<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CU914543.2	69086	AAGCTTTGTAAAACGATTGATGTTGAAATTTGAAGTTTTGTTTAGAATTG	69037
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU915750.4	120070	AAGCTTTGTAAAACGATTGATGTTGAAATTTGAAGTTTTGTTTAGAATTG	120119

C  CU914543.2	69036	AAGTTTGAGAGAGTTTAACTTTAATAAGAATCATAAAACAATAAATATCG	68987
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU915750.4	120120	AAGTTTGAGAGAGTTTAACTTTAATAAGAATCATAAAACAATAAATATCG	120169

C  CU914543.2	68986	TAAAATTAGTAAAAATTGTCTAGGTAAACTTTAAATAAGTTTAATTTCGA	68937
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU915750.4	120170	TAAAATTAGTAAAAATTGTCTAGGTAAACTTTAAATAAGTTTAATTTCGA	120219

C  CU914543.2	68936	AACAGATTTGCAAAAATTGCAAGATAAACAATACATATTCAAAACTTGTA	68887
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU915750.4	120220	AACAGATTTGCAAAAATTGCAAGATAAACAATACATATTCAAAACTTGTA	120269

C  CU914543.2	68886	AAATTGGCGTAAAAATCTTAAGAAGTTCAAAAATTCGCAAATCTTTAAAA	68837
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU915750.4	120270	AAATTGGCGTAAAAATCTTAAGAAGTTCAAAAATTCGCAAATCTTTAAAA	120319

C  CU914543.2	68836	CAAAAATAGTCAAATAGTTAATCGCCGGAAAACCATAGTAAACGGAGTGT	68787
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU915750.4	120320	CAAAAATAGTCAAATAGTTAATCGCCGGAAAACCATAGTAAACGGAGTGT	120369

C  CU914543.2	68786	CTTAGGTGCTTTCTTTTTCAAAACCTTCCTAAGACGCTAATAGGAATCTC	68737
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU915750.4	120370	CTTAGGTGCTTTCTTTTTCAAAACCTTCCTAAGACGCTAATAGGAATCTC	120419

C  CU914543.2	68736	GAACCCCTTTAAATATTTTCAAGACAATTTTTTCTGTTTAAGTTGTTTTG	68687
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU915750.4	120420	GAACCCCTTTAAATATTTTCAAGACAATTTTTTCTGTTTAAGTTGTTTTG	120469

C  CU914543.2	68686	GAAATGAGTTTTCTTGATTTTTCCTTAAAAATTAAGTGGCGACTCCTAAA	68637
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU915750.4	120470	GAAATGAGTTTTCTTGATTTTTCCTTAAAAATTAAGTGGCGACTCCTAAA	120519

C  CU914543.2	68636	AGTCAAAAATACCCTTAAAATAAAACAAACTCTTTTCGAAATATATTTTT	68587
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU915750.4	120520	AGTCAAAAATACCCTTAAAATAAAACAAACTCTTTTCGAAATATATTTTT	120569

C  CU914543.2	68586	TGATAAAACAGAAATGGCGACTCCGCTAGGGAATTTGGAGGATTCTAACC	68537
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU915750.4	120570	TGATAAAACAGAAATGGCGACTCCGCTAGGGAATTTGGAGGATTCTAACC	120619

C  CU914543.2	68536	CTAGGATTAACATATTTGATTATTTGTGATTAATTATTTAAGTGTTTAAA	68487
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU915750.4	120620	CTAGGATTAACATATTTGATTATTTGTGATTAATTATTTAAGTGTTTAAA	120669

C  CU914543.2	68486	TTCTTTAGATTTTTAAACTGTTGCATGCATAACATACATACTTCCGTCAA	68437
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU915750.4	120670	TTCTTTAGATTTTTAAACTGTTGCATGCATAACATACATACTTCCGTCAA	120719

C  CU914543.2	68436	ACGGCACTTATTACATTTCCACTAAAGGACGATTATGCGGGTTCGCAGTC	68387
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU915750.4	120720	ACGGCACTTATTACATTTCCACTAAAGGACGATTATGCGGGTTCGCAGTC	120769

