<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU407318.19	136982	CCAAGAAATCTAAACATCCCTTACTAACCATCCTCTTAGCACGAAGAAAA	137031
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU914543.2	1	CCAAGAAATCTAAACATCCCTTACTAACCATCCTCTTAGCACGAAGAAAA	50

CU407318.19	137032	GAGATAATACGAACTGGGGTTGGAATATAGTCACCCTCCCACACTAGTGG	137081
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU914543.2	51	GAGATAATACGAACTGGGGTTGGAATATAGTCACCCTCCCACACTAGTGG	100

CU407318.19	137082	ATCTGTCCCAGGCTTGGCCAATGTCACAGTTTTAGCATTACAATCTAAGA	137131
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU914543.2	101	ATCTGTCCCAGGCTTGGCCAATGTCACAGTTTTAGCATTACAATCTAAGA	150

CU407318.19	137132	TTGCAAAATTTGGAGAAAGCCAAGTCATACCCAGAATTACATCGAAATCA	137181
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU914543.2	151	TTGCAAAATTTGGAGAAAGCCAAGTCATACCCAGAATTACATCGAAATCA	200

CU407318.19	137182	ACCATCTCTGGAATAATAAAATCTAGATGAGTATTGCTCCCCACAAAAGT	137231
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU914543.2	201	ACCATCTCTGGAATAATAAAATCTAGATGAGTATTGCTCCCCACAAAAGT	250

CU407318.19	137232	CACAAGACAAGACCAATACACCTTATCGACTATCACAGACTCACCCACAG	137281
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU914543.2	251	CACAAGACAAGACCAATACACCTTATCGACTATCACAGACTCACCCACAG	300

CU407318.19	137282	GAGTAGAGACACGAATAGGCATGTCAAACAAATCACAATGTAAATCAAGA	137331
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU914543.2	301	GAGTAGAGACACGAATAGGCATGTCAAACAAATCACAATGTAAATCAAGA	350

CU407318.19	137332	CTAGTAGCGAATGAGGAAGATACATATGAAAGTGTGGATCCAGGATCAAA	137381
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU914543.2	351	CTAGTAGCGAATGAGGAAGATACATATGAAAGTGTGGATCCAGGATCAAA	400

CU407318.19	137382	TAATACAGAAGCCATGCAATCACAAATCAAAAGATTACCTGTGATAACAG	137431
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU914543.2	401	TAATACAGAAGCCATGCAATCACAAATCAAAAGATTACCTGTGATAACAG	450

CU407318.19	137432	TATCAGATGTAAAGCAGACCTCCCGGGGAAAGCATAACAATGGGCCCTAT	137481
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU914543.2	451	TATCAGATGTAAAGCAGACCTCCCGGGGAAAGCATAACAATGGGCCCTAT	500

CU407318.19	137482	CACCTGTCTGCCCGTTGCCCCTACCATGTTGTGCTGCAGTAGTTCCAACC	137531
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU914543.2	501	CACCTGTCTGCCCGTTGCCCCTACCATGTTGTGCTGCAGTAGTTCCAACC	550

CU407318.19	137532	TGCCCGCCACTTCGGCTGATTTGGTGACCACCATTACCTTGACCACCACG	137581
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU914543.2	551	TGCCCGCCACTTCGGCTGATTTGGTGACCACCATTACCTTGACCACCACG	600

CU407318.19	137582	TCCTCCAGAATGGCGGCCTCTCCCATGACCACCTCTACCTCTAATTATTG	137631
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU914543.2	601	TCCTCCAGAATGGCGGCCTCTCCCATGACCACCTCTACCTCTAATTATTG	650

CU407318.19	137632	GGGGTTTGTAACTCTGTTTTGGACAATTCCTCCTAATATGTCCAGTCTCT	137681
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU914543.2	651	GGGGTTTGTAACTCTGTTTTGGACAATTCCTCCTAATATGTCCAGTCTCT	700

