High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by dk3
Valid After Annotation
not done
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 103919
Chr: 6
Strand: -1
Status: Ordered
BACs: RP24-177E2 : RP24-208M14 : RP24-117H13 : RP24-555F4 : RP24-362K14 :
Instance: Plate 159: Well A01: BACs RP24-177E2 RP24-208M14 RP24-117H13 RP24-555F4
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 87851852 87851901 50 GCATTCTAGAACTCTGTCCCGTTTTAATGATTTTTTTAATACAAACATGA
U5 87846283 87846332 50 TTCTCCCAAAGTACTCTCTCTTATGTACAACTGCTGCATTTAATTAGGTC
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D5 87844943 87844992 50 TTAGGGCTACATAGTAAACTCATCTCAAAAGAGGGAAAGACAAGACTGCT
D3 87844799 87844848 50 ACTGTACACTTTATCTTGGTTCTGTGGCAGTGTCTGCCTACCAGGTTTGA
G3 87841408 87841457 50 CACGATCTATTTGTCAATTCAATCACTTCATTAGAAAAGCCTTGTTTTGT
Oligos:
Type Start End Length Seq
D5_D3 87794843 87794936 94 GGTCCTAGGTCCAATAACCTAGCACCACAAAAGGAGAACCAGGAGCAGGGTTTCTTTACTAGGAGTGGTAAACTGCCTCAAATTGAGGGGCCAA
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G3 87791402 87791451 50 CACGATCTATTTGTCAATTCAATCACTTCATTAGAAAAGCCTTGTTTTGT
G5_U5 87796277 87801895 5619 TTCTCCCAAAGTACTCTCTCTTATGTACAACTGCTGCATTTAATTAGGTCTTTTAGATTTTGACCATTCCCCATAGAAACGTAAAACATGGCTGAGAACTATGACTTTCACTACCTGTGACTCTCAGATTCTTCTGCACCCCCCCCCACTTGTCACACCCTTTTCCAACTTTTAAGAGCCATCTCAATGCTAAGTCTATTACAAAAAATTTGACCATATCTCCCAGCCACATTAAAACTCAGGGTACTTGTTAACAGCTATCAAATCACACTAACAATGCTTTTAATCATATTCCTGGAGGGCTGAGATTGAGTCGGCTCACCTTTGAGTCACTGCAGCATACCACATAGTGATCCTTTTAGTAGCAGTTATATAAGATGGCTTTTGTGGAGATGGGGAGGCCTTAAATTATACAGACCCAATTAAATATAACCAAATACTAACAGGATAGCACTAAAAATGCTTGGTATCACAAGTTACTCTATCACTAATCACTAATTTACTATGTTAATGTCTTCAATTAAGTACTCACTAAGGGTACATCACCCAAACTTTCTCAAATCATAGGTGTGATCCTATGCATGCAGATTTTTAGGAGCAAAGGCTTTTGCTTTCAATAGGGATCAAGGCTCAAAACAACAAACTAGTCAAACAAACAAAAATCCCTCCAGGCTGGAGATTGCTCAACAGTTACAAGTACTTGCTGCTTGTGGAAGGACTAGAATTCCCTTCCTAACATTGGCATGGCTCCAGTTCCAGGACACTGTACACCCTTCTTCTGACCTCCACTAGCACCAGCTACAACACATATGGCACACACATGCAGACAGAGTCATATAAAATAAAAGTGCTAGTAAAAAGAGCAAATCAAGGAGGTTCTAAGTGGAGGGAAAAAGTATCTAAAAATCGAAGAGTAGTTGAGAATTCCCACCAGAGGTAACTAAAATGAGCCAGCAGCCAAGCCTCTGTCTTACTGTTATTTGTCACACAAGCTCAGACCTCTGTAGAATTACTATCTCGAAGTGCTACATAAAATGACAATATGAAATAACAAAATATTGGGCTGGAACTGTAGTTTAGTATAGTGTTGGCCTAGCATTCTTGAAGCCCTGGGTTCCATCTCTAGGACATAGGCACAGACAGACACAGACACACACACAACCTTAAAAGAAAGAAAATGTAAAAGGCAGTATTATCGGGCTCAGTGGCAGGTGCAACATAGGCTGCATATGACTCTATTCCAAAAAGAGTTGGGGAAGGTAGAAGAAATAAATTAAAAATGATTCCAGTGTCTCACCTATTGTAGTTTTTATTTGGTTTATCTAAACGAATAGATACTTTCTGCATTGAGGTTTAAATTACATATAAGAAGCAGCATGTATGTGTGTATTCTCCTTTATCACTTAGCTAGCCTTAGTGAATTTAGAGGCAAACTGTTGACATCTTGTCAGTACGAGGTTCTACCTGTATGGCTTTAATAGGTAAGTCACTTGTTCTCAGATTTGTTGTTGTTCTGTTTATTATTGTTTTTTTTTTTTTTCCGAGACAGGATTCTCTTTGTAGCACTCTGTCTTGGAAGTCTAGACCAGGTTGGCCTTGAATTCAGCCTGCCTCTGCCTCCCTAGTGCTGGGGTTAAATGAATGTGCCACCAAACCCAGCCACCCTGTTTCCTTGTTAAAAGGGAATAAGGATACATAACTTGAAGAGTGGTTAAGATAGTAGACTATGTAATTATGGCTGACATAGTAGATACTCAGCTATTAAGCCTTTGCACAGGTAGTCAGGACATGCAGATACAGATAAAATTAACCAAGGTCAGAGTAGTGAATTATAGGGTAAAACAGTTTTCTTATGGTTGGTACTCTTATTTTTCATCATGGTGGCCAGAATCAGGTAACAGACTGTATCTTGCTTTTTATTATATCTAGTTTGTTACAACAACAGAGTGTGGTATTGTGGTGCCATGCCAATTTATTGGAGCATAGATGTATGTTCAGAGGGCAAGAACTGCCCTGTGGTCTCAGTATAACAACTGTGATAAGGCAAGGATAACCCTTTGCTTGGGAAATAGAACTTAAGGGTCTAGAGGATAAAAATGGATATAAATCACTGTGTTAAGAAGGCCAGATGAAATAGTAAAGTTAGCTCAACACACATCATAGTTGGTGGTGAGGGCCCTGTATCTTTGAGGTGATATAACAAATGGGTAGCCAAGTTAACTGGCTAACCTGAACTTAACCATGATTCTGGGATCTTTTTATACTGCTAAGATACTAGCAAGAGGAAGAGAACACACATCTGTTGTCTAACAGCAGTGAAAAGGAGTGTTCTGGGTTTGGACATAGGAGGCAGTCCTCAAATTTAAGAGATGGGCCTCAGTTCTGGTATTAAATGAGTGTGTCACCACTCCTGGATTTTCCTGCCCTTTTAAAACAAGTTTATTCTGTAGCCTAGGCAGGCTTCAAATGTATTTGCAATCCTGTCCATCCTCCCCAAGTACTGGGATGGAATAGGCCTTTATCACCACACCTGGCTTGTATTCATAATGTGCAAAGCCTTCCTATTTGCATGAGGCCATAAGTTCACTTTATTATCCCAAGTATTTAGCAACCTGAAGTTAGACAGTGCCAAAACAAGAGCCCTATTAAGTGAGGCAGTGTGGAAAAGAGCATTCTCCACATAGTCAGCCAGGGTGCCTTGCTTGGTGTTAGTACTCTGGTTCTCAACTTACTGTCAGGAGGGAGTAGAGGGAGGCAAAATCTCTCTGGAAATGCATTCACCTAACAATCACTCCAGCAGTGCCTTATTCACTATATGTTTTTAGGTCTAAAAGGTAAAAAGCCATACATCATTACAAAATCTTAACATTTGCAGTTGTTCAACTGCCAGAATATAAGCCCTTGGTCTTCAGCTGACTTGGCTTAAAACATTTTACAAACTGCACATCTCTTTGAAATAATTTACCTCTTGGTATTAATATGAAAATAATCCAAATACAATAATTTCCTAATGTGAAGTAGGAGGTAAATAGCCAGATATCGTACTGTTAAGAGTTTTAAAAACTTGTTACGAGTTGTAATTTGAGGGAAAAATTAAGCCCTTAATTCAGCCCTTGGGATTCCAATAAATTATTCCTTTTATAGTCCAGCATACAAAGAGTTCCTTGTAGACAAGCAGCAAACTTAAGCTTTAAAAGAAAAAAAAAAGCACCTAGGACTATGCGGGTTACAATTTGATAAGCTTGAATTTTAACCAAAGTAACTTTCAGTTTTTCAGACTTAAAGAATAAAGTGATAAGGATCACAGTTTATGTATCTTTTTTTAAAACTTTCAAAATCTTAAATTCAATATATACTAGGAGCAAATGGCTAACAAATTTGCAAATTTAAAATTAATCCATTGTCATAAGTCTCTCCAGAATTGGGTCAAGCAACAGGAAATGGTAATTTTTATCACATAAAACTACATCTGGGGGTAAATTGGGGATATAACTTAATTCCCTTTTACTTTAATGCAGTCAGATTGAGTGTCGTGGTTTCTTGTCTATTTTGTGTCTTCAAGAATATTGCAAAAACCTAACCAGCCGATTGCTGTGCAATGTCTCCTTTTCCAAGACCCCCACCCCCACCCCAGATGTAGTCACTTCCTCTGAAAGTGCCTGGTGGCCGAGGCCATGTGCTTGACATGTGGCAACAGGCAAAAGGCTTCACCTATAAAATCAACACCTAAACCCAAGTGAGAACGATTAAACCGTCCTAAAACAGGTTTTCACGGTAATGAAAAATCTAGATTGATCTTTGCCAACTCTACTTCCGAGGCTTTCTTGTAATTTATATCCATTTAATCCGAGAAATATTGGCAAGGACTTCTGCCACCCTGATGGCCTTAAAGGCCTGACAACCTACGGGTCCTATCCACCCGGTTCCCGCTCCATTAAAAAAAAAAAGGGGGGGGGGGGGTGAGGGACCTAAGACTTGACTCTCATCGATCCAGGGAAAGGTGGTTTCTTTTGACTAACGATGTCGAATAAGCTGCTTAAGAATACGAACTACAAGAAATCAGGAGTTTGAATAAAGGTCGCCAGTACAGAGAACCGAATCCAGACTCCCAAGCCTTACAGCGGCGTGCGCGGGCTTCGTCACAGGCCAGGTCCTGAGGCCCCGCAGCCGCTGGCACATGGCCCGCCAGGCCTCCACCGGGCGCTCGGCCTGGGGACCTCCACCTCGACCAGGCTCTCGCCCCCGCCACACCGCCCCGTTCCAGGAGTTCCCGCCACACTGGCCCTCGGCGCTAGGCCCGCGCGCGACTCTCCTCGCCTCGGCCCCAAGGGCGCCGGGCCTCGTCGCCACACGGATGAGGCCTGCGTGGCCCTCGGGGCCAAGAGAGGGCCCCACGCTCCAGCCCTAGTGCCAGCGCCGCAGGACGGACAGGACGCCCGCCACAGTACGGCGGGCCAGAAACTGGAGCCGAGACGCCGCTCGGGCCGAGCCCCGCGCCTGACGCAGCAGGGCGCAGGCCGAGGTGCGGCCGCCATCGCGCCTCGCAGTTCCGGCCCTCCGTCCGTCTCGGCCGCACCAACCCCGCCACCTCCGTTGCGCAGGCTACACCCTCGCCTCTCACCTTCGGCGTCTGAGCTGCCCACAGCGGAGGAGACTCGGACGAAGAACCAAGAAGGCGACTCGCAAAGCAGCGGCTGTTTATTTTCAGGGTCCTTGCCTGCGCCACACGCGGGTCTGCACACGGCCCCACACACGCCGCTGCGCACGGCTCTCCTCCGCCTCGCCCACGGATCCAATCAGCGCAGGAAGCCAGGCCAGCCAATCAGAATCGCCCGCTGGGAGCGCGGCCTCGCGCGAGGGCGGCAGGGGCGGGGCGGACTGCTCCACGCCCAGCCTCTTCCGGCCCGCAGCGCTCGCGGCCTTCCCGCCCGTACCTGGGTTCCGTGTCTACGATGAGTGGTTCGCTGCTTTCCTACTAGCAGTTCGTCCCTCGAACCTTTGCTGGTTCTCTCCAGCCTACGGGGCTGATCCGGGCAGTGGTCGCAGCTTGCGGGAGCCAATCTCCCCCTGCCCGGCCTCCCCTAAGCCTGGTGGGGCTCAGAAGCAGACCAGGTTCCAATACACACACACTTAGGTTTGGGGGAAGGTCTTAGTGGCCTGATCATAGAAGCGGCTGTGGCTACCGTTACGGTCCATGAGATGCGTTTGGGTTTTGTGTTTCCTGGGTATAAACCGACAGCGCGCTGCTAGTGCCCCTGGCTTGCAATAGCCCCAAATGAAAATGCCTAATGAGGTTGAAGATGGTGACAGGTGATTTGTGTCACAACACTTCTTGTGACCCATAATGAATGACATCCCTAGGATTTGTGGATGAGAGGAGGCCAAGAAAGTTATTGCCTGGGCTGCCCCATTCAGGAGTGACCGTCGTTTGCATTTCATGGTGTCTCCAAAATAGATTGTGTGTGTAGTCATAGGTCCTCAAAGCAGAAGATAAATTTTTCCTGTAAGTCCTGGGTTTGATTCCCTAGCGTTACCACACACCCTGAAGACAATTTCTATATAAACTAAAGCATTCTAGAACTCTGTCCCGTTTTAATGATTTTTTTAATACAAACATGA
U3_D5 87794937 87796167 1231 TTAGGGCTACATAGTAAACTCATCTCAAAAGAGGGAAAGACAAGACTGCTCAGAAAGTAAAGCCATCTGTTTGCCACTAAGCCTGAATCTACCCCACAAAGGAGATCAAGTCACAAGCCGTTCAACAGACACTACCTGCACAAAAATCTCCACGTTTTCAGTACCACTTCATGACTCACCTATAGCACTTCACCTTGGTGCAGTCTTTTTGAATATGTCCAAATTCACCACAAGAATAGCACTTCTGCTCATCCGCGTGGTCACAGTCACGAGCCAGATGGCCTGGCTTGCCACAATTGTAGCAGCATTGCTCTCGCTCTCTCTTGGGCTCCTTGCAGTCCTTGGCAATGTGGCCACCTCTACCGCAGTTATAGCAGGCTTCAACAATAAGGAAAAGAAGCAGACCAAGACTATAAAACCTTTATAAAGTAGTATATTTAAACCACATGCTACAAACCCTTCCAAAGCTGTGTGTAAGTACACACTCACCTCTCCCAAGAGTATCAAGTGTTAAATACTTACCATCCTCCTGCAGATCACAATCCTTGGCAAGATGACCAGACTCACCACAGCGGTAGCAGATGTCAGGGAGAGACGAGGAAACAAACTGGAACCCTATTTTGAGTAGAAACAAAAAGAATTGGGATAATCAGGCCAGTCTTGGTATTAATGAATGCTGGAGTACTTCAAAATTTTTTATTCGACAAAAATACCTCTATCCGAGGTAAAACCACCTCTGCCGCGGCTTCTCATTCCACGACCCCGACCTCCACCAGTAGGGCACTCCCTGGCCCAGTGGCCAGATCGTCCACACTTGAAGCATTCGTTGCTGCTCATAGCTGCAGTTAGAGCTTTGGAATATCAAAAAATATCATTAAACACTTAGAATTCTTACTGGTTAGAAAGACCAGTACCAATCTATTTACTTGTGCTTCATACACCTACCATATGCAAAATGAAAAACTCTGAAACTATATCTTACAAACTTCTAAATGGGGCATATATGTATTAACATGCCCGTGTTAATAATCTCAGAAATATCTCAATATTCCTGGTCCAGCTTAAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTATGCACGCGCACGCCATATATGCTTACTGCTCAAGGAAAATTAAAATATGTATCACTCACTTTTACCCAGAAATACTAATTTAAAATTTCAAGCCAAGAACAGTGGCAGAGAATCCGGAGTTCTAT