C  CU914543.2	68386	GTTCGTTAACCAAAAATCTTCTCGGGGCACCCTGACGAGTGTAGTTGACT	68337
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU915750.4	120770	GTTCGTTAACCAAAAATCTTCTCGGGGCACCCTGACGAGTGTAGTTGACT	120819

C  CU914543.2	68336	ACTTGATAGTCAACGATCGTTAATTGTCCCAGCCCAAGTAGTCTGCTTTG	68287
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU915750.4	120820	ACTTGATAGTCAACGATCGTTAATTGTCCCAGCCCAAGTAGTCTGCTTTG	120869

C  CU914543.2	68286	GTTTCCCATTCCACTCTAAATACAACCCACTCTTAGTCAAACTAGGATAG	68237
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU915750.4	120870	GTTTCCCATTCCACTCTAAATACAACCCACTCTTAGTCAAACTAGGATAG	120919

C  CU914543.2	68236	AGCGGAACCCAAATCCCGAAATAATAGTGCATTGGCCTAAGACGACCTGA	68187
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU915750.4	120920	AGCGGAACCCAAATCCCGAAATAATAGTGCATTGGCCTAAGACGACCTGA	120969

C  CU914543.2	68186	CACCCAAGGAGTGTCGGGCCCATTAGAAAATTCCACCTTGAGTCCAAAGA	68137
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU915750.4	120970	CACCCAAGGAGTGTCGGGCCCATTAGAAAATTCCACCTTGAGTCCAAAGA	121019

C  CU914543.2	68136	GCCTACGGCTCGATAGGACGTTCATGTTTGTTGTTTAAATTTAAAGGATG	68087
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU915750.4	121020	GCCTACGGCTCGATAGGACGTTCATGTTTGTTGTTTAAATTTAAAGGATG	121069

C  CU914543.2	68086	TATTGCGTGTTTAACTAGGTATTGTATTGGGGGATTGAAAATTAACTAGT	68037
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU915750.4	121070	TATTGCGTGTTTAACTAGGTATTGTATTGGGGGATTGAAAATTAACTAGT	121119

C  CU914543.2	68036	TGTATGTTTTTGTAGATGTCAAGTCAGTTCCTTCACTTCAAAATGGTCAC	67987
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU915750.4	121120	TGTATGTTTTTGTAGATGTCAAGTCAGTTCCTTCACTTCAAAATGGTCAC	121169

C  CU914543.2	67986	CCAGGCGCCCGATATTCTTCGAGTATGGTGGGGTAATCTTAAAGAGTGTC	67937
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU915750.4	121170	CCAGGCGCCCGATATTCTTCGAGTATGGTGGGGTAATCTTAAAGAGTGTC	121219

C  CU914543.2	67936	AGAAGCGAGAAATCTCGATTTACTTGGGTCATCTACCTTCGATAATGAAC	67887
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU915750.4	121220	AGAAGCGAGAAATCTCGATTTACTTGGGTCATCTACCTTCGATAATGAAC	121269

C  CU914543.2	67886	TTCAAGGTATGACCCACTTTTATCGAGGTCATCACTCGATTTTGGGATGA	67837
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU915750.4	121270	TTCAAGGTATGACCCACTTTTATCGAGGTCATCACTCGATTTTGGGATGA	121319

C  CU914543.2	67836	TGAGAAGATGGTCTTCCGATTTGGAGACGTCGAAATAACACTCACACTAG	67787
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU915750.4	121320	TGAGAAGATGGTCTTCCGATTTGGAGACGTCGAAATAACACTCACACTAG	121369

C  CU914543.2	67786	AAGAAATCAAAGACTGCCTTGACTCAATTGGGACGTGTGGAAAAAGGAAA	67737
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU915750.4	121370	AAGAAATCAAAGACTGCCTTGACTCAATTGGGACGTGTGGAAAAAGGAAA	121419

C  CU914543.2	67736	AAGCGTCCCGATCATCACATTCTCCTGCCAGATAGGCCAACCAAGACTGA	67687
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU915750.4	121420	AAGCGTCCCGATCATCACATTCTCCTGCCAGATAGGCCAACCAAGACTGA	121469

