<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 300 bps

Full alignment

C  AC188046.2	36294	GCTGGTCTCAAACTCCCAGCCTCAGGTGATCCACCTGCCCCTTCCTCTCA	36245
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FO538754.3	8215	GCTGGTCTCAAACTCCCAGCCTCAGGTGATCCACCTGCCCCTTCCTCTCA	8264

C  AC188046.2	36244	AAGTGCTGGGATGACAGGTGTGAGCCACCGCGCCCGGCCTTGGCATTATT	36195
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FO538754.3	8265	AAGTGCTGGGATGACAGGTGTGAGCCACCGCGCCCGGCCTTGGCATTATT	8314

C  AC188046.2	36194	TTACAGTACAGGGTCCCACGTGCCTCAAGACAGATGTGCTTGTTCAGAAG	36145
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FO538754.3	8315	TTACAGTACAGGGTCCCACGTGCCTCAAGACAGATGTGCTTGTTCAGAAG	8364

C  AC188046.2	36144	CCAACCCAGGTCTAGAGTTTTCCTCTCCCCTGCTGTGTGCCCAGCATGCT	36095
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FO538754.3	8365	CCAACCCAGGTCTAGAGTTTTCCTCTCCCCTGCTGTGTGCCCAGCATGCT	8414

C  AC188046.2	36094	AAGAATGTAGCAGGATGAGCCTGTACAGACAAAACTCCTCAGACACCAGA	36045
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FO538754.3	8415	AAGAATGTAGCAGGATGAGCCTGTACAGACAAAACTCCTCAGACACCAGA	8464

C  AC188046.2	36044	TTAAAGAAGGAACAGGTTTTCATTCGGCCGGGAGCGTCGGCAGACTCACG	35995
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FO538754.3	8465	TTAAAGAAGGAACAGGTTTTCATTCGGCCGGGAGCGTCGGCAGACTCACG	8514

C  AC188046.2	35994	TCTTAAGAGCCGAGCTCCCCGAGAAAGAAATTCTTGGCCTTTTCAAAGGC	35945
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FO538754.3	8515	TCTTAAGAGCCGAGCTCCCCGAGAAAGAAATTCTTGGCCTTTTCAAAGGC	8564

C  AC188046.2	35944	TTACAGCTTTAAGGGGTCCACGTGAAAGAGTCGTGATATATGGAGCAAGC	35895
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FO538754.3	8565	TTACAGCTTTAAGGGGTCCACGTGAAAGAGTCGTGATATATGGAGCAAGC	8614

C  AC188046.2	35894	GTGGGGAATGTGACTGGGGGCTGCACGCGTCAGCCAACAGCACAAAAAGT	35845
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FO538754.3	8615	GTGGGGAATGTGACTGGGGGCTGCACGCGTCAGCCAACAGCACAAAAAGT	8664

C  AC188046.2	35844	TCTACAATGTTTTTTTCATACAGTGTCTGGAATTTACAGATAACACAAGT	35795
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FO538754.3	8665	TCTACAATGTTTTTTTCATACAGTGTCTGGAATTTACAGATAACACAAGT	8714

C  AC188046.2	35794	AGTTTAGGTCAGGGGTTGATGTTATTATTTTTACTTTTTTTAACTCCTAG	35745
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FO538754.3	8715	AGTTTAGGTCAGGGGTTGATGTTATTATTTTTACTTTTTTTAACTCCTAG	8764

C  AC188046.2	35744	GGCTGGGCGGTGGTGCCAAGGGTGTCTGGCTACTTATCTTACTGAGGTGT	35695
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FO538754.3	8765	GGCTGGGCGGTGGTGCCAAGGGTGTCTGGCTACTTATCTTACTGAGGTGT	8814

C  AC188046.2	35694	AGGGAAAAGAAAGACAAATCAGACTGTGACCGTGTCTATGGAGAAAGGAG	35645
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FO538754.3	8815	AGGGAAAAGAAAGACAAATCAGACTGTGACCGTGTCTATGGAGAAAGGAG	8864

C  AC188046.2	35644	AGACATAAGAGAGTCCATTTAGAAAAAGACCTGTACTTTCAACTATTGCT	35595
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FO538754.3	8865	AGACATAAGAGAGTCCATTTAGAAAAAGACCTGTACTTTCAACTATTGCT	8914

C  AC188046.2	35594	TTGCTGAGATGTTGTTAATGTGTAGGTTTGCCCCAGCCACTTTGACCCAA	35545
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FO538754.3	8915	TTGCTGAGATGTTGTTAATGTGTAGGTTTGCCCCAGCCACTTTGACCCAA	8964

C  AC188046.2	35544	CCTGGAGCTCACAAAAACATGTGTTGTAGGAAATCAAGGTTTATGAAATC	35495
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FO538754.3	8965	CCTGGAGCTCACAAAAACATGTGTTGTAGGAAATCAAGGTTTATGAAATC	9014

