<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU572404.1	1	AAGCTTGAGACCAAAATCCTTGGTAGTTTGATAATGGTTAAAAGTCTTGC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU915752.6	71893	AAGCTTGAGACCAAAATCCTTGGTAGTTTGATAATGGTTAAAAGTCTTGC	71942

CU572404.1	51	ATATTAGTATGAGTTGCATTTCTCTTTATGTTATGAGTGCCTTTTGTGGT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU915752.6	71943	ATATTAGTATGAGTTGCATTTCTCTTTATGTTATGAGTGCCTTTTGTGGT	71992

CU572404.1	101	ATATGTTTTTGAATTTTCTTGATGATATCATGATTAAATTAGGAGAATTG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU915752.6	71993	ATATGTTTTTGAATTTTCTTGATGATATCATGATTAAATTAGGAGAATTG	72042

CU572404.1	151	GTATTCAGCCTATATTTCTCATGCTAAGTTGTAGCAAAAGATATTTGCTT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU915752.6	72043	GTATTCAGCCTATATTTCTCATGCTAAGTTGTAGCAAAAGATATTTGCTT	72092

CU572404.1	201	AATTTCTTAAAAGTTGTTATGTCATGTTCCAATGTGTGATCTTAAAGTAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU915752.6	72093	AATTTCTTAAAAGTTGTTATGTCATGTTCCAATGTGTGATCTTAAAGTAA	72142

CU572404.1	251	CTTCATGTAGAGATTTGAAATGATGTGATGAGCATGTCTAAAGTTAGAGA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU915752.6	72143	CTTCATGTAGAGATTTGAAATGATGTGATGAGCATGTCTAAAGTTAGAGA	72192

CU572404.1	301	AGGTAGTTCCTCCTCAAATGAAATGAAAGTGATGAAGCAAGAGTGATCTT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU915752.6	72193	AGGTAGTTCCTCCTCAAATGAAATGAAAGTGATGAAGCAAGAGTGATCTT	72242

CU572404.1	351	TGAATTATGGAAATTGTTCCAATTTTCTTTTGTTACTTAAAGTGCTTTAT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU915752.6	72243	TGAATTATGGAAATTGTTCCAATTTTCTTTTGTTACTTAAAGTGCTTTAT	72292

CU572404.1	401	GATATGAAGTTTGTATCCTTGTGAGTTTGTGCATTGAGTATGAATGTCTT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU915752.6	72293	GATATGAAGTTTGTATCCTTGTGAGTTTGTGCATTGAGTATGAATGTCTT	72342

CU572404.1	451	AGAAATTATATGATGTGTTATATGATGCTAGTGAGTCCTTGGTGCCTTTT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU915752.6	72343	AGAAATTATATGATGTGTTATATGATGCTAGTGAGTCCTTGGTGCCTTTT	72392

CU572404.1	501	ATTGTATTTAAGTGTCATTCGAGGATGAATGTTCCTGAGTGGGGGAGTAC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU915752.6	72393	ATTGTATTTAAGTGTCATTCGAGGATGAATGTTCCTGAGTGGGGGAGTAC	72442

CU572404.1	551	TGTTATGCCCTAAAAAGAAATAGGTCAAACTAAAATTTCAGATGTGTTTC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU915752.6	72443	TGTTATGCCCTAAAAAGAAATAGGTCAAACTAAAATTTCAGATGTGTTTC	72492

CU572404.1	601	ATGAGTTAATAATATATTAAAATACTGTATTTTAGAATTATAAATTAGTT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU915752.6	72493	ATGAGTTAATAATATATTAAAATACTGTATTTTAGAATTATAAATTAGTT	72542

CU572404.1	651	CCTAAAGTTTGGGAGCATTGAAAAGTCAAACGCCCAAGTTGAACTAGTGT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU915752.6	72543	CCTAAAGTTTGGGAGCATTGAAAAGTCAAACGCCCAAGTTGAACTAGTGT	72592

