High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by
Valid After Annotation
not done
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 43999
Chr: 2
Strand: 1
Status: Ordered
BACs: bMQ119b07 : RP24-195L24 : RP24-161H4 : RP24-462I21 : RP24-99L22 : RP24-198N14 : RP24-216J11 : RP24-319N15 : RP24-547D6 : RP24-93G9 : RP24-252M4 :
Instance: Plate 48: Well C12: BACs RP24-99L22 RP24-161H4 RP24-462I21 RP24-195L24
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 84935765 84935814 50 GCTTAAAAGCTTTGTCTGAGGAAATCCCAGTCTCTGGTATATGTAAGTGA
U5 84940477 84940526 50 TAAAATACAGCAACAAAAGTGACTCGAGGAGGGAAGCCTTCTCATGGCTC
U3 84940588 84940637 50 ATTCCATCTGAAGTCACACAGAGGATGGGGGAGCTGAGTTCAGTTTCCCT
D5 84941161 84941210 50 TATAGCTATACAGTATTAAAATGTTCTCCTGTGGGGTTTTTGGGTAACAT
D3 84941254 84941303 50 TCAACAACCCTGGTACATGCAAAAAATTGCGCCCAGTGATTCCTATAAAA
G3 84945694 84945743 50 TTTTAGTGTTTAAGTCATTGCTAACAGTTTTATTTGGCTAGTGTCTTGCC
Oligos:
Type Start End Length Seq
15_E_15 85138637 85169463 30827 CCTGCTTAGCTAAGGAGAACAAGGGAAGGCTCCCTGTAATGTGCTTTCTCTCAGACCTTAAGAAGTCTCCTCGAAAAGCCTCGGCTTCTTAACTTTAATGAGACTATCCAAGAGGTGTGTCCTCTGAAGCAGAGCCGAGTTCAGTTGTAGACTTACCTCCTAGGAGTGTCTGAAAGCCTCTGTCCGTTTTGGTGTCTGGGCATAAAGCCGTCATTATATGGGTTCCGAGGCTCAGTGGGAGGCACAGAGGCCAGGAACATCTCCAGGGGACAATTCACCCGAAACCTTTCCACTTCCTAAGGCAGTGGAGAGTGGGGGTGAATGTGTATGTGAGGATAATCTTTCTGGGGCCTCCAAAAATGAAATAATTCATGTGAAAGATATAGACCACTACACTAATTATTTATTTTGGCCAGAATGACCTAGAGTGGGCTAATGCCTCAGAGTTTCTTTGTGTTGAAGTGTTTGGGTAAAGTGTTTTTTAAGGCAAAATCCATAGAAACCACGATTACACCAACGTTCGATAAGGGTCAGGTCAGAGTAGCTTTGAAACATCTGCTTAAGTGGAACATAGTTATTTCAGATACAACATGACGATTAATTTTGATTCACACCTTTTATAGCTATTTTAGTTTATGTTTAGCTTGTATAAGCATTACCTATTTTGGTTAATACAACTGGACATGGTAAGGGTCCATCCAGGGTCAGGGATGGAAATCCAAAATATCTTGCCAAGGCAGATGTGGCTCTTGGGGGGCAGATAGAGGGCTGAGAAGTCTAAGCAGACACAAATGGAGTCAGGACAAGATGTCCTCAAGGGCCTTTGGCAGACAGTCAACATGTAAACTCTAGCTCTTGGTCAGTGATCAATGACTCAAGTATCACTGATGCCACCCTGTGTCTTCTCAGGAATGGCGAACACCCTGGAGTTCACACAGTGTGCTCCAGCCTGGTCCTTAGAGATATAGGTGTAGACATTGTTTTTGTTTTGTTTTGTTTGTTTTTGATTGTTTCAAAGATAACTTGCTTCATTTAACTCTTGTACTGGCTAGTTTTGTGTCAACTTGACACAGCTGGAGTTATCACAGAGAAAGGAGCTTCAGTTGAGGAAATGCCTCCATGAGATCCAACTGTAAGGCATTTTCTCAATTAGTGATCAAGGGGGAAAGGCCCCTTGTGGGTGGGACCATCTCTGGGCTGGTAGTCTTGGTTCTATAAGAGAGCAGGCTGAGCAAGCCAGGGGAAGCAAGCCAGTAAAGAACATCCCTCCATGGCCTCTGCATCAGCTCCTGCTTTCTGACCTGCTTGAGTTCCAGTCCTGCATCCTTTGGTGATCAACAGCAGTATGGAAATGTAAGCCGAATAAACCCCTTCCTCCCCAACTTGCTTCTTGGTCATGATGTTTGTGCAGGAATAGAAACCCTGACTAAGACAAATTGGTACCAGAAGTGGGGTATTCCTGTGACAATCTGACCATGTTTTGGGGAGGACTGTGGAAGGACTTTGGAACTTTGGGCTTGAAGATCCATCCGTTGTTAAGAGCTTTGTCAGATGTCGTGTAGGAGCTTGGAAGATAATGTTGAGAACACTGCAGAAGATGGAGCTCTGGTGTGTGAAATTTCAGAGGGAAAATTAAAGACTCTTTTCAGGGCCATTGCTGTTTTGAGTGTGAAGATTCTGTAGTTCTGGTTAGCTGAGGCTGAAGAATCAGCTGTGATTAACAAGATACCAGAACTACCAAAGCAAAAACTTTGCATTACTGGGACTATTGATGCTGGTTAGCTGGAGCTAAGAAATTAGCGGTGATTAAGAAGAGACCAGATCATTGAGGTGACATCTTCTGGGAAGTGTTTTCTGAAAGCACAAAGAGGCTGTGTTCCAGAGATGGCCAAGGTTGTACTCCTGCTGCAATAGGACTTAGTAATATGTAAGGGTCACCCAGGTGGTACTAGTTTTGAAGGCATGAAGGGGTCACGCAAAGCAGCTGAGGCTCGGTACTATGAGAGGCCATCGAAGGCCATTGGTGAAGGTGCAGCCTCAGTTGCAATTGAAGGCCCAGGACTGAAGGGGATCATCCAGTGTTTTGGAGATGCCAGTACCATGAGATGACCACCAAGAGTAGCAGCAGCAGTGGGGTACAGGCATCTGGAGCCTAGAGGATGATGCGTGTGCTACAAAGGGCATGCCTGGAGAAGTGACCCAAGCCCTTGGAGGAGCCCAGAAGATCGTGAGTTGGATCCCAGACATTGGACAGTTGGAGATTGACTTTTGCTTTTGATTGTGACTGTGCCCTGATATTTTTCCTCTTGAAGGAAGAAACTGTTTTAGTAGAGCCCACAGTTAAGAGACTTTTAATTGTAAAAAGACTTTGGATTTTAAAAAAGATGGATATTTTAAAGAAATTGAAATTTTAAGAATATGTAAAGGCTGTGGGACTTTTAAAATTATTTAGATCTTGGGGATGAATAAGATTGTAAGGGTTGAGGCTTACTGGTGATGTTTTTGTGTGTCAAGTTGACAAGGGGTCAATTGTACTGGCTAGTTTTGTGTCAACTTGACACAGCTGGAGTTATCACAGAGAAAGGAGCTTCAGTTGAAGAAATGCCTCCATGAGATCCAACTGTAAGGCATTTTCTCAATTAGTGATCAAGGGGGAAAGGCCCCTTGTGGGTGGGACCATCTCTGGGCTGGTAGTCTTGGGTTCTATAAGAGAGCAGGCTGAGCAAGCCAGGGGAAGCAAGCCAGTAAAGAACATCCCTCCATGGCCTCTGCGTCAGCTCCTGGTTTCTGACCTGCTTGAGTTCCAGTCCTGCATTCTTTGGTGATCAACAGCAGTATGGAAATGTAAGCCGAATAAACCCCTTCCTCCCCAACTTGCTTCTTGGTCATGATGTTTGTGCAGGAATAGAAACCCTGACTAAGACAACTCTTTTAAAAATTATTTTATTTATTTACGTTCCAAATGTTACCCCCTTTTTCCAGTTCCCCCTCCCAGAGTACTTCACCTCATTCCTCCTCCCCTTTACCTCTAAGAGGGTGCTCCCCCCAACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACCAATCCACTCACTTACCTCCACCTCATTACTCCCAGTATCCCCCTTCCCTGAGGCATTAAGTCTCTTCAGGATTAAGTGCATCCTCTCTCACGGACACCAGCAAGGTGTGTTGAGGCGGGGGTTAAGGGGTAGGGTGGGGTGGAGGCCATGAACCAGCCCATGTATGCTCTTTGGTTTGTGGTTTAGTCTCGGGAGCTCTGAGGGGTCCAGGTTAGTTGGTACTGTTGGTCTTTCTATGGAGTTGCCGTCCCCTTCAGCTCTATTGTTAAAAATTTATATTATATACAATAATAATAATTGTTAATAATCTGATGTCATTCGGTTCTGATAAAATCTAGTTACTTGAGCTGGGCACAGTGATACATGCCTTTAATCCCAACACTCGGGAGGCAGAGGCAGGCAGATTTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTGAGTTTCAGGACAGCTAGGATTACACAGAGAAACCCTGTCTCAGAAAACTAAACCAAACCAAACCAAACCAAACCAAACCAAACCAAACCAAACCACCACCACCAAATCTAGTTACCTGTAAATGCCTGCTCGATGAATACATGCATTGGCTTAAATCTGTAATATTCTCCATCGTCTCATGCCCTCAGTGCGTAGCCTCCAGCTTGTGTTAAAATTTGAAGATTGTGAATCCTTCATGAGTTGGGAGCTGGCTGGTGGCAGTAAATCTTGAGGCATTTCAGGGTGTTGCCCATCTAGGACATTCTGCTTCCTGGCTCATCCCAATTTGAGGGTCCTCCATCATATGCTCTTTCTGCTTTGAGGGTTACCACCATGAACGAAAATCTCTCTGACAGAGTTGACCCTGACACGTCTCTCCTCTTGTTTCTGTCACAGTGACATGGAAAGTACCTAATACAGAAAATCAGTATTAGGAGTGGGACTGGAACTCTAAGAAACCCAAATATGTGGTTCTTGGGCTTTTAGAAGTGGCTTTTGGGAGGACCGTGTAAGGGAGGAGATGCAGGCCAGAGAAGCTCCAGGATATCATTTGTAGAACTTATTGTGTAATTCTGGTGGGGTTCTAAAGATGAGACTGCTGACAGAAATGCTCACAATAAGGGTTATACTCGTGAGCTTTCAGATTCAAGAGCACAGGTCCCCCCCCCCCCCCCCAGAAAATTACGACAGAAGCTATTTATATTATGTTCAGGCAAAGAATCTGGCTATCTAAACATTTGAGTAAGGCTGGATTCAAAAGTAAAAGACTAATTTGTTTGGTGGACAAAATTGCATGACTGCATAGCATCCAGGTTGGGCCACGGTTGTGACTACTTTTACCCAAGTTTACGATGAGATCCAGAGCAAAAGGATGTGAAAAATGTAGTTTGGTTAGTGAAGGGATGAAGGCCTGTTTACAGCTGCTAAAGAGCTCAGCACCATCAAGAAGCCCCTCACACATATGAATGTAATTCAAAGTAAAAAAATAAACCTAAAGAACGAAGCTCCACCTGAAGATTGCACTTGGAGACTAGGAATGTGCCTTGAGGCCCCACCCACCAAAGAATTAGGAAGCAAAAATGCAAACATCAAGTGAATGACTTTCAACAAGAGAGTTCCCGAAGAATAGGGCATCAGGGTGTCCTGCTTGCAGATAACCATCTAGGGAAGTGCTTGCCCAGGCTTAGCTGTGCAGGTATTCAGAGGCCACTGCAGTCATGGCCTGAAGATTCCAGGCTACATCTCAAGATGTGGTGATGGCTCTAGTTTTGGTCTAGCTCTTGCTGCTTCCTGATGCGTTGAGATACGTACGTGGCTTGGCCACATGGTCCAGAGCTTTGAGCGCAGCTGTGCCTTCCCTGCCATGAGGGACGGAAACCACAAGCTCAAGTAGATATTTCCTCCATTTAGCTGTATCTGTTGGGTAATCTGTCAGAGC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creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
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finished running aos
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AOS Produced 14 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
Aligned target to NCBIM36 assembly: chr: chromosome:NCBIM36:2:1:181976762:1, start 84741819: end 84741866
Found best 129-bac on NCBIM36: bMQ119b07
Found 10 RP24 black6 bacs on NCBIM36
Entered all non-repetitive oligos
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DESIGN COMPLETE
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Created display features
Inserted sequence arms between oligos

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