CU407318.19	137682	CCACATCCATAACAATCTCTGGAGTATAGCATAGGTCTCTGTGAGAATGA	137731
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU914543.2	701	CCACATCCATAACAATCTCTGGAGTATAGCATAGGTCTCTGTGAGAATGA	750

CU407318.19	137732	CGAAGTCTGGGGATAATCTCCAAACTCAGAGAAATGTTGACTGGTCTGCG	137781
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU914543.2	751	CGAAGTCTGGGGATAATCTCCAAACTCAGAGAAATGTTGACTGGTCTGCG	800

CU407318.19	137782	ATGGACCCCCAGCTACAACCTGTAGTGAAGACTGAATAGATCGGGTTGGG	137831
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU914543.2	801	ATGGACCCCCAGCTACAACCTGTAGTGAAGACTGAATAGATCGGGTTGGG	850

CU407318.19	137832	TAACCTCCTGAACTCTGTCCTCTGGAGTAAGAACCACTAAGCTCACCTCC	137881
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU914543.2	851	TAACCTCCTGAACTCTGTCCTCTGGAGTAAGAACCACTAAGCTCACCTCC	900

CU407318.19	137882	CGTACGGAACTTCTTAGAGGTCGACGCCATGGTGAAGTTGTCTGGCTTCA	137931
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU914543.2	901	CGTACGGAACTTCTTAGAGGTCGACGCCATGGTGAAGTTGTCTGGCTTCA	950

CU407318.19	137932	CCCCCTCCACCTCTATCACAAAGTCAACCACTTCCTGAAAGGATTTTGCT	137981
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU914543.2	951	CCCCCTCCACCTCTATCACAAAGTCAACCACTTCCTGAAAGGATTTTGCT	1000

CU407318.19	137982	GCAGCAGCTACCTGTAAGGTTGGGATCTGCAAATCTGACCTCAATACTTT	138031
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU914543.2	1001	GCAGCAGCTACCTGTAAGGTTGGGATCTGCAAATCTGACCTCAATACTTT	1050

CU407318.19	138032	CACAAAGCGGCGAATTCTCTCTTGTGGACTGAAGCAAAGCTGAGTGGCAT	138081
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU914543.2	1051	CACAAAGCGGCGAATTCTCTCTTGTGGACTGAAGCAAAGCTGAGTGGCAT	1100

CU407318.19	138082	ACCTGGATAGCGCACGAAATTTGGCCTCATAAACAGCAACAGACATCCTT	138131
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU914543.2	1101	ACCTGGATAGCGCACGAAATTTGGCCTCATAAACAGCAACAGACATCCTT	1150

CU407318.19	138132	CCTTGCTTTAGGCTCAGGAACTCATCTCTCCTCCTATCCCTCAAAGTCCA	138181
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU914543.2	1151	CCTTGCTTTAGGCTCAGGAACTCATCTCTCCTCCTATCCCTCAAAGTCCA	1200

CU407318.19	138182	GGGTATATATTTCTCCATAAATAAGTTGGAGAATGATGCCCAGGTCATAG	138231
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU914543.2	1201	GGGTATATATTTCTCCATAAATAAGTTGGAGAATGATGCCCAGGTCATAG	1250

CU407318.19	138232	GTGGTGCCTGTGCTGGTTGACACTCAACATACGACCGCCACCACATTTTG	138281
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU914543.2	1251	GTGGTGCCTGTGCTGGTTGACACTCAACATACGACCGCCACCACATTTTG	1300

CU407318.19	138282	GCATTCCCCTGAAACTGGTAGGTCACAAACTCAACACCGAATCGTTCCAC	138331
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU914543.2	1301	GCATTCCCCTGAAACTGGTAGGTCACAAACTCAACACCGAATCGTTCCAC	1350

CU407318.19	138332	TATGTCCATCTTATGTAGCAGTTCATGACAATCAACCAGAAAATCATAGG	138381
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU914543.2	1351	TATGTCCATCTTATGTAGCAGTTCATGACAATCAACCAGAAAATCATAGG	1400

