High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by erb
Valid After Annotation
not done
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 240379
Chr: 12
Strand: 1
Status: Ordered
BACs: RP24-208E4 : RP24-112K13 : RP24-336G24 : RP24-338F7 : RP24-359N15 : RP24-490L23 : RP24-470G21 :
Instance: Plate 187: Well G11: BACs RP24-112K13 RP24-338F7 RP24-208E4 RP24-336G24
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 51590691 51590740 50 TTTACTCATTTTGTTCATTATAGAGTGTGGGCGCGGGTGTGAGTGTATAA
U5 51596003 51596052 50 AAGTCTTACAGTAGACACAGCCTTGTTCTGGTTTTCACATGAGACTGAAC
U3 51596065 51596114 50 AATATCTTGCTGATGTCACTCTGGTAATCCAATACCATGCCATCCTACAG
D5 51597207 51597256 50 TATTTCACAGTTCTTCTTTATTATAACCTAAGATGGAAGTATTCTACTTT
D3 51597280 51597329 50 ATAACCTAAGTCAGCCATTCTAGGAGGTTCTTTCTATCTCTCCCTGCTTT
G3 51601526 51601575 50 TCCTAGTTGACTATATACTATGTGATTTAAAAAGACTTGGGTCTGACTTT
Oligos:
Type Start End Length Seq
D5_D3 52698244 52698266 23 ATATTTCACAGTTCTTCTTTATT
15_E_15 52681990 52713316 31327 TGGGTTTATTTTTTTGGGTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTCTGTTTGAGACAGGGTCTTGCTATGTAGTCCTGGCTGTTTTGAAACTTATCATGTAGACCAAGCTGGCCCCAATCTCACAGAAATCTGCTGACCATGGTCTGAGAACTGGAATGAAAGGCTTTGCCACTAGACCCAGTGTGAGGAGCCGCCCTCACAGTCGCCGTTACAAGATGGCGCTGACATCCGTTGCTCGTAGTAAAATGTGCGCAGGCGTCAGGGTATCATTCCATTACCTGAGCCCTGCCTCTCTCGTGGCGTTAACTGACTGATAGTGGGCAGCCAATCCCAGTGGTGCTCGTCTCCAACCGTTTTTTCGCAGCCTATAAAAGGGAAGGGTTTTCTGCTCTCTGGGTCTCCTCTCCTGAAGCTGATCATCTATCTCTCGAGATGTATTAAAGCTGTACTGCAGAAGGATCCGAGTGGCCTGCGTGCGTTTTGCTGGCGAGACGGTAGCGTGGGTCAACCCAGTACTGTATACTTTTGTAAAAAAGCTAAAGCCATGCTGGAAGTTTACAATGGTGGGTACAGAACATATATACGCCACATATGCAAGGCCCAGCACAGTACCCAGCACTACAAAAAGGAAGGTTGGGACAATAGGTTTAGTGCTTTGTACATATTTTTTTAAATTAGGAAAAAAGAACCCAAATCTTACCAAACCTCCATAGTTAACTACCAAATTAATTTTATTTCACAGGTCCAAAAATATGCTGAATATCACTATGAAAATATAATCAACAAAATACAAATTATGAGAAAAATTACCCAAAATGTTACCCTAACCTTTTTAATTTTAAAAATGAGCATGACATAATAATATACACACCTATAATCCCAACAATCAGGAGACAGAGACAGGAAGCTAGCTTGGTCTACATACAGGATTCAAGTTAGCCAGGTCTGCATAGTGAGATCCTGTCTCAAGGGAAAAAAAAGGGTTGGGGCTGGAGAGATGGTTCAGTGGTTAAGAGCACTAGCTGCTCTTCCAGAGGACCTGGGTTCAATTCCCAGCAACCACATGGAGCCTCACAACTGTCTGTAACTTCAGTTCCAAGGATCTAATGCTCTCTTCTGGCTTCTGTTGGCATCAGGCAGGTGATACGAAGACATATATGGAAGCAAAACATTTCATAAATACATAAATAAAATATAAAAATATAGTGTATTGTTCAAACTCCACACATTTATAGTTTCTGTAACTTCTCTTAACGATGTCTAGTTTTCTTCTATTATAATCTAACAAGGTTTGTTTTGATTCCCTTCTTTTATAGCAGTTAAGAGTTATTTTTTATGGTCCAAATGGGATCCGTTTTGCAGGACATTCTATGTGCTACTGAGAAGAATGTATATTCTGTAACTAGTGGGTGGGCTATTCTATACATTCCCATTGAGTCCATAGTGCAGCTTAACTCATGTTTTATTGATTTTTCTAGCCTGGTTAACCTGGCTATAGATGAGCATGGGGCACGGAAGTCACCACTGTTATTATACCAGGACCTATGTGTGTATTTTCGTGCCCATTGTGTCTGTATTATGAGATTAGGATCAATGTTTCATGCATATGTATTTACAACTGTTAGATCCTCTTGATCAATTGCGTCCTTTATTAATATGTAGTGGCAACTCTCCTCTTCTGACTCACTTTGACTTGAGGTCTACTCTGTCAGACACTTGAGCGGCTGCAACCACTTGTATTTGGCTTCAGTGGTCTACTTGGTCTGTTGGCTTCCATCCTTTCACGTTCATTCTCCGAGTCTTTAAAACACAGCAGATGATTGCATCTTGTTTTTTAACCCAATAATCTAGTCTTTACCTCTCAATCAGAAAGTTAAGATCATCTATTTTCTGAGCTATTGATAGAGATCTGCGTATTCACATATTTGTTGGCCGTTTTCTGATTGGTTGGGTGATTATTTGTTTTTATTTTTCCCCTATTAGATTTGGGCATTACCTGGTTTCTCAAGATGAATATGATTGATTCTTTCATAAATTGCCTCTGCTCACTTGTAACCCCATGACATGTATTCTATGTTCAGCCAGTCGTGGCGGTCGACACCTTCAATCCCAGTACCTGGAAGGCAGAGGCAAGTGGATCTCTTTGAATTTGAAGCCATCCTGTTCTACATATGGAACTCTATGCCAGCCAGTGCTACATAGCAAGACCCTTTCGCAAAAACAAAACAAAACCAGTGACAGACACACAGAAAAAAATGTCTCCTCCCGTGCTTTCATAATCAAGAGTCTCTTCTTCCTTTGTGATTTCTGAGATGGTGGCCATGACATGCCTTGGTTTGTGCTTGTCTTAGAAATCTCCCTATTCTCTAGGACTCTGAAAGACAACTTCCCCTGGGTGCAGCCAGTTGGTTGGCATTTACTTTCAGGGACTGAACTATACCATTCCATGCCTTCCTGGTTTTTAGTTTCTATTGAAAGAACCAGTGTTCTTCTGATGGGTTTCCCTTTGTGAGTTGGCATTTCTCCTTTCTAGCTCTCCTTGGTTTGTTGCTTTGTTCTACAGATTTGGCATCTTGATCCTGATGTCTTGGAGAGGTTCTGCTCTGGTCATGTCCCGTTAGGATTCTAGATACTCTGCTGTTTGGATGACCATTTGTTTTTAAAGATTTGAGAAAGTTTCTGTTATAATCGTACTGACTGGTTTTTGTTTTTGTTTTTATCCGTTTTTACTTCAACTCCTTCTTCTACCCCCCTGGACTCTTAGGTTCAGTTGTCATTGTGTCCTAGAGATCTTGGCATTATTGCTATGCTCATTTTTCCTTTGTTGCTAAGTGCCATGTTATCTCCACCTTGTCCTTCAACAATCTCTTCTCCTTTGTGAAGGAGTTCGTGAAGAAGTCTATTGGTGATGCTTTCCAGTGTGTCTTTTTTTTTCTTTCTTGAAATCTCTGAATTTTACATTTATAATATTTTATTAAAAATGTGTTCTTTTGGGAGAGGGGAGGGGAAGGGAAAAGGGGGGTAGGACCGGGTATGGGAAGAGACAGGAGAGAAGTCCAGAGGGCTGGGAGAATGACTAGATATGAGTAGCAGTAGGGGATGGGGAATGGGGATGGGGGAAACCACTGGAAAGTCTCAGACACCAGGGATCCAAAAGGCTCCTAGGACCCAGTGAGGATGATATTAGCCGAAATACCCAACAGTGGGGAGACAGAACCTGAAGAGACCACCTCCAGTAGACAGGTTCAGCCTGAGGGATGGGGCCACCCACCCATCTCAAAAATTTTAACCCAGAATTGTTCCCGTCTAAAGGAAACACAGGAACAAAAAAATGGAGCAGACACTGAAAGTAAGTCCATCCAGAGACCACCCCACCGTGTGATCCATCCCATCTGCAGACACCAAACCGGGACACTTTTGCTGATGTCAAGAAGTGCTTGCAGATAGGAGCCTGGGATGGCTGTCCTCTGAGAGACTCTATCAGCATCTGACTAAGACAGATGCAGATATTCACAGCCAACCATTGAACTGAGCCCAGGGACCCTAATGGAAGAGTTAAGAAGGATTGAAGGAGCTGAAGTGGATGGCAACCCCATAAGAAGAACAAGAATATCAACTAGTCCCCTCAGAGCTCCCAGGGACTAAAACACAAACCAAATAGTATACATGTGTGGGTCCATGGCTCCAGCTACATATGGCCTTACTTGGCATCAATGGGAGGGGAGGCTCTTGGTCCTGTGGAGTCTCAACGCCCCAGAGAAGGAGAATGCTGGAGGGGTGAGCCGGGAGTGGGTAGGTGATTAGGGGAGCACCCTTTTAGAGGTAAAAGGGAGGGAGAATGGGGTGAGGTGGGTTTTGAAGGGGAGACCAGGAAGGAGACGTGTAATGTAATGTAAATAAATAAAATAATATATATTTTTAAAAATGTATTCTTTCCCTAAATCTCAGTCTCTTTGCTGACTTTATCATCTCTATTCCTCAACTCTTCTCTGCATCTGAGTTAATTTCCTTACCCCATTATCGTCTTTACAAATAAACTTCTGAGTTCATCTGGCACTCAGCTCATTTCAGACTCGTTGCATGTGTTAGCTGGGGCACCATGATAATAGCTAGAGGGGTCATGTTGGTTACATTTTTATGTTCTTTGTGTTTTATGTTTCTGTGTTGTGGTTTGTCATTGGTTGGGAATGATAGCTCTTCTAGTTTTAGTTGGTACTCTTCTTAGTAAGCAGCCTTTCCTTGAGGGCTCAATCCCAAAACCTCTCAGAATGGAGAAAGTCATTTCAAGCCACAGACCAAACTATATAAAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCTTTAATGTGGTGGTTTGAATAAGAATGTCCCCCAAAGCTTTGAAGGAGTAACTGCTTGAGAAGGATTGGGAGGTGTGGCCTTGTTGGAAGAATTATGTCACTGAGAGTGGGCTTTAAGGTTTTACAAGCTCACATCACGTCCAGCCTCCCACCCTCTCTGCTGCATGTGCAACAGGACATAGACCTCTCAGATACTTCTCCAGCACCACTTCCTCCTGCCACCATGCCCCCCTGCCATGATGATAAAGGACTGACTAAGCCTCTGAAACTATAAGCCAGCCCCAGTTAAATGCTTTCCTTTATAAGTGTTGCCTTAGTTATGTGTCTCTTCTCAGCAATAGAACAGTGACTAAGACAAGTTGGTTAATACCAATTGTTATATCACCAATGATCATAAAAGTGAAAATGGCAAAAACAATGTAGAGTAATCTATGATACTAAAATCACTGAAGGTAAAGCCAATATAATAGAGGCCATTGTTGGAGGCTGGGGGATCAGAAGTCCAAGGCCAGTTTCATCTGTATATTGAGTTTGAGCCTGGGCTAATAAGAGGCTGTCTCACTGGGCAGTAGTGATGCAAACACTTAATTCCAGCACTCAGGACACAGAGACAGACATATCTCAGAGTTCAAGTTCTGCATGGCTTACAGAGCGA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Comments:
Created
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creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
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running aos on gaps
finished running aos
AOS Produced 8 oligo candidates from u/d regions
AOS Produced 14 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
Aligned target to NCBIM37 assembly: chr: 12, start 52697431: end 52698064
Found 7 RP24 black6 bacs on NCBIM36
Found enough RP24 bacs: not looking for RP23
Entered all non-repetitive oligos
Sequence count unchanged by blasting
finished aligning oligos to bac
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DESIGN COMPLETE
U-type: U1
D-type: D1
Creating display features: mapping to reference assembly
Created display features
Inserted short and long range genomic sequence arms

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