTGGAGTTGTGTTATGACAGGCTGAGAGCTGCCACATGGGTGCAGGGAACTGAACCCAGGTCCTCTGTAAGAGCAGTAAGGGCTCTTAATCACAAGGCATCTCTCCAACCCCAGAATGACACCTCTTAGTTCTGACTTCACATGGCAGAATCAGAGAACATTCTTCCCTGAGCTTTTCTAAGAACATTAATTCCATTTTGTGAGAGAGGAGGCCTCAAGACCTAATTACTACCAAAGACCCTTCCTCTTAATGTAACCACGTTTGCTTTCAATCTATGATCTGGGAGGGAGGTGGACACACAGATATTTAAATCACAAGAAACAGTTGTCTAGCATATGGCAGTAAGAGGACCTGCCAGATACTGTACACTTTCCAGGTAACATTAAGAGTGCGCTTGGACAAAATAATAGCAGGTCAGCCTATTGAGTGGTCATTGTGTTCTGTTACCATGTTTTCCAGATTTTGTCAGGATTTGTATGTGGAAAGGGAGCTTGTAGAATTAGGACATGTCCTAGATCTCTGACACTCTTAGATTTGAATCTCAACTCTTTGTTCACAAGCTCTTCTCTTTTACCCAGATAACTGAATCTAAATCTCAGTTTTCTTATTTTAAAATTAGAAAAGCATGCACCTTACAGAATTTATGGAGAAGCCTTATGAAGTACTGTGTATGAAGTCTATGGCATCGTGCTTAGCACAAAGTTCACAATAAAATTATCTTTTCTCTCCCTCATTCTGGTAAACACCCTTCTTATTAAATACTCTGCTTTGCACTCTCAGAATTGGAGACTCTACTCTCAATCCTGCAAAGTCTCTGGATCGAGAATCATATCATTACTGGATAGGGGACCTCTCAAACTCTTAACAAGGCTCTGTTGCTTAATATTGGGTGCCCCTCCCCCTGCTATGAGCCTTATCTTGCATCAGACGCCTTCTAAGTTCTTTTGGTAATGCCAAGCTTACCCTGCTGATATGGTGAGAAACCAAGGTGTGACTGTAACAGTCTCTCACTTTTCACATCCATCCTGTCTTTCTTTAACACATTGTTCAACAGGAACACAAAAGACTGTAGTTAATTTTAATACTAGGTACATGAAATGCCAACCTTCTGAAATGGTTACCTTTTGCAAAAAATAATCTTTCAGAGTATGTCAGAAGGTTTTTCCTAGAGCCCTTTTGTTCAGGAATATATTTGATAAAGTAAGACACAGGCATAGACTATTCTGCAGTTAGAATATTATTTTTAAATTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGAGAGAGAGAGAGACAGAGACAGAGAGAGACAGAGAGTTTGTGCTGTGTTTGTGGGTGCCCATTGGATTAGAGGTGTTGGATCACTGGAGCTGTAGTTATAGGTGCCTCAGCCACCAGACACAGGCCCTGGGAATTGAAGTCAGATCACCTGGAAGAGCAATACAAGCTTTTAACCACCAAGCTGTCTCTCCAGCCCCTAGAATATTAATCTAATCTAAAACGTACTCCCCACCCCCTTTTGAAACTCTTTATTACTCTGAACACCAGAAATTGAAAAATGTGTTAAGCTTCGTTTAGATCTATTACAGTCTATATATTTTACATACAGAGCCATTATAGAGAATCTAAGTTCACAATTTGGATAAACAGCAGTGTCACTTGGATTTTTGTTGTTGTTGTTGCTACTAATCTAAGGCTACAAGTTCACAGAGATCTACCTGCCTCTGCTGCAACTGAAGGCAAGAGTCCTCACGCCCTGCTTTCCTTTCCTTAGTCAATGAACCCCCCTCCCGCACAACCTTCTTGGTTAACAGCAGTCTTTAGTCAGAGCTGGGTCTGCGGCTGCGCAAAAGCCAAAGTCCAGCATGCACTGCGGCAAGGGCGGCCCTCGGGAAGCCCAGTCCACCGGGCGCTAGGGAGGAGCGAAGTGCAGCAGGGACCTGGCAGTCAGGTGTGTTTGCAGCCTGCGGGTGGTGCCGCAAGCCTGTCTCCCCAGTTTGTTTCTCCCGGTGTGGTGTTTCCTCTGACTTGAGATGCCATCTTTACCTCAGGGCCCGGTGGCCTGAGGGAGGCGCCTTCCTGCCCTTGAGAGGCCCTGACAGGGAAAGTGGTCAGTGTGCCCTGTGGGATTGTAGAGCCGCCTGCACCTCGGGCCTGCCGTGAGCCCTGTGAACTTAAGCTTTATTACTTTATCCACCATTCTTTACTTAAAGAATAGGGAATAGGACACAACGTGAAGATCACGTGGGTCACACGAGCAGGGACGGTGAAGGTGATTTTCCGGAAATCACTCTGCAACCCTAAACATAGT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creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
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finished running aos
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inserted results of aos runs
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Found 10 RP24 black6 bacs on NCBIM36
Entered all non-repetitive oligos
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DESIGN COMPLETE
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Creating display features: mapping to reference assembly
Created display features
Inserted sequence arms between oligos

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