High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by erb
Valid After Annotation
not done
Comment Type Comment Detail Edited User Edited Date
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 364315
Chr: 4
Strand: 1
Status: Ordered
BACs: RP24-480M22 : RP24-535M6 : RP24-168B10 : RP24-168D12 : RP24-72M22 : RP24-142L5 : RP24-300K23 :
Instance: Plate 238: Well E06: BACs RP24-168B10 RP24-168D12 RP24-480M22 RP24-535M6
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 140964761 140964810 50 AATTACCTGGAGAGTCCAGAAGAGGGCGCAGGATGTGTCTGTATTATCCC
U5 140970661 140970710 50 CTGCCTGGCAATTGGCCCTTGGCATCTTTATTGATAGATTAAGAACCAAT
U3 140970734 140970783 50 AAACTACCCCCTTCATATGTGCACCTGCATATATACATAGGCCTGCACTA
D5 140971323 140971372 50 AGCTGACCTTTACTGAGACTAGTACAGCGTTAGGGATTGAAGGAAAGGAA
D3 140971432 140971481 50 ATGGAGGGCAGCAGCTCCACAACCCAGAACCTCAGGTTGTTTGTTACACA
G3 140975234 140975283 50 AAACATGGCCATAAGTAACAGACATTTGTGTAGCATTTGTTTGTTTTCTT
Oligos:
Type Start End Length Seq
D5_D3 140527288 140527346 59 GGAGGGAGGGATACACAGACACGAAGGAAGCTTGGAGCAGGTAGGCCATGCTTGCTCTG
15_E_15 140511576 140542396 30821 GAGATAGGATCTCTAGCCCAGGACAGCCTTAAGCTCCCTATGCAACCAACAGTGATCTTGAACTTCTAATTCTTCTACCTCCACCTTCCAAGAGCTGAAATCACAGGTATGGACCTCCGTGCCCAGTTTAGGCAACGCTGAGAACTGAAGCGCAGACTTCATGGCTACTTGCCACCTTCCCAGCCCCGGGTTCATAGTGTTGTGGAGCCATCGCTCTGCTTGTGGCTCTTGAGTCCCTCCTAACCTGTGAATCTTATGAAAACTCTAAGAAGGGTTTCTGGCCCCTCGGTGGGCAGTGTCACTGACACAGTAATTGATCATCTTTTATAAACATTGCTACCAGAGCAGAATAATGATTCAGCCACCACTCTTGGAAAGAACTTAGAGACGTGCATTCTTAGCATTGACCACCGCCCTGAGGAAGAACCTGGAGTTGAGGATTGTTAGTAAAGTTAGGTTAAGATGGTTGGGTTTTTTGTTTTCTTGTTTTTTTTTAAGCGGCTTTGACATAAAAAATCTTGAGCAACAATTCGAAATTCAGAAAAAAACCTTTGATAATTGAGCAAGGGATTTGTTGAGGTCAGTGGACAAGAACAGTGGCAGCCTGACCAGCACCAGCTGACCTGGCTCTCTTGTTAAGAGATCGGCTGGTGATCAAGGCGATGACTAACTTCTTGAACCCATTTTTGCTCTCCACTCCCTGATATGATTTAATAAAAAAAATTGTTAATGAATAGATGTGCACCCTGATATTTAAAGTAGAAATGGCTGATCATTTTTTTACATAAAAGTTAGATTTGTGATTTTTTAAAATGTTTTTTATGAGCTTACTCTTTAAGATAAATAATAAAAATAATTGAATCTCTCTTTGTAACTGCACATTGCAGCCTGCCAGTAAGAGAAACTGGCTGAGAAAATTAGCTCGTCTCTTAAACTTTGTTAGTCTATCACAAGTTGCTTAGTTACAAATGTGAATGGGTTCTTAGGAACAACTTTTTTTTTTTTTAGTATACTCAATGTTATCATTCACTTAAAGAAAGGAGAGTATAATCACAGTGTAGCCAGTGTACTGCTTGGAAGATTTTGCTGGGATATATAAACTGAGGGAGAAAAATGCCAAGGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAAATTGTTTAGATCTCTTTGGCGCTTGCTTCATCCACCAGGTGTGTATGAATGTGTGCCTGCTTTCCAGCTCCCTGACCCCACATCCCCTCCTTGGATTGCTAAACATACTGTGGGGCTGGTCTGACACAGCCAGGCCTGGGGGACCTGAACTGCACAGCAGTCACATTACCATACCACCCCCAGCCTGCCATCTGTACCTTTGTTTTGAGGGTGGGGTGAGTGAGAGACAGTGTTTCCCCGTCCAGGGTTTCTCTGTGGAGCCCTGGCTGTCCTCGAACTCAGAAATCCGCCTACCTCTGCCTCCCAAGGGCTGGGATTAAAGGAGTGCGCCACCATATGTACTTTTTAATGACTGTTAAAACTAACTGAGTTCTGTGGCAGATGATTTCCATTCAAATCCTCCTACCGGTTATTTAGCATAATCTAACTCTCCTGTGGCTCTCCTGGCTGAGGCACTTCAGATGGAGAACTCCGCGGGGCAGGAGGTTAATCCTCCTCCTTGGCAAGGAACTGGTCATCCCCATTCATTTTACTATTGCACAGAGAAGTTTAGTAACTTACTTAAGGCCACATAGGCGATGGTTTTGACGGAGCAGCTTGCACTCCCAAACCTACACTCTTAACCGCCCTCACAAAGGCAGCCCTAGCCCTGCCTTTGACAGTTCTGCATCTCTGACGTTGTGTTTTGCTTCTGACTCCCACCACCACGAACCCAATGAATATTTACCATTGTCCCTGCTTACATTTCACTTGCAGGACTCCGATTTTAAAAACAGTCGAAAATTCAAGGCTCAAATGGAAGAAAGCTGACGCAGCCCAGTGCAGCGTCCGCAGTGTGAATAAACGTCCGTGCTTACCTGGAAGATCACACGAACTGCTAATCTGAGAGTATGCTAGAGACGCTGGGTGGGTCACAGTCCCCCAGAAGGCTCTGGGCCACTTGCTAAGTCCCAGCAGCTGAGCTGACCTAAGCTGTGTGCACCACGGGTCCAGCTGGAGCAGGGGTGGCTCGTGACTGTCCGCTCCAGGAGTTAATTCCATAGAGACTGCTCGTGAAACGGGAGAAGTCTATGGCCCCGTTGCCTCGCTCCCACTCAGAGAGCATATTTTGAGAAGTCTAATTATACGGTGGGGTTTGTACAGGATGAAAGAAAGGGGTTTAGATAAGCCTTTTCTAAAGGCAAATTGGCAACAGCTGTTAGAGAGGGCTGGGCAGCGCTGCGAGCCGGGAGTGCCCCCTGGAGGTAGACTCGAGTAACTGCAGCCAGCACTTTCCTTAGACACAACCTACAGCCCACCGTTATGTGACCTGGGTTAAGTACTTGACCCTCGGTGGCCTCAACAACAAATGAAGACCTATAATTCCCACCTGGTAGGTTTGCTGTAACGATTATGCACAAATGTAGCCAAAGGGTTGCTTACACCCCAAACCTCCAGCAAAGCCTCCAAGGGTCAGATGATGTCATTCAATGATCTAAGAGACTGGAAAGGGCTTCTCTGAGAACCAGGCAAAATAGATAAGGGAGGGGGACGGGAAATGGGGAGGTTGACAATTGCTCTGCCAACTGTGTCGACTCTGATTCTGGAATTGCCAGCTTTCACCTCAGCGTCTCTCTAGAGCCTCATGATACAGAACGAGGGTAACCTAGAAGTAAAATACCCCAACCAGAGAACAGAGATGTTCCAGGAGAAGTCGGCCTCTTGCCAAACTCCGAAGCCACAGCCCTGCTTGGATGATTGAGCCACAAAAGGGGCTCCTTCTGCAGTAGCCAGAGGGGAGGCTCCAGGGCTGAGGGGACTCAGGCCCAGCCTATCCAAGGGTACCCTGCTTCATGGAGGGATACACTGAGTCAGCTGGAGGTTTGGATGCTGGTTGGCTGATCACACTGAATTGCCTTGCTTTTTCTCCATCCCTGACCACCCATATGTGCCTACATATGTGTATGTGTACTGCACACATGCCTGGTGCCCTTGGAGATCAGAAGAAGGCATCAGACCCCTAGACTTGAAACTAGAGATGGTTGTGAGCCACCAGGTAAGTGCTAGAAACTGGACCCAGGTCCTCTGGGGGCAGTGGACAGCAAGTGTTCTTACCCGCTGAGCTGTCGCTCCAGCCCCTTCAATATGAACTTTTAAAACCACTCTCTGCCCTGCCGAGGCTCCTCAGTGCTTCCCATGTAACCCTGAGCTACTGAGACCAACCTGGTATTTGTCTTTGCTCCTGGACTGAACGTCTAGCCCTGGGGGGGCGGGGGGGGGCAGAAAGAGTCTCTCAAGCAGAATTGCCACCCTAGGTTGCCCAGATTTCCCAGCACGACTGGAATGGGGACAGTTATTCAAACTCATCAGGGTTGTTGGGAGGACCAGAGGAGACTGTTGATGTAAACACATTTGTGGGCGATGAGGTGAGATTCTGCATAAACACAGGGCTTCCAGCAGCATGTCTGATGAAAGCAATATATCACTCTCTCCGCGGATGCCAGCCAACCAGCCCCAAACCCTGCGGTCTTACGGCAAGGACAGCTTGGCAACCCAAGTCAGGAAGGGGCCATGAAGACCTTTAAGCCCTATGGCATCTGTGCCTTTCTGGCACCCCAAAGCTCAGGGCGGAGGTGGAGCCACCCAGGAATTTATTATCCTTCCATAACATTAAGCTCCCCAAATCCCCATGACGCCCAGGAATGATGTGACTGCAGGGTGTGTGGGCACACTGGCACCAAGGGCCCCTCCAATAAATCAAGGTCTCAGTTTTGCTGGCTGCTCAATGCTTTTTCCAAGGTGACCTGGGTGGCCATTCATGTAGCAGTGGTGTCTGTCTTTGACATGGTGGCTAAAAATGGCTAAGGGGGCCAGTTCTCTAGAAATACTGCCTGTTGACACCCTGGAGGAGTTACAAAGAAAATGACAGCCTTCCTACAACCTTGGCCGATTTGGGTGGCCCTGATGGTGGTCCCTTGGGTAGTCTAGAAGAACCTACCCAGTGCTGAGCCAGGGCCCCTGAGAAGCCAAGGCCACCTTACCATCTGTTGCGCAAGACAACCACACCAGTCATAGAATCTTAACTCAGCTGCCACAACCCCTAGTGATTCAGGCAAGGACGCTATAAGTCAAAAAGTGGCGAAGGACTTGTCAATGGTCACATGGCCTTGAGGGGGCGATCAAGGTAACCCCCAGGGGTTCAGGCCTCTCCACACCCCCTTTAATGAGGCTACCTGGCAGAGAAGCCAGATTCAGGGTGAGTTCCCAGAAACTTGGCCCCATCTAGCCATTCCTCCTGTCATGGTAATTTCTCCAGTGTCTTCTAAAAGAGCCAGCGTGAGGAAACCCAAGACTATAAACAGTGCCCTCCTCTGCCAAAGGTGAGCGGAAAGAAATCAAATCCTTCCTCTGGTAACAAGGACCAGCAAAGTCACTGGGTGCCCCAAGAGACCAAGTGACTTGGGATACCAAGATCACGCCTGCCCAAGGTGGTCAAATCCCCAGTCAGAGGGTGGGGGGCTCTGAGAGAACCCATAAAAGGTGTCAGAAAGGCTGGACAGTGGTGGCGCATGCCTTTAATCCCAGCACTTGGAAGGCAAAGGCAGGCGGATTTCTGAGTTCAAGTCCAGTCTGGTCTACAAAGTGAGTTCCAGGACAGTCAGGGCTACACAGAGAAACCCTGTCTAGAAGTGCCAGAAAAAAAAAGCAGCTCAGGTGACTAAGGAAACTGACGAAATCTGAGGACACAGGTCGGTTAGTAGAAGGCTTGTTCAGCACACACAGGCATGGTGGCACACAGCTGTAATCCCAGCTCTCTGCAGTTCTTTACCTGTAGGAAGATCTGAAGTTGGGGACAGTGGACAGCCTGTGGGTCC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GF4 -1 -1 1 CACACTAACACACTTCAGATACAAGCTTGC
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GR3 -1 -1 1 GCAAGGTCGACACTACTGTACGGTC
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Comments:
Created
Target: mus_musculus_core_59_37l ENSMUSG00000009863 -- 140527052 -- 140527137 ENSMUSE00000183546 -- ENSMUSE00000183546
creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
running aos on us and ds
running aos on gaps
finished running aos
AOS Produced 8 oligo candidates from u/d regions
AOS Produced 14 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
Aligned target to NCBIM37 assembly: chr: 4, start 140527052: end 140527137
Found 7 RP24 black6 bacs on NCBIM36
Found enough RP24 bacs: not looking for RP23
Entered all non-repetitive oligos
Sequence count unchanged by blasting
finished aligning oligos to bac
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DESIGN COMPLETE
U-type: U1
D-type: D1
Creating display features: mapping to reference assembly
Created display features
Inserted short and long range genomic sequence arms

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