<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2179 bps / non-identical: 532 bps

Full alignment

C  FP102388.1	5938	TATTTATTTTAGCTTCTTAGGGCTGTACCCATGGCACATCAAAATTCCCA	5889
			||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
  FP236246.1	43810	TATTTATTTTAGCTTCTTAGGGCTGTACCTATGGCACATCAAAATTCCCA	43859

C  FP102388.1	5888	GGCTAGGGGTCGAATCAGAGATGCAGCTTCTGGCCTACACCACAGCACAG	5839
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FP236246.1	43860	GGCTAGGGGTCGAATCAGAGATGCAGCTTCTGGCCTACACCACAGCACAG	43909

C  FP102388.1	5838	CAATGTGGGATCCGAGCAGTGTCTGCCACTGACACCACAGCTCACCTCAA	5789
			||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FP236246.1	43910	CAATGTGGGATCCAAGCAGTGTCTGCCACTGACACCACAGCTCACCTCAA	43959

C  FP102388.1	5788	TGCCAGATCCTTAACCCACTGAGCTGGCCAAGTATCAAACCCACATCCTC	5739
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FP236246.1	43960	TGCCAGATCCTTAACCCACTGAGCTGGCCAAGTATCAAACCCACATCCTC	44009

C  FP102388.1	5738	AGTGATACTAGTAAGAGTTCTTACCACTGAACCACAATGGGAACCCTTTT	5689
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FP236246.1	44010	AGTGATACTAGTAAGAGTTCTTACCACTGAACCACAATGGGAACCCTTTT	44059

C  FP102388.1	5688	TCCTCACTTAAAAAAAAAGTCAGAGTAATGTAATCTCCCATAAATTATTT	5639
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FP236246.1	44060	TCCTCACTTAAAAAAAAAGTCAGAGTAATGTAATCTCCCATAAATTATTT	44109

C  FP102388.1	5638	TTTTTTAAATTTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGCTATTTCTTGGGCCT	5589
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FP236246.1	44110	TTTTTTAAATTTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGCTATTTCTTGGGCCT	44159

C  FP102388.1	5588	CTCCCGTGGTATATGGAAGTTCCCAGGCTAGGGGTCGAATCGGAGCTGTA	5539
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FP236246.1	44160	CTCCCGTGGTATATGGAAGTTCCCAGGCTAGGGGTCGAATCGGAGCTGTA	44209

C  FP102388.1	5538	GCCACCGGCCTACGCCAGAGCCACAGCAACGCAGGATCCGAGCCGCGTCT	5489
			||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
  FP236246.1	44210	GCCACCGGCCTACGCCAGAGCCACAGCAATGCAGGATCCGAGCCGCGTCT	44259

C  FP102388.1	5488	GCAGCCTACACCACAGCTCACGACAACACCGTATCCTTAACCCACTGAGC	5439
			||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
  FP236246.1	44260	GCAGCCTACACCACAGCTCACGACAACACTGTATCCTTAACCCACTGAGC	44309

C  FP102388.1	5438	AAGGGCAGGGACCGAACCCACAACCTCATGGTTCCTAGTCGGATTCGTTA	5389
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FP236246.1	44310	AAGGGCAGGGACCGAACCCACAACCTCATGGTTCCTAGTCGGATTCGTTA	44359

C  FP102388.1	5388	ACTACTGCTCCACGACGGGAACTCCAAATCTCCCATAAATTCTTATGAGG	5339
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FP236246.1	44360	ACTACTGCTCCACGACGGGAACTCCAAATCTCCCATAAATTCTTATGAGG	44409

C  FP102388.1	5338	GAAAACTCATCATTCCAAATTGAGTAACAGAAAAGGAATAGGAAGAGGTG	5289
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FP236246.1	44410	GAAAACTCATCATTCCAAATTGAGTAACAGAAAAGGAATAGGAAGAGGTG	44459

C  FP102388.1	5288	TTACATGGAAGTGAAGATTGATCTAAATGTAAAAGAGTCTGTGTTGGAGA	5239
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FP236246.1	44460	TTACATGGAAGTGAAGATTGATCTAAATGTAAAAGAGTCTGTGTTGGAGA	44509

C  FP102388.1	5238	AAACTGACATAACAGAACCTTAAGATACGCCACTGTGACACATAGCTAAG	5189
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FP236246.1	44510	AAACTGACATAACAGAACCTTAAGATACGCCACTGTGACACATAGCTAAG	44559

