<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  FQ482110.1	148732	GATCCTGAATCTTATTAAATAATAACAAAAGATCTAACATTTTAATCATT	148683
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FQ482109.2	106030	GATCCTGAATCTTATTAAATAATAACAAAAGATCTAACATTTTAATCATT	106079

C  FQ482110.1	148682	AGAGAGAAAAAAGAGTCTAGGGTTGACAAGTACTTCAAGAAATAATGGAT	148633
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FQ482109.2	106080	AGAGAGAAAAAAGAGTCTAGGGTTGACAAGTACTTCAAGAAATAATGGAT	106129

C  FQ482110.1	148632	GAAAAATTCCCAAATTTGAATAAAGACATAAAAATCTTACAGTTTCAAAG	148583
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FQ482109.2	106130	GAAAAATTCCCAAATTTGAATAAAGACATAAAAATCTTACAGTTTCAAAG	106179

C  FQ482110.1	148582	AATCTGAGAAAAATCCAAATAGGATAAACCAAAAGAATTTCACAACAAGA	148533
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FQ482109.2	106180	AATCTGAGAAAAATCCAAATAGGATAAACCAAAAGAATTTCACAACAAGA	106229

C  FQ482110.1	148532	GACACGGATTATTAAGCTTGTGAAATGCAAGGGGAAAAATGTCTTAAAGC	148483
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FQ482109.2	106230	GACACGGATTATTAAGCTTGTGAAATGCAAGGGGAAAAATGTCTTAAAGC	106279

C  FQ482110.1	148482	CAGCCAGGGAAAAGTGATACATGATGATAAAAGTAAAGTCACTCCGTCAT	148433
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FQ482109.2	106280	CAGCCAGGGAAAAGTGATACATGATGATAAAAGTAAAGTCACTCCGTCAT	106329

C  FQ482110.1	148432	GTCCAACTCTTTGCGATGCCATTGACTGTTGCCTGCCAGACTCCTCCGTC	148383
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FQ482109.2	106330	GTCCAACTCTTTGCGATGCCATTGACTGTTGCCTGCCAGACTCCTCCGTC	106379

C  FQ482110.1	148382	CATGGGATTTTCCAGGCAAGAATACTGGTGTGGGTTACCATTTCCTTCTC	148333
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FQ482109.2	106380	CATGGGATTTTCCAGGCAAGAATACTGGTGTGGGTTACCATTTCCTTCTC	106429

C  FQ482110.1	148332	CAGGGGATCTTCCCGACCCAGGGATCAAACTCAGGTCTCCCACATTGCAG	148283
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FQ482109.2	106430	CAGGGGATCTTCCCGACCCAGGGATCAAACTCAGGTCTCCCACATTGCAG	106479

C  FQ482110.1	148282	GCAGACTCTTTACCACCTGAGCCGATAAGGAAGCATCAAATTACATGACA	148233
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FQ482109.2	106480	GCAGACTCTTTACCACCTGAGCCGATAAGGAAGCATCAAATTACATGACA	106529

C  FQ482110.1	148232	GAAGACTGTGGCTCAGTCACTTGAAGCCACAAAGGCCAGACACAAATGAC	148183
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FQ482109.2	106530	GAAGACTGTGGCTCAGTCACTTGAAGCCACAAAGGCCAGACACAAATGAC	106579

C  FQ482110.1	148182	ACAATGTCTTTCAAGTGCTGAAAGTAAAAAATTGTCAATTATGGATTATA	148133
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FQ482109.2	106580	ACAATGTCTTTCAAGTGCTGAAAGTAAAAAATTGTCAATTATGGATTATA	106629

C  FQ482110.1	148132	TCTGGCAAAATTATCCTTCAGGAGTTAAGGGGAAATAAAGACATTTCTAG	148083
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FQ482109.2	106630	TCTGGCAAAATTATCCTTCAGGAGTTAAGGGGAAATAAAGACATTTCTAG	106679

C  FQ482110.1	148082	ACAAGGGAAAACTAAGAAAATGTTGGTAGCAATACAATGCTTAAAGAATG	148033
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FQ482109.2	106680	ACAAGGGAAAACTAAGAAAATGTTGGTAGCAATACAATGCTTAAAGAATG	106729

