<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU459048.6	1	AAGCTTAAGTTGTTTTAGCATTCCAACTCGCATACTCATACATTCAATGT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU639482.4	17702	AAGCTTAAGTTGTTTTAGCATTCCAACTCGCATACTCATACATTCAATGT	17751

CU459048.6	51	ATTGATTCCAGTTGGCCTACATCGTATCATGATGCAGACGCAGGTAACTA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU639482.4	17752	ATTGATTCCAGTTGGCCTACATCGTATCATGATGCAGACGCAGGTAACTA	17801

CU459048.6	101	GGATCAACATCTGGCATACCGTTGATCCAGTGAGCATCTCAGAGTCAGTT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU639482.4	17802	GGATCAACATCTGGCATACCGTTGATCCAGTGAGCATCTCAGAGTCAGTT	17851

CU459048.6	151	AGTGAGCCTTTCTTCATTATGGAGGATATCTTTTATCATTATTTTGCTTG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU639482.4	17852	AGTGAGCCTTTCTTCATTATGGAGGATATCTTTTATCATTATTTTGCTTG	17901

CU459048.6	201	AATTTTAGTTTTTAGGATGATTGGGGGTCCTGTCCCAGCATCCACCTTTA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU639482.4	17902	AATTTTAGTTTTTAGGATGATTGGGGGTCCTGTCCCAGCATCCACCTTTA	17951

CU459048.6	251	TTTTAGATGTTTCATAGACAGATAACATTAGTTCTTTTTTCTTATTCATT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU639482.4	17952	TTTTAGATGTTTCATAGACAGATAACATTAGTTCTTTTTTCTTATTCATT	18001

CU459048.6	301	TCAGTTCTATTGCTTAAGACTTAAGTTGCCGTTTTGGCTAAGTTATTACA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU639482.4	18002	TCAGTTCTATTGCTTAAGACTTAAGTTGCCGTTTTGGCTAAGTTATTACA	18051

CU459048.6	351	TTAAAGTTATTTTCTTTGAGTTATTTCTCTTCTGTTTAAGTCTTCCGCTG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU639482.4	18052	TTAAAGTTATTTTCTTTGAGTTATTTCTCTTCTGTTTAAGTCTTCCGCTG	18101

CU459048.6	401	AGTTAAGAAAGTCAGCCCAAGGGTTCACTTGGGGCCAACAATGGTCTTCC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU639482.4	18102	AGTTAAGAAAGTCAGCCCAAGGGTTCACTTGGGGCCAACAATGGTCTTCC	18151

CU459048.6	451	AGTGCCAGTCCCGCCCAGGATGTAGAATCAGGGCGTGACATATATGACCC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU639482.4	18152	AGTGCCAGTCCCGCCCAGGATGTAGAATCAGGGCGTGACATATATGACCC	18201

CU459048.6	501	CTATTTATAGTTTTAAAATAGATGAGTTGTAATTAGAAGAGGACTCACTT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU639482.4	18202	CTATTTATAGTTTTAAAATAGATGAGTTGTAATTAGAAGAGGACTCACTT	18251

CU459048.6	551	CGACCAATTAGTCTAAGTGACATGACATATGAGCTTGATGGAGCGGGATT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU639482.4	18252	CGACCAATTAGTCTAAGTGACATGACATATGAGCTTGATGGAGCGGGATT	18301

CU459048.6	601	TAATTAAATTCATATTTATTAGATATAAATAATTAACCCAATTTTATTAG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU639482.4	18302	TAATTAAATTCATATTTATTAGATATAAATAATTAACCCAATTTTATTAG	18351

CU459048.6	651	TCCATAATATTTATTTTCGCTAACACATTTATGAAATGAATATAATCCGA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU639482.4	18352	TCCATAATATTTATTTTCGCTAACACATTTATGAAATGAATATAATCCGA	18401

