<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2001 bps / non-identical: 50 bps

Full alignment

CU463018.3	178806	TACCTGCTCTATTAGGACAAATAATCAAGATATATGAATATATTCTACCT	178855
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FP104545.5	1	TACCTGCTCTATTAGGACAAATAATCAAGATATATGAATATATTCTACCT	50

CU463018.3	178856	TGTCTGAGGTCCCTGCAGAAGGTGATATGGAAAAAAAGATGGAGGGAGTT	178905
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FP104545.5	51	TGTCTGAGGTCCCTGCAGAAGGTGATATGGAAAAAAAGATGGAGGGAGTT	100

CU463018.3	178906	GGTCTACCCTTTGGATAGATGCCATTTCATCCTCACTGTAGGCAAGGAAA	178955
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FP104545.5	101	GGTCTACCCTTTGGATAGATGCCATTTCATCCTCACTGTAGGCAAGGAAA	150

CU463018.3	178956	CCTTCAGGAAGGGGTTTGCTGGGAAAAGCTGCTCCATTTCTTACACCTTT	179005
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FP104545.5	151	CCTTCAGGAAGGGGTTTGCTGGGAAAAGCTGCTCCATTTCTTACACCTTT	200

CU463018.3	179006	TCTCCATATTATTTCAGTGCTCTTTTAACCACCAGGTGGAGTTTCAAGAA	179055
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FP104545.5	201	TCTCCATATTATTTCAGTGCTCTTTTAACCACCAGGTGGAGTTTCAAGAA	250

CU463018.3	179056	GCCACTAACCTAATTTACTTTCACCAAAAAGGACCCAGCCCTGAGAATCC	179105
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FP104545.5	251	GCCACTAACCTAATTTACTTTCACCAAAAAGGACCCAGCCCTGAGAATCC	300

CU463018.3	179106	CGTACTCATTCTGGTAGCTGTGCACTCAGTTCTCTTCTGGAGGGAACACT	179155
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FP104545.5	301	CGTACTCATTCTGGTAGCTGTGCACTCAGTTCTCTTCTGGAGGGAACACT	350

CU463018.3	179156	GGGGAAATGCCAAACTTTCAATGGTTCTCAGAGAAAATAGATGCCTTAGA	179205
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FP104545.5	351	GGGGAAATGCCAAACTTTCAATGGTTCTCAGAGAAAATAGATGCCTTAGA	400

CU463018.3	179206	TTGTCTCATCCTAAGCTGCAGGAGTAGCAAGATGACTGAACAGTAATTTC	179255
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FP104545.5	401	TTGTCTCATCCTAAGCTGCAGGAGTAGCAAGATGACTGAACAGTAATTTC	450

CU463018.3	179256	CAAACTTAACGTAGTGACTACTCCCCTTATTTAAAAAAAATGTTGATACC	179305
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FP104545.5	451	CAAACTTAACGTAGTGACTACTCCCCTTATTTAAAAAAAATGTTGATACC	500

CU463018.3	179306	CACTTGCCATAAAGCAATCTATACAAATAATTTAAATTTAATTGTTGAAT	179355
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FP104545.5	501	CACTTGCCATAAAGCAATCTATACAAATAATTTAAATTTAATTGTTGAAT	550

CU463018.3	179356	ATTTCAGACCATTACCTGTAAAGGTTCTTGAATTATTTTAATTTTCATAA	179405
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FP104545.5	551	ATTTCAGACCATTACCTGTAAAGGTTCTTGAATTATTTTAATTTTCATAA	600

CU463018.3	179406	GCATCAGAATTTATTTAATATTGAAAAAATAATACCAAAATGATGTATTA	179455
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FP104545.5	601	GCATCAGAATTTATTTAATATTGAAAAAATAATACCAAAATGATGTATTA	650

CU463018.3	179456	CAAATAAAAAAAAACCCTGAGAGACAGTTTCTGGGTAATAAATAATCAAT	179505
			||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FP104545.5	651	CAAATAAAA-AAAACCCTGAGAGACAGTTTCTGGGTAATAAATAATCAAT	699

