<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU695227.4	1	GATCTTCTATCTCTCAAATTTTATGTATTTTAAAGGATTGCTACTAAATG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU695231.9	188724	GATCTTCTATCTCTCAAATTTTATGTATTTTAAAGGATTGCTACTAAATG	188773

CU695227.4	51	AATACTCAAACTCCTCACTAGACTGTAGTAAGGCTTGTAGTTACTTATGC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU695231.9	188774	AATACTCAAACTCCTCACTAGACTGTAGTAAGGCTTGTAGTTACTTATGC	188823

CU695227.4	101	AACTTGCCCAAGTTAATTTACTTGTCCTTAATTCCTCTATGATTTTTATT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU695231.9	188824	AACTTGCCCAAGTTAATTTACTTGTCCTTAATTCCTCTATGATTTTTATT	188873

CU695227.4	151	TCTCATGGATCATTCTGGTCAGTTTACAAATCCAGCTCCTCCCATTTGGA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU695231.9	188874	TCTCATGGATCATTCTGGTCAGTTTACAAATCCAGCTCCTCCCATTTGGA	188923

CU695227.4	201	CGCCTCTGATTCCTGTGATTCCCACCTCCCGTTTCTCTGCCAATGCAAAG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU695231.9	188924	CGCCTCTGATTCCTGTGATTCCCACCTCCCGTTTCTCTGCCAATGCAAAG	188973

CU695227.4	251	GCTTTCCTGTTGTCATGGTTTCAATTCTCTATTTATTGTCCCTCGGCCCC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU695231.9	188974	GCTTTCCTGTTGTCATGGTTTCAATTCTCTATTTATTGTCCCTCGGCCCC	189023

CU695227.4	301	ACCCTAATACATCTTTTCACGTCATCCCGTTACTGTGCTGTGCATAAAGG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU695231.9	189024	ACCCTAATACATCTTTTCACGTCATCCCGTTACTGTGCTGTGCATAAAGG	189073

CU695227.4	351	CATCAGTAGCTTCAACATCGCTGCTGACTCCCCTGATTGATCTTCAGTCT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU695231.9	189074	CATCAGTAGCTTCAACATCGCTGCTGACTCCCCTGATTGATCTTCAGTCT	189123

CU695227.4	401	GTATCACAGTTGACTCCACAGCAACCCACCACAGAGTTGATCACTTTCTC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU695231.9	189124	GTATCACAGTTGACTCCACAGCAACCCACCACAGAGTTGATCACTTTCTC	189173

CU695227.4	451	CAGTCTGACACACATCACTCACTTGGCTTCGGCAGAACACACAGACAGTT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU695231.9	189174	CAGTCTGACACACATCACTCACTTGGCTTCGGCAGAACACACAGACAGTT	189223

CU695227.4	501	TCCTTCCTTTATTTCCTGCTTTGTCAGATGAACTGATCTCTCCCTTTCTT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU695231.9	189224	TCCTTCCTTTATTTCCTGCTTTGTCAGATGAACTGATCTCTCCCTTTCTT	189273

CU695227.4	551	CAAAATGCTTTGAATAGTTTTTATTTCTCTTTTCTGGGGAAGAAAGGATG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU695231.9	189274	CAAAATGCTTTGAATAGTTTTTATTTCTCTTTTCTGGGGAAGAAAGGATG	189323

CU695227.4	601	GAGTTATAGTGTTGTTTAGATGGCGTGTGAATATAGTCAGTTTATTCAAG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU695231.9	189324	GAGTTATAGTGTTGTTTAGATGGCGTGTGAATATAGTCAGTTTATTCAAG	189373

CU695227.4	651	CAGTATGTAAGCACGAACAGTAGAAGTGAGCTCTCCTTGTTCTTCAACTG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU695231.9	189374	CAGTATGTAAGCACGAACAGTAGAAGTGAGCTCTCCTTGTTCTTCAACTG	189423

CU695227.4	701	TGTCTATGAACTTGGCTGTCCTATGGGACATTCAACATGGCTCTATACCT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU695231.9	189424	TGTCTATGAACTTGGCTGTCCTATGGGACATTCAACATGGCTCTATACCT	189473

CU695227.4	751	ATGTGAAAAGTCCCTTTAATGAATGCACAGCAGGACCACACAGTTCTCCC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU695231.9	189474	ATGTGAAAAGTCCCTTTAATGAATGCACAGCAGGACCACACAGTTCTCCC	189523

CU695227.4	801	TTCCTTTGTGTGATTTTAACATAATTTATGGAGAACATTGACCTTTCGAT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU695231.9	189524	TTCCTTTGTGTGATTTTAACATAATTTATGGAGAACATTGACCTTTCGAT	189573

CU695227.4	851	TGTTTCCATTTTTTGTTGCAATGCAGTGTTGCTATGATTGATCTTAGGCA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU695231.9	189574	TGTTTCCATTTTTTGTTGCAATGCAGTGTTGCTATGATTGATCTTAGGCA	189623

CU695227.4	901	GCTTGTATACGCTTTTTCTACTTCCATGCTTGCGAATTTATCTTTTAAAA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU695231.9	189624	GCTTGTATACGCTTTTTCTACTTCCATGCTTGCGAATTTATCTTTTAAAA	189673

CU695227.4	951	TTTAGAGTGCAGCTGAGCACTGTGTAGCACCACAGTGGAGTATTTGCACA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU695231.9	189674	TTTAGAGTGCAGCTGAGCACTGTGTAGCACCACAGTGGAGTATTTGCACA	189723

