<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 520 bps / non-identical: 50 bps

Full alignment

  AJ271735.1	149972	GAAAGGGGCTTTCTGACTTGGAGCATCTGAGGAAATAGATTATTTGAGGA	150021
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  KC877989.1	520	GAAAGGGGCTTTCTGACTTGGAGCATCTGAGGAAATAGATTATTTGAGGA	471

  AJ271735.1	150022	TCTAGTACTCCCAGAATAATCTGTAACCACAAGAAACACATTTCTTGAAC	150071
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  KC877989.1	470	TCTAGTACTCCCAGAATAATCTGTAACCACAAGAAACACATTTCTTGAAC	421

  AJ271735.1	150072	TCCAGCGCCCCAGAACAGGATATCCATATCCAATCCCATCGTATCCATCC	150121
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  KC877989.1	420	TCCAGCGCCCCAGAACAGGATATCCATATCCAATCCCATCGTATCCATCC	371

  AJ271735.1	150122	TGGATGTTATGAATTTCCAGAGAGGGCCACTTCTACCCCCCTAGGAGTCA	150171
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  KC877989.1	370	TGGATGTTATGAATTTCCAGAGAGGGCCACTTCTACCCCCCTAGGAGTCA	321

  AJ271735.1	150172	TACATCTGGCTACTTATTTGTTAAAAATAAAATTCTGTACCATTTATAAA	150221
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  KC877989.1	320	TACATCTGGCTACTTATTTGTTAAAAATAAAATTCTGTACCATTTATAAA	271

  AJ271735.1	150222	ATGGGCCTCTTATGTCCTCCTTATTTTGAAATTATAATATACATTCCTAA	150271
			|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
C  KC877989.1	270	ATGGGCCTCTTATGTCTTCCTTATTTTGAAATTATAATATACATTCCTAA	221

  AJ271735.1	150272	TTCATCATTCATTTTTGCCAATGATTTTTAAGTATTTATTTGAAAGTTAT	150321
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  KC877989.1	220	TTCATCATTCATTTTTGCCAATGATTTTTAAGTATTTATTTGAAAGTTAT	171

  AJ271735.1	150322	TTTTAAATACAAAAATATATGTATTTAATAAAGCACTTCTTTATCTTCTT	150371
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  KC877989.1	170	TTTTAAATACAAAAATATATGTATTTAATAAAGCACTTCTTTATCTTCTT	121

  AJ271735.1	150372	ATTTGAACCATACTAAAAAATGTAAAACATGCCATGATTAAACTAGGTAA	150421
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  KC877989.1	120	ATTTGAACCATACTAAAAAATGTAAAACATGCCATGATTAAACTAGGTAA	71

  AJ271735.1	150422	TTCTATATATCACATTACAAGTAAGTTTTAAAAATCTATTTGGTAAATAT	150471
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  KC877989.1	70	TTCTATATATCACATTACAAGTAAGTTTTAAAAATCTATTTGGTAAATAT	21

  AJ271735.1	150472	ATTCTCATTTCATCTTGAAA	150491
			||||||||||||||||||||
C  KC877989.1	20	ATTCTCATTTCATCTTGAAA	1

Compact alignment

skip 250 bps 100% identity alignment

  AJ271735.1	150222	ATGGGCCTCTTATGTCCTCCTTATTTTGAAATTATAATATACATTCCTAA	150271
			|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
C  KC877989.1	270	ATGGGCCTCTTATGTCTTCCTTATTTTGAAATTATAATATACATTCCTAA	221

skip 220 bps 100% identity alignment

Overview

Query
AJ271735.1 - 240000 bps
Hit
KC877989.1 - 520 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 520 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.8077052014997215049111520-1
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