High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by
Valid After Annotation
not done
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 44710
Chr: 16
Strand: 1
Status: Ordered
BACs: bMQ457h05 : RP24-344B21 : RP24-494E13 : RP24-98E24 : RP24-130L24 : RP24-63N14 : RP24-109F8 : RP24-376P17 : RP24-86N7 : RP24-158N9 :
Instance: Plate 60: Well G05: BACs RP24-344B21 RP24-494E13 RP24-98E24 RP24-130L24
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 18892892 18892941 50 AATGACAGGGTAAGTGTTAGCTATTGTTAATTTGAATACAGGAGACCATA
U5 18897110 18897159 50 AACTTCAACATTGTTAGGGTCCATCATATTTCATATCTCCAAAGACTGAG
U3 18897286 18897335 50 ATGGCTCTGGTTAATTGAGGTTATTTAGAGCTATGTGTTATTTAGAACTT
D5 18898019 18898068 50 GGTTAATCCTTACAGCCACTGACATTGTGGCTTCCTTTGTTTGTTATTCA
D3 18898092 18898141 50 TACATACAAAATGACTAAGATCTGAATCAGGGCTGGGAATCCGGAGCCCA
G3 18903234 18903283 50 ATTAGTCATTATTCTCTCATAATTATACCTTTAAAAAGATGCTCACAGAG
Oligos:
Type Start End Length Seq
15_E_15 18795673 18826704 31032 CCAGTTTCTTCTGTAAGACTAAACTGGGTCTGAATGTGGCAGCCAATTTGTAATGAAAGGACAGGCTCACAGTGAGGATGACAAGAGAGGAAGATAGAGGGTTTTCAGCTCTTTAAGTTGCTAAATTACATTAGTATACCCAGAAGAAGATCTATTTCAGGACTTGTCCTGTGAGCTAGTGACCCACTCTTAAGATTCTATGTAACTTGGATCAGGAGAGAACATCTGTAGTAGCGCAGTTTGCTGCTGGAAACTGAGGCTGAGTTTGTGGTCCTCTCCAAGATGTTACAAGCTATGAAGGATCTTAGGTGGTAATCATACCTAGACTAGCTTGGGGATTTCTAACTTGACAAATAGTGGTCTCAGAGTTGCCTCTGACCACCTCTGTCTTCCTGGAGGAGAGCTTGAGGACCATTCTCTTCTTCAGAAGGACACCTTTCGCAAACCGCTTGACACTTGGAACAACAAGTATTATTATGCTTGGAGATTGGTACCTTGGAATTTCTGATCTAGTAGATTTCATTTGAGTTGCTTGGAGAAACTTCTGGTATTTGGTATTTGAGAATTCTCTGGTCACGGGGGAATCAAAGCCCTGCTTTCTGGGAGGAACACGAAAGAGGGACCTGTACTCTAGCCTTGTGACTTGAGTCTTCCCTGTTAGCCTGATTGGACCATCTGGGTTATATGCCTTCTCCTGCACTGGTTACTGTTGCCTACTGGCTTATATGAATGAGAATAGATCCCCCCCTTACCTCGGGACAGGGTGTGTAGCCCTGGCTGTCCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCCTCCTGCCTCTGCCTCCCGAGTGCTAGGATTAAAGGCGTGTGCTACCACGCCCGGCTTGAGAATAGATACTTTAGTAAATTAAACTGGAGTCCCACTAGAACCTGTCTACAGAAAGGTATCTCCTAAAGACAGAGGCTTTGCCTTTGCTAGTGCCTTATTCTCAAAGAGAAAATGGTGCCTGGAATATACTAACCACTGAGTGAACACCTATGTGTACAGAGGAGGAGATAAAGGGTAACTGGTGGGTGGGTAACACTACCCTTGACTTGCTTCTTGTTTTTGTTTGTCCTAGCTATGTCTTTTTACAGATCAGATTTTCTGGTGGAATCTGCTGGAGATTGCTGTAATAAGAAACATTATCAGGGCTTCTTAATGAATTTGAGTGTGTCTGTCTGTCTGTGTATGTTGGGGGGCCGAGTTACAGGCACAGGATAACTTTTTTTTTTCCTAGCCCGGGTTTCTCTGTGTAGTCCTGGTTGTCCTGGAACTCATTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCAAACTCTATAGAGATCTGCCTGCCTTTGCCTTCTGAGTGCTGGGATCAAAGGTGTGTGCCAGTTGGCACACTACACTTGGCAACTTTTCCACTTTTGACTACTTTATACCCAGAAATCTTTTTAAATGTGATTTTGGCTATATAAATATATAACATTTACTGATAATAATAAATTTTATTTTCAAACAATCTTACGATAAATAATTTTGCCATTTATTGAAGACAAGCAAATTTACATACTGAGATGGTTATTTTTTTTTTTTTATTTCTTTTTCTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGGTTTTCGAGACAGGGTTTCTCTGTATAGCTCTGGCTGTCCTGGAACTCACTTTGTAGACCAGGCTGTTCTCCAACTCAGAAATCTGCCTGCCTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGCGTGCGCCACCATGCCTGGCTGGTTATGTTTATTTTTACATGAAGAATTGAATCAGCTGAATAGTTGATATTGTGTAAAGAATCTTAGACTTTTTAGAGTTGTTGTTTTGATTTTATAATTGCCAGTGCTGAAAACTACTTTCTATAAATACATACTGCAGAATACATAGTGCAAAAGTATGTTTAAGGACATTTTAGGAATTGTTGGAAATACTATATTAATGCCAAGCCAAAACTGCTTGAATTGTTTTTTGTGAAACTGAAATTAGAAACTCAAATAACAACTTTAAAGTCAAACATTCTAATACAACACAGTCCAAACCAGTATGTTTCTATAAGCCAGAAACTGTCTGCACAGTAAAAGCACTGTGGTTCATAATTGAGTAATCTTGAGTGTGTGCTGAGATATTTCAAGCAGTGCTGCTTTGCATTATTGCATGTGCAGTGAAAAGTATGCATGTTGTATGTTTAGAAGCTAGACTGTGGGCTGGTGAGATGGCTCAGTGGGTAAGAGCCTTCTTCTGAAGACTGCTCTTCTGAAGGCCCTGAGTTCAAATCCTAGCAACCACATGGTGGCTCACAAACATCCATAACGAGATCTGACGCCCTCTTCTGGAGTGTCTGAAGACAGCTACAGTGTACTTACATATAAAAAAAGAAGCTAGACTGTAGTGAAGTTGTGCAGTGCAACACAGGCAGGAACTGCCAGAAACATGCAGAACCGCTACAGGGTTGGTTCTGAGCCATTGAGCCATCAGAAACTCTTCATTGTTGCTGTCACACACGGGGCTGTGACCCACAGCTTAAAACCCTGAAGCTGGGTCATATCCTTGTAGCTTCCTTTCCTTTCCTTTCCTTTCCTTTCCTTTCCTTTCCTTTCCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTTTAATTCTTTTCCTTTTTTTTTAATGGATATTTTCTTTATTTACATTTCAAATGTTTTCACCTTTCCAGGTCTCCCCTTTGGAAACCTATCACATCCCCTCTCCCTTGCTTCTATGAGGGTGCTCCCCCACCCACCCACCCACCCACTTCCGTCTTCCCTCCCTGGCATTCCCCTTCACTGGGGCATTGAACATCCTCAGGCCCAAGGGCTTCTTGTAGTTTTCTATTTTTAAGAAGGGAAATAGAATAAATAGAACAGATAGGAAGGAACTGACAAACACCCCTCCCACAACAAAAAGAAACTAATATCTGCCTGATGTATTAGCCAACATAAGACAGACTAAGGTTATAGGAAGGTTGCCCTGGAAAACAGCGTGTATGGGGGTAGACAAAAGGGGCAGCAAGTCTCCTTTGAGGACCGAGGATAGATCTTTGTTGGAGCAGACTTCAGGGCTATGGCACTTTCCAAAAGACCATCTTGCAGAGAATATAATAAATCTACCCATTTGAAAAATACCAAGGGCTAGCTATGTGCCAGGGTCTGAGCTAAAAGCTAGAAACAGTATGAAACTAAACAGCTCCCCAGACTGAAGCCATCCATCTAGAGAGCTGGAGTGGGTTTCTTGTTCACAGGAAAGAGGTGATATAGTGGGAAAGCTTCCAGAGTAATTGCTTAGCAAGTGACAACTGGGAAAAGGATGGAAAGCCACCAGTATGTGTGTCCCTGGCAAGTTTGATGATAGCAAATATGTTGTAGTGTGAAAATGGCAAGGACAACAGCATTGCAGGTAAGGCCAGAGAGCAAAGAAACATCCTGAGCAGGAACCATCAACAGAGAGCAGGTAGGTCAATATGGACAGGAGCAACCGACAGAGACTAAGCAATACTATGGAGAGATAGGTATAGGAGAATCTCAGTTATTTTCTTTAGGCTAATTGGGTTTTTATTTTGTTTTGAGACAAGGTCTTGGTCTTATACTAAGGCTGGTCTTGAACTTTGTAAATTCAAGAGATCCTCCTGCCTCCCATGTTTCTGGGGGGAAATTTATAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGACTGTAACCTCCTAGAGTAGGACAGTTGTAAATAAAACATGCTTTGAGAAGCCTGAACATATACTTTGCTACAAAAGTTGCCTACTTGAGAGTTTTGTACACAGGAGGATTATTGGGGGGGTACTTTTGGGAGTAGCCCAGTATGAATTTGAGACAGATGATGAACTAGAGTGGAGGTGGAGCAAGAGCCACATATTGCCTTGTGAGAAGGAAATAGCTATACCAAAACAGGAGGAAATAGGAGCTGGGAGACTCTCATGAAGCTGTTAAGGTGATCCAGGCAAGAGATGATTATATCTGATTGAGCTGGTAATGGCCCTGATAAATTACAGATGGTTTCATGTGGGTATGTATGGAGCTGAATGGTTCTAAATCGGACTGAGGGGTTAATGCCTTTGTAGTCCCATGCATTGGATTCTCTAGGCTGGAATTATAGATGCCTGTGAGCCACCATGTGGATGCTGGGAACTAAACCCCAGTCCTCTAGAAGAGCAGCTAGTGCTCTTAACTGCTGAGCCATTGCTCCAGCACTCCCTTTTGTTTGTTTTTGGGACAGAGTCTTGCTTTATAACTCAGGCTGGCTTTTTCTCAAGACTCAGTTTTCAGCTTAATTTAGTAGGTTCTCAGAAGTAGAATTGCTGGATCATAATATTCTATTTCTTTTTTTTTAAAGATTTATTTATTTATTTATTATATGTAAGTACATTGTAGCTGTCTTCAGACACTCCAGAAGAGGGAGTCAGATCTCGTTACGGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGATTTGAACTCTGGACCTTCGGAAGAGCAGTCGGGTGCTCTAACCCACTGAGCCACCTCACCAGCCCAATATTCTATTTCTAATTAGCCCTCAAACTTTCATGTCATGGTGATACCATGTTTTACATTTTGAGATCCCAACAAAGTTTTGATTTTCTCCATATTCTTGCCAATATTTGTCATTTCATTTCATTGCTGGCTAGTAACCTTCATTTGACTAAAGTGATGTGATTTGGATTTCAGGATTGAAGAGAAAGAATCTTTTCATTGCTTCCTGGCTATTCATGTTTTCATAGGAAAAATGTGTACTTAAGTCCTGTGTCTATTTTTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTTCTAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGTTCTGGCTGTCGTGGAACTCACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATTTGCCTGCCTCTGCCTCCCAAGTG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Comments:
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attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
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finished running aos
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Found best 129-bac on NCBIM36: bMQ457h05
Found 9 RP24 black6 bacs on NCBIM36
Entered all non-repetitive oligos
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DESIGN COMPLETE
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Created display features
Inserted sequence arms between oligos

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