High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by avanbrun@wustl.edu
Valid After Annotation
not done
Comment Type Comment Detail Edited User Edited Date
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 357396
Chr: 2
Strand: 1
Status: Ordered
BACs: RP24-341L1 : RP24-317L20 : RP24-290N14 : RP24-299E16 : RP24-460H10 : RP24-460G12 : RP24-240I23 : RP24-94G5 : RP24-423F16 : RP24-392I21 :
Instance: Plate 233: Well F08: BACs RP24-290N14 RP24-317L20 RP24-341L1 RP24-299E16
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 150749825 150749874 50 TTTAAAAGCATCAGGAAGTAATTGGTTTTGAGACAACATTGCTGAGTAGG
U5 150755584 150755633 50 AGAAGCTTGTTCAAGGCCCATCTAAGAATATCATCTTATAATTATGAGCA
U3 150755697 150755746 50 TCCTCAATAAAGTTAGGGTGTGAGTTGTCTGCTCTGTGCAGTGCTGGAAT
D5 150756184 150756233 50 ATCTGAGCTGGATCCGTTGACCATCCCCTGAGAGAAAAATATCTTCCTTG
D3 150756280 150756329 50 AGTGTGGTGTATGTCATGAGGCCCTCCCCTAATCCGTATGCATTTCAGAA
G3 150759777 150759826 50 AGTTAAAGATGGAGTACCTGGAGTGGCATGTTTCTTAGCTATCTATCCTA
Oligos:
Type Start End Length Seq
15_E_15 150566320 150597065 30746 AGGTAAGGATGACCAGGCATGGATCCAGGATAGCCATATACCACCTCTTAAGTCACGAAAGGTTGATGGTGACTCAGGTGTGAACTTGTGTGAAAACCATTAAGCCACTTAAGATCTGAGCACTTGGCCACCTGTGGAGTATGGCTCAGTTTCAAAAGAGCTCTCAAATTTTAAGGAGTTTTCTCCAGGGTATGCTAGCAAATGAAAAATGCACGTAAGGGATGCGTGTGGAATGCAAGTCTTGACAGGCGACAGGGGTCCTGCTCCATAAAGAAAAGAGACAAACTATCTTTGCCTGTACCTGGAACCTCACTGCAAGACAATGGGAGAAATGGCTTAGAGCGAGGACCTGTCACAGGCACTGAGGTGGAGAGTGTGCAGATGCGGAACAGATTTGTTCCGGTTTTGTTTTTTGTTTTTTTTTTTTCCCAAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTTGAACTCAGAAATCCGCCTGCCTCTGCCTCCCGAGTGCTGGGATTAAAGGCGTGCGCCACCACGCCCGGCGGTTCATTTTTTTAAAGTCAGGAGAAATACAAACATGGAAAAAGTGAGAGAGCCTCCATGAGTCCTTTGATACTACGGGATTCCTGTTCACATACGTTTAAATCGCAAGACACTAATAGCTTACAGGGCTGAGGCTGGTGTAATCACATGATCTGGGGGGAAATAATTAGGAAATCTGGCCAGGGAACAACTTGGTATTTTATTTTGTTTTATATTTTCATTTTTATGGGCAATTTAATATATATATATATATCCTAGCAGTATATATTTTCTCCATAAAGTAAATACTTATGAGTCCCCAGTTCAGACCTCAGAACTCATTTTATAATTGATTTTTAACTCAGCCAATTCCCTACTCATTTACTTATATGAATATATGCATACATATGTATTTGTGGCATGCTGCTGCTGGCTCTATCCTTTGTGTAGTCTTATACTGACACCTAATGCTTGCTAAGGAAATGACGTCAGTCGGGCCTGGTGGCACAGACCCGAGTTCACAGTGGTAGGAGGCTGAAGGTTAAGTTCAAGCACTCCAGGCCACACAACATGCTCCAGACAGGCCTGAGCAATGTACCAAGACCCTCTCGAAAAGAAAAGAAAGAGCAAGGAGGAGAGAAATGACAGTAACAAGCCAGACACACAGAAAACACCTCTGAGGAACAGATTTAAACTGTTAGTAGCAGTCATCTCCAGAAAGAGGGGACTGGGGAAATTGTGGGGTCATATTGTGTGTCTTTCAGTGTTCGAGCCAAACCATGTGTTGCTAATCAGAAAAGAATGGTAAAATTTAAAAAATAAGTCTGTGATTATTAGATTTTGTGAGTAGGTTGGAAAAAGAGCAATCCTTTCTCCATCCTGTGATCCAAGTACTTAACAAGGACAAAAAAACAAACAAACACATGGAGCTGCAGAGATGTCTCAAGGGTTAAGAGCACTGGCTACTCTTCCATGGGACCTGGGTACTGTTCCCAGCACCCACATGGCAGCAGTAACTTCAGGTCCAGAGAGTATAGCACCCTCTTCTGGCCTCCAAGATACTATAAGCATGGTACACAAGGGCACCTTTGATCTCAGCACTCCAGTGGCAAAGGCAAGTGGATCTCTGTGAGTTTGAGGTCAGCCTGGTTCACAACGAAAGTTCCAGGACAACCAGAGCTACATAGTGAGATCCTGTTTCAAAAATACCCAAAATTCCTTCTGGTCTGCACCTGCACCAGAGGCTGATCCCAAGCATCGAGCTCAGTGCCCCACCCTAAAGCTCTGCCTGTCTCTCCAGAGGCCAGCTCTAACCCAGGCACACACAAGTGGAACAAACCCAGCCCCCTGCTCCAATTGCCCCCACCTGCAGGGACCCCAGCAAGCCTAGCACCTGTGGCCTCTGCCCCACCCAGTCAGAGCTCCATCTTCCTTCTCATCCTTGCCCACACCAGCAGCAGTTGCAGAGTCCCCACCCAACAGTTGTGCCTGCTTCTCAAGAGACCTGCTTCATCTCAAAACACTCAGGTCAATAGAAAGCCAGAGACAACTAGATGGTGAAAGGTAAGCACAGGAACGTAATAAATAGAAGCCAATACAATATGGCAACATCGTAACTCAGTTCTCCTACTACAGCAAGCCCTGGATAGCATAACTCAGACACACACAAACTCAGTCAGATACACATACACTAACTAGGAAAATATAAAGCTTTAAATGCATTTATTAGAAGGCAGGCTGTAAGTTAATGGAAAACATTTAGCTAAAGTTAGAAAAACAAAAATGGACAAAAAGAAAGTATAAAAATTAGAACAAAAGAAAATTAAACTTATACTATAAAATGAAACATTATGGAGAAGCTCAACAGTGCCAAAAGTCAGTTTTTGCTGAAAGGGAGAAAACGAAATGTCCAAAGTTCTGAAACAAGAGAAGAGAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAATAAATAGATAGGTAGATAGATAATGTTTTGAGGAAAATGGAAGCTCCAACTAGAAGAAAATCTGTGCATAATGTTATTCCAATAAAGATAGAAACAGTGAAGTGGGAAATTTTCGTTAAAGAGACTAAAATATCTTGGAAGCAAAATAGAAAACTTAACCTTAAAAATGGAATCAGAAATTCCAAATATCCCCCAAAATAGGCATAGTTTATCAACTATTCAAGACACAGAAAATTCAATCCTTGAATACTTAAAAGATTTTTAAAATACCATCTTGACTAACTAAATCCAGCGGATGCATTCAAATATGCCTTGTACTGGGAATGTAAAATGGCTCAGTGTTAGAACTTAATTCACCACATTAATAATACAATTAAATTATTGGGGGCTGTGCTGGGCAGATGATTTCAAGGTTAGGAGCATGTCTTCCACAGGACTCAGGTACTGTTCTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTTTCAAGACAGGGTTTCTCTATATAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACCTTGTAGACCAGGCTGACCTCAAACTCAGAAATCTGCCTGCCTCCGCCTCCGCCTCGGCTCTCAGATTCTGTTCTTAGCACCCATGTGATGTCTTACAATTGTCCATAGCTCCAGTAGCAGGGCCTCCAGCACCCTCTTCTGGCCTTTTGAACATAAGGTACACACACAGTGTACTTCTTACATACACACAGGTAAATACTCATACACATAAAATAAAACAAATAAATGTTTTTAAAGCCTTATGTTTCGGTACACCTTTAATCTCAGCACTCTGGAAGCATAAGTAGGCAGATCCCTGAGTTTGAGACCATCCTGCTTTTCAATGTCCGTTCCATGCCAACCAAGACTATATAGTAAGACCTCGCTCAAAAAGGGGGGGGGCGTGGCTGGAGAGATGACTGAGCAGTTAAGAGCACTGACTGCTCTTCCGGAGGTCCTGAGTTCAATTCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCTGTAATGAGATAGGATGCCCTCTTCTGGAATGTCTGAAGACAGCTACAGTGTACTTACATATAATTAATACATACATACATACATACATACATCTTTTAAAAAGAAAGAAATAAAACAAAAAAATTTAAAAAAAAAAAGAATGCTCCTGAACTAAAAAGAGAGGAGACTTTTCTAACTCTGACAATGGGTGGCATCACACTTACGGGTAAAATGTTAGCATCTTCCTGGGGAGGAGACAGCAGTGAATCAACAGGGCAATTCCACCAATCTCTGCTCACCAAGGTATTTAATAAAGTGCTCAGGTGTCACAGCGTTTTTTACAGCTGTACTTCTTGTCTCAGCCAGGTTGTCACTGCACTGCAGGGTGCCCTCTGGAGAACCATGCCTCAGGAAGCCCACAGAACCCACAGAAGGGCTAGAGTGACAGGTAAGAATAATAGCCAGCGTCATGAGAGCAAGGGCTAAGCACTTGTTTCTTCTACCTAGGCTCTGATATGCAAGGCTCACCGTAAAAAGTAGGCCTGAGGTTTTGGAGGAGTTACAAAGAATATATATGGTTGGGAAAGCAATAATTTGAGGAAGGAATCACAGAGGTGGGCTGGGGGCGTGGCTCAGCAGGTAAAGGCACATGCTGCCAAGTCTGACGAGCTGAGTTCAATCCCCCAGACCACACATAGTGTGCCATGGCATATGTGCATACATGTCCAGACAAATAGCTATAAGAAACAATGATCTTTTCACAATAAGACTATATAATGATAAAGAATAAATGTGAGAAACAATGAGCACTTCCAAATAAGAGCACTGGAAACTCAGAGTAGTGAAATTGAGGTATGTTACTTTATGACCTTGGAAAGACCTGTGCCAGCCTAGAATTATAGGCATGTTTACCGGGGCAAAGAGCAATCTTTATATGCCCTAAACCATGACCCTTCCTCCTGCTTGCGCCCAGGACTACTTGCTGCCCCACCCTACCTGCCCTTGGGGGTTGAAGGTGAGATGGTGTGGAGTCAACGACACAGACTAGGGAGCAGGTGAGAAAAAGAGCAGGAAGCTCATCTGAACACGGCAGCAGCTCCTTTAATACCCTCCACCTGCGCCCCATTGGTCCCAAGATGCAGCGCTTCTAAACAACAGTTCCTGATTGGCTGGCATTGTCTGCCAGCAGTCCTTGGTCTCTCAGGCAGTCCTCAATTAGGTCCTCCTGCAGGAGATACTTCGAGTCCCCACCCCCACTCCTGCCGGCATTTACATAGAGGTGGTCCTGCCACTACACACCTGCTACACCTTCCTCCTGGTTTTGAACAGCCAAGAGGGTGCAATCTTAGGCACCATCTGGATCTTATCTTCCCCTCTAATCCCTTACATTTGTCTTTTCTCAACAACCATACATGGGTTTATCTCTATGTTTCACCTCCTGTTTATTTTAAAGTTTATCATCAGATGCATGACCCTGCAAGCAAACTTGGCTATTAGTA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EX32 -1 -1 1 GAGTTATAAGGAAATACAACAGAGACTAGC
GR3 -1 -1 1 CATGTACCGCTTACGCCTGAGTGC
GR4 -1 -1 1 CTATCTGCATGTACCGCTTACGCCTGAGTG
Comments:
Created
Target: mus_musculus_core_59_37l ENSMUSG00000033068 -- 150581779 -- 150581855 ENSMUSE00000287095 -- ENSMUSE00000287095
creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
running aos on us and ds
running aos on gaps
finished running aos
AOS Produced 8 oligo candidates from u/d regions
AOS Produced 14 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
Aligned target to NCBIM37 assembly: chr: 2, start 150581779: end 150581855
Found 10 RP24 black6 bacs on NCBIM36
Found enough RP24 bacs: not looking for RP23
Entered all non-repetitive oligos
Sequence count unchanged by blasting
finished aligning oligos to bac
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DESIGN COMPLETE
U-type: U1
D-type: D1
Creating display features: mapping to reference assembly
Created display features
Inserted short and long range genomic sequence arms

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