CU695227.4	1001	GCTCTCGCTCTCATTTGTCAACTTGCACATAGTAGGTTCCAAAACATTTC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU695231.9	189724	GCTCTCGCTCTCATTTGTCAACTTGCACATAGTAGGTTCCAAAACATTTC	189773

CU695227.4	1051	AGTTGCTTGACGTGTTGATTCCCAGCTGAGATTACACAAGGAGACATTCT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU695231.9	189774	AGTTGCTTGACGTGTTGATTCCCAGCTGAGATTACACAAGGAGACATTCT	189823

CU695227.4	1101	CTCTTCTTTTTTTTTTTATTAGATATTTTCTTTATATACATTTCAAATGC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU695231.9	189824	CTCTTCTTTTTTTTTTTATTAGATATTTTCTTTATATACATTTCAAATGC	189873

CU695227.4	1151	TATCCTGAAAGTTCCCTATACCCTCCCCCTACCCTGCACTCCTACCCACC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU695231.9	189874	TATCCTGAAAGTTCCCTATACCCTCCCCCTACCCTGCACTCCTACCCACC	189923

CU695227.4	1201	CACTCCCACTTCTTGGACCTGGCATTCCCCTGTACTGGGGCATATAAAGT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU695231.9	189924	CACTCCCACTTCTTGGACCTGGCATTCCCCTGTACTGGGGCATATAAAGT	189973

CU695227.4	1251	TTGCAAGACCAAGGGGCCTCTCTTCCCAGTGATGGACGACTAGGCCATCT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU695231.9	189974	TTGCAAGACCAAGGGGCCTCTCTTCCCAGTGATGGACGACTAGGCCATCT	190023

CU695227.4	1301	TCTGCTACATATGTAGCTAGAGACAGGAGCTATGGGGGTTCCGGTTAGTT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU695231.9	190024	TCTGCTACATATGTAGCTAGAGACAGGAGCTATGGGGGTTCCGGTTAGTT	190073

CU695227.4	1351	CATATTGTTGTTCCACCTATAGGGTTGCAGAACATGCTCCTTGGGTACAT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU695231.9	190074	CATATTGTTGTTCCACCTATAGGGTTGCAGAACATGCTCCTTGGGTACAT	190123

CU695227.4	1401	TCTCTAGCTCCTCCACTGGGGGCCCTGTGTTCCATCCTATAGATGACTGT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU695231.9	190124	TCTCTAGCTCCTCCACTGGGGGCCCTGTGTTCCATCCTATAGATGACTGT	190173

CU695227.4	1451	GAGCATCCACTTCTGTATTTGCCAGGCACTGGCATAGCCTCACTCTAGAC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU695231.9	190174	GAGCATCCACTTCTGTATTTGCCAGGCACTGGCATAGCCTCACTCTAGAC	190223

CU695227.4	1501	AGCTATATCAATCAGGGTCTTTTCAGCAGAATCTTGCTGGCATATGCTAT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU695231.9	190224	AGCTATATCAATCAGGGTCTTTTCAGCAGAATCTTGCTGGCATATGCTAT	190273

CU695227.4	1551	AGTGTCTGGGTTTGGTGGCTGATTATGGGATGGACCCCGGTGTGGAGTAG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU695231.9	190274	AGTGTCTGGGTTTGGTGGCTGATTATGGGATGGACCCCGGTGTGGAGTAG	190323

CU695227.4	1601	TCTCTGGATGGTCAATCCTTTCGTCTTAGCTCCAAACTTTGTACTCCTTC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU695231.9	190324	TCTCTGGATGGTCAATCCTTTCGTCTTAGCTCCAAACTTTGTACTCCTTC	190373

CU695227.4	1651	CATGGGTGTTTTGTTCCCTATTCTAAGGAGGAATGAAGTATCCACACTTT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU695231.9	190374	CATGGGTGTTTTGTTCCCTATTCTAAGGAGGAATGAAGTATCCACACTTT	190423

CU695227.4	1701	GCCCAGGAGAGATATTGCTGGATCTTCTGGTAGTACTATGTCCAATTTTC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU695231.9	190424	GCCCAGGAGAGATATTGCTGGATCTTCTGGTAGTACTATGTCCAATTTTC	190473

CU695227.4	1751	TGAGGAACTGCCAGACTGATTACCAGAGTGGTTGTACAAGCTTGCAATTC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU695231.9	190474	TGAGGAACTGCCAGACTGATTACCAGAGTGGTTGTACAAGCTTGCAATTC	190523

CU695227.4	1801	CACCAGCAATGGAGGAGTGTTCCTCTTTCTCCACATCCTTGCCAGCATCT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU695231.9	190524	CACCAGCAATGGAGGAGTGTTCCTCTTTCTCCACATCCTTGCCAGCATCT	190573

CU695227.4	1851	GCTGTCACCTGAATTTTTTATCTTAGCCATTCTGACTAGAGTGAGGTGGA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU695231.9	190574	GCTGTCACCTGAATTTTTTATCTTAGCCATTCTGACTAGAGTGAGGTGGA	190623

CU695227.4	1901	ATCTCAAGGTTGTTTTGATTTGCATTTCCCTGATGATTAAGGATGTTGAT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU695231.9	190624	ATCTCAAGGTTGTTTTGATTTGCATTTCCCTGATGATTAAGGATGTTGAT	190673

CU695227.4	1951	AAAAAATTCAGGTGCTTCTCAGCTGCTCAGTATTCCTCAGTTGAGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU695231.9	190674	AAAAAATTCAGGTGCTTCTCAGCTGCTCAGTATTCCTCAGTTGAGAATTC	190723

Overview

Query
CU695227.4 - 43246 bps
Hit
CU695231.9 - 190723 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link