<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CU915709.5	160348	GATCGGAGTGTCACGTTCCGACACCAGGATGGTAATAGAGGATTAGGTGT	160299
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU928679.3	63426	GATCGGAGTGTCACGTTCCGACACCAGGATGGTAATAGAGGATTAGGTGT	63475

C  CU915709.5	160298	CACATTCCGACACCAGGATAGTATATGGATCTGAGTGTCACCTTCCGACA	160249
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU928679.3	63476	CACATTCCGACACCAGGATAGTATATGGATCTGAGTGTCACCTTCCGACA	63525

C  CU915709.5	160248	CAAAGATAGTATACAGATCGGGTGTCACGTTTCGACACCAGGATAGTATA	160199
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU928679.3	63526	CAAAGATAGTATACAGATCGGGTGTCACGTTTCGACACCAGGATAGTATA	63575

C  CU915709.5	160198	TGGATCGGAGTGTCACGTTTCGACACCAAGATAGTATGATGAGGATCGGA	160149
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU928679.3	63576	TGGATCGGAGTGTCACGTTTCGACACCAAGATAGTATGATGAGGATCGGA	63625

C  CU915709.5	160148	GTTTCACGTTCCGACCCCTGCCGCTTTAATGAGCTTGATGAATGGGATTT	160099
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU928679.3	63626	GTTTCACGTTCCGACCCCTGCCGCTTTAATGAGCTTGATGAATGGGATTT	63675

C  CU915709.5	160098	TTAAGGCATATCTGGATCTCTTTGTCATTGTATTCATTGATGATATACTG	160049
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU928679.3	63676	TTAAGGCATATCTGGATCTCTTTGTCATTGTATTCATTGATGATATACTG	63725

C  CU915709.5	160048	GTATACTCAAAGAGCAAGAAAGAACATGAGGAGCACTTGAGAATTGTATT	159999
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU928679.3	63726	GTATACTCAAAGAGCAAGAAAGAACATGAGGAGCACTTGAGAATTGTATT	63775

C  CU915709.5	159998	GGAAATGTTGAGGGAGAAAAAGCTTTATGCCAAATTCTCAAAGTGTGAGT	159949
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU928679.3	63776	GGAAATGTTGAGGGAGAAAAAGCTTTATGCCAAATTCTCAAAGTGTGAGT	63825

C  CU915709.5	159948	TTTGGTTAGATTCAGTGTCCTTCTTAGGGCACGTATTTTCTAAGGATGGA	159899
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU928679.3	63826	TTTGGTTAGATTCAGTGTCCTTCTTAGGGCACGTATTTTCTAAGGATGGA	63875

C  CU915709.5	159898	GTGATGGTGGATCCATCTAAAATTGAAGAAGTGAAGAGTTGGGATAGACC	159849
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU928679.3	63876	GTGATGGTGGATCCATCTAAAATTGAAGAAGTGAAGAGTTGGGATAGACC	63925

C  CU915709.5	159848	TACTAATGTTACAGAAGTAAGGAGCTTTGTTGGTTTAGCTAGCTACTACC	159799
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU928679.3	63926	TACTAATGTTACAGAAGTAAGGAGCTTTGTTGGTTTAGCTAGCTACTACC	63975

C  CU915709.5	159798	GCTGATTTTTCAAGGGATTTTCCTCTGTTGCTTCCCAATTCACAAATTTC	159749
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU928679.3	63976	GCTGATTTTTCAAGGGATTTTCCTCTGTTGCTTCCCAATTCACAAATTTC	64025

C  CU915709.5	159748	ACTAAGCAGAGTGTCCCATTTGTATGGTCGGACGAGTGCAAAGAAAGCTT	159699
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU928679.3	64026	ACTAAGCAGAGTGTCCCATTTGTATGGTCGGACGAGTGCAAAGAAAGCTT	64075

C  CU915709.5	159698	TCATAAGCTCAAGACCTTGTTGACTACTGCGCCAATCCTTACCCTGCCAG	159649
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU928679.3	64076	TCATAAGCTCAAGACCTTGTTGACTACTGCGCCAATCCTTACCCTGCCAG	64125