CU463018.3	179506	TTATTAATTAGGCTAGCTATTAATCAATAAATTGATAGTCAGTGCTTTCT	179555
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FP104545.5	700	TTATTAATTAGGCTAGCTATTAATCAATAAATTGATAGTCAGTGCTTTCT	749

CU463018.3	179556	CTTGTAAAACCAAAAATAAAAACATGGAGAGCCTAAAAGCCTTAAATATT	179605
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FP104545.5	750	CTTGTAAAACCAAAAATAAAAACATGGAGAGCCTAAAAGCCTTAAATATT	799

CU463018.3	179606	TTTTGAAAGAGAATGCCCCTAACAAGTGAAAATCAACCCTGATTGGTAGA	179655
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FP104545.5	800	TTTTGAAAGAGAATGCCCCTAACAAGTGAAAATCAACCCTGATTGGTAGA	849

CU463018.3	179656	CATTCATTGAGGAGGTGGGCTTTAAGTCCTCAGCTCCTCCTGCAGAGAAT	179705
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FP104545.5	850	CATTCATTGAGGAGGTGGGCTTTAAGTCCTCAGCTCCTCCTGCAGAGAAT	899

CU463018.3	179706	GTGGCATGATCATGACTAAGCTGCCTCCAGCAATCTGGACAAGGGAACCT	179755
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FP104545.5	900	GTGGCATGATCATGACTAAGCTGCCTCCAGCAATCTGGACAAGGGAACCT	949

CU463018.3	179756	ATCTTCATCCAGACAACTTTGTTTGGTTTTCTCTTTCATGAAATGGGTCA	179805
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FP104545.5	950	ATCTTCATCCAGACAACTTTGTTTGGTTTTCTCTTTCATGAAATGGGTCA	999

CU463018.3	179806	CCCTAAATTCTAAAAGAAGGGTACAAACACAGAAGCTGTTCTCCTTGAGA	179855
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FP104545.5	1000	CCCTAAATTCTAAAAGAAGGGTACAAACACAGAAGCTGTTCTCCTTGAGA	1049

CU463018.3	179856	TGAGAACTTGTCTGGATTAGATTCTGTTTATACTCTAAACCAGACTCTCA	179905
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FP104545.5	1050	TGAGAACTTGTCTGGATTAGATTCTGTTTATACTCTAAACCAGACTCTCA	1099

CU463018.3	179906	AGCAGGCCTGCTTTAAATAAAAGTAAGATTTCTTTGTTGGGTAGGGTCTG	179955
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FP104545.5	1100	AGCAGGCCTGCTTTAAATAAAAGTAAGATTTCTTTGTTGGGTAGGGTCTG	1149

CU463018.3	179956	CCCCAATTTTGAGGAGCATATTCCCCAAGGGTTAGGGCAATCTCACCAAT	180005
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FP104545.5	1150	CCCCAATTTTGAGGAGCATATTCCCCAAGGGTTAGGGCAATCTCACCAAT	1199

CU463018.3	180006	TATTCATGTCTTTCAAAGACTGACCTTCTACAGGGTTGGGCCCTAAATAA	180055
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FP104545.5	1200	TATTCATGTCTTTCAAAGACTGACCTTCTACAGGGTTGGGCCCTAAATAA	1249

CU463018.3	180056	AGTAGAAAAGCCTGGATCCTAATTTAATCATTGGTTATAAATATAATAGA	180105
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FP104545.5	1250	AGTAGAAAAGCCTGGATCCTAATTTAATCATTGGTTATAAATATAATAGA	1299

CU463018.3	180106	AAAAAATCATCTCTCAAGTGGGACTTTAAACTCTCAAAAAAACCAACTTA	180155
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FP104545.5	1300	AAAAAATCATCTCTCAAGTGGGACTTTAAACTCTCAAAAAAACCAACTTA	1349

CU463018.3	180156	GAGAGGAGGTAGAGCCAAGGGCAGAGAAAAGACAGGGACCTACCTGATGT	180205
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FP104545.5	1350	GAGAGGAGGTAGAGCCAAGGGCAGAGAAAAGACAGGGACCTACCTGATGT	1399

