<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU927997.8	1	CGTGTCGTACCAGCAATATTTGTAACTATTGCTCTATCAGTCTGCACGCT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU915744.5	110887	CGTGTCGTACCAGCAATATTTGTAACTATTGCTCTATCAGTCTGCACGCT	110936

CU927997.8	51	AATAGAAGGCACGTGATTAGAAATGAATGCCAGCAAGATAATAGCACGGG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU915744.5	110937	AATAGAAGGCACGTGATTAGAAATGAATGCCAGCAAGATAATAGCACGGG	110986

CU927997.8	101	AAGCAGACACTTTAGACTAGAGAAATTCTAAAGAATGGGAGTGTGCTTAA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU915744.5	110987	AAGCAGACACTTTAGACTAGAGAAATTCTAAAGAATGGGAGTGTGCTTAA	111036

CU927997.8	151	TATGACTTTATATTTTGAGGAAAATATTTGTCATGAAACACTTTCTATTT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU915744.5	111037	TATGACTTTATATTTTGAGGAAAATATTTGTCATGAAACACTTTCTATTT	111086

CU927997.8	201	ATGGTCTTGTTATAAGTAGTAGTAGGGGTTTGAGTAAAGATTAACAATCA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU915744.5	111087	ATGGTCTTGTTATAAGTAGTAGTAGGGGTTTGAGTAAAGATTAACAATCA	111136

CU927997.8	251	TGTTTATATGGTCATAGAAGCAAGTGGAACGCAATAAGAGTTGCAATACT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU915744.5	111137	TGTTTATATGGTCATAGAAGCAAGTGGAACGCAATAAGAGTTGCAATACT	111186

CU927997.8	301	GAAAATATCACGCACAGTTAAGGACACAAGTTATTTTATATTATGCGACA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU915744.5	111187	GAAAATATCACGCACAGTTAAGGACACAAGTTATTTTATATTATGCGACA	111236

CU927997.8	351	ATTTAAGGTAGACAATTAAAAATTAGAGGATTGAAATGGTTCATTATTAG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU915744.5	111237	ATTTAAGGTAGACAATTAAAAATTAGAGGATTGAAATGGTTCATTATTAG	111286

CU927997.8	401	TTTTTTTTACTGTCCTACAGTTGCTGGTTTGGGAAAAGTTCCAAATTGTG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU915744.5	111287	TTTTTTTTACTGTCCTACAGTTGCTGGTTTGGGAAAAGTTCCAAATTGTG	111336

CU927997.8	451	GCTTGTAGCTAAATTCATCGTGATAACTTGAGTCAAGCATAACCTATTGC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU915744.5	111337	GCTTGTAGCTAAATTCATCGTGATAACTTGAGTCAAGCATAACCTATTGC	111386

CU927997.8	501	TGGCTAGTATACAATTTAGATTCTGAAACTAACGATTCAAATCCATATAT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU915744.5	111387	TGGCTAGTATACAATTTAGATTCTGAAACTAACGATTCAAATCCATATAT	111436

CU927997.8	551	ACTTTCCATACCAGAAGGAACAATTTGGTCTTTAGAAATAAGCAAAGTGA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU915744.5	111437	ACTTTCCATACCAGAAGGAACAATTTGGTCTTTAGAAATAAGCAAAGTGA	111486

CU927997.8	601	TGAAGTGTTCTTCAATGGATCCCTGGAATGTCTCAACTAGAGCTAAAGGT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU915744.5	111487	TGAAGTGTTCTTCAATGGATCCCTGGAATGTCTCAACTAGAGCTAAAGGT	111536

CU927997.8	651	GCAAGTCACATCCTATGCAAATTATAAGAACTGGGAGCTAGGCATTGCAT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU915744.5	111537	GCAAGTCACATCCTATGCAAATTATAAGAACTGGGAGCTAGGCATTGCAT	111586

CU927997.8	701	GGAACTTCTTCGTATATGTTTCTAATTACAGGTGAGATTTCTATTTACTG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU915744.5	111587	GGAACTTCTTCGTATATGTTTCTAATTACAGGTGAGATTTCTATTTACTG	111636

CU927997.8	751	GTCCACATTTTGTTTCAGATTTAGTTACTGAGTTAAAAGTTTATGCCACT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU915744.5	111637	GTCCACATTTTGTTTCAGATTTAGTTACTGAGTTAAAAGTTTATGCCACT	111686

CU927997.8	801	GTCAAGAGAAGCAGTGATAACTATTTAAAAAAACAATAATTACAGGAATC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU915744.5	111687	GTCAAGAGAAGCAGTGATAACTATTTAAAAAAACAATAATTACAGGAATC	111736

CU927997.8	851	AATGATGAGATGGTAAATAATGGGTATATTGGTGGAACATACTTTGCTCC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU915744.5	111737	AATGATGAGATGGTAAATAATGGGTATATTGGTGGAACATACTTTGCTCC	111786

CU927997.8	901	ATGCATTAAGAAGGCTTGATTTCCCAACATTAGGTCGACCAATAATTGCA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU915744.5	111787	ATGCATTAAGAAGGCTTGATTTCCCAACATTAGGTCGACCAATAATTGCA	111836

CU927997.8	951	ATCTGCAAGATAGTCATTGAAAATTATGTTGTCTTAATTATTAGTTCAAA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU915744.5	111837	ATCTGCAAGATAGTCATTGAAAATTATGTTGTCTTAATTATTAGTTCAAA	111886

CU927997.8	1001	GCAGGGAAACATAAAAAAAAAATCCATTTTTGGACAGCCAGCTAAACAGC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU915744.5	111887	GCAGGGAAACATAAAAAAAAAATCCATTTTTGGACAGCCAGCTAAACAGC	111936