C  AC188046.2	35494	GAGGTTATGAAATCAAGGGCTGTGCAGGACGTGCCTTGTTAACAAAATGT	35445
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FO538754.3	9015	GAGGTTATGAAATCAAGGGCTGTGCAGGACGTGCCTTGTTAACAAAATGT	9064

C  AC188046.2	35444	TCACGAGCGGTATACTTGGTAAAACTCATCGCCATTCTCTAGTCTCAATA	35395
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FO538754.3	9065	TCACGAGCGGTATACTTGGTAAAACTCATCGCCATTCTCTAGTCTCAATA	9114

C  AC188046.2	35394	AACCAGAGGCACGATGCACTGCGGAAAGCCGCAGGGACCTCTGCCCTTGA	35345
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FO538754.3	9115	AACCAGAGGCACGATGCACTGCGGAAAGCCGCAGGGACCTCTGCCCTTGA	9164

C  AC188046.2	35344	AAGCCGGGTATTGTCCAATTGTCCCAGCGGGGTATTGTTTCTCCCCATGT	35295
			|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
  FO538754.3	9165	AAGCCGGGTATTGTCCAATTGTCCAAGCGGGGTATTGTTTCTCCCCATGT	9214

C  AC188046.2	35294	GATAGTCTGAAATATGGCCTCGTGGGATGAGAAAGACCCGACCGTCCCCC	35245
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FO538754.3	9215	GATAGTCTGAAATATGGCCTCGTGGGATGAGAAAGACCCGACCGTCCCCC	9264

C  AC188046.2	35244	AGCCCGACACCCGTAAAGGGTCTGAGCTGAGGTGGATTGGTAAAAGAGGA	35195
			|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
  FO538754.3	9265	AGCCCGACACCCGTAAAGGGTCTGTGCTGAGGTGGATTGGTAAAAGAGGA	9314

C  AC188046.2	35194	AAGCCTCTTGCAGTTGAGATAGAGGAAAGCCACTGTCTCCTGCCTGCCCC	35145
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FO538754.3	9315	AAGCCTCTTGCAGTTGAGATAGAGGAAAGCCACTGTCTCCTGCCTGCCCC	9364

C  AC188046.2	35144	TGGGAACTGAACGTCTCGGTATAAAACCCGATTGTACATTTGTTCAATTC	35095
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FO538754.3	9365	TGGGAACTGAACGTCTCGGTATAAAACCCGATTGTACATTTGTTCAATTC	9414

C  AC188046.2	35094	TGAGATCGGAGAAAAACCGCCCTACGGTGGGAGGCCAGACATGTTTGCAG	35045
			|||||||||||||||||| ||||| |||||||||  ||||||||||||||
  FO538754.3	9415	TGAGATCGGAGAAAAACCACCCTATGGTGGGAGGTGAGACATGTTTGCAG	9464

C  AC188046.2	35044	TAATGCTGCTTTGTTATTCTTTACTCCACTGAGATATTTGGGTGGAGAGA	34995
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FO538754.3	9465	TAATGCTGCTTTGTTATTCTTTACTCCACTGAGATATTTGGGTGGAGAGA	9514

C  AC188046.2	34994	AACATAAATCTGGCCTATGTGCACGTCCAGTCGTAGTACCTTCCCTTGAA	34945
			|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
  FO538754.3	9515	AACATAAATCTGGCCTATGTGCACGTCCAGTCATAGTACCTTCCCTTGAA	9564

C  AC188046.2	34944	CTTCATTATGACGTAGATTCTATTGCTCACATGTTTGTTGCTGACCTTCT	34895
			| | |||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
  FO538754.3	9565	CCTAATTACGACATAGATTCTTTTGCTCACATGTTTGTTGCTGACCTTCT	9614

C  AC188046.2	34894	CCTTATTATCACCCAGCTCTCCTACTACATTCCTTTTTGCTGAAATAATG	34845
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FO538754.3	9615	CCTTATTATCACCCAGCTCTCCTACTACATTCCTTTTTGCTGAAATAATG	9664

C  AC188046.2	34844	AAAATAATAATCAATAAAAACTGAGGGAACTCAGAGGCCGGTGCCGGTGC	34795
			|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
  FO538754.3	9665	AAAATAATAATCAATAAAAAGTGAGGGAACTCAGAGGCCGGTGCCGGTGC	9714

C  AC188046.2	34794	AGGTCCTTGGTATGCTGAGCGCTGGTCCCCTGGGCCCACTGTTGTTTCTC	34745
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FO538754.3	9715	AGGTCCTTGGTATGCTGAGCGCTGGTCCCCTGGGCCCACTGTTGTTTCTC	9764

C  AC188046.2	34744	TATACTTTGTCTCTGTGTTTTATTTCTCTTTCTCAGTCTCTCGTCCCACC	34695
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FO538754.3	9765	TATACTTTGTCTCTGTGTTTTATTTCTCTTTCTCAGTCTCTCGTCCCACC	9814