CU572404.1	701	GTCATAGTGTTTTGTAGTGAATTTTTGGGGGATGGTTTGAGAGTGAAATT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU915752.6	72593	GTCATAGTGTTTTGTAGTGAATTTTTGGGGGATGGTTTGAGAGTGAAATT	72642

CU572404.1	751	TATTTTCAAAGGTTCCTATGTGTATAGTGAAACAGAAAGGGTTGAAACAT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU915752.6	72643	TATTTTCAAAGGTTCCTATGTGTATAGTGAAACAGAAAGGGTTGAAACAT	72692

CU572404.1	801	TCGAGAACGAAGACCCGGGGACCTCTCTAAGGGTCTATACACATAAAGGG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU915752.6	72693	TCGAGAACGAAGACCCGGGGACCTCTCTAAGGGTCTATACACATAAAGGG	72742

CU572404.1	851	TTGAAACATCCGAGAACAAAGACCCGGGGACCTCTCTAAGGGTCCCCGAG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU915752.6	72743	TTGAAACATCCGAGAACAAAGACCCGGGGACCTCTCTAAGGGTCCCCGAG	72792

CU572404.1	901	GAGGAGCCAAACATTGGATGAGAAGCTGCCCAAGGCAGCTTGCAGGGGCA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU915752.6	72793	GAGGAGCCAAACATTGGATGAGAAGCTGCCCAAGGCAGCTTGCAGGGGCA	72842

CU572404.1	951	AGTTCTGAAGCCCACCTTTAGACGTTCCCTTGACACAAAGTCTACTGCCT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU915752.6	72843	AGTTCTGAAGCCCACCTTTAGACGTTCCCTTGACACAAAGTCTACTGCCT	72892

CU572404.1	1001	CAGAATTTTTGAGAGGCAACTTTCCTTGCGATACGAAGCCATGTCCTAGA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU915752.6	72893	CAGAATTTTTGAGAGGCAACTTTCCTTGCGATACGAAGCCATGTCCTAGA	72942

CU572404.1	1051	TTTGGCTGCGACGTTTTTAAGTAAAATTAGACTTTGGGATAGGGTCCAAT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU915752.6	72943	TTTGGCTGCGACGTTTTTAAGTAAAATTAGACTTTGGGATAGGGTCCAAT	72992

CU572404.1	1101	TGGTGTGGAGGTGTTTTTGGCTTTTTTTATTTTTTTTGGGGGGGGGGTGT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU915752.6	72993	TGGTGTGGAGGTGTTTTTGGCTTTTTTTATTTTTTTTGGGGGGGGGGTGT	73042

CU572404.1	1151	TATATACTTCTTTTAGGTCATTATACACTAATTCCCCCATCCTAAACCCC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU915752.6	73043	TATATACTTCTTTTAGGTCATTATACACTAATTCCCCCATCCTAAACCCC	73092

CU572404.1	1201	ATCCCCTAAATTAGAAATCAAAATTTCCCAAACCCCCCAAATGTTTTTCT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU915752.6	73093	ATCCCCTAAATTAGAAATCAAAATTTCCCAAACCCCCCAAATGTTTTTCT	73142

CU572404.1	1251	CTCCGAAAAGCTCTCCAAAACTCCATTGGAGCTAGAACTCAAGGTAGAGC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU915752.6	73143	CTCCGAAAAGCTCTCCAAAACTCCATTGGAGCTAGAACTCAAGGTAGAGC	73192

CU572404.1	1301	TAGGGTTGAAGGTTGTGGACGTTTTATTCACCAAATTTCATGGGTCTCTT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU915752.6	73193	TAGGGTTGAAGGTTGTGGACGTTTTATTCACCAAATTTCATGGGTCTCTT	73242

CU572404.1	1351	CATATGAATGTATGGTAGTAATCATTGAATCTTCTTTAATTAAATGAGCC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU915752.6	73243	CATATGAATGTATGGTAGTAATCATTGAATCTTCTTTAATTAAATGAGCC	73292

CU572404.1	1401	CTTTCAAAGAAATTTCCAAAAAAAAAAGGATTTCAAACTTCAAACTTCTT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU915752.6	73293	CTTTCAAAGAAATTTCCAAAAAAAAAAGGATTTCAAACTTCAAACTTCTT	73342

CU572404.1	1451	TATTCCTTAACCCTAAGTATTAGTCTTTGCATTAAAATGGTATATTGACT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU915752.6	73343	TATTCCTTAACCCTAAGTATTAGTCTTTGCATTAAAATGGTATATTGACT	73392

CU572404.1	1501	AAAATGAGTTGTTATAGATTTAAATGATGATTTTAATTTTAAAGCCCCAA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU915752.6	73393	AAAATGAGTTGTTATAGATTTAAATGATGATTTTAATTTTAAAGCCCCAA	73442

CU572404.1	1551	AATAATCATGTCTATTCTTTTTTTCAACTTTTGACTTATGAAATAAGTTT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU915752.6	73443	AATAATCATGTCTATTCTTTTTTTCAACTTTTGACTTATGAAATAAGTTT	73492

CU572404.1	1601	TATGAGCATAAGTAAATAATATTAAAGTTCTTGTTTCTTGGTGGTTTATT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU915752.6	73493	TATGAGCATAAGTAAATAATATTAAAGTTCTTGTTTCTTGGTGGTTTATT	73542

CU572404.1	1651	AAGTTTTCGCTACTTCCATAAGGGATATTTTATGATGGATTATTGGATAA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU915752.6	73543	AAGTTTTCGCTACTTCCATAAGGGATATTTTATGATGGATTATTGGATAA	73592

CU572404.1	1701	ATTGGGATTAGGTGGTAAAGGCTTGAATGAGGGGTAAGTTGTTCTAACTT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU915752.6	73593	ATTGGGATTAGGTGGTAAAGGCTTGAATGAGGGGTAAGTTGTTCTAACTT	73642

CU572404.1	1751	GGTTAAGTTATGTTGAAGTAACTCTTAAGTGGTATGGTCGGTCAACCTTT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU915752.6	73643	GGTTAAGTTATGTTGAAGTAACTCTTAAGTGGTATGGTCGGTCAACCTTT	73692

CU572404.1	1801	TGTGGCGGTGCTTACTTGAAATATATGAAATTCTATGTGTACTGTTAGAG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU915752.6	73693	TGTGGCGGTGCTTACTTGAAATATATGAAATTCTATGTGTACTGTTAGAG	73742

CU572404.1	1851	TAGCCTTGAATACATTTTATGTGAAGTTAAGTGATAATTTTATTATGTGT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU915752.6	73743	TAGCCTTGAATACATTTTATGTGAAGTTAAGTGATAATTTTATTATGTGT	73792

CU572404.1	1901	ATGTATGGTATATGTTAGAAGGTTAAAATAAGTATCTTGAATGGTTCATG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU915752.6	73793	ATGTATGGTATATGTTAGAAGGTTAAAATAAGTATCTTGAATGGTTCATG	73842

CU572404.1	1951	TCTAAATGAAGTATGTATTTTTTATGTAAATTATGATAATGTGTAAATTG	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU915752.6	73843	TCTAAATGAAGTATGTATTTTTTATGTAAATTATGATAATGTGTAAATTG	73892

Overview

Query
CU572404.1 - 61957 bps
Hit
CU915752.6 - 73892 bps
Total alignments
9
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001906200012000171893738921
284.343897453665037394-1878331
380.453809673561236578-185418301
480.08912543568335936-1161018701
586.3768113064027641581-1849597931
6863506881688150353510381
778.61481578451001151156513141
885.54699137511412515151449528241
985.42657129225633854169542708371
Short-link