CU459048.6	701	ATCATTTAATAAATTTATGTTTAAGTAAATTTTAGACGATCACAGTCGCA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU639482.4	18402	ATCATTTAATAAATTTATGTTTAAGTAAATTTTAGACGATCACAGTCGCA	18451

CU459048.6	751	TCTCTTCAAAAGATGAAAGTGAATAGATGTAGAAGTAAAGTATTTTTTTT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU639482.4	18452	TCTCTTCAAAAGATGAAAGTGAATAGATGTAGAAGTAAAGTATTTTTTTT	18501

CU459048.6	801	TACTTGCTCAATTCATGTAGAGAAAGAGCAAAGGAAAAGAAAATCTTCTT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU639482.4	18502	TACTTGCTCAATTCATGTAGAGAAAGAGCAAAGGAAAAGAAAATCTTCTT	18551

CU459048.6	851	ACCTAATATATATATCTTTTTCATGAATAAAGTGATAAATTATTCATGAA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU639482.4	18552	ACCTAATATATATATCTTTTTCATGAATAAAGTGATAAATTATTCATGAA	18601

CU459048.6	901	AAATATTTTTAAAATTCTTAAAATAGTGTGGGTTCATGAAATGAAAAAAA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU639482.4	18602	AAATATTTTTAAAATTCTTAAAATAGTGTGGGTTCATGAAATGAAAAAAA	18651

CU459048.6	951	ATCATTGTGAAATTGTGATCTATTGCATTTTTTAGAAATGCTTTAAAAAG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU639482.4	18652	ATCATTGTGAAATTGTGATCTATTGCATTTTTTAGAAATGCTTTAAAAAG	18701

CU459048.6	1001	GTTATTAAAAGTATCAAGGACTTTAACTTGCTTCTTAACTTCTAGACTTG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU639482.4	18702	GTTATTAAAAGTATCAAGGACTTTAACTTGCTTCTTAACTTCTAGACTTG	18751

CU459048.6	1051	ACTCTTAACTTCTTTGTTTCTGATCTTAACTCTCCTTGAATTGGATATGG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU639482.4	18752	ACTCTTAACTTCTTTGTTTCTGATCTTAACTCTCCTTGAATTGGATATGG	18801

CU459048.6	1101	ATTCAAGGTTCATGATCTCATGTTTATGTATCATTTAATAATGTTTAGAA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU639482.4	18802	ATTCAAGGTTCATGATCTCATGTTTATGTATCATTTAATAATGTTTAGAA	18851

CU459048.6	1151	GTACCTTAGATTATTAGAATTAACTAGGAAATGTAGGCTCATCACTTAGA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU639482.4	18852	GTACCTTAGATTATTAGAATTAACTAGGAAATGTAGGCTCATCACTTAGA	18901

CU459048.6	1201	AACTAGCTCGAAAAGATGGGGGAGGAGTGGGTGAACTAGCGTCCTTGGTG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU639482.4	18902	AACTAGCTCGAAAAGATGGGGGAGGAGTGGGTGAACTAGCGTCCTTGGTG	18951

CU459048.6	1251	CTATCAGAGGCGTCGGGCGCCAGGCCCCAAACATCAGAGGCCAGGTTGGG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU639482.4	18952	CTATCAGAGGCGTCGGGCGCCAGGCCCCAAACATCAGAGGCCAGGTTGGG	19001

CU459048.6	1301	GTGCTCTGGCTGGCAAGGCGCCGCAAGGCCCTACGGACAAAGATTGTGTT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU639482.4	19002	GTGCTCTGGCTGGCAAGGCGCCGCAAGGCCCTACGGACAAAGATTGTGTT	19051

CU459048.6	1351	GTGGGGCTATGGGAGGCGTGGCGCCCCAAGGCCCTACGGACAGTCTTTCT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU639482.4	19052	GTGGGGCTATGGGAGGCGTGGCGCCCCAAGGCCCTACGGACAGTCTTTCT	19101

