<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU576540.1	1	AAGCTTAGAAACGCTTTTAATCTTTAAACTGTTGGTCAAGTGGAGTGCAC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU856535.3	26932	AAGCTTAGAAACGCTTTTAATCTTTAAACTGTTGGTCAAGTGGAGTGCAC	26981

CU576540.1	51	CACTCAAATAATATAATACATGTTAAGAGCTTTTGTAATATATTTTCAAG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU856535.3	26982	CACTCAAATAATATAATACATGTTAAGAGCTTTTGTAATATATTTTCAAG	27031

CU576540.1	101	AAAATTTGACAATCACCTATTATTGATTGAGTTTTCCTATAATAATATCT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU856535.3	27032	AAAATTTGACAATCACCTATTATTGATTGAGTTTTCCTATAATAATATCT	27081

CU576540.1	151	ACCATTTGAGTATTTCCATAGAACATTTTGAAGCACTCTATGGTAGGCAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU856535.3	27082	ACCATTTGAGTATTTCCATAGAACATTTTGAAGCACTCTATGGTAGGCAA	27131

CU576540.1	201	TGTAGATCTCTGGTTGGGTTGTTTAAGGTTGATGAGTCTTCACCCCTTCG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU856535.3	27132	TGTAGATCTCTGGTTGGGTTGTTTAAGGTTGATGAGTCTTCACCCCTTCG	27181

CU576540.1	251	TCCCAAAAAGGGAAATTTTTTCAAAACCATGCTAAGTCACTTGAAAACGA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU856535.3	27182	TCCCAAAAAGGGAAATTTTTTCAAAACCATGCTAAGTCACTTGAAAACGA	27231

CU576540.1	301	TTATGCACCTACAAGATCATATACGAGTGAATAATCACCATAACATTAAG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU856535.3	27232	TTATGCACCTACAAGATCATATACGAGTGAATAATCACCATAACATTAAG	27281

CU576540.1	351	ACATATTAATATCCAACACAAGATAAACATCATCAAAAATCCGTATTAGC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU856535.3	27282	ACATATTAATATCCAACACAAGATAAACATCATCAAAAATCCGTATTAGC	27331

CU576540.1	401	ATTTCATATCTTGGAGTTCATAACATCAAAACATACAAGACCCTTACTCA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU856535.3	27332	ATTTCATATCTTGGAGTTCATAACATCAAAACATACAAGACCCTTACTCA	27381

CU576540.1	451	CAATCGCATCCTAAGCCTACAAATGAAATGCTGATGTGAAGCCCCATAAC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU856535.3	27382	CAATCGCATCCTAAGCCTACAAATGAAATGCTGATGTGAAGCCCCATAAC	27431

CU576540.1	501	CCCACATAGTCAAGTAAAATAGAAAAGAGACTGAAAGAAATGCCTTTACA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU856535.3	27432	CCCACATAGTCAAGTAAAATAGAAAAGAGACTGAAAGAAATGCCTTTACA	27481

CU576540.1	551	TTTTATAAGATCATAGGATGTATGATCATCATAAAATATAGCAGTTTAGA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU856535.3	27482	TTTTATAAGATCATAGGATGTATGATCATCATAAAATATAGCAGTTTAGA	27531

CU576540.1	601	CCAACATCATGTAAATCAATGAAACCGACATCCTATAGAATCATCATCAT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU856535.3	27532	CCAACATCATGTAAATCAATGAAACCGACATCCTATAGAATCATCATCAT	27581

CU576540.1	651	GTAAAGTCAACATTAATCATTTAATTTGTAAAATCATTACATAAAAACAT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU856535.3	27582	GTAAAGTCAACATTAATCATTTAATTTGTAAAATCATTACATAAAAACAT	27631

CU576540.1	701	CCTCCTAGGACTCCTTTGAAGGTCAACTTGTGCAATCCATAGGTAACGTC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU856535.3	27632	CCTCCTAGGACTCCTTTGAAGGTCAACTTGTGCAATCCATAGGTAACGTC	27681

CU576540.1	751	CCATACCCTTACCTACACTAAGTAGAACCCGTTAACTTACTATAGTTAAT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU856535.3	27682	CCATACCCTTACCTACACTAAGTAGAACCCGTTAACTTACTATAGTTAAT	27731

CU576540.1	801	GTTAACTTTATAACATACATTCATTCGTTTTATTTTTGGTAACAATCGCA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU856535.3	27732	GTTAACTTTATAACATACATTCATTCGTTTTATTTTTGGTAACAATCGCA	27781

CU576540.1	851	TTAAGAGAAAATAGGCCATGTTACAAACATGAAATCCTAAATCATGAAAC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU856535.3	27782	TTAAGAGAAAATAGGCCATGTTACAAACATGAAATCCTAAATCATGAAAC	27831

CU576540.1	901	CTTACGCCGCAAGAAGGTGATCTACTTGCCATAGTAGAACCAAAAAATTA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU856535.3	27832	CTTACGCCGCAAGAAGGTGATCTACTTGCCATAGTAGAACCAAAAAATTA	27881

CU576540.1	951	ACATAGCATTCTAGGTGGATCCACTAGATAGTTTTCCTATGGGGGAAACA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU856535.3	27882	ACATAGCATTCTAGGTGGATCCACTAGATAGTTTTCCTATGGGGGAAACA	27931