C  CU915709.5	159648	TGGAAGGTAAGAATTTCATTGTGTATTGTGATGCATCCTATTCGGGTCTG	159599
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU928679.3	64126	TGGAAGGTAAGAATTTCATTGTGTATTGTGATGCATCCTATTCGGGTCTG	64175

C  CU915709.5	159598	GGTGCAGTGCTAATGCAAGAGAAGAATGTAATTGCTTATGCTTCGAGCCA	159549
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU928679.3	64176	GGTGCAGTGCTAATGCAAGAGAAGAATGTAATTGCTTATGCTTCGAGCCA	64225

C  CU915709.5	159548	ATTAAAGGTGCATGAACGTAATTATCCAACCCATGATTTGGAGTTGGCTG	159499
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU928679.3	64226	ATTAAAGGTGCATGAACGTAATTATCCAACCCATGATTTGGAGTTGGCTG	64275

C  CU915709.5	159498	CGATGGTGTTTGCATCAATGAAATGGAGGCACTATCTATATGGGGTTAAG	159449
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU928679.3	64276	CGATGGTGTTTGCATCAATGAAATGGAGGCACTATCTATATGGGGTTAAG	64325

C  CU915709.5	159448	TGTGAGGTCTATACGGATCATCGTAGCCTACAGTATGTCTTTACTCAGAA	159399
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU928679.3	64326	TGTGAGGTCTATACGGATCATCGTAGCCTACAGTATGTCTTTACTCAGAA	64375

C  CU915709.5	159398	AGATTTGAATTTCAGACAGAGGAGATTGATGGAACTACTGAAGGACTACG	159349
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU928679.3	64376	AGATTTGAATTTCAGACAGAGGAGATTGATGGAACTACTGAAGGACTACG	64425

C  CU915709.5	159348	ATATCACTATCTTGTATCATCCGGGAAAAGCTAATGTTGTGGCAGATGCT	159299
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU928679.3	64426	ATATCACTATCTTGTATCATCCGGGAAAAGCTAATGTTGTGGCAGATGCT	64475

C  CU915709.5	159298	TTAAGTAGAAAGGCAGGAAGCATGGGAAGTCTAGCTCACTTGCAAGTTTC	159249
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU928679.3	64476	TTAAGTAGAAAGGCAGGAAGCATGGGAAGTCTAGCTCACTTGCAAGTTTC	64525

C  CU915709.5	159248	TAGACGCCCATTGGCCAGAGAAGTTCAGACTCTGGCTAATGACTTTATGA	159199
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU928679.3	64526	TAGACGCCCATTGGCCAGAGAAGTTCAGACTCTGGCTAATGACTTTATGA	64575

C  CU915709.5	159198	GCCTAGAAGAAAATGAGAAGAGAGGATTTTTGGCCAGTGTGGAGGCAAGA	159149
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU928679.3	64576	GCCTAGAAGAAAATGAGAAGAGAGGATTTTTGGCCAGTGTGGAGGCAAGA	64625

C  CU915709.5	159148	TCTTCTTTTCTTGACAAGATTAAGGGATAGCAGTTTACTCATGAGAAATT	159099
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU928679.3	64626	TCTTCTTTTCTTGACAAGATTAAGGGATAGCAGTTTACTCATGAGAAATT	64675

C  CU915709.5	159098	GATACGGATCAGAGATGAAGTGTTGCAAGGAGGGGCTAAAGAAGCAACAA	159049
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU928679.3	64676	GATACGGATCAGAGATGAAGTGTTGCAAGGAGGGGCTAAAGAAGCAACAA	64725

C  CU915709.5	159048	TCGATGAGGAAGGTGTTTTGAGAATCAAGGGAAGGGTATGTGTACCCCGC	158999
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU928679.3	64726	TCGATGAGGAAGGTGTTTTGAGAATCAAGGGAAGGGTATGTGTACCCCGC	64775

C  CU915709.5	158998	GTCGATGATTTGATTCACACTATTCTTACAGAGGCTCATATTTCAAGGTA	158949
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU928679.3	64776	GTCGATGATTTGATTCACACTATTCTTACAGAGGCTCATATTTCAAGGTA	64825

C  CU915709.5	158948	TTCTATACATCCTGGTGCAGCCAAGATGTATCGTGACCTAAAGCAACACT	158899
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU928679.3	64826	TTCTATACATCCTGGTGCAGCCAAGATGTATCGTGACCTAAAGCAACACT	64875