CU459048.6	1401	CGAGTTTTCTCCACCATTTTTCATCCCTAAACCCTCTAAACTTCCATGGT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU639482.4	19102	CGAGTTTTCTCCACCATTTTTCATCCCTAAACCCTCTAAACTTCCATGGT	19151

CU459048.6	1451	TTCCCCCAAAACACTTAGGATCATTAGTACCCTCAATACCCAATATATTT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU639482.4	19152	TTCCCCCAAAACACTTAGGATCATTAGTACCCTCAATACCCAATATATTT	19201

CU459048.6	1501	AACTCAAAAAACAACCCAGAAACATGAATCAAATCAACACTAAGCATCCA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU639482.4	19202	AACTCAAAAAACAACCCAGAAACATGAATCAAATCAACACTAAGCATCCA	19251

CU459048.6	1551	ACAACTCAACCAACAAGAATTCAACAATGTTCTTCAAAAACTTCATTTTT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU639482.4	19252	ACAACTCAACCAACAAGAATTCAACAATGTTCTTCAAAAACTTCATTTTT	19301

CU459048.6	1601	TATCATTCAACCAACTTGAAATTCAATGAACTGAAACAATTTGGTATGTG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU639482.4	19302	TATCATTCAACCAACTTGAAATTCAATGAACTGAAACAATTTGGTATGTG	19351

CU459048.6	1651	GGTGAACTGGCCCAACATTAAAAGATCTCACATACCTTGATAGAGATCAC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU639482.4	19352	GGTGAACTGGCCCAACATTAAAAGATCTCACATACCTTGATAGAGATCAC	19401

CU459048.6	1701	CCCCCACAAATTTCACTCGCAAAGGTTGATGTTCTTAGCAAATTCTTGGC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU639482.4	19402	CCCCCACAAATTTCACTCGCAAAGGTTGATGTTCTTAGCAAATTCTTGGC	19451

CU459048.6	1751	TTCTCTCACTTTTTTTCTTCTTTTCTTTCTTCTCCAAGCCCTAAGTGTTA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU639482.4	19452	TTCTCTCACTTTTTTTCTTCTTTTCTTTCTTCTCCAAGCCCTAAGTGTTA	19501

CU459048.6	1801	TTCTAACTTTTCAAAAATGATCTAAGACTTACTTTTACCCCAAATAAACC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU639482.4	19502	TTCTAACTTTTCAAAAATGATCTAAGACTTACTTTTACCCCAAATAAACC	19551

CU459048.6	1851	CTTCAAACGAAATAAGAAATCAATTGATGAAATACTAGTTTGACCTTCCC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU639482.4	19552	CTTCAAACGAAATAAGAAATCAATTGATGAAATACTAGTTTGACCTTCCC	19601

CU459048.6	1901	TAAATTAGGATTGGGACTTTCTTCAATCCAACAGCCTAACTTTCGAAAGA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU639482.4	19602	TAAATTAGGATTGGGACTTTCTTCAATCCAACAGCCTAACTTTCGAAAGA	19651

CU459048.6	1951	CATAATTCACTCATACGACATCAAAATCGCGAAACTCGGCGGCGTTGGAA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU639482.4	19652	CATAATTCACTCATACGACATCAAAATCGCGAAACTCGGCGGCGTTGGAA	19701

Overview

Query
CU459048.6 - 130048 bps
Hit
CU639482.4 - 19701 bps
Total alignments
15
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001939200012000117702197011
21003673103121103193-1962997011
393.8338813837038450-1963197111
410035711031101031801963197011
58673151111754111904-114554147031
683.552485642900029563114695152531
783.92555633601336575114695152531
887.2689161111040111200-115384155401
985.64109202110147110348-116229164301
1079.911194102182822237116640170521
1185.281432928805588346116679169701
1286.2910119710231219-116689168851
1381.2678222122025122246117637178601
1486.0254398281789159118722197011
1582.3957172129809129980-118723188981
Short-link