C  FQ482110.1	148032	GCTACAGGAGCTTTTTCATATGGAAAGGAAATGATAGTACAAGAAAGTCT	147983
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FQ482109.2	106730	GCTACAGGAGCTTTTTCATATGGAAAGGAAATGATAGTACAAGAAAGTCT	106779

C  FQ482110.1	147982	GGAATATCAGAATGGAGGGAAAAACTGAGTGGGTAGAAATGAATTCTGCC	147933
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FQ482109.2	106780	GGAATATCAGAATGGAGGGAAAAACTGAGTGGGTAGAAATGAATTCTGCC	106829

C  FQ482110.1	147932	AACAGCTAGCAAGCTTGGGAGAGGATCTTTCCCCTTTGATGTGAATTGCA	147883
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FQ482109.2	106830	AACAGCTAGCAAGCTTGGGAGAGGATCTTTCCCCTTTGATGTGAATTGCA	106879

C  FQ482110.1	147882	ATCTCAGATTGTGACTTCAGTCTGGTAAGACAAAGAGCCTGACATACACT	147833
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FQ482109.2	106880	ATCTCAGATTGTGACTTCAGTCTGGTAAGACAAAGAGCCTGACATACACT	106929

C  FQ482110.1	147832	TCTGACCAAGGATGCTGGATAATAAATATAAAATTTCTTTTCTTTTAAAC	147783
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FQ482109.2	106930	TCTGACCAAGGATGCTGGATAATAAATATAAAATTTCTTTTCTTTTAAAC	106979

C  FQ482110.1	147782	TGCTGAGTTTGAAGTAATTTTTGGCAGTGTCCTCCCGGCCGCCGCCCCTG	147733
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FQ482109.2	106980	TGCTGAGTTTGAAGTAATTTTTGGCAGTGTCCTCCCGGCCGCCGCCCCTG	107029

C  FQ482110.1	147732	ACCTCAGACGTCGGGTAGCTCCTCTAGGCCGCTGCCCCTGACCTTGGACG	147683
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FQ482109.2	107030	ACCTCAGACGTCGGGTAGCTCCTCTAGGCCGCTGCCCCTGACCTTGGACG	107079

C  FQ482110.1	147682	TCGTGTAGCTCCTCTCGGTCGTTCCTGCACCGTTGCAGCCTGGCACTCTC	147633
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FQ482109.2	107080	TCGTGTAGCTCCTCTCGGTCGTTCCTGCACCGTTGCAGCCTGGCACTCTC	107129

C  FQ482110.1	147632	GGCCGCTGCCCCTGACCTCGGACGTGGGGTAACTCCTCTTGGCCACCCTC	147583
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FQ482109.2	107130	GGCCGCTGCCCCTGACCTCGGACGTGGGGTAACTCCTCTTGGCCACCCTC	107179

C  FQ482110.1	147582	TCTCAGGCATGGGGTCCTCCTGGCTTCTGCCCCTGACCTCGGACGTGGGG	147533
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FQ482109.2	107180	TCTCAGGCATGGGGTCCTCCTGGCTTCTGCCCCTGACCTCGGACGTGGGG	107229

C  FQ482110.1	147532	CAGCCGCCCGCACTAAATACACTGGTTGCAGCTGCCTGGCTAAATGTAAC	147483
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FQ482109.2	107230	CAGCCGCCCGCACTAAATACACTGGTTGCAGCTGCCTGGCTAAATGTAAC	107279

C  FQ482110.1	147482	CAGTAACACTGAAGAAGCTGAAGTTGAACGGTTCTATGAAGACCTACAAG	147433
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FQ482109.2	107280	CAGTAACACTGAAGAAGCTGAAGTTGAACGGTTCTATGAAGACCTACAAG	107329

C  FQ482110.1	147432	ACCTTTTAGAACTAACACCCAAAAAAGATGTCCTTTTCATTATAGGGGAC	147383
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FQ482109.2	107330	ACCTTTTAGAACTAACACCCAAAAAAGATGTCCTTTTCATTATAGGGGAC	107379

