High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by cs10
Valid After Annotation
not done
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 209370
Chr: 1
Strand: 1
Status: Ordered
BACs: RP24-78D10 : RP24-403L16 : RP24-66H13 : RP24-512J23 : RP24-201B15 : RP24-445E10 : RP24-445G10 : RP24-344J2 : RP24-457N22 : RP24-202D16 :
Instance: Plate 135: Well E10: BACs RP24-78D10 RP24-66H13 RP24-512J23 RP24-403L16
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
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D3 45322673 45322722 50 TATTCAACTGTCATCATGTAATACAATTGCTACTATATCCTTCTAAAGTT
G3 45326725 45326774 50 TCTTTCAAAAAAATTGTACCCAACAAACATTTTAGCTCATATTAGAGGTT
Oligos:
Type Start End Length Seq
15_E_15 45362860 45394567 31708 CATTTTGCTTTAAGTTAAGTATAAATTACTAAGTGTGTAATTCATTTAATGTTTACTCAAGAGTTGGTGAGTTCTTTTTTTTATTGTTTCTTTTTTTTTTACGTATTTTCCTCAATAACATTTCCAATGCTATCCCAAAAGTCCCCCACACCCCCCGCCACTCCCCTACCCACCCATTCCCATTTTTTGGCCCTGGTGTTCCCCTGTACTGGGGCATATAAAGTTTGCCTGACCAATGGGCCTCTCTTTCCACTGATGGCCGACTAGGCCATCTTTTGATACATATGCAGCTAGAGTCAAGAGCTCTGGGGTACTGGTTAGTTCATAATGTTGTTCCACCGATAGGGTTGCAGATCTCTTTAGCTCCTTGGATACTTTCTCTAGCTCCTCCATTGGGGGCCCTGTGATCCAACCAATAGTTGACTGTGAGAATCCACTTCTGTGTTTGCTAGGCCCCGGCACCTATGGTCACTTGATCTTCGACAAGGGAGCTAAAACCATCCAGTGGAAGAAAGACAGCATTTTCAACAAATGGTGCTGGCACAACTGGTTGTTATCATGTAGAAGAATGCGAATCGACCCATTCCTCTCTCCTTGTACTAAGGTCAAATCTAAGTGGATCAAGGAACTCCACATAAAACCAGAGACACTGAAACTTATAGAGGAGAAAGTGGGAAAAAGTCTCGAAGATATGGGCACAGGGAAAAAATTCCTGAATAGAACAGCAATGGCTTGTGCTTTAAGATCGAGGATTGACAAATGGGACCTCATGAAACTGCAAAGCTTCTGCAAGGCAAAAGACACCGTCAATAAGACAAAAAGACCACCAACAGATTGGGAAAGGATCTTTACCTATCTTAAATCAGATAGGGGACTAATATCCAATATATATAAAGAACTCAAGAGGGTGGACTCCAGAAAATCAAATAACCCCCTTAAAAGATGGGGCTCAGAGCTGAACAAAGAATTCTCACCCGAGAAATACCGAAAGGATGAGAAACATCTGAAAAAATGTTCAACATCCTTAATCATCAGAGAAATGCAAATCAAAACAGCCCTGAGATTCCATCTCACACCAGTCAGAGTGGCTAAGATAAAAAATTCAGGTGACAGCAGATGCTGGCGAGGATGTGGAGAAAGAGGAACATTCCTCCATTGCTGGTGGGATTGCAAGCTTGTACAACCACTCTGGAAATCAGTCTGGCGGTTCCTCAGAAAATTGGACATAGTACTACCGGAGGATCCAGCAATACCTCTCCTGGGCATATATCCAGAAGATGTCCCAACCGGTAAGAAGGACACATGCTCCACTATGTTCATAGCAGCCTTATTTATAATAGCCAGAAGCTGGAAAGAACCCAGATGCCCCTCAAAAGAGGAATGGATACAAAAAATGTGGTACATTTACACAATGGAATATTACTCAGCTACTAAAAAGAATGAATTTACAAAATTCCTAGGCAAATGGAGTTGGTGAGTTCTTAACACTTGGTAAATAAAGGGGCTGCCAAGCCTGATGATCCGGGTTCTAGCCCTGGATCTCATGAGATTAGGAGAGAAATTTGTCCTTCAACTTACCTGTGTATATAAACTACAACACACTCATGCACACATATACACACACAGCCACAGGAACAAAACTAAAACAAAATTTACTTAAATGCAATACTAACAACCATTATCTCAAACATTAATATGATAAAATCAGAAATCCAAATAATGATTTCTTAAACAAAACTGATCACTTACTCTGACTTTATTCCTTTCTTTCCATCTCTTTTAGTGTCTTCAAAGAGAAACACAAAATTATGTGCCAGATTTGTATTCACACAATTTCTACATTACAAAAAAAATATATACTTGCCACAATCAGTGACTAATTCAAGTGGAAAACATTTTGAAAACTTTGGAAAGTATGTAATTAATTCCAATTCCAGTGAGTAACTTGGAGAGGCACACATCTATTTGAACTTTCTTTTCAAAATGAAGTAAATTTCATCAAACTCAAAGTTAGATATTTAGAATCATGGGTATAATAACAATTATTCGACTAATAGAGCACCATAGAGTTACTTAATATTTCCAAACTACTTGATCAATGTCAAAGCAATGTAAAATTTTTGCAAAAGTGAGAGTCACAAAGAAAAGACAACTAAGAGAGTTATAGTCACAAAATAAGAGGACAATATTCTGTACCATGGGGACATCACAGTAACCAAACTATTGGCTGCCATCTTCAGAACTATTTATTTGCTGATTTTTGAAACTGTTGTTTAATTTTGGAAACTTTATATTCAAGTCTTTCAGTCGTGTTTTTACTTGTTTGTTTGTTTTTAAAGACAGGGATTCTCTATAGCCCTGACTGTTCTGGACTCATTCTGTAGACCAGGCTGGCCTTGAACTCAGAAATTAGCCCGCCTCTGCCTCCCAAGTGCTACGATTAAAGGTGTGCTCTACCACCACCCGGCCAAGTCTTTCAGTTATAATATGAGTTTTTTCAAGACTATCTCTGGATTTAATATGAACACATTATTATTAAAATTATTTTTAAATTTCCCTAAGATAGTATCACCCATGAACACTGAATAGACAGTTCCATCTTCTTAGGAATAACAAAAGCTTACAATTTACTCGGTAGTTGTGTAGGTAATTAGCAGTTCATTCTAGCCATTCTGCCAACGATTCTGTATATTTCATGACTGACATCTCAGGTGTATTTTAAAGGGTCTTATGGTGATTCAAAATTTCCAAACTGACTATAAAAATAAATAAATAAAGTATACAACGTCATGAAACAAAAAAGGAGTGACAACACACAGAAGGCATTTAGGGGCAGGAGTTTGGAGTAGAAGTGATATAAATATAGTATGTATATGATCTACATATAGTTTGCCTCACAAAGATAATATATGATTAAAATATTTACTCATTTATTGTCACAAATGAAACTTAAGACAAAGGAGGTGGAAGAAAAGGAAAGAACAGAAAGTCATGGGCAGAGGAAAAGAGAAAGAGACAAAGAGTGGAGGGAGAACAGAGGGTGAGAGACAGAGAAGAAGGGACAGGAAACTTGAGTTTCATGTGTTTTGAAGGATGGAAACAATTGATTTTCTTATTGCAATCCGTTGCTGAGAACACTGCTGACATTCCTTAGCGTGCAAAGTTCATCACAGCTGGGCTTACAGCATCTCCCCCAAGCACAGCTTTCCACTGAAGACTTGAATTCTTGGTTGATAACCTGCCACACCCTTGCTTTGAGTCATCTTTCCAGCCATTCTTGCCCAGAGACAAATTGAGCACTGACTTAGCTGGTGTAGAAACTTATATTTTTGACAAGTTTCCAGATGTAAATAAGAAACTAACTTTTTCAATGCATCTTGTTCATATCAGAAAAGTGACAAGTATATAGGAAGCAATTTGTGTAGGTCACAACAGTGCTGGCTTTGCCTGATATGGTTTCCCAGGACACATGTTTCAGCCATTGTAACAATAGCTCACTCAGATCGACACCCATCTGGACACTGCACTATGAAGCATTTGGATATGAGGAAACCAAAGCTCTAGGACATAGAACACAAAGGCTTGTGAAGCAGAACTTCCAAACACACTCAAAGTAGAGAAGCATGATAAATCATGCAATCTGGAGGATTAGTTCTCCAGGTCTCCCCCAAAGCCTTAAAATGGAACAATGCCTAGATCTGCAAAAACATCAGCCATATGTCTGTAGTGAGTATATCAATCAGGAATCTTTTTCTTATGCAAAAATGCTACTTTAAGAAGTTTTATAAACTTAAAGAATGTGACAGGAATTATGCATAGCGTTGATGAAATAGTGCATACAAAATTTTTAATTAGTACAAAGTAGCATTACGTTTTTTCACTCAGAAAAATAATTCTACTGACAATTTTCAATAAATCTCAATGTTTGCATTTTCCATTTAGAGTAAAGAGAGATGTACTTATATGTATTAGCACTGGTTTTTGTATACTGCAAATATATGAAAAACTTATGTTTCTAACATGGTTTGAACAGACAAAAACTTTGAGGTAAAGGATGAAGACTATTAATAGAAAGACACATACATGTCGGTCCTCAATTTCTTCACTTTAACCCGAGCCCAGCCAATCTCAGAAGTTCTATTCCCTGCCTCTTCTGGCAGCTCTTCTCCAATCTGAAATCAGAAGATGCACAGGGGGTGGATTTTTGTCCTATTTTATTGCTTCTTGTCGCCAAAAGACATCACTTTTCTTCCTTGAACATCTCAGTGTGGGCTCTCTGTGAGCAGGGACACATGGAGGAAGACATAGCATTATCCATGCTTATAGCATTGATGTCTATAAAAACAGATTTTTAAAAATAGTATTATATATTAGGAAAGAGAAAATTATATATAAAAAATAATTCTAAATGAGATGGTTTTCCTAAAGAGGGAAGTTTTGAGCTGGATCATTAAGAAATAACATGAATTGATATAATGGGGTAAATTTTTAAGTGTGCATGCACAAAAAGGGAATATTTCTATGAGGTTAAGACTAAAGAAATAAATGCACATGGCCATGATTAGGATCAAAATGCCCACGATTGATTTTTAAAGATAAATGAAGGAATAAGGAAGTGAAGGATAGGGTATCAAGATATAAGTTGGTCATCATAATAAGGGTAACAAGTACATTTTTTCTACAGAGATTTAATCAGAGATATAGTGGTATTTATTCCTCAACTAGATCTAGAAATACATAGAAAACTCTTCAGATGAGGTCTTGGAACAGAAACATAGAAAATACTGATGTAGACATATTTGTAGTAATTATTACATTAGAAATTAGAAATTCTATTCCACACTTTGAACTTTCTCTTTTGTAGTTTCTTACAAGGACAAGACTTGAAAAGTTTGATTGCTTTTTTTTCTCTTTAGTAATGCCTGTTCTGATTTCTTTAGTAACACATAAACTGGAAATTTTACAAGGAAGCAGTCAGGGTTGCTAAAGAAATTCGTGAG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Comments:
Created
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creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
running aos on us and ds
running aos on gaps
finished running aos
AOS Produced 8 oligo candidates from u/d regions
AOS Produced 14 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
Aligned target to NCBIM37 assembly: chr: 1, start 45378342: end 45379364
Found 10 RP24 black6 bacs on NCBIM36
Found enough RP24 bacs: not looking for RP23
Entered all non-repetitive oligos
Sequence count unchanged by blasting
finished aligning oligos to bac
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DESIGN COMPLETE
U-type: U1
D-type: D1
Creating display features: mapping to reference assembly
Created display features
Inserted short and long range genomic sequence arms

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