C  FP102388.1	5188	TGAAAAATACTAGTTACAGAAAGTGTCTCCTTGATTATTAGCAATGACTA	5139
			||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
  FP236246.1	44560	TGAAAAATACTAGTTACAGAAAGTGTCTCATTGATTATTAGCAATGACTA	44609

C  FP102388.1	5138	CAATATGAAAGAGGCAATAACCACTTAAACTGAATAGTACATGAAGACAG	5089
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FP236246.1	44610	CAATATGAAAGAGGCAATAACCACTTAAACTGAATAGTACATGAAGACAG	44659

C  FP102388.1	5088	GTAACCTGAGTTGGAAGGATAAGATGAAGACATATAATCATGTAAAAACA	5039
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FP236246.1	44660	GTAACCTGAGTTGGAAGGATAAGATGAAGACATATAATCATGTAAAAACA	44709

C  FP102388.1	5038	TGTCTCTGTGTGAGTTAAGGCAGATGATCATTAAGAGTTTCAACATGAGA	4989
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FP236246.1	44710	TGTCTCTGTGTGAGTTAAGGCAGATGATCATTAAGAGTTTCAACATGAGA	44759

C  FP102388.1	4988	ATTTCAATGGTACGAGAAACAGATGAGAGAATAACAGTTTAGTACATTAT	4939
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FP236246.1	44760	ATTTCAATGGTACGAGAAACAGATGAGAGAATAACAGTTTAGTACATTAT	44809

C  FP102388.1	4938	AGTTACTTGCCATTTAGCAGTGCTCTCTCCCCTACACAGG---AAAAAAA	4892
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||
  FP236246.1	44810	AGTTACTTGCCATTTAGCAGTGCTCTCTCCCCTACACAGGAAAAAAAAAA	44859

C  FP102388.1	4891	AAAAAAGAAATAAGATACTCATTCCAAATAAAGGCATAACATTGGAAAGG	4842
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FP236246.1	44860	AAAAAAGAAATAAGATACTCATTCCAAATAAAGGCATAACATTGGAAAGG	44909

C  FP102388.1	4841	AAGGAGAACAAATATTGGGACCCTTTTCATGGTTTTCTCTGTGGTGCATC	4792
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FP236246.1	44910	AAGGAGAACAAATATTGGGACCCTTTTCATGGTTTTCTCTGTGGTGCATC	44959

C  FP102388.1	4791	TTGACCCATGTTTGTGAAAACTGGAACCATAAGGTTCCAAGGAACATCTT	4742
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
  FP236246.1	44960	TTGACCCATGTTTGTGAAAACTGGAACCATAAGGTTCCAAGGGACATCTT	45009

C  FP102388.1	4741	ACCAATCAAAGTGTGGTTTTCATCCCCACATCCCTATGTGCAAGGGAACT	4692
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FP236246.1	45010	ACCAATCAAAGTGTGGTTTTCATCCCCACATCCCTATGTGCAAGGGAACT	45059

C  FP102388.1	4691	AAGTTAGGAAGTGAAACTCTAAGAGAAGATAGTGCAGGAATTTGGAGGTA	4642
			| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FP236246.1	45060	AGGTTAGGAAGTGAAACTCTAAGAGAAGATAGTGCAGGAATTTGGAGGTA	45109

C  FP102388.1	4641	GGCCCAATGCCAATCATTCCTCTTTCATTGGGGCATTCTTTCTCATACTA	4592
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FP236246.1	45110	GGCCCAATGCCAATCATTCCTCTTTCATTGGGGCATTCTTTCTCATACTA	45159

C  FP102388.1	4591	AAATACAAATGTACACACCTGCACATGACAGGTCCTTAGAAAGTGATGAG	4542
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FP236246.1	45160	AAATACAAATGTACACACCTGCACATGACAGGTCCTTAGAAAGTGATGAG	45209

C  FP102388.1	4541	GAAGCGTTCTTCACTTAAAGTTTTCAGTATTGAGAGATGTATTTCAACTT	4492
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FP236246.1	45210	GAAGCGTTCTTCACTTAAAGTTTTCAGTATTGAGAGATGTATTTCAACTT	45259

C  FP102388.1	4491	TATTAACATGTATAATTCTTCTAAATATATTTAATGGGATTTGCTGTTTG	4442
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FP236246.1	45260	TATTAACATGTATAATTCTTCTAAATATATTTAATGGGATTTGCTGTTTG	45309

C  FP102388.1	4441	CTGTTTTGGTTAATTGTGCAAATAAAAATGCAAATGAATAAAGAACAATC	4392
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FP236246.1	45310	CTGTTTTGGTTAATTGTGCAAATAAAAATGCAAATGAATAAAGAACAATC	45359

C  FP102388.1	4391	AATCATAGGGTTAGATTTTGTTTAGAAAAAGATGTAAACATCAGTGACAT	4342
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FP236246.1	45360	AATCATAGGGTTAGATTTTGTTTAGAAAAAGATGTAAACATCAGTGACAT	45409

C  FP102388.1	4341	ATTTAGATAACTGGGAATACTTGGTTCACATGTTCAAAGACAGTGGAAGA	4292
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FP236246.1	45410	ATTTAGATAACTGGGAATACTTGGTTCACATGTTCAAAGACAGTGGAAGA	45459

C  FP102388.1	4291	GTGGCATCCAAGTGTACTCTTGACCGAGTGAATATGAAAGAATTAAGAGC	4242
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FP236246.1	45460	GTGGCATCCAAGTGTACTCTTGACCGAGTGAATATGAAAGAATTAAGAGC	45509

C  FP102388.1	4241	AGCTAGGAACAGTAATGCACAGTACTTTCGAAAGGAATGAGAAAGCCTGA	4192
			|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
  FP236246.1	45510	AGCTAGGAACAGTAATGCACAGTACTTTAGAAAGGAATGAGAAAGCCTGA	45559

C  FP102388.1	4191	GGAGGAGCCAAGAAAAAATAGAAAATTCATTTGCAGAGGAAAAAGCTGAG	4142
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FP236246.1	45560	GGAGGAGCCAAGAAAAAATAGAAAATTCATTTGCAGAGGAAAAAGCTGAG	45609

C  FP102388.1	4141	TTAAAGCCCACGAAGAACATAGTGAACAATGCAGAGGAATGAATTAGTGA	4092
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FP236246.1	45610	TTAAAGCCCACGAAGAACATAGTGAACAATGCAGAGGAATGAATTAGTGA	45659

C  FP102388.1	4091	CTTGTGAGATGGAGTATTGTAAATCACCCAATCAGGACAGCAGGCAGAAT	4042
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
  FP236246.1	45660	CTTGTGAGATGGAGTATTGTAAATCACCCAATCAGGACAGCAGGCGGAAT	45709

C  FP102388.1	4041	CAAAGTGAAAACACATAAAAACAATATAAGAGATCTATGAGATATTATAA	3992
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FP236246.1	45710	CAAAGTGAAAACACATAAAAACAATATAAGAGATCTATGAGATATTATAA	45759

C  FP102388.1	3991	AGCAGGCCAACCTGCAAATAATAAGGATTCAGAAGGAGAAGACAAAGAAG	3942
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FP236246.1	45760	AGCAGGCCAACCTGCAAATAATAAGGATTCAGAAGGAGAAGACAAAGAAG	45809

C  FP102388.1	3941	AAGGGATTGAAAATACATTTGAAGAAATTATGGCTGAAAACTTTCCAAAT	3892
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FP236246.1	45810	AAGGGATTGAAAATACATTTGAAGAAATTATGGCTGAAAACTTTCCAAAT	45859

C  FP102388.1	3891	ATAAAGGGAACAGACATTGAGATAGAGGATCAAAGGGCACTTCAGCAAGT	3842
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FP236246.1	45860	ATAAAGGGAACAGACATTGAGATAGAGGATCAAAGGGCACTTCAGCAAGT	45909

C  FP102388.1	3841	TGAAGCCAAACAGGCCCACTCCAAGACATACTATAATAAAAATGGCAAAA	3792
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FP236246.1	45910	TGAAGCCAAACAGGCCCACTCCAAGACATACTATAATAAAAATGGCAAAA	45959

C  FP102388.1	3791	ATTAGAGAAGGAGAGGATTCTAACGTCAGCAA	3760
			||||||||||||||||||||||| ||||||||
  FP236246.1	45960	ATTAGAGAAGGAGAGGATTCTAAAGTCAGCAA	45991