C  CU914543.2	67686	ACTAAGAGACATATTATTCCTAGTGAATGCAAATTGGTTAGAGACCCACG	67637
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU915750.4	121470	ACTAAGAGACATATTATTCCTAGTGAATGCAAATTGGTTAGAGACCCACG	121519

C  CU914543.2	67636	ACATTACATTAATGAGATTTTTCGAGAGATGGGGGCACGACAATTATTTT	67587
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU915750.4	121520	ACATTACATTAATGAGATTTTTCGAGAGATGGGGGCACGACAATTATTTT	121569

C  CU914543.2	67586	AGACTATTCCCGAACGAATTCCCTGATCACAGTACTTGGAGGCAAACTCA	67537
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU915750.4	121570	AGACTATTCCCGAACGAATTCCCTGATCACAGTACTTGGAGGCAAACTCA	121619

C  CU914543.2	67536	AGCTATCGCTTTCTCTGCATGCCTCTTGGGAATTATGGTGTTCCCTAAAG	67487
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU915750.4	121620	AGCTATCGCTTTCTCTGCATGCCTCTTGGGAATTATGGTGTTCCCTAAAG	121669

C  CU914543.2	67486	ATGAAGGAAGAGAAATCGACACCCGAGTAGTGATGGTAGTGAATGACATG	67437
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU915750.4	121670	ATGAAGGAAGAGAAATCGACACCCGAGTAGTGATGGTAGTGAATGACATG	121719

C  CU914543.2	67436	TTCAGAGGAGTCGGTAGAAAATCTAAAGAAAAGAAATACTGCTGCTTGGC	67387
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU915750.4	121720	TTCAGAGGAGTCGGTAGAAAATCTAAAGAAAAGAAATACTGCTGCTTGGC	121769

C  CU914543.2	67386	CCCAGTCATCATGTCCGACATTTACCGATCCTTGAGTCTGTGCAAGAACG	67337
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU915750.4	121770	CCCAGTCATCATGTCCGACATTTACCGATCCTTGAGTCTGTGCAAGAACG	121819

C  CU914543.2	67336	GGTTCTCGTTTTTCCAAGGTTGCAACATCTTACTCCAATGGTGATTGACG	67287
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU915750.4	121820	GGTTCTCGTTTTTCCAAGGTTGCAACATCTTACTCCAATGGTGATTGACG	121869

C  CU914543.2	67286	GAACATTTGTGTAAAAGAGACAACCCCCAGCCACAGGAGTTGGCCGAACC	67237
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU915750.4	121870	GAACATTTGTGTAAAAGAGACAACCCCCAGCCACAGGAGTTGGCCGAACC	121919

C  CU914543.2	67236	GAGTCAAACAAGTCCTCTCGATAATTACGAGTTCTACTTGAGTATCCGTA	67187
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU915750.4	121920	GAGTCAAACAAGTCCTCTCGATAATTACGAGTTCTACTTGAGTATCCGTA	121969

C  CU914543.2	67186	AATTTCCAATTCATACCACCAGGGACGCGTGGGCAAGGGTATTTTATAAT	67137
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU915750.4	121970	AATTTCCAATTCATACCACCAGGGACGCGTGGGCAAGGGTATTTTATAAT	122019

C  CU914543.2	67136	TTGAAAGAAGGAGACATACAGTGGGTTTTACCGAGCTTGAAGTCTCAGAT	67087
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU915750.4	122020	TTGAAAGAAGGAGACATACAGTGGGTTTTACCGAGCTTGAAGTCTCAGAT	122069

Overview

Query
CU914543.2 - 69086 bps
Hit
CU915750.4 - 122069 bps
Total alignments
9
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100195720006708769086-11200701220691
285.161578302533027116084191031
384.823817481748134559353091
484.2476014617782238135303367621
578.093217128593029137381375581
683.671393291912919142374452871
778.79341402859299811003921005231
894.74961325439454525-11170571171891
994.89271833435106754409-11172261205791
Short-link