<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CU695230.11	2000	TACGTTTGACTTCCCCAAGCTGGAGGAGACTCTGCTAAAGGAGCTCCCTG	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU695226.4	1	TACGTTTGACTTCCCCAAGCTGGAGGAGACTCTGCTAAAGGAGCTCCCTG	50

C  CU695230.11	1950	GGCACAAGCGTCATATGTTTGCCCTGCTCTTGCCCAATATCTCGGATGCT	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU695226.4	51	GGCACAAGCGTCATATGTTTGCCCTGCTCTTGCCCAATATCTCGGATGCT	100

C  CU695230.11	1900	TCCATTGAGCTAAAGAAACATTTTCTTCGGGAGAAGATCTGGCTGGAGGC	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU695226.4	101	TCCATTGAGCTAAAGAAACATTTTCTTCGGGAGAAGATCTGGCTGGAGGC	150

C  CU695230.11	1850	CTTGAAGTCAGCAGCTGTGAGCTTCATCCCCTTCATGACTTTCTTTAAGG	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU695226.4	151	CTTGAAGTCAGCAGCTGTGAGCTTCATCCCCTTCATGACTTTCTTTAAGG	200

C  CU695230.11	1800	GCTTTGATTTGCCTGAACAAGAACAGTGCTTGAAGGATTACCGAAGCTAT	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU695226.4	201	GCTTTGATTTGCCTGAACAAGAACAGTGCTTGAAGGATTACCGAAGCTAT	250

C  CU695230.11	1750	TTTGGCTTGGATGATCAATCGATTAAAGAGATTGCTGAAAAATTGGGCGC	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU695226.4	251	TTTGGCTTGGATGATCAATCGATTAAAGAGATTGCTGAAAAATTGGGCGC	300

C  CU695230.11	1700	ACCCTTGGCAGACATCAAGGGGGAACTTAAGTGCTTGGATTTCTGGTCCC	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU695226.4	301	ACCCTTGGCAGACATCAAGGGGGAACTTAAGTGCTTGGATTTCTGGTCCC	350

C  CU695230.11	1650	TTGTAAAGGATAACAGCATAATAGCGCAAGCTACGAGTGCTGCTGAAGCT	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU695226.4	351	TTGTAAAGGATAACAGCATAATAGCGCAAGCTACGAGTGCTGCTGAAGCT	400

C  CU695230.11	1600	TTTTGTGCTGTGAAAGGAGGCCCTGAATCTTCTGCCTTCCAGGCTTTAAA	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU695226.4	401	TTTTGTGCTGTGAAAGGAGGCCCTGAATCTTCTGCCTTCCAGGCTTTAAA	450

C  CU695230.11	1550	AGTCTATTATAGGCGCACACAGTTCCTTAACATAGTGGTTGACGATGCTA	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU695226.4	451	AGTCTATTATAGGCGCACACAGTTCCTTAACATAGTGGTTGACGATGCTA	500

C  CU695230.11	1500	AACATCTCTTGAGAAAGATAGAAACAGTAAATGTTGCCTAGCTAAACAGT	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU695226.4	501	AACATCTCTTGAGAAAGATAGAAACAGTAAATGTTGCCTAGCTAAACAGT	550

C  CU695230.11	1450	GAATGGATTTCAAATTGTGTGTCCAAATTGGCAATGGGGTTGGTTGTCCT	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU695226.4	551	GAATGGATTTCAAATTGTGTGTCCAAATTGGCAATGGGGTTGGTTGTCCT	600

C  CU695230.11	1400	TCCACCAAACTCCCAGGCCAGCTCTTCCCTAAGCTCCACAGAAGTGTATC	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU695226.4	601	TCCACCAAACTCCCAGGCCAGCTCTTCCCTAAGCTCCACAGAAGTGTATC	650

