High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by erb
Valid After Annotation
not done
Comment Type Comment Detail Edited User Edited Date
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 374419
Chr: 5
Strand: -1
Status: Ordered
BACs: RP24-83D5 : RP24-204L1 : RP24-501A5 : RP24-372M11 : RP24-228D11 : RP24-171B3 : RP24-495L24 : RP24-291E20 : RP24-161E18 : RP24-482F13 :
Instance: Plate 246: Well D09: BACs RP24-372M11 RP24-83D5 RP24-204L1 RP24-501A5
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 124414913 124414962 50 ACCCAGTTCAGAGGAAGAAATAACCAGAAAGACAAGTGTCTTCTAAATAC
U5 124408877 124408926 50 TAGGTGCTGAGAATCAAACCCAAGTGGAATGATATAATCACTGAACCTCA
U3 124408812 124408861 50 CAGAAGCTAAAATTGGACATAAGATCCTCTTGGAAGTAGTTACGGTGATT
D5 124408229 124408278 50 AAGATCTACGTTCAGCCCTACTAAATTTCTGTAATTAACAGTCAACAAGT
D3 124408163 124408212 50 GTCATTATTCCTCGTCAGGTAGATGAATAAAAAAAGTCAGCCCTGCAGAA
G3 124404191 124404240 50 CAATGCTCTTTTTCTACTCAACAAATAGTTTTCATATATGATCCCTGCTA
Oligos:
Type Start End Length Seq
D5_D3 124858222 124858237 16 ACACTACTACCTGTGA
15_E_15 124843172 124873935 30764 TCTGAAGTTAAAACTTGCAAGCCCATGGGTGGCCTGATCTTGCAATCCCTGGATCGCAGAACTCAGGAATACTGAAGGAAAAGACTAGGATCCAGAGTAAAGCCACATCCCCCAAATTAAATATAAAGAAATGAACGCACAGTTCTACATCATCCAGGGATATAGTGAGACCCTGTCCCGACATCAAAAAAAGAGCACAAAGCTGAGCTCATCTTTTATTTTTGGGTCAAACCTTCAGTAGACAGACAAGTTTGTTCTGCACTAAGAAAAGATTAGAATCTGCTAGATCACAAATATTAAGTATATAAAAAGTTTCGTTTATGTTTTTAAAGATTGTCAAATTTTTAATCACAGGTATTCGTATGCATCTATATGGAGATTGGTGCAGGTGTCTTTGGAGATCAAATGCTCCTGGAGCTGGAGTCCTCAGAAATAGATGCTGGAAAATGAACTCAGGTTCTCTGCAAGAACAGTATGACCACTGAGAAGTATCTCCAGTGCCCAGAAAAGGTTCTCTTTTTTGTATGTCTTAGAGACAGGATCTCACTGTGTAACCTTGGCTGCCAGAAAACTCAAAAGATCCCACACAACAGCTCAGTTTCCTACTAACATGGCAAGGCGTCAGTGAAATAACTCACCATCCTCATTGTCTTCACTGGACTCATCTCTGAAGGGATTGAAATCGTCATCATCCCCAGAGCTCATGTTTTTAGAGCTCTCATAGTCGCTTTCGTCATTATCAGACACAGACTCACTTCCACTGTCGTCAGAGCTGCTTCCTGTGAGGCCACCAACTTTTCGTGCTTTTTTGGCTTCTCGAGTGATTTCTTCACCTACCCTCAAAAGCCACAAACAAGACTCAGCTAAAAATTCATTGTGTATTTTTGCTTATGTTTTGAGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTATGTGTGTAGCCCTAGCTGTCCTAGAACTTGCTCTGTAGAGCAAGAGGGTCTCAAACTCAGAAATATCCACTTGCCTCTGTGTCCTGAGTGCTGGGATTAAAAGCATGTGCTCCAATTGCCCAGCCTAAATTTAGTGTTTCTAAAGACCTACTGTGTCATATTGTAGTTTGTGAGCTGAATCTAGTGAGAAGTGCAGACATCAAGAGTACACGTGAAGAACAAAGGATGTTTATAAGAACCAAGAACTCAGGTATAGTCAGCTACTCAAGAAGAAACTAGATGTATAAATACAGATTCAAAAATGATGGAAAAAAAATGAGAACCCGAATCAAACCACATTATATGCATGCATAAAATTCTCGAACCATAAAAATTAAATAAAAACTCAAGATTAAGTTCAAACATAATCAAAGTCACGCTCACAATTAACCTTTGAAAAGAATTAATTAACTAGACAGAAAATACCTAGAAAAATTAACGTATAAGCCAGGTGTGGTGGCACAAGTCTCTAATCCCAGAACTTGAGAGAGAGACACAGGCCTGACTCTGAAGAATTCAAAGCTAGCCTAGTCTACAAAGTGAGTTCTAGGCACATTAGGATTACATGAGACAATATCTTGACAGATAAAAGGGATGAGGAGAGACACTGACAGGTGACATCCCGATATATAAAATCTGATTTTCAAAGATAATTAAGTATTTGGTTTGTATCACCTAATATTTAAAGAAACAGATTGTGAATGCTCAAAAACTCAAATCAAAACTCCAAGAAGTTCTCTTACTAAAGGAACAGAGAAAACCTAATTTCTTGTGACATAGTAACATGTCAGCTTCTCTAAGATACTACTGATCATAGACATCATTACTTCCTGTGCTCCTCAAATAAAATGTAGAGGGTGTGTGCTACAGTGGCAGTAGCCCACTCACTCACTCAGGTGCAGTACAAACATGGGAACCGCTGAAATGGCTCAGCACACAGAGTGATTGTCACAAAGCCTGAGGAGCTGAGGAGCAGCCCAAAACCTACATGGTCAAAAGAGGGGACCAACTCGTCCTGTGACCTCCACACTCACAGTGATACATGTGCACCCATGAATGAATGTAATAAAAAACATTTCAATATGAAGAATGTGTATATTGTCATATCTGAGATAATTACAAGAGTGTCAGGTCATTAGTCAAACAGGACATAAAACCCAGTCACATATTCTAGTTTACAACAATCCAAGCTAATTAACAAACAGGAATGAATATAATTCCTAATAATTAATAAGTACATCAGCAAGGTAAACATAATTCCTGCAACCCCAGCTGCTCCAAAAACTTTAGCAGGAAGAATGCAAGCACTGCTCAGCACTACCAAAAAGCAGGGGTGGGAGGATAAGGTACTGCCAGACATTACAATGTTACAAAAGGGCAGCTCTGACAACATAAGACTAAGGTAAATCTCCAACAATCCTAACCATTCTTCTTATTTCCTGAGACTCTAACCAACAGGAAAAAGCATCAGCCCCTTCCTAATCAGAGAAGGCAGGGACATCCAACAGTTAATTCTTCTTCTTCTTCTTCTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTATGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCCACCTGCCTCTGCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGCGTGCACCACCACCGCCTGGCTTCAAACAATTAATTCTAAACAAAGACCAACAGCACTGTCAGATTCAACTACTTAAAGAAAAGCACTCACCTTTCCGCTTCTTTATTTTATTTTCTTTACAAGGACTATCTCTTGGTGAACTGTTGTTACTTGGGGCTGTCAAATCGATTCCTAGCAAACTATAAAGTTTCTTCCTGTCTGGAGCAGGGAAGTGTTTTTCAATCAGTGACTGCAATACCCCTCTGTGGGAAAAAAAAAAAGCAGCGATCCTTACTTCTTCATGTGGCACCTGTGGAATCCTTACTAGATATATTTAATACATTTTCTTCAATCTTAAGCAATTTTCATAACTCAGCTCAAGTAAATTTTAAGAGGAGCCTGTCCAGTAGCATTATGCAAGACACACACCCATCTCTTATACTTTGTAGCGCTTACAGTAATCAGTAGAACAGAGACTAAAGAAATGGCTCAATGAGTAAGAGCTTGTTCTGCAACAGTAATAAAGACCTGAGTTCAAATCCCCAACAAACCAATTAAAAACAGCATGGCTGCATGTGCCTGTAACCTAAGCATAGGAGGGCAGAGAAACTGATCCTGACTGAGAGTTTACTAGCCAGTCAATGTAGCTAAAAGGGAAGGGCTTCAGTTTAGAGACCCTTCCTCAAGAGAGTGAGAGAGCAATGGAATATACTCAACATGCGGTCTACAAGTATGTACACAGGAGCATACATTACACACAGGTGTGCACACATACATGTGCCATCCATACACAAAAAGCTATTAAGAGTAAAGGGTTTAAGGAGGGCATAATAGTTATTTGCCTGTAATTACAACTATTGAAGGAAACTTCGGCAGGAGATATCCTAAATCCAGAAATTCAAGACTGGCCTGGGAAATATAGCAAGAACAAACTGAACAAAGGTTACTGAGACTAACTTCAGTGATAGTACATTTACTTACCTCAATTATCATTCTTCAATGTGTAATCATAAGATGTCTTACAATTATAATACATCTTACATTTACATTTGAAGATACCTTTGAAGCTTAGTGTGCTTCACACCACACTAACAACATAAATGCAATTATATACTGCTCAGGTAGCTTAACATGTAAATAGTAGAAGTTTCTCAATGATTAAAAACAGAAAGATATTTCACAAGCAGTTTTCAGTGACAGGAATTCCCAAAGCTCTTGGACACGGCCCCCAAAAGGGTACAGGACAGCCTCAAAGCTATCATGCCAATTTATTATCACTTAACATTTTCTAAGATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATTGTTAAGGGGCTGGTGAGATGGCTCAGCGGGTAAGAACACTGACTGCTCTTCCGAAGGTCCTGAGTTCAAATCCCAAAAACCACCTGGTTCACAACCACCCGTAAAGAGATCTGACACCCTCTCCTGGCGAGTCTGAAGACAGCAACAGTGTACTTATTTATAATAATAAATAAATCTTTGGGCCGGAGTGAGCAGGGACTGAGTGAGAGGAGCTGACCAGGGCAACGAGGTCAGAGCAGGGCCAGAGCAGGGCCAAATTGAGCTAGTGGGTTAAATAGAGTGAGCGGGGTTGACCAGAGCAAGCAAAGGTCCTAGGTTCAATTCCCAACAATTACCTGTACAGCTACAGTGTACTCATATACATAAAATAAATAAAGCTTTTTAAAAAATGTTTAAATTTATTTTCTGTGTATGGTTTTTCTGTATATGGTTTATTTTCTGTGTATGGTTTTTTGAATGCCCAGTACCCTCAAAAGGCAGCAGAGGGAGTCTGAGCCCTGGGAACTGGAGTTGTGGTAGAGAGCAACCACATGGACAGCAGGTCCACTTTAAGAGCAGACACTGAGTGCTCTTAAACTCTGAGCCATCTCTCCAGTCCCCTCAATTAACTATTTTTTTCCTTCAGGATTTTAAGACAGTGACTCACTATGGCCTAGAATGGCCTTGGACTCTCAGAGACCTGCTGCCTATGACTCCTCAATGTTAGGAACAAAGGCATGTAGGTGGCATTGTGTCTGGTCTTCAATTATCAGCTTTAAAGCTTTCTGAAGTTGCAATTTCAATTTCCACCTTTTCGTCTTTGTAAAAATGTTATTTTAAAAAGAAATTGTATGTATGTATATGGATATGAGGTACATGCTCTCAGAGATAGCAAGAGGGTACTGAGATACCCTGGGGCTAAGAGTTATTACATAGGTGCTGGGAACTAAAGTCAGGTCCAATAGGGCAATATGGGCTTAAACACTGAGCCATCTTTCCACCCCCCAATATTCAATGTTTAGAGCAGATTTCATGATATTATGTCAAACTAAGTGTCACTCAAAAAAAACAAGGGTTATT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Comments:
Created
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creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
running aos on us and ds
running aos on gaps
finished running aos
AOS Produced 8 oligo candidates from u/d regions
AOS Produced 14 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
Aligned target to NCBIM37 assembly: chr: chromosome:NCBIM37:5:1:152537259:1, start 124858485: end 124858586
Found 10 RP24 black6 bacs on NCBIM36
Found enough RP24 bacs: not looking for RP23
Entered all non-repetitive oligos
Sequence count unchanged by blasting
finished aligning oligos to bac
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DESIGN COMPLETE
U-type: U1
D-type: D1
Creating display features: mapping to reference assembly
Created display features
Inserted short and long range genomic sequence arms

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