CU463018.3	180206	CTCCCTAAAAAAACCTTCCAAACAATTTAAAAGAATGCCTTAAAACAAAT	180255
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FP104545.5	1400	CTCCCTAAAAAAACCTTCCAAACAATTTAAAAGAATGCCTTAAAACAAAT	1449

CU463018.3	180256	TCTGGAGTGGCAGAACCCATAAAAAGACAGGGTGAAACAATTTTCCAGCC	180305
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FP104545.5	1450	TCTGGAGTGGCAGAACCCATAAAAAGACAGGGTGAAACAATTTTCCAGCC	1499

CU463018.3	180306	CAAGATAATTTAGAAGTTTGGCAGAAAAAGTCTGTTGCACCAGGATGAGA	180355
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FP104545.5	1500	CAAGATAATTTAGAAGTTTGGCAGAAAAAGTCTGTTGCACCAGGATGAGA	1549

CU463018.3	180356	GTAAAGCACAGTCCAGTGCAGGTTGCACCAGCACAGGCTGTACCCTAGAA	180405
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FP104545.5	1550	GTAAAGCACAGTCCAGTGCAGGTTGCACCAGCACAGGCTGTACCCTAGAA	1599

CU463018.3	180406	AACCAGTAAAAGGCCTTGGGGGCAACTGAATCAGTGGTAGTTTCTGGACC	180455
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FP104545.5	1600	AACCAGTAAAAGGCCTTGGGGGCAACTGAATCAGTGGTAGTTTCTGGACC	1649

CU463018.3	180456	TCTCAGCCCACAGACAATAAGGCGGTAAGACAATTGGTCAGAAGGAGATT	180505
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FP104545.5	1650	TCTCAGCCCACAGACAATAAGGCGGTAAGACAATTGGTCAGAAGGAGATT	1699

CU463018.3	180506	CCAGGGGTCCCTTTGGCACCTGGATCAGAACTCTGTTGCATTGCCCATAC	180555
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FP104545.5	1700	CCAGGGGTCCCTTTGGCACCTGGATCAGAACTCTGTTGCATTGCCCATAC	1749

CU463018.3	180556	TTGGATCTGTATCTTGGATCTTCCAATGCAAGGAAGAGCACTAGAACACC	180605
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FP104545.5	1750	TTGGATCTGTATCTTGGATCTTCCAATGCAAGGAAGAGCACTAGAACACC	1799

CU463018.3	180606	AGAGTTTATGGCCACACAGGAGCTAAGACCCTACCTTGATCATAATTCCA	180655
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FP104545.5	1800	AGAGTTTATGGCCACACAGGAGCTAAGACCCTACCTTGATCATAATTCCA	1849

CU463018.3	180656	GGGTGGAAAAGAGTGTTTGTGGTCATTTACAGACTAGAGCACTGGCCATA	180705
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FP104545.5	1850	GGGTGGAAAAGAGTGTTTGTGGTCATTTACAGACTAGAGCACTGGCCATA	1899

CU463018.3	180706	GTAACACTCTTCTCCCTAGATTATATCACCTTGGAAGAACCAAATATTTA	180755
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FP104545.5	1900	GTAACACTCTTCTCCCTAGATTATATCACCTTGGAAGAACCAAATATTTA	1949

CU463018.3	180756	CAGGTCCCCAGAATTATCTCTGAAAGCGGCAGCACAAAAAACCTGAAGCT	180805
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FP104545.5	1950	CAGGTCCCCAGAATTATCTCTGAAAGCGGCAGCACAAAAAACCTGAAGCT	1999

CU463018.3	180806	T	180806
			|
FP104545.5	2000	T	2000

Compact alignment

skip 650 bps 100% identity alignment

CU463018.3	179456	CAAATAAAAAAAAACCCTGAGAGACAGTTTCTGGGTAATAAATAATCAAT	179505
			||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
FP104545.5	651	CAAATAAAA-AAAACCCTGAGAGACAGTTTCTGGGTAATAAATAATCAAT	699

skip 1301 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CU463018.3 - 180806 bps
Hit
FP104545.5 - 139636 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2001 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link