CU576540.1	1001	TAGTTACTGAACTAGAAGATATGTATTGAACCCTCTTCATGCCCATTAGA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU856535.3	27932	TAGTTACTGAACTAGAAGATATGTATTGAACCCTCTTCATGCCCATTAGA	27981

CU576540.1	1051	ATTGGATTCCTCATCTCATTAGAATAATTATGAACCTACTTTTCCTCATT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU856535.3	27982	ATTGGATTCCTCATCTCATTAGAATAATTATGAACCTACTTTTCCTCATT	28031

CU576540.1	1101	GGGAAAGGAAACCTCTCATATCTAGTTCGCTTGGTGATAAGTTAAAGTCC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU856535.3	28032	GGGAAAGGAAACCTCTCATATCTAGTTCGCTTGGTGATAAGTTAAAGTCC	28081

CU576540.1	1151	CTTATTGAAATGTCTTTAATCCTTCATTAATTATCATATGTTATTGGTCA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU856535.3	28082	CTTATTGAAATGTCTTTAATCCTTCATTAATTATCATATGTTATTGGTCA	28131

CU576540.1	1201	TACGATACGAACCCCTTGTATAATCATGTAATTACCTCTTTAGGTATTGA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU856535.3	28132	TACGATACGAACCCCTTGTATAATCATGTAATTACCTCTTTAGGTATTGA	28181

CU576540.1	1251	ATAAGAACTTTCTTTAATTACAACGCTCCATTAGTGAGATCGTCACATCA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU856535.3	28182	ATAAGAACTTTCTTTAATTACAACGCTCCATTAGTGAGATCGTCACATCA	28231

CU576540.1	1301	TAGTCATATCAAATAAGGCAGACAAGAGAGTCACATTCAACCTTACGTGA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU856535.3	28232	TAGTCATATCAAATAAGGCAGACAAGAGAGTCACATTCAACCTTACGTGA	28281

CU576540.1	1351	TCATACCCCTATCAAGATATCACAATTTAAAAACCATATCATGCCATCAT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU856535.3	28282	TCATACCCCTATCAAGATATCACAATTTAAAAACCATATCATGCCATCAT	28331

CU576540.1	1401	ATTCATAATATCATCAGCTTCCTATTATATTCACCAAATCATACTTCAAT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU856535.3	28332	ATTCATAATATCATCAGCTTCCTATTATATTCACCAAATCATACTTCAAT	28381

CU576540.1	1451	TTAGGATAATTATCAAGAATAAATCATCATTATTGAAGTAGAGAACTCAT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU856535.3	28382	TTAGGATAATTATCAAGAATAAATCATCATTATTGAAGTAGAGAACTCAT	28431

CU576540.1	1501	ATCATAGAAAGTCGTACAAATAGCTTCCGAACCTCCTTCAATATCTTACC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU856535.3	28432	ATCATAGAAAGTCGTACAAATAGCTTCCGAACCTCCTTCAATATCTTACC	28481

CU576540.1	1551	CTCAATTCCAAAATATTCATCTATGTATTCACTCATCATCATCATATAAA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU856535.3	28482	CTCAATTCCAAAATATTCATCTATGTATTCACTCATCATCATCATATAAA	28531

CU576540.1	1601	AGTTAAATAAACAATAACATCTTCAACTTCAATATCTGTAATCATGTACA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU856535.3	28532	AGTTAAATAAACAATAACATCTTCAACTTCAATATCTGTAATCATGTACA	28581

CU576540.1	1651	TGTCTAATTCATACCTAGGGAAAAGGGGTCATTCATGGGATCTTCAAGAA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU856535.3	28582	TGTCTAATTCATACCTAGGGAAAAGGGGTCATTCATGGGATCTTCAAGAA	28631

CU576540.1	1701	CTAGACAAAATATTCAATTAAAACATGATACAAGGCATTCCATGAAGAAA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU856535.3	28632	CTAGACAAAATATTCAATTAAAACATGATACAAGGCATTCCATGAAGAAA	28681

CU576540.1	1751	AATACCTTCAACACCAATATATCATTTCATAACCTCATTATATTCAAGCA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU856535.3	28682	AATACCTTCAACACCAATATATCATTTCATAACCTCATTATATTCAAGCA	28731

CU576540.1	1801	ATTTATCAAAGAAGATCCATGATTTATAGAATTTAGGGAAGAACATGAAT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU856535.3	28732	ATTTATCAAAGAAGATCCATGATTTATAGAATTTAGGGAAGAACATGAAT	28781

CU576540.1	1851	CCAATAAAATATCAACTAAATAATATCAGTCAACCATTATTATACTCATA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU856535.3	28782	CCAATAAAATATCAACTAAATAATATCAGTCAACCATTATTATACTCATA	28831

CU576540.1	1901	CAAAATCCCGAGTAAATCTAATTCATCCTAATTGATCACAAATTTCAAGT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU856535.3	28832	CAAAATCCCGAGTAAATCTAATTCATCCTAATTGATCACAAATTTCAAGT	28881

CU576540.1	1951	TAAGAAAGAAACACATGTGTAGAGAAAACCCTTTATTATTGGGATATTTA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU856535.3	28882	TAAGAAAGAAACACATGTGTAGAGAAAACCCTTTATTATTGGGATATTTA	28931

Overview

Query
CU576540.1 - 43457 bps
Hit
CU856535.3 - 28931 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001885200012000126932289311
Short-link