CU407318.19	138382	CATCCTCAGATTCAGCACCCTTGAAGACTGGAGGTTTTTCAGCTTTAAGA	138431
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU914543.2	1401	CATCCTCAGATTCAGCACCCTTGAAGACTGGAGGTTTTTCAGCTTTAAGA	1450

CU407318.19	138432	ATTTAGTGAAAAGTTCATGCTGATCACTCGTCATTATAGACCCTATAGTC	138481
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU914543.2	1451	ATTTAGTGAAAAGTTCATGCTGATCACTCGTCATTATAGACCCTATAGTC	1500

CU407318.19	138482	AATCGAGGAAACGTGCCTACTTCCAATGAGGCATCCATGCGGGGAGCCAC	138531
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU914543.2	1501	AATCGAGGAAACGTGCCTACTTCCAATGAGGCATCCATGCGGGGAGCCAC	1550

CU407318.19	138532	AACAGCTGCATGTTGTACTCCCGGAACCTGAGGTGCTGGTACAGGAAACA	138581
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU914543.2	1551	AACAGCTGCATGTTGTACTCCCGGAACCTGAGGTGCTGGTACAGGAAACA	1600

CU407318.19	138582	CTGGAGGTGTCTGGCCCCGATCAGATAACCCGCTAAGATAAGTGAGAACC	138631
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU914543.2	1601	CTGGAGGTGTCTGGCCCCGATCAGATAACCCGCTAAGATAAGTGAGAACC	1650

CU407318.19	138632	TGGTTAATCATCTCTGGGGTAGGCTGGGGTGGTAATTCCTCATCTTGCAC	138681
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU914543.2	1651	TGGTTAATCATCTCTGGGGTAGGCTGGGGTGGTAATTCCTCATCTTGCAC	1700

CU407318.19	138682	CTGTTCATTTTCCTCTTCCTCACCATCTCTTACTACCTCATCAGTTGGTG	138731
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU914543.2	1701	CTGTTCATTTTCCTCTTCCTCACCATCTCTTACTACCTCATCAGTTGGTG	1750

CU407318.19	138732	GAAGAGTCACCGCCCTATTACTAGCCGGACCAGGTGTTTGTCCTCTACCT	138781
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU914543.2	1751	GAAGAGTCACCGCCCTATTACTAGCCGGACCAGGTGTTTGTCCTCTACCT	1800

CU407318.19	138782	CTAGAGGACGTCCCTCTGCGACCTCTACCACGGCCTCTTGTCACTGCTCC	138831
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU914543.2	1801	CTAGAGGACGTCCCTCTGCGACCTCTACCACGGCCTCTTGTCACTGCTCC	1850

CU407318.19	138832	TCCTCGAGCTACAGCCCCAATGTTTGGCTCAGATGCACCCTGTCTTGCCG	138881
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU914543.2	1851	TCCTCGAGCTACAGCCCCAATGTTTGGCTCAGATGCACCCTGTCTTGCCG	1900

CU407318.19	138882	GTGTTGGTGTTGGCGCAGTTGTTGCTCTAGTTCTAACCATCTGTGAAATA	138931
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU914543.2	1901	GTGTTGGTGTTGGCGCAGTTGTTGCTCTAGTTCTAACCATCTGTGAAATA	1950

CU407318.19	138932	GAGTGAGGATGTCAGATACCAATTTGTATCAACTAGATACCAATTGGATC	138981
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU914543.2	1951	GAGTGAGGATGTCAGATACCAATTTGTATCAACTAGATACCAATTGGATC	2000

Overview

Query
CU407318.19 - 138981 bps
Hit
CU914543.2 - 69086 bps
Total alignments
15
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100199120001369821389811120001
281.14116329837022100041130271
382.8999220052194543931122271
497.11162318381321181339551215539821
586.4631759274927755181215727471
678.011937061975220457-1233230271
778.16191702229129921233230271
886.365611054751548601259927081
983.659521075545757541274229551
1090.8268971328931329891285829551
1185.88716555056552201285930271
1282.47349475661757541289529911
1392.4250661336211336861357836431
1493.9454661335401336051365937241
1579.141035449683197374-141583421191
Short-link