C  CU695230.11	1350	CCATGAAGGAAGTCCATTGCTTCCCTCTAGAGATTACTACCATGCATGAA	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU695226.4	651	CCATGAAGGAAGTCCATTGCTTCCCTCTAGAGATTACTACCATGCATGAA	700

C  CU695230.11	1300	TTGTTTTTTGCTCATACCCTGTTTCCTGTGTTCATTGATTTATTATTCTT	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU695226.4	701	TTGTTTTTTGCTCATACCCTGTTTCCTGTGTTCATTGATTTATTATTCTT	750

C  CU695230.11	1250	GATAATAGTCAGCAATAACATACCACCTGCCTCTGTGTTAAGAGATAACC	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU695226.4	751	GATAATAGTCAGCAATAACATACCACCTGCCTCTGTGTTAAGAGATAACC	800

C  CU695230.11	1200	TGTTTCTGATCCATTTGTACCAATAAAAAAAGTTTGTAATAACAAGATGA	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU695226.4	801	TGTTTCTGATCCATTTGTACCAATAAAAAAAGTTTGTAATAACAAGATGA	850

C  CU695230.11	1150	GACTTAGACATCACTATCTCCTAATTCTTTTTCTCATTTATCATCTCAAC	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU695226.4	851	GACTTAGACATCACTATCTCCTAATTCTTTTTCTCATTTATCATCTCAAC	900

C  CU695230.11	1100	ACCCTCCTCGCTGAAATAAACAATGGTCTATAAATATGAGAACACGGTTA	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU695226.4	901	ACCCTCCTCGCTGAAATAAACAATGGTCTATAAATATGAGAACACGGTTA	950

C  CU695230.11	1050	AAGGCATACTACAACTTTACCTGTGGGAAAGTGCAACATGCCCAGGAGGT	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU695226.4	951	AAGGCATACTACAACTTTACCTGTGGGAAAGTGCAACATGCCCAGGAGGT	1000

C  CU695230.11	1000	GGTGACAAGATGAAGTAGTGACATAGGAGAAGACCCAGGAAAGAACAGGA	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU695226.4	1001	GGTGACAAGATGAAGTAGTGACATAGGAGAAGACCCAGGAAAGAACAGGA	1050

C  CU695230.11	950	TGCGTAAGAGGTCAAGGGGGAATCTGCAGTTAGGAGTACAGCACACTAAT	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU695226.4	1051	TGCGTAAGAGGTCAAGGGGGAATCTGCAGTTAGGAGTACAGCACACTAAT	1100

C  CU695230.11	900	GTGAGAAGAGCTGGTTGTAGAAACGGCAGCAATCTGATGGGAACTAAGGA	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU695226.4	1101	GTGAGAAGAGCTGGTTGTAGAAACGGCAGCAATCTGATGGGAACTAAGGA	1150

C  CU695230.11	850	AAGTAGGGGAAGTCAGAGGATGAAGAGAGGTAGAGAGGAAACTGGAGTCA	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU695226.4	1151	AAGTAGGGGAAGTCAGAGGATGAAGAGAGGTAGAGAGGAAACTGGAGTCA	1200

C  CU695230.11	800	CTTCCAAGAAGGCCTAACATATGAGTTTGCTTTTTTTCCTCAAGGGAGGC	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU695226.4	1201	CTTCCAAGAAGGCCTAACATATGAGTTTGCTTTTTTTCCTCAAGGGAGGC	1250

C  CU695230.11	750	AGAAAGCAGGTTGGGTAGAGGAATGGCCTGGCAGAGCTCCCCCATGGAGG	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU695226.4	1251	AGAAAGCAGGTTGGGTAGAGGAATGGCCTGGCAGAGCTCCCCCATGGAGG	1300

C  CU695230.11	700	ATCGCTATGCTTGACTGTGGAGAGATCAAGGTTGAGCTCTCACCTCCAGG	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU695226.4	1301	ATCGCTATGCTTGACTGTGGAGAGATCAAGGTTGAGCTCTCACCTCCAGG	1350

