High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by ms10
Valid After Annotation
yes
Comment Type Comment Detail Edited User Edited Date
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 288169
Chr: 4
Strand: 1
Status: Ordered
BACs: RP24-365F15 : RP24-111L6 : RP24-440M23 : RP24-228H21 : RP24-157A7 : RP24-239F3 : RP24-77O2 : RP24-227C19 : RP24-391E9 : RP24-93N16 : RP24-447D3 :
Instance: Plate 225: Well G05: BACs RP24-391E9 RP24-111L6 RP24-93N16 RP24-365F15
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 149625222 149625271 50 TTCTTTATGGAGATGTATGGTAAAGCCACTTAAAAGGAGGGGAATTTGTG
U5 149628893 149628942 50 AATTCATCTCCCTTCACATCTTGCCCCCACACTGAAAGAAAATCCTGCCT
U3 149628945 149628994 50 TTAGTTACACCGGTTTTCTGAGTCAGCCGCCTGGGCTCTTAGGGCTCGGA
D5 149629621 149629670 50 GTCCACTTAGCTCCAGTCCCTCGGGTTTGACTTAACTCGCTGGTCTGAAG
D3 149629697 149629746 50 CCTCTCCGTCTCCAAGCCAAGTCCAGTAAAGTCCTCATTTAATGTCTGTC
G3 149632600 149632649 50 TCAATCCCAGCTCGAGAAGGGAGGACAAAAAGTTTACCCTGACGGTATGT
Oligos:
Type Start End Length Seq
15_E_15 148988002 149018855 30854 CTCTTTGCTCTCTTTGATTTATGTGCCTCTGGCTTTGCTTTCCTGTGTGCATGTGCACTTGTGTGGAAGCCAGACGACACATGTTCATCTTCAAAGGCAGCAGGACGCTGAAGCAGTGATCTGCATCTTACTGTTGCTTCCCTTTTTCTCCCACCAGTTAACAAGCACAAGCCATGGCTCGAGCCCACCTACCATGGGATAGTCACCGAGAACGATAACACGGTGCTGCTCGACCCTCCCCTCATCGCCCTGGATAAAGATTCACCGCTCCGCTTTGCAGGTATGCAGGCCAGCTGTTCACTATCTGCAAATCTGGCCTGGAAAGAAAGCAACTTAAGTCTGGCTGGGTGACTGGACCTCTCAGGAAGTGTTCTGGTAGCCGAGAGCTTTTATGGCTCCAGGCACATGTTCTTCTTGTAATACTCGAGGTAGCTGACAGTGAGCTGTGTTGCTGGTCAAAGGGAGAATTGCTTAGCCTAATTGCATCATTATGTGCTGTGCCTTGTGCAGATAGGCAGATACTGTCTAGACACACACAGCAGAGATGGAGCACACATGGACTAAGTGACCACTGTTCAGGACACAGTTAGTGTGATGGGCTTGGGAACCAGTGTTCTGCCTGTTCTGTCTGGGTGTTCAAATGCCTGTTTCACGTCACTCCAGCAACTCTTAGTTCCTTACATTCACCTGCACAGACTTCAGAAACATTGAGCAGTCTTTGTGGGGGAATAAGTTTTGGCCTAGATTTCCTTTTTTTTTTTTCAATCTTTAACTTTTATTTAGCTAAATCTTTTTCTATAGTTTTATTTTGCATATGTGCACCGTGTGAATGTCTGATGTCCACAGAGGTCAGAAGAGAGCATCATATCCCTTGGAGCCAGAGCTGTGTGGATACTGGGAGTCGAACCCAGGTCCTTTGCAAAGGCAGCCAGTGCTCTTAAACATTGAGCTGTCTCTCCAGTCTCTCATTTTGTGGTTTAAAATCATGTATGGTGTTGCGTTATTTAAGAAGTATACATTGCATGCTGAGCACATTGTCAACTTGTATTTATTTTTATAGGCATGTACTACCATGCCCAATTTAATGAATTTAATTTTTATTTTCCTTTTTGTGTGTATGGGTGTTTTGCCTGCATGTGCTTGTGCACCATGTGCATGCAGTACCCACAGAGACCAGAAGAGGGCACAAGATTCCCTGGAACTGAGTTAATAGTTATGCATGACCTTGTGGGTGCTGGGAACCAAAGCCCGGTCCTCTGGGAAATCAGCCGGGGCTCTAACCACTGAGTCATATCCTCAGATCTTTCTTTGTTAGAGAAAGTTTTGCTATGTTAATGCTAGCTGGCATCAAAATTCTCATTCTCTTGCCTCAGCCTTCTTAATAAAGTTATTAAATGTTTGATATGAGTTATTTTATAAGATTGCACCCTGTGCCTTTGCAGAGAAAAACCCTTTAGGACAGTGTCATAGATTTTGATCATATGGTGATTTTCCTACATCGCTGACATTTAGTGGTGTTTGCCAGGCAGATCTGCCCTGACTGCTGGAGGGCTCTGCTTTCTCAGTCCCAGAGTGAGAGCAAACACTGGGATAACACACACACATGCATGTGGCTGTGTCCAGGTTTTAAATTTTTCTTTCTTTTTTCTTTTTTTCTAGTTTTTTAAAGTTTATGAATGTGTTTTACCTGTACGTGTGCAGGTTTGTTAGGAGGTCAGAAAAGGCCATCATATCTCCTGTTGTGAAGTCATGTGAGTGCAGAGAGTTGACCCAGGTTCTCTGCAGGAGAAACAGATGCTCTTAACCCGTGGATCATCCCTCCAGCCTGGGTCCAGCCTTTAATGTAGGTTCTGAGAATCCAAACCTCGGGCAGTCAGGCTTTGTCAGGTTCTTTACCAATGGAACCATTCCCCAGCCCAAAACAACTTTTTATTTTTGAGATAGGATTTAGTTTGACTCAGTTTTTTTTTTCTTTTTTCTTTTTTTTTTCTTTAGCTGTCCTCAGATACTCCAGAAGAGAGCATCAGATTTTGTTACAGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGATTTGAACTCGGGACCTTCGGAAGAGCAGACGGCGCTCTTAAACACTGAGCCATCTCGCCAGCCCCTTGACTCAGTTTTTTAAAGATTTATTTATTTTATGTATGTGTGTACACTGTCGCTCTCTTCAGACACACGATAAGAGGATGTCAGATCCCATTACAGATGGTTGTGAGCCACCATGTAGATGCTGAGAATTGAACTCAGAACCTCTGAAAGAACAGTCAGTGCTCCCACACTCTGAGCCATCTCTCCAGCTCAACTCAGTTTTTATAAAGATTTATTTCAGCCGGGTGTGGTGGCGCACGCCTTTAATCCCAGCACTCGGGAGGCAGAGGCTGGCGGATTTCTGAGTTTGAGGCCAGCCTGGTCTACAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTATACAGAGAAACCCCGTCTCGAAAAAACAACAACAACAACAACAAAGATTTATTTCTATTACCTTTGTTACACATGCACAGACACATACACGTGTGTATGCATACACACACACATGCTGCACATACTATACATATACACAGAAACATACATGCACACCACACCACTAATACACATGCAAACATACACTGTACACACTGCACATACACATGTAAATGCATACACACATATCACACACATACGAACATGCCACACATGGACACATGGACACACACAAGCATACGCACATGCACAAGTGCAGGTAGCTGCAGAGGCCAGGAGAGGGCCTTGTTCTTTGAAGCTAGCTCTAAGTGTCCAGTCTTTTTTATTTTGTAAGTATTTATCATTGCTCCTCCTGTGTGACATTTAGAGCTACATCACAGTTTTAGTGAGGTTGCCGAGGATATGTTGCCAGTGGGTTTATATACATTCCTGCATTTTAAGAAGTGATTTAGAGGCTTGGGGAGGCAGCTCAGTAATTAAAAACACTCTGCTGCCCTTGTGGAGGACCAGGGTTCAACTCCCAGGACTCACATGGTGGATCAGAACTGAAACTCCAATTCCAGGAAGTACAATGCCCTCTTCTGACCTCTGTGGGCACCAGGCATGCATACGGTGGGACACAGACATACATGTAGGCGAAACACCCTTATACCTAAAAATAAAATGTTTTGAATAAAATAAGAATAAATATTTAAAAGGAGAGTAGTAACTCAGGCTGGGAATGTACTAGCCTGGCACCACAAACCTTGCATTCGGAGCTCAGACCCATGTCACATGTTGAGGAAGTACAAACTTTTAGTCCCCTCAGCATTTGTGAGGTGGAAGCAGAGGGATTAAACAGTCAGGCTCATCCTCTGTGACAGAGTCAGTTTGAGGAAGATCAGACTGAGCTACTTGAGACCCTTTCTTAAAACACAAGGAGGCAAAGAATGACTGTGGTCCAGGATTCTGGGGTCACTGCCCCCAGCTTTGATTTACAAAGCACCAGCTGTGTACAGTATGCGGCGCTCAGAACCCACCTCACAGCGAATAATGCATTTGCTCCTGAGCATCAAGAAGAAAGGCCAGGCACTTTTCCAAATGCTTTATAAATAAAAATTTGTATTTAATTCTCCATCACTTGAAGCAAGGATGCATTTTGCCAGCCACATTTTAAAGAGAGGAACTAGGATCTGAAGAGATGGCTTGGTGGTTAAGAACACTGGCTGCTCTTCAGGGGACAAAAGTTTGTTCTCAGGTACCCACATAGTGGCTCATGACCACCAACTATTACTGCAGTTCCTAGGGAACTGATGCTCTCTTTCAGCCTCTATGAGTCCCAGGCACTCATATGGTACACTGACTTATATGCAAAGAAACATCACACATAAATAAAAATGAAGTATTTTTGTTTTGTTTTTGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCTCTGCCTGTCCTGGAACTCACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTTGAACTCAGAGATTCACCTGCCACCTGAGCACTGGGATTAAAGGCTTGAACCACCAAGGTCAGCTTTACCCCTCAGTTTCATCATCTGTAAACAGAAGAATTCCAATGCCCTTCCTAAGGCTTGGGCATATTTGTTTGTCTATATGAGTTGAAGAGCTTAAATTCACTCTTGAAGACTGGGGATGTTGCTCAGTGGTAGAGCACCTGTCTGCCGTGCATAAGGCTGTGGGTTGCAAGCTACACCCCAAGCCCCACCCTCAGCAATAATAATTAAAATAAACACAAAATAAAAACATCATCTGAAGGAGTAAAACAGTGATTGGTTCAGAGTCTTGTATGGAATGTCTGCTGTTTCCATATAAACAGTGAAATCATATGTAGCATGTTTAAAAATATGTTTTCATGACCCAGCAAGATGGTGTGGTGGGTAAAGGCACCTACTCCCCAGCATGATCCCTGATCCCAGGAGGAAGGAAAAAATGGCCTCCTGTAAGCTGTGTTTCCCCTCCCCAAATAGATTTTTTAAAATTCAGTTTAGTTTAGTTTTGTTTTGCTTTTGTTTTTTCAAGACAGAGTCTTACTACTTAGCCCTGGCTGTCCTAGAACTCTAGAGACCAGGCTGGCCTGGAACTCAGAAATCCACCTGCCTCTGCATCCTGTGCTGGCATTAAAGACATGAGCCACTACACCCAACAATAAATGTAATGTTTAAAAATGTTAATGTATGGCCTTAAATTTAATATTCTGTGGGAAATATGTGTCTATTTACGTAAGTTGTTATTCAATTCCCTCACACTTCAGATTATTTTTGTGTTGAGCAAGGCTTATTCTGGAAACTTATTCTGAGGTTGTTTTTGCAATGGTACTGAGTCTGCTGTGGTGACAAGATTGGAGATGTCTTGTGAGGTGGCAGTAGCTCACTCTCAGTGAACTGTCAGTGTCCCAACTTGTCCTGGGCTCTTTATGGCCACCTGTCCTTGGCTTCTAGTCTCACCATAGTATCCCAGGTGGGGAAACTAGTTCAGAG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Comments:
Created
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creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
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running aos on gaps
finished running aos
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AOS Produced 14 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
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Found 11 RP24 black6 bacs on NCBIM36
Found enough RP24 bacs: not looking for RP23
Entered all non-repetitive oligos
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finished aligning oligos to bac
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DESIGN COMPLETE
U-type: U1
D-type: D1
Creating display features: mapping to reference assembly
Created display features
Inserted short and long range genomic sequence arms

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