C  AC188046.2	34694	CGACTGGAAATACCCACAGGTGTGGAGGGGCAGGCCACCCCTTCACTGAG	34645
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FO538754.3	9815	CGACTGGAAATACCCACAGGTGTGGAGGGGCAGGCCACCCCTTCACTGAG	9864

C  AC188046.2	34644	GGAAGAGAGAGACCCTCTCATATTGTTTTATGTTGTTTTATACTCATTAC	34595
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FO538754.3	9865	GGAAGAGAGAGACCCTCTCATATTGTTTTATGTTGTTTTATACTCATTAC	9914

C  AC188046.2	34594	CTGTTTTAAGAAAACAGCAAGGAAGTGAGATCAAAGACAGGCAGCCCGGC	34545
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FO538754.3	9915	CTGTTTTAAGAAAACAGCAAGGAAGTGAGATCAAAGACAGGCAGCCCGGC	9964

C  AC188046.2	34544	GCCAGGCCCGAAACCAGGCCTGGGGCTGCCGGCCCTAAACCCAGTAGTTA	34495
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FO538754.3	9965	GCCAGGCCCGAAACCAGGCCTGGGGCTGCCGGCCCTAAACCCAGTAGTTA	10014

C  AC188046.2	34494	AAACTCAACTCATAACTTAGAAACCGATGTTATTCATAGATTCCAGACGT	34445
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FO538754.3	10015	AAACTCAACTCATAACTTAGAAACCGATGTTATTCATAGATTCCAGACGT	10064

C  AC188046.2	34444	CGTATAGAAGAACACTGCGAAACTCCCTGCCCCGTTCTGTTTCTCTCTGA	34395
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FO538754.3	10065	CGTATAGAAGAACACTGCGAAACTCCCTGCCCCGTTCTGTTTCTCTCTGA	10114

C  AC188046.2	34394	CCACAGGTGCACGCAGCCCCTGTCACGTACCCCTTGCCCGCTCAAATCAA	34345
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FO538754.3	10115	CCACAGGTGCACGCAGCCCCTGTCACGTACCCCTTGCCCGCTCAAATCAA	10164

C  AC188046.2	34344	TCACGACCCTTTCATGTAAAATCTTTAGTGTTGTGAGCCCTTAAAAGGGA	34295
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  FO538754.3	10165	TCACGACCCTTTCATGTAAAATCTTTAGTGTTGTGAGCCCTTAAAAGGGA	10214

Compact alignment

skip 950 bps 100% identity alignment

C  AC188046.2	35344	AAGCCGGGTATTGTCCAATTGTCCCAGCGGGGTATTGTTTCTCCCCATGT	35295
			|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
  FO538754.3	9165	AAGCCGGGTATTGTCCAATTGTCCAAGCGGGGTATTGTTTCTCCCCATGT	9214

skip 50 bps 100% identity alignment

C  AC188046.2	35244	AGCCCGACACCCGTAAAGGGTCTGAGCTGAGGTGGATTGGTAAAAGAGGA	35195
			|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
  FO538754.3	9265	AGCCCGACACCCGTAAAGGGTCTGTGCTGAGGTGGATTGGTAAAAGAGGA	9314

skip 100 bps 100% identity alignment

C  AC188046.2	35094	TGAGATCGGAGAAAAACCGCCCTACGGTGGGAGGCCAGACATGTTTGCAG	35045
			|||||||||||||||||| ||||| |||||||||  ||||||||||||||
  FO538754.3	9415	TGAGATCGGAGAAAAACCACCCTATGGTGGGAGGTGAGACATGTTTGCAG	9464

skip 50 bps 100% identity alignment

C  AC188046.2	34994	AACATAAATCTGGCCTATGTGCACGTCCAGTCGTAGTACCTTCCCTTGAA	34945
			|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
  FO538754.3	9515	AACATAAATCTGGCCTATGTGCACGTCCAGTCATAGTACCTTCCCTTGAA	9564

C  AC188046.2	34944	CTTCATTATGACGTAGATTCTATTGCTCACATGTTTGTTGCTGACCTTCT	34895
			| | |||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
  FO538754.3	9565	CCTAATTACGACATAGATTCTTTTGCTCACATGTTTGTTGCTGACCTTCT	9614

skip 50 bps 100% identity alignment

C  AC188046.2	34844	AAAATAATAATCAATAAAAACTGAGGGAACTCAGAGGCCGGTGCCGGTGC	34795
			|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
  FO538754.3	9665	AAAATAATAATCAATAAAAAGTGAGGGAACTCAGAGGCCGGTGCCGGTGC	9714

skip 500 bps 100% identity alignment

Overview

Query
AC188046.2 - 36294 bps
Hit
FO538754.3 - 10214 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.35020003429536294-18215102141
Short-link