High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by rm7
Valid After Annotation
not done
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 295465
Chr: 10
Strand: -1
Status: Ordered
BACs: RP24-133E21 : RP24-133K23 : RP24-73I20 : RP24-79K3 : RP24-343E21 : RP24-149P12 : RP24-328C19 : RP24-260J21 : RP24-358G15 : RP24-308O4 :
Instance: Plate 234: Well A01: BACs RP24-79K3 RP24-133E21 RP24-133K23 RP24-73I20
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
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U5 123168789 123168838 50 ACTTTCTGCTGAGGTTATGTGTGAGATGGTAAAAATACATCCAAATATCA
U3 123168681 123168730 50 GACTATGGAGGAGTTAGAAACTAAACTATGGGAAGGAAATACCAACAATA
D5 123167945 123167994 50 AAAGGCTTTCACTGCAAAAAGTTGCATCTAAAATAAGCATCACTGATGGA
D3 123167864 123167913 50 TGTTATTGACCAAGGAGGCTGGAGAAGAGTTAGAAAGAGCTAGCGTGAGA
G3 123163973 123164022 50 ATTATCATGCAAATACTGAGAAACTGTGGCAAAAATAATTCTGAACTATA
Oligos:
Type Start End Length Seq
15_E_15 122589920 122620894 30975 ATTAAGTCAAGTAGTTTTTGAAAAGTGTTTTATTTCTTGTAAAGTGACTCTTGAAAGAACTATCAGCAATTTAAAGGAAAGCAAATTTTGATTCCCCAGGACTTTTCCCCTAACTTTGGATAAGAGAGATTGTCTTGCCAACCAATTAAACAAAGAGGGTTAAGATTCAGCGCTTACTTTCTGTTGTTGATGTTGTTATAATTATTTGATAGAGATGAAGGAGAGATCTTTGGTAAAGTTGAAAAATTGGATGCACCTGGGGACCTTTAAAAATATGAAAATGTCAAATTAGATAAAAAATGAAAATTTATGAAATTATGAAATAAAGAAAAGAAACAGATGACAATGTTTATAGTAAATGAATACTGGAAAACAGATTTTATGGTCAAACTAATTATAGTATCATTTGGTTTTTAATTTTTAATGTATTTTTCCTTTGAAATATAATGCTATAAAGGGAACTTTTTCAAATGAAATTATAAAACTTGCTGCTACTCTTATAAATCTACTAACTCAACATACCACTTCTCAGGGTAACAGTTCCTAGCACTTTACAGCTAGCATCTGTGCAGGTACAGGGGTGAGGCTATTTACTTCCTTTGTGGGTACCAGGGTACTGTAGATACACACAATGCTGACCCAGCCAAGCCTCAGACAATGTCACTGACTCATAAATCCCGAGGTCACTTGGAAAGAGCAACGGAGAACTCCAAACATAATCCCAAGAAACAGTGTTTGGGCAAAACTGTCTCCAGAAAAACTCAAGAACATCTATCTACTTGATTACATGATACATGATACATGACACTTCATTAATTCAGAAACCTCCTGTGGTGAGGGTGTTAATCTCTAACATGAATGGCCTTCAGATAGGAAGTGTAATTTAAAGACAGAAAAAAATCAATAAATGTATTTCAAACAGATAACTAAAATACATAAAGGTGTCTGAGGACTCAGTTTTCCTTGAGTTCTGTAAACTATTCCTATTTGCTATGTAAATCTAGCTGGTGACTGTCCTAAACAAGGCCCAAAGGAACAGACAGACTCTGAATCTCCTCCACTCGGGTGCCAAATAGGCAGGACAATATAATCTACAAAATTTATATTTAGTCTTTCTACAAACATATATTACATGAAATAAATGGCAGGCAATGAAATTTCTTAAATATAAGAAAAAAATTAAAGTGCAAACATTAAAAAAATACTAGTAAAAATTGCCTTTCTTTGTGAAGAAGATTCTTCTCACTGAAAATCGCCTATTGATGGATTATGTTAGGTGCCTTTCCAACAGGAGACCCTTCACAGAATAATATTTTACTGTGCTAAGCTAAAATAGAATATACTGTCTGCTGAGTTTTAAGAGAAAATACAGTAGAGAAAACATTTTAAAGCTTTAATGCCATTAACATTTTAGCTAGTGCTTTTCCAATATTAATAAACAGAAATCTTTGCCTTTGATAAAGTCTTTTGTTTGTTTGCTTTCTGAGATAGGGTTTCAGTATGTAGCCTTGACCTGGCTGGCCTCGATCTCAGAATCCACCTGTCTGCTGCCCCAAGCCAGGGACTGAGGGTGCATACCACTATACTGGCCACTTGTTAAACATTTTTATGTAGGGAAAAAAATCTAATGGGATTAGAGTATGAGTTGCAGCAATGAATTGAATATATTAATTTTCAAAACTTAGTTCAGTACTATGTTCCAAAATTCCCTTCTATTTTATGGTCTCCATTTGAGTGGAGACATATGTAGACATTTCTTGCCTGTTCAGAGATTTTCCTCTTGATGAGTAGTTGAACGCATAACACTAATCAAATGACTACTGTATGCTTTGTTTTTAGTGCATCTGAGAATATAAGATAGAACCCCTGACCTCAAGCTTGTGATCTAGTAAAATAGATGTAGACCACTAGGTGCTTTAATAACTTCTAATGAGAATTTCTGTAGGTGTACAGGAAGCAACTGGAAAAATGATGCAGGAATTAGGAGTATTCAAAGTAGGAAGAAAACAGCATATGTAAATGTGTGGGATTGTAGACACAATTTTGTTTAGAGAACTAATAGTAAATTGTCCCTGGCTGACATAGGTATATGGTGGTAAGAAGAGGAGGAGCTAAGACAGGGATGATAATAAGGAGCCTTTTACGCCCTATGAAGGGATCAAAATGTCACCTAACTGGTGGACCATTACAAATTTTAATGAGGACCATCAATGTAATCAGATTTGCATTCTAGTCAGATTACTTACGAGGCGGAGAGAGAAACACAGTGGTGAACAGAGTATAGAACAGGAAACCATCAAGGCAGCAGAGGGGACTCAATAAAGGGTGGGGTTAACAAAGTGGAGCACGCAAGGACAACACGCTTGTGTCTCAGAGGGAGTTCTCAGAGCAGTGTGCATGAAGACCCAACATACTGGTGTGGCATATGACGTGAGACAACAGAATGTTATTTGATAGCTTTTTCTGGATTGATATTCAAAGTCAATGTTGATCAAACTCCTGGCACATGGGAAGAGTTAGAACACACCACCATACTGCAGTCTTTACACTCTGAACCTTGTTCCTAACACTTCACAACAGACATTGTGGCACGCATGAGAAAAGATCTGGAAGATGGGAGTGGGTGTGACAAAGATTGGGACAATCCTGAGTGGGAAAGGGATGAGATTCAATGAAGAAATAGTTCGACTGGTACTATGAAAAGAGAGATGACTCGGGGCCATGGGTACAGACTGAAGGCTTGGGAGATTTGATCTTGGAAACCTGTGGAAATATGTCAGTATGTTAAAAAGAAAAAACACAGTTTGACAAGTTTATCTTCCTTGACCCCATTAAAAATACCAAAAAAGCACTTGAAAATGACCTTTACTGGGGTGTAGGTATTTGGATATGTGTGCACCCAAGTGCAGGTCCCTGAAGTAGCAGAAGCCAGAGCTATTGATCCCTTGGAAATGGATTCTAATCAACTGAGGGTTGCCTGAAGCGGGTGCTGGGACGGACTCTAACTCAGGCCCTCTGGAAGAACAGTATGTACTACTGAGCCTTCTCTCCGCCCACAGCACTTCCTTTAAATACTGTCTGACAAACTGGAAGCATAAAGCATAAAGCAGATGTGCTGCATGCTGAGGCTGCACAGCGGGTGTGAACCCAAGTGTGAACTAGTTAGTAGGCCTCACCCATTCTACTTCTGCATCAATGACTGCCTGTGGTTCCTCAGACAAGTGTACCTACAGGACATTCTCTCAAAAACAGGCAGAAGCGGCTTAGTACTCCAAAGAAAATAAACGAAAATACTAACTAGTAGTGACAAAGTCTGAACGTTCAAGCAAGATACCTAATAATGCTGACTTCCCAACCATAATGTTGGTAATTTCAAACTTCTCCCATAAAACTAATTTTTTAAAGTGTGAGTTCACAAGAGCATTGTATTATAAAACACCAGTGTTCTGAAGGCTTGTATAAGTTAGTGAATATTTTTCAAATGATCAAAAGCATAGTTAAATATAGATCTTAGTGTCAGATTACGAGTCATTGATTATCCTTCAGATTTCCATATCGCAATGAATCTTGTGTTAAGTCTGTTTTACCTGCAAAGTGCTTCCCTTTCCTACTACCTGTCTGCATGGACTCTGCCAGACAGTGTGTCAGTAACTGCACACAGAACTCTGACAAGTCAGCTGTCTGACACTTATGATACTTAACATTCTCACTGAGAATATTAAGGATGCCTCCCCCAGGGTGGGCACCATGCCCAGTAGCAGATGGCTAACACAAGATGAACGTAATGGTGTTTTTGTAACTCTTTGTCTCATACTGCTGTTTTGACATTTTTTTTGTCTTATTAATCTTTTGTTTGCATATTATGGTTTCCAATATAAGTGTCTTGTGTGGTTCTTACACATTTTTCTTTTGTTTGCTTGTCTACTTGTTTTATAAGGAAAGGAAGGGAGGGCACTGAGTGTATGGGGAGGTGGGGAGGAGGGTCGGGGGATTAGAGGAGGGAAGGTGTAATCAGAATATACTATATGAAAAAAGAATACAAATAAAAAGTTTTGCAAAAGTGTTTTAATGCTACTCTGAGTGTCTTCATTTTAAAATAGTTAACTTTATGAATATGTTCTGATGTTAAAATATAATTGTTCAATATTGATATTCATAAATATTTTACACTTAATTTTAATTACGACAAACTCATAACATTCACATAAAAGAAACTCTTGGGTGGCTAGAAACAATAGGACACAGCAGCAATGCTTAGCACTCACCATTCCCGGGTGGAGTCAGGGAGATGGGCGACTTAGGTAAGCAAAGCTGAGGAATCAGAAGCCTGACGGTGCCCGCCTGGTGCAGGGAGCATAGAGATTTAGGCATGCAAAACAGAGAACAAACTATCTGATTCAAGTAGATGTAGTGTCCTGCATGACAGCAGGAAAACCAGGGATGTTGGTGATGCTGTAAGTCCTACTACTACTGACGGTATCAGCTTGCTTTCCTTCCTTTATAGAAAGGCTCGGCACTGAACCATCTTGTCTCTGAGCGCCTACTATGAATGAAACAAGAACGTCACATAAGTCTGAGGATTACTAAGACGTGCAGAGATACAAGGAGCGCACTGCAGAGACTCGGTGAAGCCAGGAAGGGTCTCAGAGACTCAATGTGAATGATTTCCCCAAAAGAGAAACAGGATTTTATTAAGTCGTGAATGGTAGTTAAGGATAGCTTTGGAAACAGCTACATGTCTAGAAGACAGGCAAGGAGTGATGGTAGACCACCAAAACAAAAGCCCAAAAGGGACTTGGGAGAAACTGATGCCTTGTTTCCTAATGTGGTGGGGTTTTCTGTATTTGTAAGAAAGTGACACTAGAGAAGGAGCAGAGATAAACTAGGGCCTCCTACATGGACAGTGTGACAGGCACTATACGCATAGGCAAGATCAATCAGTAAGAGAAGCAGCAAAGTCTAGGACGCACTGATACAAAACACAGGTAAAGGTTGTCCTT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Created
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creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
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finished running aos
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AOS Produced 14 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
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Found 10 RP24 black6 bacs on NCBIM36
Found enough RP24 bacs: not looking for RP23
Entered all non-repetitive oligos
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DESIGN COMPLETE
U-type: U1
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Creating display features: mapping to reference assembly
Created display features
Inserted short and long range genomic sequence arms

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