High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by am9
Valid After Annotation
yes
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 269934
Chr: 4
Strand: 1
Status: Ordered
BACs: RP24-391E9 : RP24-93N16 : RP24-365F15 : RP24-111L6 : RP24-440M23 : RP24-228H21 : RP24-157A7 : RP24-239F3 : RP24-77O2 : RP24-227C19 : RP24-447D3 :
Instance: Plate 206: Well A09: BACs RP24-391E9 RP24-111L6 RP24-93N16 RP24-365F15
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 149620423 149620472 50 GTTTATAAGTCCCTGTGCAAAAGGATTCTCTAGTCTGTGCTGATGGAAGA
U5 149625740 149625789 50 CTTATTAATAGTCATAAAAGGGAAAGTCCTAATGACAGGGGTGGGGGGAT
U3 149625816 149625865 50 TGTATTGGGTTATTGGGAAGGGAAACCTTAACAGCTTTGAATGTCTCATC
D5 149627522 149627571 50 AAGAGTTCTGTGGGGAATCAGTTGGGTCGGTCGCAAAGGGCGGCCTCCAG
D3 149627693 149627742 50 AATAGTGGCTCGTGCCTGTTCTTGGAGGAGGGTGGAGGCAGGAATGGACA
G3 149631691 149631740 50 AAAGATGGTTCTCATCGTTGCTTCCCTTTTCTGCCAGGTTATATTAAGAA
Oligos:
Type Start End Length Seq
D5_D3 149001681 149001801 121 CCTGCATGTTCCCTTTTGTGTCCAGCTTCTGGAAAGAACCTGTTGGAAACAGGTTTTGAAAAGAGAATGAATGGTTTATCCCACTGAGTGTTCTTGGTAAAGAAACTAAAGTCCCACTGGG
15_E_15 148984849 149016851 32003 GTTTGGATCTCTCCAGCCCCCCTTCTGTCAGCTTTCTGTTGCTGTGGAAAGTGTGTGAGAAAATCACCCTAAATAAGGAAAGGTGCGCTGGCATATAAGTTCAGAGTTGCGGTCCTCAGTCCATTGGCTCTTGTTTCTGGGCTTTGCAGAGTGTATCACTGCCTGGGGCGTGTCCTGGAGGCCACTGACCTTCTAGGGCTGTGGTTTTCAACCTTCCTAATGCTGTCACCCTTTAATACAGTTCCTCATGGTGTGGTGACTTACAGCCATAAAACTTTAGTTGCTACCTCATAACTGTAATTTTGCTGTTATGAACCATACTGTAAATAACTGATACATCAGCAGGATATCTGAAGTGACCCCTCACACACAAGGGTTGGGAAGCGGAGAGGAAACAGTGAGAAGGACACAGAGTGAGTGGGCCACTATTCTGTTCGAGACCACACCCCCAAATTACCACCTGGTCCCAATTCCTGAAGGTTTTGCCACCTCCCAATGGTACCACAGGCTGGTGAGCAAGTTAGAGCATCCAGGCCTTAGAAGGGGACACACGCTCTCCAAACTGTACCAACCTGTTTTAGTGTTCAGCTTTGGTTTTGGATATATATATATATATATATATATATCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTACACATGCGCGAGCTCTCATGTGTGTTGCCTGAATGCATTCTGCATACCATGTGTGTGCCTGGTGCCCACGCAGAGGATGAGCCACCATGTGGGTGCTGAGAACTAAACCTGGGTCCTCTTCAAGAACAGCAAATGCTCCTAACCGCTGAGCTGACTCTCCAGCCCCTGCCCTGTTCCAGTGTATTTGGGGAAAGATAGAGTCAGCTAGAGACTTTACATGTACTCACTTATTTTTGACTAGACTCGCTTCAAAGCCCTTGCTGCCCTGGAACTTGTGATCCTCTTACCTCTGCCTCCTGAGTTTGCAGAAGATTGTGGGCATGTGACACTATGCTAAGTAGGAATTTAGAACATAGTCGCAGGTACTTTGCCACTCAGAGCATCTCAATGCGGGCTGCCGATACTCCTTTAGTAGCCAGGGGGTGGGCTAGAGGTTATTTTTCAATCAAAGCATAATTTCAAGCATGCACACCCGAGCACCTGCTGCCACCTGGTGGCAGTATCCCAGGATTGCAGAGTCTTTTGATGGACCAAGATTCAGTTTGTCTTGGATTTTATAGGTTCACTTATATTTTATAGGTTCACTTATAGTCGAAATGCATCAAAGATGGTTGAAACTTACAGTATGGCCAGCATAGGTGTTCTGATATAGGAAGCATATGTCAAATTCTTTCTATCAGCCAATGGATTTCTACACATAAAAGGTATAAAGCAGAAGAGGAAGATGTGACCAGTGTGTTTGGTGTTGGGCTCTGTGGCACAGAGTGGATCTGAAAATAACCTGGCAGAATCTCTTGCTCGTGAGACTTGGGCAGGAGAGCAGCCTTCTTTAGCCCACAAAACTAGGATGTGCTGGGATAAACTTTCCTATTTGAAGTTAACCCTGAGCTTCACTGTTCTTACTGATTGTTTTTGTTTTTCTGAGACAAGGTTTTCTTGAGTGACCCTGGCTATATTAGAACTTGCTCGGAAGACCAGGCTGGCCTCAAACTAAGAAATCCACCTGCCTCTGCCTCACAAGTATTGGGATTAAGGCATGCACCACCACCTCCTGGCATTCATAGATTCTAAAATCAAGTTTTTAATCATTAAGATCGGAGGTCACAAAGATCATTTTTGCCTGAGAGTAACCCCAGAAAACCCACACTCTAACAGGTGTGATCGCTAGGTTTGCTGTTAGGAATGTAGCTGGCTTTGATGTTCTGGCATGCAGTGGAGTGAGGCCCTAGGGCTTCGAGATGGCCAATGGGGTCCTTGACTTTCAGCCCATAATCTGGTGGTTGGAGAGAAGATGATTACAGAAACATCAGTCACTTGTTTCTATAAATGTTTCATAATGCAAATTGAATGTGATGAAATATTAAAAATATCATTCATTAATTATTGAAAAGTTCAGCCTCTGAAAATGGCCATATTTCTCCTTATACTGCCATCTTAAAGGAGCAATTGAGAAATTGTGAATTACAAAATTAGAATCCTGGAATGGTAGTGAAGTGAAGCACCATAAAGTTATTTTCTGCTCTGAGATTTGTTAACCATTTTCAGCTGTAGCCTTTCTGTTATGGTGAGCCTGCCCATTCTGTGTTAGGACAGTGCAGGTGCCCCACACTTCACTATGCTTACTATTTTTATATCCCTGTGGTTCTGGAAAAAACAAGGTGACACCATGTTGAACTAAGAGTCTTATGGACTCAAATGTTGGAATAAAATTCAATTTTATTTTATTATACTTGTAATTTTATTAGCAAAACAAAGCATCAATACAAGTTTGTATCAAATGTTGCTATTAGTTACAAGCCAAATTAATAGTTTGCCTTGTAAAATGAATGATTGTGGTTGGATTCAGTGGTGTGCAGCTGTGATCCCAGCAGTTTGGGAGGCAGAAGCAGGAAGGTTAAATTTGAAGCCAGCCTAGGGTATTTATGTTAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAAGACAGAGACAGAGACACACACAGAGAAAGAGACAGAAAGACAGAGACACACACAGAGAAAGGGATAGAGACAAACAGACAGAGAGACAGAACCCTAAAACTAGAGCATGGTGAGATGTGTCTGAGTCTTCATTGTTTGTGAGCAGTTTGCATCGGGCTGATCCCCCGAGTTGTCCCAGCTTCCTTCTTAGTGTGGTTCATATAAAATATACTGGGGTCTCAGCAGTGGATGAGTTGCCCATCTCCAATTGCATAGTAGAGGTGTCTTATGTTCCATGAACCTTTGATGAAGGTTGGCCCTTGCTGCTGTGAGCTTTACTGGATTCCGTCAATGCCCTCAGGCATCCCTGCTATTATGCCATCCCATTCTGCCTCCTTGGGGACAGAGGGTAGGAATGATGACCCTCCTGATGTCGCTCTGTCAGAGCTCATGTCGCAGGAGTCTCTTGTGGAGGGAAGGAGTCAATTTCTGTCTTCATGATCTGGGTTAGATTTTACATGGGGCACTCCCATAATCAAACCACAGTTCGCCCTTTTCAGATGATCAGTCTCTTTGCTCTCTTTGATTTATGTGCCTCTGGCTTTGCTTTCCTGTGTGCATGTGCACTTGTGTGGAAGCCAGACGACACATGTTCATCTTCAAAGGCAGCAGGACGCTGAAGCAGTGATCTGCATCTTACTGTTGCTTCCCTTTTTCTCCCACCAGTTAACAAGCACAAGCCATGGCTCGAGCCCACCTACCATGGGATAGTCACCGAGAACGATAACACGGTGCTGCTCGACCCTCCCCTCATCGCCCTGGATAAAGATTCACCGCTCCGCTTTGCAGGTATGCAGGCCAGCTGTTCACTATCTGCAAATCTGGCCTGGAAAGAAAGCAACTTAAGTCTGGCTGGGTGACTGGACCTCTCAGGAAGTGTTCTGGTAGCCGAGAGCTTTTATGGCTCCAGGCACATGTTCTTCTTGTAATACTCGAGGTAGCTGACAGTGAGCTGTGTTGCTGGTCAAAGGGAGAATTGCTTAGCCTAATTGCATCATTATGTGCTGTGCCTTGTGCAGATAGGCAGATACTGTCTAGACACACACAGCAGAGATGGAGCACACATGGACTAAGTGACCACTGTTCAGGACACAGTTAGTGTGATGGGCTTGGGAACCAGTGTTCTGCCTGTTCTGTCTGGGTGTTCAAATGCCTGTTTCACGTCACTCCAGCAACTCTTAGTTCCTTACATTCACCTGCACAGACTTCAGAAACATTGAGCAGTCTTTGTGGGGGAATAAGTTTTGGCCTAGATTTCCTTTTTTTTTTTTCAATCTTTAACTTTTATTTAGCTAAATCTTTTTCTATAGTTTTATTTTGCATATGTGCACCGTGTGAATGTCTGATGTCCACAGAGGTCAGAAGAGAGCATCATATCCCTTGGAGCCAGAGCTGTGTGGATACTGGGAGTCGAACCCAGGTCCTTTGCAAAGGCAGCCAGTGCTCTTAAACATTGAGCTGTCTCTCCAGTCTCTCATTTTGTGGTTTAAAATCATGTATGGTGTTGCGTTATTTAAGAAGTATACATTGCATGCTGAGCACATTGTCAACTTGTATTTATTTTTATAGGCATGTACTACCATGCCCAATTTAATGAATTTAATTTTTATTTTCCTTTTTGTGTGTATGGGTGTTTTGCCTGCATGTGCTTGTGCACCATGTGCATGCAGTACCCACAGAGACCAGAAGAGGGCACAAGATTCCCTGGAACTGAGTTAATAGTTATGCATGACCTTGTGGGTGCTGGGAACCAAAGCCCGGTCCTCTGGGAAATCAGCCGGGGCTCTAACCACTGAGTCATATCCTCAGATCTTTCTTTGTTAGAGAAAGTTTTGCTATGTTAATGCTAGCTGGCATCAAAATTCTCATTCTCTTGCCTCAGCCTTCTTAATAAAGTTATTAAATGTTTGATATGAGTTATTTTATAAGATTGCACCCTGTGCCTTTGCAGAGAAAAACCCTTTAGGACAGTGTCATAGATTTTGATCATATGGTGATTTTCCTACATCGCTGACATTTAGTGGTGTTTGCCAGGCAGATCTGCCCTGACTGCTGGAGGGCTCTGCTTTCTCAGTCCCAGAGTGAGAGCAAACACTGGGATAACACACACACATGCATGTGGCTGTGTCCAGGTTTTAAATTTTTCTTTCTTTTTTCTTTTTTTCTAGTTTTTTAAAGTTTATGAATGTGTTTTACCTGTACGTGTGCAGGTTTGTTAGGAGGTCAGAAAAGGCCATCATATCTCCTGTTGTGAAGTCATGTGAGTGCAGAGAGTTGACCCAGGTTCTCTGCAGGAGAAACAGATGCTCTTAACCCGTGGATCATCCCTCCAGCCTGGGTCCAGCCTTTAATGTAG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done inserting candidate regions
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Created display features
Inserted short and long range genomic sequence arms

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