C  CU915709.5	158898	TTTGGTGGAGTAGAATGAAGCATGATATTGTTGATTTTATTGCCAAATGT	158849
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU928679.3	64876	TTTGGTGGAGTAGAATGAAGCATGATATTGTTGATTTTATTGCCAAATGT	64925

C  CU915709.5	158848	CCAAATTGTCAGCAAGTAAAATATGAACACCAGAAGCCCGAGGAACAGTT	158799
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU928679.3	64926	CCAAATTGTCAGCAAGTAAAATATGAACACCAGAAGCCCGAGGAACAGTT	64975

C  CU915709.5	158798	CAGAGAATGCCCATTCCTGAATGGAAGTGGGAAAGAATTGCAATGTATTT	158749
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU928679.3	64976	CAGAGAATGCCCATTCCTGAATGGAAGTGGGAAAGAATTGCAATGTATTT	65025

C  CU915709.5	158748	CGTTGTTGGTCTTCCCAAGACAATGGGTAAGTTTGACTCCATTGGGGTAA	158699
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU928679.3	65026	CGTTGTTGGTCTTCCCAAGACAATGGGTAAGTTTGACTCCATTGGGGTAA	65075

C  CU915709.5	158698	TTGTTGATAGGTTAACTAAGTCTGCTCACTTCATTCCGGTCAAGGTGACT	158649
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU928679.3	65076	TTGTTGATAGGTTAACTAAGTCTGCTCACTTCATTCCGGTCAAGGTGACT	65125

C  CU915709.5	158648	TACAATGTAGAGAAGTTAGCCAGACTTTACATCTCGGAAGTTGTGCGATT	158599
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU928679.3	65126	TACAATGTAGAGAAGTTAGCCAGACTTTACATCTCGGAAGTTGTGCGATT	65175

C  CU915709.5	158598	ACATGGAGTTCCACTTTCCATTATATCAGATAGGGGTACGTAGTTTACTT	158549
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU928679.3	65176	ACATGGAGTTCCACTTTCCATTATATCAGATAGGGGTACGTAGTTTACTT	65225

C  CU915709.5	158548	CTATGTTTTGGAAAAAATTGCATGCGGAATTGGGTACTAGGTTGGATCTG	158499
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU928679.3	65226	CTATGTTTTGGAAAAAATTGCATGCGGAATTGGGTACTAGGTTGGATCTG	65275

C  CU915709.5	158498	AGTACCGCATTTCACCCTTAGACGGATGGTCAGTCTGAGCGAATGATTCA	158449
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU928679.3	65276	AGTACCGCATTTCACCCTTAGACGGATGGTCAGTCTGAGCGAATGATTCA	65325

C  CU915709.5	158448	AGTATTGGAGGATATGCTTCATGCATGTGTGATAGAATTTGGTGGTCATT	158399
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU928679.3	65326	AGTATTGGAGGATATGCTTCATGCATGTGTGATAGAATTTGGTGGTCATT	65375

C  CU915709.5	158398	GGGATAACTTCATACCCTTAGCAGAATTCTTGTACAATAATAGCTATCAT	158349
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU928679.3	65376	GGGATAACTTCATACCCTTAGCAGAATTCTTGTACAATAATAGCTATCAT	65425

Overview

Query
CU915709.5 - 160348 bps
Hit
CU928679.3 - 65425 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110019672000158349160348-163426654251
283.6138628459622314681-130909393451
385.36372371969227399468-131489386801
486.5416402971156720159690131667346321
586.32131123483922739136322386741
680.55151638152778154415-137707393311
789.15121622368816590400140172424111
886.1338361239309499216-143370494871
987.8433935544758813131-144092496401
1088.0515982593157533160125144094466771
1188.53106716883922079147966496551
1284.0320564365155756160120150143545311
1390.7346916752716113912-151170579261
1490.4415460299252898556-151854579331
1581.17109929313923322155822587691
1688.9196617768862590400158851606361
1790.235369588788888845-161537624881
1893.068791150156486157635-162490636401
1988.29112417861053212317163640654241
2087.61108617859588497668163640654241
Short-link