High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by mt4
Valid After Annotation
yes
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 115490
Chr: 15
Strand: 1
Status: Ordered
BACs: RP24-391D21 : RP24-96N10 : RP24-100K16 : RP24-448M7 : RP24-119K1 : RP24-88P19 :
Instance: Plate 130: Well G08: BACs RP24-100K16 RP24-391D21 RP24-448M7 RP24-96N10
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 102445727 102445776 50 TCTGGACATCATGTTTTGTCTATCTTTGGCTGTTATTTGTCCTTGCCTTG
U5 102451674 102451723 50 ACCTGGGTCACAGCAAAGTACCCCGTACCACTGAAATAAACTACTAATCC
U3 102451795 102451844 50 TGAGGTTACATCCATGTGCTACTATGTCTGGCTAAAATTATAACGTGTGT
D5 102454832 102454881 50 CAGTAATTGCTCTGAGCTCCTAAGCCATCTCTTTAGCCCTTTATTTTATT
D3 102454951 102455000 50 ACTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCGGAACTCAAGAGATCCA
G3 102458348 102458397 50 ATTCACTTAGTTACCCAGAACAATGACATGAAACTATAACTGCACCATCT
Oligos:
Type Start End Length Seq
15_E_15 102267106 102300432 33327 GTATATAGGAAGTTCTAGGCCAGTTTAGAATCTGTCTCAAAAATAAAGCAGAAAAGAGGGTGGACACTGAGTGCTGAGTTTCAGAGCTCAACTATAAAGTACTTCTGAGTTGTGCATGATGCCCTAAGTGTAATTCTAAACACTTTAAAAAGATGATTGTGAGGAGAAAATAAGAATACTGGCTGCCCCAACTTCAGATAATTTTTTCTGCATTTGTTTTGGGGGCCGGCACTCTTGCCACAGCCCATGTGGAAGTCAGAGGGCGACTTGCAGCAAATCTTCCACCTTGTGAATACCGATGTTACTTGGTGGTGAGGCTTGGTTATAGAGGCTTTTAGCACTGAGCCAAATTCTCATCACCACCACCCCTTTTTTTTAATTACTTATTTTGGTATTGTGAGACAGGGTAGGTCCATGTAGCTTTGGCTGTCCTAGAACTCAGTCTACAGGAGTCTAGGCTGACCTAGAAGGGACAGTAGATTTACCTGCCTTCTGCTGGTCTCTAAGTGCTGGGATTTAAGGTTTTTATTTTATATGTACAGGTGTTTTGTCTGCATGTATGTCTGTGCACCATGTGTGTACAGTGCTCATGGAGGCCAGAATATGTCAGATTCCCTAGAACTGGAGTTAAGACATGATTGTAAGCTGCCATGTGGGTGCTTGTAATCAAGCCTGAGTCCTCTAGACCAGTATTCAGTGCTCTAACCACAGAGTCATTCCTCCTGCTCCTGTTCCACTCGTCACCACACCTTGGGAATATTTTATTATTTTATTATTTTATCAGTCTCTCTAGCAGAGGATGAGCTCCCAACACCTTATAGCTGAGGATCTTGAACTTGTAGTTTTGCTGCCACTTCCCTAGTGCTAAGTTGGCAAGCACACTGTACCCACGACATTGTGCATGTGAGGAAAGCACACTACCTACTGAATGAACTGTGTCTCTAGCCACATTTTAAGCTACATATATTGGAATACTATCTTTTAGGGAGAAAAGATAGTTTTTGATTTGTAGAAAAGTTACAAAGGGTTTCTATATAACAGCCTCCCCACCCCCTGTTTTTGTGGTGGTTGTTGATATATGGTCTATATAGCCCAGGTTGACCTTGAAATGAAGGAAATCTTCCTGCCTCAGAATCCTAAGTGTTCTCATTACAGGCCAGTCTTTAACAACCATGTAAATGACTGCATGTGAATGCAGGTGTGTGCATGTGTCACAGTACACATTGAAGAGGACTTTGGGTATTAGATTGATTTGTCTTCCACCTTGTTCTGAGACACACAAACATGATGGCACACACCTTCAATTTTTTTTTGTTTGTTTGTTTTGTTTTGTTTTCCTAGACAGGGTGTTGCCCCTGGCTGTCCTGGAATTTGCTