<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 571 bps / non-identical: 50 bps

Full alignment

AJ271735.1	144794	GTAACCTCTTATGTTGCTTTCAGATCCTTCAATTTTAAGTAACTTTTTAA	144843
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
KC877984.1	1	GTAACCTCTTATGTTGCTTTCAGATCCTTCAATTTTAAGTAACTTTTTAA	50

AJ271735.1	144844	TCTTACAAGTCTGCTTGATTGTACTTTACACTTATCTACCCTGAAAAGCT	144893
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
KC877984.1	51	TCTTACAAGTCTGCTTGATTGTACTTTACACTTATCTACCCTGAAAAGCT	100

AJ271735.1	144894	CTGCCCAGTTCTCTGGGTCAAGCTGGATGGTGATGAGTAGCAACACACAC	144943
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
KC877984.1	101	CTGCCCAGTTCTCTGGGTCAAGCTGGATGGTGATGAGTAGCAACACACAC	150

AJ271735.1	144944	TTCTCTGCTTCTGCCTGAAATGTGCTTAGAGCTCAGTTATCTAAGGATTC	144993
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
KC877984.1	151	TTCTCTGCTTCTGCCTGAAATGTGCTTAGAGCTCAGTTATCTAAGGATTC	200

AJ271735.1	144994	TCTGACACTAGTGCATTGTTCCTGGAGCTAAATTATTCTATGGATGTTTG	145043
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
KC877984.1	201	TCTGACACTAGTGCATTGTTCCTGGAGCTAAATTATTCTATGGATGTTTG	250

AJ271735.1	145044	CTTATTAGTTTCAGGCCCCAAAATAACACGAGCCCCTCCACCTTGATAGC	145093
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
KC877984.1	251	CTTATTAGTTTCAGGCCCCAAAATAACACGAGCCCCTCCTCCTTGATAGC	300

AJ271735.1	145094	TCCTTGATATCCCAATCTTGCAGTCCTAACTCAGGCAAATTGTGCACTGC	145143
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
KC877984.1	301	TCCTTGATATCCCAATCTTGCAGTCCTAACTCAGGCAAATTGTGCACTGC	350

AJ271735.1	145144	CAGAGGGGCCCTGGGTTCTGCCATATACCCAGAGGAGCCTTTCTCAGTGT	145193
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
KC877984.1	351	CAGAGGGGCCCTGGGTTCTGCCATATACCCAGAGGAGCCTTTCTCAGTGT	400

AJ271735.1	145194	GTTTCTAAATGGCCTTACACTTGGTAGAAGAAATTGAAGGGTTACTCAAA	145243
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
KC877984.1	401	GTTTCTAAATGGCCTTACACTTGGTAGAAGAAATTGAAGGGTTACTCAAA	450

AJ271735.1	145244	TACAGTTGCAATCTGCAATCTGCTGTTGAGTCAGGGCTTTCACTTGTGTC	145293
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
KC877984.1	451	TACAGTTGCAATCTGCAATCTGCTGTTGAGTCAGGGCTTTCACTTGTGTC	500

AJ271735.1	145294	CAAGTTGGCCTGATATGGACTGCATCTGCTTTACGTATAGATGGGTCCTG	145343
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
KC877984.1	501	CAAGTTGGCCTGATATGGACTGCATCTGCTTTACGTATAGATGGGTCCTG	550

AJ271735.1	145344	TTGGGATATGCGCATGGACGT	145364
			|||||||||||||||||||||
KC877984.1	551	TTGGGATATGCGCATGGACGT	571

Compact alignment

skip 250 bps 100% identity alignment

AJ271735.1	145044	CTTATTAGTTTCAGGCCCCAAAATAACACGAGCCCCTCCACCTTGATAGC	145093
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
KC877984.1	251	CTTATTAGTTTCAGGCCCCAAAATAACACGAGCCCCTCCTCCTTGATAGC	300

skip 271 bps 100% identity alignment

Overview

Query
AJ271735.1 - 240000 bps
Hit
KC877984.1 - 571 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 571 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.82490571144794145364115711
Short-link