C  FQ482110.1	147382	TGAAATGCAAAAGTAGGAAGTCAAGAAACACCTGGAGTAACAGGCAAATT	147333
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FQ482109.2	107380	TGAAATGCAAAAGTAGGAAGTCAAGAAACACCTGGAGTAACAGGCAAATT	107429

C  FQ482110.1	147332	TGGCCTTGGAATATGGAATGAAGCAGGGAAAAGACTAATGGAGTTTTGCC	147283
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FQ482109.2	107430	TGGCCTTGGAATATGGAATGAAGCAGGGAAAAGACTAATGGAGTTTTGCC	107479

C  FQ482110.1	147282	AAGAAAATGCACTGGTCATAGCAAACACCCTCTTTCAACAACACAAGAGA	147233
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FQ482109.2	107480	AAGAAAATGCACTGGTCATAGCAAACACCCTCTTTCAACAACACAAGAGA	107529

C  FQ482110.1	147232	AGACTCTACACATGGACATCACCAGATGGTCAACACCGAAATCACATTGA	147183
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FQ482109.2	107530	AGACTCTACACATGGACATCACCAGATGGTCAACACCGAAATCACATTGA	107579

C  FQ482110.1	147182	TTATATTCTTTGCAGCCAAAGATGAAGAAGCTCTATACAGTCAACTAAAA	147133
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FQ482109.2	107580	TTATATTCTTTGCAGCCAAAGATGAAGAAGCTCTATACAGTCAACTAAAA	107629

C  FQ482110.1	147132	CAAGACCAGGAGCTGACTGTGGCTCAGATCAAGAACTCCTTATTGCCAAA	147083
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FQ482109.2	107630	CAAGACCAGGAGCTGACTGTGGCTCAGATCAAGAACTCCTTATTGCCAAA	107679

C  FQ482110.1	147082	TTCAGACTGAAATTGAAGAAAGTAAGGAAAACCATTAGACCATTCAGGTA	147033
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FQ482109.2	107680	TTCAGACTGAAATTGAAGAAAGTAAGGAAAACCATTAGACCATTCAGGTA	107729

C  FQ482110.1	147032	TGACCTAATTCAAATCCCTTATGATTATACAGTGGAAGTGAGAAATAGAT	146983
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FQ482109.2	107730	TGACCTAATTCAAATCCCTTATGATTATACAGTGGAAGTGAGAAATAGAT	107779

C  FQ482110.1	146982	TTAAGGGACTAGATCTGATAGATAGAGTGCCTGATGAATTATGGACTGAG	146933
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FQ482109.2	107780	TTAAGGGACTAGATCTGATAGATAGAGTGCCTGATGAATTATGGACTGAG	107829

C  FQ482110.1	146932	GTTCGTGACATTGTACAGGAGACAGGGATCAAGACCATCCCCATGGAAAA	146883
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FQ482109.2	107830	GTTCGTGACATTGTACAGGAGACAGGGATCAAGACCATCCCCATGGAAAA	107879

C  FQ482110.1	146882	GAAATGCAAAAAAGCAAAATGGCTGTCTGGGGAGGCCTTACAAATAGCTG	146833
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FQ482109.2	107880	GAAATGCAAAAAAGCAAAATGGCTGTCTGGGGAGGCCTTACAAATAGCTG	107929

C  FQ482110.1	146832	TGAAAAGAAGAGAAGCCAAAAGCAAAGGAGAAAAGGAAAGATATAAGCAT	146783
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FQ482109.2	107930	TGAAAAGAAGAGAAGCCAAAAGCAAAGGAGAAAAGGAAAGATATAAGCAT	107979

C  FQ482110.1	146782	CTGAATGCAGAGTTCCAAACAATAGCAAGAAGAGGTAAGAAAGCCTTCCT	146733
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FQ482109.2	107980	CTGAATGCAGAGTTCCAAACAATAGCAAGAAGAGGTAAGAAAGCCTTCCT	108029

Overview

Query
FQ482110.1 - 148732 bps
Hit
FQ482109.2 - 108029 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110002000146733148732-11060301080291
Short-link