Compact alignment

C  FP102388.1	5938	TATTTATTTTAGCTTCTTAGGGCTGTACCCATGGCACATCAAAATTCCCA	5889
			||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
  FP236246.1	43810	TATTTATTTTAGCTTCTTAGGGCTGTACCTATGGCACATCAAAATTCCCA	43859

skip 50 bps 100% identity alignment

C  FP102388.1	5838	CAATGTGGGATCCGAGCAGTGTCTGCCACTGACACCACAGCTCACCTCAA	5789
			||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FP236246.1	43910	CAATGTGGGATCCAAGCAGTGTCTGCCACTGACACCACAGCTCACCTCAA	43959

skip 250 bps 100% identity alignment

C  FP102388.1	5538	GCCACCGGCCTACGCCAGAGCCACAGCAACGCAGGATCCGAGCCGCGTCT	5489
			||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
  FP236246.1	44210	GCCACCGGCCTACGCCAGAGCCACAGCAATGCAGGATCCGAGCCGCGTCT	44259

C  FP102388.1	5488	GCAGCCTACACCACAGCTCACGACAACACCGTATCCTTAACCCACTGAGC	5439
			||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
  FP236246.1	44260	GCAGCCTACACCACAGCTCACGACAACACTGTATCCTTAACCCACTGAGC	44309

skip 250 bps 100% identity alignment

C  FP102388.1	5188	TGAAAAATACTAGTTACAGAAAGTGTCTCCTTGATTATTAGCAATGACTA	5139
			||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
  FP236246.1	44560	TGAAAAATACTAGTTACAGAAAGTGTCTCATTGATTATTAGCAATGACTA	44609

skip 200 bps 100% identity alignment

C  FP102388.1	4938	AGTTACTTGCCATTTAGCAGTGCTCTCTCCCCTACACAGG---AAAAAAA	4892
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||
  FP236246.1	44810	AGTTACTTGCCATTTAGCAGTGCTCTCTCCCCTACACAGGAAAAAAAAAA	44859

skip 100 bps 100% identity alignment

C  FP102388.1	4791	TTGACCCATGTTTGTGAAAACTGGAACCATAAGGTTCCAAGGAACATCTT	4742
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
  FP236246.1	44960	TTGACCCATGTTTGTGAAAACTGGAACCATAAGGTTCCAAGGGACATCTT	45009

skip 50 bps 100% identity alignment

C  FP102388.1	4691	AAGTTAGGAAGTGAAACTCTAAGAGAAGATAGTGCAGGAATTTGGAGGTA	4642
			| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FP236246.1	45060	AGGTTAGGAAGTGAAACTCTAAGAGAAGATAGTGCAGGAATTTGGAGGTA	45109

skip 400 bps 100% identity alignment

C  FP102388.1	4241	AGCTAGGAACAGTAATGCACAGTACTTTCGAAAGGAATGAGAAAGCCTGA	4192
			|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
  FP236246.1	45510	AGCTAGGAACAGTAATGCACAGTACTTTAGAAAGGAATGAGAAAGCCTGA	45559

skip 100 bps 100% identity alignment

C  FP102388.1	4091	CTTGTGAGATGGAGTATTGTAAATCACCCAATCAGGACAGCAGGCAGAAT	4042
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
  FP236246.1	45660	CTTGTGAGATGGAGTATTGTAAATCACCCAATCAGGACAGCAGGCGGAAT	45709

skip 250 bps 100% identity alignment

C  FP102388.1	3791	ATTAGAGAAGGAGAGGATTCTAACGTCAGCAA	3760
			||||||||||||||||||||||| ||||||||
  FP236246.1	45960	ATTAGAGAAGGAGAGGATTCTAAAGTCAGCAA	45991

Overview

Query
FP102388.1 - 47536 bps
Hit
FP236246.1 - 45991 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2179 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.42089217937605938-143810459911
299.38911194383809947536-110747201851
396.46729378672211429980-120286281211
496.95620965802577232351-121595281211
594.37541261473425140397-121909281211
698.28518354583294538402-120286257701
797.54413444542180926262-120286247691
882.64388467951787224666-117885245651
995.6373339341787221805-133084370171
1096.92324336113530238912137485410881
1197.19322935592316526723137485410391
1299.14314732531451917771124460277221
1395.25313936192682330441137485410391
1496.26290532531451917771120772240651
1588.49273340603380337862-133271373601
1695.54267428792949032368-125235281211
1786.92265641172532429440-133271373601
1888.53264639142180925722-133271372181
1999.54256026111451917129-137485400951
2088.85246436131808921701-124431280181
2188.73223933272904232368-134015373601
Short-link