D3_G3 87791402 87794842 3441 CACGATCTATTTGTCAATTCAATCACTTCATTAGAAAAGCCTTGTTTTGTCATCTATGCCAGGATAGAAAAATGTAGTAGACTGAGTTGGTTGAAAGAGAGAAAAAAAAAAAAAAAGAACATTTCCAAGTTAAAAATATTCCTCAAAATATGCTTTTGTCAATGTCACCTGCATCTTTTTTTTTTTTGAGATTTATTTTATGAGTTCACTGTAGCTGTACAGATAGTTGTGAGCCTTCATGTTTGTTGAGAATTGAACTGTAGGATCTCTTGCTCAGTCCCTGCTTGCTCCGGCCCAAAGATTTATTACTATACATACACTGTAACTGTCTTCTGACACACCAGATGGCGTCAGATCTCACTACTGGTGGTTGAGTCACCATGTGGTTGCTGGGATTTGAATACGGGACCCTCGGAAGAGCATTCAGTGCTCTTAATCACCAAGTCAACTCACCAGCCCTCCTGTACCTTTCTATGGACCTCAAATACTGTTTCTTTTCTCTATCCAGAATCTATGCACTAAAAACATTAAAACACGGGCCAGGTGGTGGTGGCTCACGCCTTTAATCCCAGCGCTGGGGGTGGGGGTGGCAGAGGCAGGCGGATTTCTGAGTTAGAGGCCAGCCTGGTCTACAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGAGCTACACAGAGAAACCCTGTCTCGAAAAATCAAACCTCCCCCACCCCCCAAATTAAAACACAGTCTTCCAAGATGCCCACTAGTAACCAGAGGAACAACTTAAGAGTGATCAGTTCTTTCAGGAATCAAACTCAAGCCATCCTCGTCTTTCCCTTCTGAGCCATCTCACCTCTCGTTTCCCATCTTTTCATTTTAAGACAGGGTCTTGCTTTGTAGTCCAAGAAAACCTTAAACTTCTACCCCCTTTGCTGGGGGGGGGGAGGCAGAGCAGTTAGGCTATGTAGCATAACATAGGTTTTTTTTGTTGTTTTTTACTTCCAATGTTTTGGCTGCATGCATATACAAATACCACTATGTGCCTGGTGCCAAGGAGACCAGAAGAGGGCAGTAGATCCGTTAGAAATGTTGTTACAGGTGATTGACATTAGTCTTGGTGCTGGAGCCAGGACCCCACAGGCAGGTCCTATACAAGAGGAGCAAGTTCTGTTATCTGCTTAACAGTCTCCTTACCCAGTTTTTTTGTTTTTTGTTTTTTGTTTTTTTTTTTTTTGAGAAAAGGGTTTTACTATGTTGGCTCTGCCTGGAACTTTAGAGCAAGATTACCTCACATACCTCACTTGCTGAGTTTTGAAATTAAGGGCACACACAACCACCCCCATGCAGTTTTTCAAAACTGGCTAGCCTCAAAACTCCACCTGCCTCTGCCTCTCAAGTGCAGACAGATCACTCTGCATGAACTAAGAATAAGTGACAATCCAAGGCCATCATTATGCTAAGAATGTTCTTTTGTTCATGTGTCTAAGCACAACTGTGGATTCAGTTCCTTTTTTCCATCTCTACATAGATTCTGGAACTAAAAACTCAAGCCACCAAGCTTATGTGGCAACAGCCAACAGAAGATCCATAGAACTCTTCGTAGCTCTACAAATTAATAAAACAGTGCGTTCTTCTATCACCAGCTTTTCCTTACTGAAGACATTACTTAGCATAGAAAGAAAAGTCCAAACTGTCATCTTTCAGTCCTCCACATTCCCCTCTTTAATATGGTATTTTGTTCTATATACATTGATGAAAATTTAAAACAAACAAAAGGAACTTTAGTCAAAACTCCCCTTCCTCCTCCAGCTTTATTGGAATAGTTTAAAATTACATTTTCTATTTTCTAGGACTTCAGTTGCTTTTTCCATCTGACTTTTAAAAACTGATTACAGCAAATGAAACACAGTTGTCTAAGTGATATAGTATACAAAAATAACATCTTGATTTCTGTGAAAATGCATTTCTCTGCAATTCCTGAATAGCTCCAAATTATGCTAACTCTGAGCATCGGATGTTTACTCTGGGTTTTAGATTTAGTCTTTGAAAAAATGTGTTCTACACCTTTGCCATCACCATCTGTACGTCCAGCATCGTCACTGGGATGAAGCTGCTTCTGTGTTAGGCTTTGAGCCAGATTCCCTGGCATAGCCTTCAACACATTTGTCTTTTCAGTTTACTCCCAACTCAACTGTATATTCTGAGGGCCTGATGCAGATGTTACTCGATGTTATTTAATAGCTACTGAGGTCAGACAATCCAAGGCCGTCATTATGCTAAGAATTAAAGTTATTTATGGAAGCTTAGATGCTTCCAGAATTGGTTTTACCTCCTACATGGGAACACACTCAAACCCAGAAGGGCTTACTGGTCTGACTGAACTCTTCCCATTCATTAATCCCTATTCACCAGTGGCACGGAAAGGGGGTTCTTTAACAAAGCATTATACATAACACCTCTACCAAACTAAACATAAACTTTTTTTGTAGTTAAATGCAGAAATTCGGTTTTTTCCACCCCTTTCCTCCTTTTACACTGCAAGTAAAGCTCACTGGCCTGGGAACAGCCTCTATCTGCCAACCTTTGGCCAGTGAAGAGGATTCAGAGAAAATAATACAACCATCAATCAGAAAAAGGAGGGGCGACAAAGGAAAATAATTAGGCTGTAGCCTCAATTGTGCATTCCCGTGCAAGATGCCCTGACTCGCCACAGCGGTAACAGTTGACTTCACTTGTCTTGCTGCAATTGATGGCTACATGACCAGTTTCACCACACCTGAAAAAAAAAAAAATTACATAGTTTTGACATTGCTTCTCAGAACAAATAACACCGTTCTCAAATCAATGGTCAATACAGAAAAAGAAAAAAAAAAACTTATGAACACAAATAAGTATATTTTTCTTTGTAAGACTATTTCTCTTTTATGAGACATTACTGCCCAGGTTGTTTTTAAATCCCTTACAGTGCACGCAATTGTTTTCTTCCTTCTTTAAAAGGGCTTTACTTTTGAAAACAGTCTCATATAAAAGTCAACGCAAGCCGTAAACACAACCTTCTAGCTCTGTGCTGTGACTACAGGAGTTAAATCATCGTACCCAGCTAAGAGTCTACATCTTTATCTTCTAACCAAGAACAGAGAAGAGTAAAAACTAGGTTCTCAAAAACCTTGTCATAAGAGATTAACTAGTTCCAAGCCCAAAACATCAGCAAAGATGATGTTATTTGTAAATGAATCCCTAAGGTTTCATTTATATGCTCCAATAGCACTTAGTAACTACACCACACACAAGCCATAGTGTTTATATAGCTATACTCTTGACTTCCCATATATGACAGGTTTTTGTTTCATCCTTCTCTACGGGATACATACAGACTTGCACAATTTCTTTCACACTCACTGAGACCTTACTACTCCAAACTGTACACTTTATCTTGGTTCTGTGGCAGTGTCTGCCTACCAGGTTTGA
U5_15 87796277 87811327 15051 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Comments:
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creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
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finished running aos
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AOS Produced 14 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
Aligned target to NCBIM37 assembly: chr: chromosome:NCBIM37:6:1:149517037:1, start 87795115: end 87795787
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DESIGN COMPLETE
U-type: U1
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Creating display features: mapping to reference assembly
Created display features
Inserted short and long range genomic sequence arms

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