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCTGCCTGCCTTTTCCACCCAAGTGCTGGCATTAAAGGCATGCGCCACCACTGCCTGGCTTGGCACACACCTTTAATCCCAGCATTTTGGAAGGAGAATTAGGACTACCTAGGAGTTTGAGGCCTACTTGGTCTAAAAAACTAGTTCAAAGGTTCCACAGAGAAACTCTGTCTTGCAAATCCTAAATAAAGAACAAACAAAATAGAAGCCAGGTGCTGGTGGCCCCAAAGCATCGTTAATCCTACCACAGTGGAGGCAGAGGCAGGCGGATGGATCTCCAGTATACTGAGAAGTTTTAACTCTGCTATTCATGCTCTTGTGGTGAGTGCTTTATTGACAGCCATCTCTTAGATGTGTGTTTATATTTGAGACAGGGTCTCCCTGTGTAACCCTGCCAGGCCTGGAATTCTATGGAGAACAGGCTGGCTTCAACTCTCATAGACCTGCCTGTCTCTGCCTGACCCTCTCCAGTGCTGGGATTAAAGGTGAGTGGTGCTACCATGCCCAGCCAGATGTGTATTTTAACAGCCTGGAACTGAGCTCAGTGGTATTATGTACTCATTCAATAAATGTTTTTCAAGCCTTTGCTATTTACTTGGTACTAGAGCTAAGGCAAATGATGAGACAGGCCCCCCACCATGACCTCTACAGTTGGGCCTGAGATACAGATGCCACCAGTTGCTCTTTCTTCTATCCTGACCTCATTTTCAGCAGCCAATTTGCTTTGTAGTTCATGGAGAAAATGAAAGCTGGAATTTATTCAAACTGTCCCTCACCTCCTCAAAACATGTTTCTCTACCAGTCTGCCCCATTCCTTTTCCTAGGAAGGAAACACTTCTTCCTTTTGAAGGCCTCCCATTTTCTCTCACTTGACTTCTCTTTGTTCTTTGTTTTGATGTGATTTTTTTTCCTTTCATCTTCAGCCTGCCTTTGGTTCCCTCCTTAGCTTATAAGCCTGTTCCCAGTCTCCCTCTCCCCCAGCCCCATTCTGAAAAACTGCTTCCTTTTCTGGTTGCTAATCTAACTATCGTCCTCCCCAAAGTTAGTGGGAGCAGTTTATGCCCATTTTTATTCACCCCTCAGACCACTTTGTTATCACTAATTCTTTAAAAAATTTTGAGATTACTGTCAGCCACCTGGTTGCAGACCAATGATTTCTTCATGTCACAGTGTGCCCCTGATTGATTTCTTCATCTTTAAGCTTTCTTGTGGCAGAATGTGATGGTGATGTGAATGTGGACCAGTGAGGGGGCTAGCTCAGTTGGCCAGTAAGATGGCAGAAGGGTAAAGGCCCTTGGCACTCACTGATCCTGACAACTTGAGTTCAACCCCTGGGATCCATGTAGTTGGTAGAGAGGACGGACTCCTTGCAAGTTGCTCCCTGACCTCTACAAATACAATACATAAATAGACTGCATTTTCTTTTTAAAAAACTAAAACCAAAGATCGAGCTGGAGAGATGGCTCAGCTGTCAAGAGCACTGGCTGTTCTTCCAGAGGTCCTGAGTTCAATTCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCTGTAATGGGATCCAATTCCCTCCTCTGGTGTGTATGAAGATAGCTACAATGTATTCATATACATAAAATAAATCTTTTTTTTTCTTTTTTTTTTTTTGTTTTTTTTTTTTTGTTTTTTGAGACAGGGTTTATCTGTATAACCCTGGGTGTCCTGGAACTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCTGCCTGCCTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGACTAAAGGCATGTGCCACCACCCACGCCGGCATAAAATAAATCTTAAAAAGCCAAAGTTTGAAGGGGGTAGGAGAAGGAAAATGTGAACATGCCCACCTTTTATCTCAGTGCTCTGGAAACAAACAAAGGCAGGTGGGTATTTGTGAGTTCAAGGCCAGCCAGGGCTACACAGTGAGACCTTACTTGATTTAAGCAAGTTACAAGGAGCCACAGAGACAGTAGTTACGGATGCTTGCTGGAAGCTGGACACACACCTTTAGTTCAGCACTCAAGAGGCAGGCAGATAGATCTGAATTTGAGACCAACTGGTCTACAAAATGAGTCACAGGACAACCATAGCTGTTCTGGGGAATGTCTCAGAAAAAAGAAAAGAAAAAAAAAAAAAAAAGAAAAAGACAACAAAACTGAAAGAAAAGAATGCTTGCTGCTCTTCCAGAGGACCCATGTATGGCAGCTCACAACTACCTGTAACTCCAGCTCCAGAAGATCTGATGTCCTCTTCTGGCCTCTGAAGACACTACTTCAGTGCACAAACTCACGGGTAGACACACACATAAAAACATAATTAAAATAAAAGGACATCCAAGACCACATAATAAATAAAAATAAAAAGTAAAATCTTTTAAATAAAGCAAGATGTAATAAACCATCTGGTGAGACAGCTCAGCAGGTAAAGGTACTCGCCCCTAAGCCTGGCAACCTGGGTTTGAGCCCTGGCACCAACATGGTAGAAGGAGAAAACTGTCTCCTGAGGGTTGGCCTCTGACTTTCATACGTGTGCTGTGGCATGCACATGTATGTACACACAACACCACAACACTCAAATAGGTATAAAGAATTAATAAAACCCAAGTGTGGTGGCTTAGATCTATAATCGCAACACTCAGGAGGCAGAGGCAAGTGCACCTCTGTGAGAGAACAACCGGATTTACAAGGTGGCACTCTGCCAGGCAGTGGTGGCGCACACCTTTAATCCCAGCATTTGGGAGGCAGAGGCAGGTGGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGTCTGGGAAAAAAAAAAAAAAGTGGCACTCTGTCTCAGAATGCATGTATGTGGTGTGTGTGTGTGCATGTGTGCATGCATATGTGTATATCTGGTGGTGAAAAATTAAGCCACCCAACACTGGCAAAACAGAATGTGGCACTAAATCACTTATATCTTCTCCAGCCCTTCTAGTCTCCTTCAGAGACATTACTTCCTCTGACACTTAAGCATTGGTGCTCCATCTTAGGCCCTTCCTTTCTTTCTTTCTTCTTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTTTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTCTTTCTCAAGTCTCATCTACTCTAGCATGTTCTCTTTCTTCTTCTCCAGACCTCTGTCTCTGTTGCCCTGTATACACACACCCCTACTGCCTGTGTCAAGACCAGGGATTAAAGGCATCTGCCACTGTGCCTGGCTTTGTTGTTTTTTAAGTTGCCTAGGCTGGCCTTGAACTCCTTCTGTATCCCAGCCGACCTTGGAGTTTTAATCCTCCCACCTCAGCCAAGTAACTGAGATTATAGGCTTGTGCCACCACCAGTTCAGATTTTCTTCACACTCACACACACACACACACATGGGGAGAGAAAGGCAGACACACACAGAGAGAGATTTGTGTATATGTGTGTGCAAGTGGCAGGCACATGCATGCCAGTGTCTGAGAAGAAAGTGCTGACTCCTCTGGAGCTCTGCAGTTACACGTGTTTTC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Comments:
Created
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creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
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finished running aos
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AOS Produced 14 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
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Found 6 RP24 black6 bacs on NCBIM36
Found enough RP24 bacs: not looking for RP23
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Entered all non-repetitive oligos
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finished aligning oligos to bac
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DESIGN COMPLETE
U-type: U1
D-type: D2
Creating display features: mapping to reference assembly
Created display features
Inserted short and long range genomic sequence arms

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