CU927997.8	1051	TAGATGTGCTTTAAGTTACTCTCAAATTCAATGACAAGTTAAGACATGCG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU915744.5	111937	TAGATGTGCTTTAAGTTACTCTCAAATTCAATGACAAGTTAAGACATGCG	111986

CU927997.8	1101	TCCTTTGTTCCTTTCTCCTCCTTGCTTTGTTATTTAGTTCTCAGGAAAAA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU915744.5	111987	TCCTTTGTTCCTTTCTCCTCCTTGCTTTGTTATTTAGTTCTCAGGAAAAA	112036

CU927997.8	1151	AGTCCACTAGGCTTTTATAAGAACTTGGTCAGTCTTAGTGCAATATAAAC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU915744.5	112037	AGTCCACTAGGCTTTTATAAGAACTTGGTCAGTCTTAGTGCAATATAAAC	112086

CU927997.8	1201	CTGTAGTCCTGACTGCAGAAGCTTGTCATAGTTGGCAGTTTCCAGCGCAT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU915744.5	112087	CTGTAGTCCTGACTGCAGAAGCTTGTCATAGTTGGCAGTTTCCAGCGCAT	112136

CU927997.8	1251	TATCCAGATCATGCAGCATCCCATATATTTTGTCCATAATAAGATTCAGA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU915744.5	112137	TATCCAGATCATGCAGCATCCCATATATTTTGTCCATAATAAGATTCAGA	112186

CU927997.8	1301	TCAAGGGGTGGCATCTCGTCATCGAAGTCAAGACGAGCTTCAATTTCAGT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU915744.5	112187	TCAAGGGGTGGCATCTCGTCATCGAAGTCAAGACGAGCTTCAATTTCAGT	112236

CU927997.8	1351	TAGCAACTCCATACACTGAGTTCTTAGTGATTTGACCAAAGAAGAAAACC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU915744.5	112237	TAGCAACTCCATACACTGAGTTCTTAGTGATTTGACCAAAGAAGAAAACC	112286

CU927997.8	1401	CACCCTGACAAAAGGAACTATCATTCAGCATCATTCCCCAGCACTAGGAT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU915744.5	112287	CACCCTGACAAAAGGAACTATCATTCAGCATCATTCCCCAGCACTAGGAT	112336

CU927997.8	1451	AAAAGGCAAACAAAATAAAACTTAGTGCTGAATCTGTGCCCTTGTTAATG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU915744.5	112337	AAAAGGCAAACAAAATAAAACTTAGTGCTGAATCTGTGCCCTTGTTAATG	112386

CU927997.8	1501	TATCAAAGGGTCAACAGTTCTTTTCTTTTTAGAAGGGTCAACAGTTCTTG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU915744.5	112387	TATCAAAGGGTCAACAGTTCTTTTCTTTTTAGAAGGGTCAACAGTTCTTG	112436

CU927997.8	1551	TAATTAAAAAGTGATTTTATACAGCTGAACACCTCTATTCCTGCCAATGC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU915744.5	112437	TAATTAAAAAGTGATTTTATACAGCTGAACACCTCTATTCCTGCCAATGC	112486

CU927997.8	1601	AGCATCTGCAGCAGCCACTGACTTTGCTGATATTAACTTTTCGACATTCT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU915744.5	112487	AGCATCTGCAGCAGCCACTGACTTTGCTGATATTAACTTTTCGACATTCT	112536

CU927997.8	1651	CAGCTTGAGAAAGATCCAAACGACCATTTAAGAAGGCGCGCAGAGTGAAT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU915744.5	112537	CAGCTTGAGAAAGATCCAAACGACCATTTAAGAAGGCGCGCAGAGTGAAT	112586

CU927997.8	1701	TCACCTAATAAAAGTGAAACATTAAAAGAGGTGAGCTGGAGAAGAAAGAT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU915744.5	112587	TCACCTAATAAAAGTGAAACATTAAAAGAGGTGAGCTGGAGAAGAAAGAT	112636

CU927997.8	1751	TCTCACCTATTCTATGGCTGCACAGAAAAAGGAGACAGTTGCTGTGCATT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU915744.5	112637	TCTCACCTATTCTATGGCTGCACAGAAAAAGGAGACAGTTGCTGTGCATT	112686

CU927997.8	1801	TGCCTAGTAACTAAAGCTTTGACAAGTCAATGCTACGGGACTATAGAATG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU915744.5	112687	TGCCTAGTAACTAAAGCTTTGACAAGTCAATGCTACGGGACTATAGAATG	112736

CU927997.8	1851	ATGTAGTGATGTACAGACAAATAAATCTTCACAACAGTTTTCGAACTATA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU915744.5	112737	ATGTAGTGATGTACAGACAAATAAATCTTCACAACAGTTTTCGAACTATA	112786

CU927997.8	1901	GAGATCAATTCTCATCAAAACCGTAACTGCTGCAGGTTATAGACATCAAA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU915744.5	112787	GAGATCAATTCTCATCAAAACCGTAACTGCTGCAGGTTATAGACATCAAA	112836

CU927997.8	1951	ACAGTCAATTAAAGAATACAAGGATGAAGCTAACCTGGTTCCGCAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU915744.5	112837	ACAGTCAATTAAAGAATACAAGGATGAAGCTAACCTGGTTCCGCAAGCTT	112886

Overview

Query
CU927997.8 - 131902 bps
Hit
CU915744.5 - 112886 bps
Total alignments
5
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100194220001200011108871128861
298.5935716412564195-123552236221
310037686412364190123555236221
485.633147541751618269197730984671
585.09621141815718270-197740978531
Short-link