High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by
Valid After Annotation
not done
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 40312
Chr: 9
Strand: 1
Status: Ordered
BACs: bMQ455e04 : RP24-77J5 : RP24-464J14 : RP24-317F8 : RP24-261B15 : RP24-79J15 : RP24-205L16 : RP24-257F22 : RP24-422F13 :
Instance: Plate 30: Well D10: BACs RP24-77J5 RP24-464J14 RP24-317F8 RP24-261B15
Instance: Plate 212: Well D10: BACs RP24-77J5 RP24-464J14 RP24-317F8 RP24-261B15
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 118475803 118475852 50 GGGACTAATGTAGTCCAGAAGTATCAGTAATAAAATGTAAGTTAATTAAC
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Oligos:
Type Start End Length Seq
D5_D3 118329498 118329594 97 TGACCTTGACCCTATGAGGGCTATGTTTGAGAAATGAATAGCCAAGTGAAGTTCTGGGTTTGGGGAAAGTTCCTGGTAAATGATCCTGGCATTTTAG
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G5_U5 118324500 118328708 4209 GGGACTAATGTAGTCCAGAAGTATCAGTAATAAAATGTAAGTTAATTAACATAAAATATTTGATTTTTTTGTCTCTATGAAGCTAGGAAAAATATGTTTAGTTGAAACGGTGCTTTTCACCATTTTAAAGGGAAAGTCTTCACGATCTGACAGTTACACTAATGCGTCCTAACAACACTAATGTTAACCCTAATAAACTTCCCATATCTCAAAAATCCCAGGTCCCAAAAGACTTTCCTAGCGCTCTTGTTTTTGATTCTTTTTGGATTTATCTTTATTTCTGTAAAATGTGTCAGAAATCGGATGAAAGTGTATTTACTGAGGTGGGGTTCCAGGAATCCGTTCAAATTCTAGTTACACAGATTGAATTACACCGAGTTAATAATTTGATGGCACTAGAAACGAACCTATGCGCCTTCCTTCATGAGCTTGCTCTAGGGGTAGGATAGAATGAACCCGATTCTGATGTGGTTAGGGAGACAGCTGGTCTGAGTTACTTGCGCCAGAGTGGGTCTGAACGGTGCCCGTTGCCTGTGTGGCACTGTGCCACGCCAGCGTTTCCCCGGTCTCTTCAAAGTATTTTGAAGGGACCTTACTTCTGGCTGTGTTATAATACAAAACTGACATATAACTTCAGTCACCCCATCTGCAGATAACGTGAGATTCAGTCTCACACCTACATCTCCCTCAGACATCCTGCAGCTCAGGGCCAGGCTAACGAAGACTCCAGGTTGAGTCCCCAGCGCAGTGAGGCCCTTTTCTTGGAACTCGCATCCCCCTTGTGGAATCCTCACGTTCAATATCTCGCACCCTTTGAGGGGAATAAAAATTAATCCCAAAGGCTTCGCTGCATCAAAACAAAACAAAAACATGCGGGACGGAGCCCGAGACCAAATCGGAGCTGGGATCTCTGGACTGATCGCGCAGGATGTCAGCCCGAGTTCTCTGAGCCAAAATTGACAAGGTTGTTGTTCCAAAACACTTGAAAAGCTTTGCGAGCGCCCAAGACCCACTACGCTATTCTATCAAAACCCCACACAGCATCCAAGTCCATGAAGGATCGCTCCACTCCCTAACACGGGCGTGCCCACGTTCGTGATTCGCGGGGTTTGGACCCAGGTTGGAAAGCTTCGCGCGGATCTGCTGCTGGCGTCTGAGCGCTTAGCAGATCCCGCGGCCACCTCATCTGTTCTCGGCAAAAGTTTCCCGTGTGATCGCATTGGGTTGGGGGAAGCAGAGTCCCTACATCTCGACCGGAAAATGCGCTCCTGGAGCGACTACTGCAGGCGTCCGTAATTGCTTATTAGAGGAGAATGTACAGGCTTCTCATCGTCAACGAAACGTGTTCCCCCTTCTGTAATAATAAAACAATAAAATATGACGGCCCCGTCCTTGACTGTTTGCGGAAACGCAGGGGGGAAAAACAGGCAGCTGGAGCAAAGGAGCTTAATTCAATATCAAACTGATTATTTCACTAATTATTCTGCCTTCTGTATTGTGCCGCAGAGAGGCGCAGGGAATCTTAACTGCACAGCTGCTAGGGAACCTTTGTGTCTTAGTGTCAGTCCCCACCAAAGATGTTGGCGAAAGCGGGGGCTGGGGGAGGTAGGAAACATCCAGTGTTTAGAAAAAACCGAGCAGAGGGAATTCTGAGTAATGAAAGTGACGGCCTCGGGGAAGCCGGTGTTTTAGCGCGGTTGTAATACTGAGTGTTTGGTTCGTCCGGTCAGGCTCATGTTGGGTCTTCAGAAGCCCACTTCAGAAGCTAGAAGCTGGAGTCTCTGATTCAGACGCGGAATCCTTTTGCCATCTCTGGAATCCCAAAAACTGAACGCGAGGTTTCTCTCCACCAAGTCTTTACGCTAAAAGATGGGACAGGACAAAAAGCGGTTCCTGTGTGCTGAAGGCCAGGAAGTCAGAAGGAGGGTGTGCGCAGAGACTTCGGGTCGCTCTCCAGCCCTCCCCTAGATTTGCACCCCCGGGGACCTGAGCCTTCCTGCGAGCAGGGAGCTTGTAAAGACGCCTTCACGGGCCTCTGGGACCTGCCAAACTAGACCCGAACTCAGGAATGATTCCTATGCCGTGGGTAGACCATGTTCGCAGACTTCAAACCCGTTTCTCCGGCGCCATAGAGCCACCGGGTACACCAGGATTGATTCTCAGTGGGATATAGTTCTCCCAAAGACGCTTAAAGAAACACCAAACCAGCAATAACAGCCAAATAAGCTAAGAGAAAATGAAACTCGCAGGCGACCCGATCCAATTAATAAATACTTAATTGAATTAGTGTCACCTCTAACAGCCAATAGCAAAGTCCCCTAGCCATGGGGCTGCGAAGCCCCTCCCTGGCCGCACATATATAAGCAGCCAACCACCGCTCACAAGTTTCCAAGCGGTCAAGTATGCCTAGAGTTTAGCAGAGCCAGCCGAGAGGAAATGGCTGGTTGCTAAATGGGAACTCAGAGCTAAGTCCTCTTCTTCCTTAGTGTGAGTGTAGGGGTCCTGAGAGGTTAGACAAGGAGGGAAGGAAGAAAAGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAGAGAGACACCTACAACCCGGGGTTTGTTTTCTTGCGGAAGGAAAGGGGCACCTACAATCCCGAGTTTGTTCCCTTGAGGGAAGGACGCTAAATTGGGCGCGCGCTGAAGCCGCCCCGCAGGTCCGCAGGTGGGTAGCCTAGGCGAGGGAGGAAGGGGACATTACCTTCCCCTCGGAAGAGGGCGCTGGCTCCCCCAACTGGCCTTTATAACCAGGCCGCGGGAGGCGAGGAGGCAGCCGGTTGCCGTCTGCGATTCGCTAAAGCATGCAGTTGGGAGAGCAGCTCCTGGTGAGCTCGGTGAACCTGCCCGGCGCGCACTTCTACTCGCTGGAGAGTGCTCGCGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGCGGAGGAGGAGGGGGAGGCGGAGGGAGCGTCAGCCTCCTCCCCGGTGCTGCCCCCTCGCCCCAGAGGCTGGACTTAGACAAAGCGTCCAAGAAGTTTCCGGGCAGTCTCCCGTGCCAGGCGGGGAGCGCAGAACCCGCAGGCGCCGGCGCGGGGGCCCCCGCGGCCATGCTCAGTGACGCGGACGCTGGGGACACCTTCGGGAGCACCTCGGCGGTGGCCAAGCCCGGGCCCCCGGACGGCCGCAAGGGCTCCCCGTGCGCGGAGGAGGAGCTGCCCTCCGCCGCCACCGCCGCGGCCACCGCGCGCTACTCCATGGACAGCCTGAGCTCCGAGCGCTACTACCTCCCGTCGCCGGGACCGCAGGGCTCCGAGCTCGCCGCGCCCTGCTCGCTCTTCCAGTACCCGGCGGCGGCCGGAGCAGCCCACGGACCCGTGTACCCCGCGTCCAATGGCGCGCGCTACCCCTACGGCTCCATGCTGCCCCCCGGTGGATTCCCCGCCGCCGTGTGCCCGCCCGCGAGGGCGCAGTTCGGCCCCGCTGCGGGTTCGGGGAGCGGCGCTGGTAGCAGCGGCGGTGGTGCCGGCGGTCCTGGCGCCTATCCCTACGGCCAGGGTTCTCCGCTCTACGGGCCATACGCCGGAACCTCAGCGGCCGGGTCTTGTGGAGGATTGGGGGGCCTAGGGGTGCCTGGCTCCGGCTTCCGCGCCCACGTCTACCTGTGCAACCGGCCCCTATGGCTCAAATTCCACCGGCACCAAACTGAGATGATCATCACCAAACAGGGCAGGTGAGTGCAGGGTGGAGGGACCCCAGGCGCCTGGTTGTCCGCACACTGCGGGCTCTGCTTAGGGTGTTTAAGTGGTACATCATATCTCCAAAGTCGTGTCCCTTACTTCCTAAGGCACACCTGTAGCTTGGGCTCCGAGCCCACGTTACTCTCCTCTCTAGTCACCTTCACCGGGATTGACTGGGAGGAGGAGGAGGCGGAGATGGAAATTTGGGAATGAACCCTTGAGGGCAGATCTACGTGACCCGCTGGCTCCTGGGTTTGCAGCAGGCGATTTGTGGGCTGCATAGCGAAAGAGGGCTAGCTGGAGCTGGCTGCGGCCTGCGCACAAGTGTTTGAAAAGAAGCTTTTTAAAGCTCCTTGGTTTGGTGGGGCTCTTCTGTAAGAAGAGCAGAAAGAAGTCGGTTTGAGCTGGTGACTAGGTAGACAGTTTTTGGAGCCAGATGTTTGGGGGAGGGGGCTCTG
U3_D5 118328780 118329497 718 GAGTGGATATTGGGAGACAGGGACCCAAAGAGGGCTCGTTGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGTGCAAGAAGGCGCGCTCCGGCCTAATGTTCTCAGTCACCTATGTCTTTAAAAATAATTTTAGACATTTCAGAAAGAAACCTAGTAGATACCTGAAAATAGATGGATGTCTCAGAAAAGAAGCACGCGAATTAGGGAAAATACTGATTTGGAGGCTGTTCCAAATAAATATGTCAATTTAAAACCATTTTCTTAGTTTCAGGCCGTAGTAGCCATTTTTGTTTGTTTGCTGTTTATTGCAGACCCCCCATGTGTCCGGGAGGGACCAGAGCCGCTACTTAAATAATTTCCTCTGGTTCTGTTCTTTGCACAGGCGCATGTTTCCTTTCTTGAGCTTCAACATAAACGGACTCAACCCCACCGCCCACTACAATGTTTTCGTGGAAGTGGTTCTGGCCGACCCTAACCACTGGCGCTTCCAGGGGGGCAAGTGGGTGACCTGCGGCAAAGCGGACAATAACATGCAGGGTGAGGAGAGAGGGGGCCTGGACCGGGAAGAGGTCGGAGCCTCAGTGTTGGACCGGCCACATTTAAATCAAGCATGTCACCCCAACCTGGGGCATGGGGATGTTAGCATGTGCTGCCTTCTGCTGCTGGGGAGAAATTTACTCCGTCCTTTTTCTTGTTTCTCATTATATATCAAACCT
D3_G3 118329595 118334771 5177 AATTCTCTTGAGAAAGCCCAGGCCACCTTTAACTTAATCTATAAAAGTTAAGGACTCGATGAGGCACTTCCCCTCCAGCTTAAGGTCTCAGACCAACAATCAAGAACCATCCTCTCTCCTCTCAACTCTGTTTTTTAAGTTTGGAGAGGCTGGTGATTGGAATACCATGATTAAGGAAGGCTGGATGCACCCTGGCCCGGGGGAGTGACTGGAGTCCCGCTGGGATCCACTGATTTCAGTCGACTGACCTCCCAGGAGGAGGTTGCTACAGCAAACCCAAGCCTAGCTAACAGACATCCTCTCCAACCTGCCTGGGTGAAGGCTGTCTCCTTTCATTTGCTTATGTTTCCTTTCCTTTTCCTCTTAGGCAATAAGATGTACGTTCACCCAGAATCTCCTAACACTGGCTCCCACTGGATGAGGCAGGAGATTTCCTTTGGGAAGTTAAAACTCACCAATAACAAAGGTGCAAACAACAACAACACACAGGTAGGGAGACTGGAAAAGCCTGTGTCTTCTGGTCGGGGTCTCTTGGACAGCTCATCCTTTTGTCACTGTGCTTAGCTAAGTATTTACAGTTGTGACTTTGCTCAATTTTAAATTTATGTATTTACCTGTGTCATTTGTACTTTCTTACTACTATGCATAGAAACATCAAATTTTAGGGGGGGACTTGGGGAGCCAAAAGGAAAGAGTATCTATCAAATACACAGACACTCTGTTTTTGTTTTGGTTGTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTCTTATCTTGGGGAGTGGGTCTTGTATACCTAGCTCGGGCTGGCCTTGAACTGCTGACCCTCTTACTTCTCAGTCTCAGATGCTGCGGTTACAGATGTGCTCTGACATTCCAGAATCAGAGTTAGGACTTTAAGTCGAAATTGTTAATCCCGAGGATCTTAAATCTTAAAACAGAATCTTTAATAAAACCAAATAAACAAAGAAAATCCCCCTCAAAAACAAAAAAGAAAGCTGTAGTAGGGAGCAAACAGAAGTCCTGTCTCAAAATGTACAGTCTGTTAAAAATCTACTTTTGAGACCTATGAAAGTCTCTCTTTTCTCTATCCCCAGATGATAGTGTTGCAGTCTCTGCACAAATACCAACCGAGGCTGCACATCGTGGAAGTGACAGAGGACGGTGTGGAGGACTTGAATGAACCTTCCAAGACTCAGACCTTCACCTTCTCAGAGACACAGTTCATCGCTGTGACGGCCTACCAAAACACGGATGTGAGTGCCCCGTGAGCCACAGGAGCCTCTCAAGTTAGGTCTATTGAGATAAAGCACTCAGTTACTATTCTTCTCCCCTATCTAGATCACCCAGCTAAAGATCGACCATAACCCCTTCGCCAAAGGCTTCCGGGACAACTACGATTCGTAAGTACTGCTTTTCTTCGAGCACGGGTCATCTCCCTCTAAGAGACAAGAGTAAAAGACTCCAGGCTGCCTGCAACTTGCTGTGAAGTTGACGTGACCTTGAATTTAGGATCTTTCTGCCTCAGTCCCCCTAGCCCCGAGCTCACCAGCATGGGCTGCCACACCCAGGCTTTGTGTGAGCTAGACAATCATTTGGTCAATGGAGTTTCATCTTCGAGCCCATTTGCTGGGTCACCTTTAACAGGAAATGAGTCATCATCTCCCTGAGGACATATTTAGTATGACATTTTATATTTGGGATTTTTTTTTTCTTACCTGTTTTTCTGCTTAATTTTCTGAAACACACACACATGCTGGAGATTGAACTCAGGGCTTTGTATGTGCAAGACAAGCACTCTACCATTGAGCTATAGCCCTAGCCCTGTTTTTGCATATATTGGCCTCGAACATTCTTGCTTCAATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTGGTTTAGTTAAAGAATGTTTAAGACTTAAACATGAAGTTTTTTTTTCTTTTCTGCACTTAAGTAGGGATTTGAATTATTTTAGAATCTCCATTACTTATGTCCATTTGTTGTGATTATAAAAAGATAAAGAAATATAAGAATATATTCTATGGGGGTGTGGTGACGTGTGGGGGAAAGGGATGTCTCAGCAGGCTCATGTAGAGGCATCCCGGCACCCTGAGGGACCAGCCACAAGATGGAATAGTATAGAATAGAGTTTATTTAGGGCATGGGGAGGGAGGTTAAGAGGGTAGTAGAGGCAGAGAGAGGAAGAGAGTAGAGAAGTAGAGGCCGGCCATGACCACATGGAGAGAGGCAGGGAAGGGAATGGGGAGAGAGGAGGAACAAGTGAGCAAGAGGCAAGAGAGAGAGGAGGGGGCAAGGAGACCCTTTTACAGTGGGCCAGGCCTACCTGGCTGTTGCCAGGTAACTGTGGGGGCGGAGCTTAGACGGAATGCTAACCCCTTTCCCTTTTTACATTTATTTACCTATTTATTTATTTATTTTTTACTGTTTTGAGTCATTGTTTATCCATGTTGAGTCAGTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCTCTCTGTAGACCAGGATGGCCTAGAACTCAGATCCACCTGCCTCTGCCCCCGAAAGCTGGGATCAAAGGTGGGTGCTGACACCTTCCAGCCCAATTTTTATTTTTTTAAAAAAGGTTTTATTTTTAATTATGTACATTTGTGTCTCTGTGTGGGTATGTGCATGTGGGTGCCAGTAGGCCAAAGGTTTCAGGTCCCTTAGAGCAGGAGTGACAGGTGGCTGTCAGTCAGCTGATGTGTGTGCTTCCAACCAAACTCTAGTCTTCCTCAAAAGCAGTTCTTGACCTTCCAGCTCCTGATCCAACTTTTAAAAAAGCATCACTAGCAGATTTTTTCCCCCTCCTTACGTGTCACAAGAGAAAAAAACCCCGAAAGGATACTGTTTTTCACAACATTTGACTCTCACGGCCCTGCATTCCGTCCGCCCCGTTGATTAGGGAGGGTTGTTCTAGTCCCTCGTGTTCGAAGACTGCTACAGTAGATTTTCCATATTTATTTATTTTGAGACAGGGTCTCATGTGATCAAACTCAAACCGGCTCTGTAGCTCCAATGACCTTTCACCTCTGACCTCCAGCTTCCACCTCCCCAGTACCGGGATTACAGGCCTCGGCCACCTCTGATTTATGTTGAGCTTCAGAGAGACACCCAGGCCTGTCTGTGTCAATGCTGTTGAGGCTCGCCTTCGACCCCATGATATAGCCACAGATCCCAGTTTCCCATAGGAAATATCTGACCCCTGGAGGAAGTGTCCTCTTAAGGGGTGGGGAATCCACTCTGTTCTCACAGTCGGCAGCACAACTCTCTAGCTTCTGGGAGGCAGCTTGTTTGGGGACAACGTGAGGGTTGTTTTTTATTTTTAAGTGTCTCTCTTTATATTGTAGCATGTACACGGCTTCAGAAAATGACAGGTTAACTCCATCTCCCACGGATTCCCCTAGATCCCATCAGATTGTCCCTGGAGGTCGGTACGGCGTTCAAAACTTCTTCCCGGAGCCCTTTGTCAACACTTTGCCTCAAGCCCGATATTATAACGGTGAGAGAACCGTGCCACAGACCAACGGCCTCCTCTCACCCCAACAGAGCGAAGAGGTGGCCAACCCTCCCCAGCGGTGGCTTGTCACGCCTGTCCAGCAACCTGTGACCAACAAGCTAGACATCGGTTCTTATGAATCTGAATATACTTCCAGTACCTTGCTCCCATATGGTATTAAGTCCTTGCCCCTGCAGACATCCCATGCCCTGGGGTATTACCCTGACCCGACCTTCCCTGCTATGGCAGGGTGGGGAGGCCGTGGCGCTTATCAGAGGAAGATGGCAGCTGGACTACCATGGACATCCAGAATGAGCCCACCTGTCTTCCCAGAAGATCAGCTTGCCAAGGAAAAAGTTAAAGAAGAGATTAGTTCCTCCTGGATAGAGACTCCCCCCTCCATCAAGTCTCTAGACTCCAGCGACTCCGGGGTGTACAACAGCGCTTGCAAGAGAAAGCGCCTGTCTCCCAGCACCCCCAGCAATGGAAACTCGCCCCCCATAAAGTGTGAGGACATTAACACTGAAGAGTACAGTAAAGACACCTCCAAAGGCATGGGGGCTTATTATGCTTTTTACACAAGTCCCTAGAGCATTATTTTAACCTTTAACCTTTCCAGATGGACCTGGTGGTGTTTTGTTGTGTTCTTTGCCTAGGTTACCAAAAAGACTTTTGCCTTCCACCTTTGATGTATCCTGTTTTGTGCAATTCTCTGAGAGAAGGCGCCAAAGCTTTGCCACGGCCGCAGGTAACTAAACTGAAGCAGACCTAGCATTGGTTTTAAAGTGACTGGAGGACGCAGGAGTGTTTTTAAAACTGAAAAGGTCGTTCAAGGTGCTGGATTGATTCATTTATGGGAAACGAGAAATGTTCAGAAAAAGCAGGCTATGAAGAACGAGTGCCCGGTGCTATTAAATGAATTTCAAAGACAAGAAAACATGACAGAAAAAAACAAAACAAAACAAACTTTGGCTCTTATTTCTACTCATAAATCTTTAAGCAAACAGCAGCCCAGAGGGTTAAAATATTTTTGCTTCGGGAAGAGAAGGGTTGGACCTTGAGTTAACAGTGGGCTCTTCACAGATATCTTCTGCCAGGGCCTATAGAGGCTGAGCCTGAGAGTCAAGCGGGGAAAACAAACAAACAAACAAACTGATGTTTAAGTGGCTAGCTAGTACTCACTGCCTTCAATTCCTTGCAGAATTTTGGAATAAACCATTTGTTGTAGGGCTGGCTCTGTGTGGCTGGGATGACCTGTAGAAGGCAGGAGGATCAGAAAGAAAGGGAGAAGTTAAGTGTACAATTGTATGTTTAGACACCTTAGAATATTCTGGAATATATTGTACAAATTCAACTGCCTAGGTATCAGATAAAAATAATGTAAATTTGGTGCTTTGGCGTTGTAAAGAATTTGCAAAACCACAACTGCAGTTAAGAGGAGGGATTCATATCTTGGAGATATTCTGTCCACTTCG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