C  CU695230.11	650	AGTCTCTGTCATCATCCCAGAGGAGGTCATGATGGTGGTCGGGGTTCAGG	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU695226.4	1351	AGTCTCTGTCATCATCCCAGAGGAGGTCATGATGGTGGTCGGGGTTCAGG	1400

C  CU695230.11	600	AGGTGGTGATGGAAACAGGAGCATTTGCTTTGGAATAAGCATGGAGTATG	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU695226.4	1401	AGGTGGTGATGGAAACAGGAGCATTTGCTTTGGAATAAGCATGGAGTATG	1450

C  CU695230.11	550	GAGTTGCTGACCCCTAAGTGATCTGGGGAGGAGCATCTCTACTCCCTGAC	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU695226.4	1451	GAGTTGCTGACCCCTAAGTGATCTGGGGAGGAGCATCTCTACTCCCTGAC	1500

C  CU695230.11	500	AGGCATAGAGAGGGGTGGAGGGAGCTGAAGTGAGGCGAGGGGTCTGGGGT	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU695226.4	1501	AGGCATAGAGAGGGGTGGAGGGAGCTGAAGTGAGGCGAGGGGTCTGGGGT	1550

C  CU695230.11	450	TTAGCTACATTCACATAGTCAGGATCTTCCTGCATATACTGACTAGAAGG	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU695226.4	1551	TTAGCTACATTCACATAGTCAGGATCTTCCTGCATATACTGACTAGAAGG	1600

C  CU695230.11	400	AGGGGTGTAAATAATGTGATAATTGAGGTAGGCGGAATCCTGATATTCTA	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU695226.4	1601	AGGGGTGTAAATAATGTGATAATTGAGGTAGGCGGAATCCTGATATTCTA	1650

C  CU695230.11	350	GGCTGAGTTGGGTGAGTGGACACAGTGAGATCAAAGTCTTGGCACCCTGG	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU695226.4	1651	GGCTGAGTTGGGTGAGTGGACACAGTGAGATCAAAGTCTTGGCACCCTGG	1700

C  CU695230.11	300	AGACACCCCGACTTCCAGGTCTCACTGTGGAGAGATTGAGCTGGACCTTT	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU695226.4	1701	AGACACCCCGACTTCCAGGTCTCACTGTGGAGAGATTGAGCTGGACCTTT	1750

C  CU695230.11	250	CTACTTTATATTTCATTTTTTTTAATACCGGTAACTCATCAGATTGTTTT	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU695226.4	1751	CTACTTTATATTTCATTTTTTTTAATACCGGTAACTCATCAGATTGTTTT	1800

C  CU695230.11	200	TTTTTCTTTTGCCTTTGGGATGAAGTGTCTTTCCTTTATGACTTAAGGCT	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU695226.4	1801	TTTTTCTTTTGCCTTTGGGATGAAGTGTCTTTCCTTTATGACTTAAGGCT	1850

C  CU695230.11	150	CAGATGCAAGTTCACCGATAAATCCCATTCTTGAGGCTGACGTTGTTGTG	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU695226.4	1851	CAGATGCAAGTTCACCGATAAATCCCATTCTTGAGGCTGACGTTGTTGTG	1900

C  CU695230.11	100	GTGAGTGTAGCAGAAACTTAGATAGGACCTATCCTTTCTTCCCATTTGGC	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU695226.4	1901	GTGAGTGTAGCAGAAACTTAGATAGGACCTATCCTTTCTTCCCATTTGGC	1950

C  CU695230.11	50	CTGAGACGTGGCCACAGTCTCTCCATTTCAAGGCAATCACCCTGGAATTC	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU695226.4	1951	CTGAGACGTGGCCACAGTCTCTCCATTTCAAGGCAATCACCCTGGAATTC	2000

Overview

Query
CU695230.11 - 202329 bps
Hit
CU695226.4 - 47168 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link