<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT990638.4	1	AAGCTTGGGATCTCCAAGGAAGAAGACTGTTCTTCTCATGTTTTTCTCCA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU639404.4	77300	AAGCTTGGGATCTCCAAGGAAGAAGACTGTTCTTCTCATGTTTTTCTCCA	77349

CT990638.4	51	TCAATCGTGTGGGTTTTTAATCACAAATAAGGTATGCTTTTTTATCCTTG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU639404.4	77350	TCAATCGTGTGGGTTTTTAATCACAAATAAGGTATGCTTTTTTATCCTTG	77399

CT990638.4	101	AAATCACATTCTTCATGGAGTAAATTCGAATGATTTTTCAAAGATGATCA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU639404.4	77400	AAATCACATTCTTCATGGAGTAAATTCGAATGATTTTTCAAAGATGATCA	77449

CT990638.4	151	AAACATGATTCCTTCTAATACAATATCTACCCATGGGTTATTGCAAAAAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU639404.4	77450	AAACATGATTCCTTCTAATACAATATCTACCCATGGGTTATTGCAAAAAA	77499

CT990638.4	201	TATTTTTAAACATTGTATTATGATTCAAATTATGTTAATATTATGATTTT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU639404.4	77500	TATTTTTAAACATTGTATTATGATTCAAATTATGTTAATATTATGATTTT	77549

CT990638.4	251	AATGCTAAAACTCTATGAACCCATGCAAACCATGCTATCCAAGTTTTGAC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU639404.4	77550	AATGCTAAAACTCTATGAACCCATGCAAACCATGCTATCCAAGTTTTGAC	77599

CT990638.4	301	TATTTTATGGGTTAAGTGATCATGTCGCTATTCTATTGAATTCTTGTGTA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU639404.4	77600	TATTTTATGGGTTAAGTGATCATGTCGCTATTCTATTGAATTCTTGTGTA	77649

CT990638.4	351	GTTTGACTGGTGATGTTGATTTATGGAAGAATTATGTTAGAATCATGTGT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU639404.4	77650	GTTTGACTGGTGATGTTGATTTATGGAAGAATTATGTTAGAATCATGTGT	77699

CT990638.4	401	AGGTTGTCTTATATTGAAAAATTCATATCCAAACTACCTTGAGTTCATTG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU639404.4	77700	AGGTTGTCTTATATTGAAAAATTCATATCCAAACTACCTTGAGTTCATTG	77749

CT990638.4	451	TATATTATGAATATTTGGTTGAATTGGTGATCATGACCATTGGTAAGGGT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU639404.4	77750	TATATTATGAATATTTGGTTGAATTGGTGATCATGACCATTGGTAAGGGT	77799

CT990638.4	501	TTTTGGGTATTGTGTTGGTTGCATTGGCTATGGATTGAAGTTGTTAGAGT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU639404.4	77800	TTTTGGGTATTGTGTTGGTTGCATTGGCTATGGATTGAAGTTGTTAGAGT	77849

CT990638.4	551	CAATTGATGGAATTCTGCCCTAATTCTCTTTATATTATGTAATATAGGTT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU639404.4	77850	CAATTGATGGAATTCTGCCCTAATTCTCTTTATATTATGTAATATAGGTT	77899

CT990638.4	601	CTGAACTGTGATATGATTAGAATGGCCCTCTTATGGTGGCGGGTTTGTGT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU639404.4	77900	CTGAACTGTGATATGATTAGAATGGCCCTCTTATGGTGGCGGGTTTGTGT	77949

CT990638.4	651	TCTATACTTGTGAATAAGGTGACCTCGTTGGCATTGCTTTATTAGTTGTG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU639404.4	77950	TCTATACTTGTGAATAAGGTGACCTCGTTGGCATTGCTTTATTAGTTGTG	77999

CT990638.4	701	AAACAATGTGAACTCATTGAAATTACTTTATGTATTATGATATTATCGTG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU639404.4	78000	AAACAATGTGAACTCATTGAAATTACTTTATGTATTATGATATTATCGTG	78049

CT990638.4	751	TTATAACTTGATTATTTGAGTAATTTGAAGGTCTTTATGACTTATGTGTT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU639404.4	78050	TTATAACTTGATTATTTGAGTAATTTGAAGGTCTTTATGACTTATGTGTT	78099

CT990638.4	801	ACGTGAAGTCTAAGCATGAGTTCTCCTAGTTGATGATAGGTGTCACTAGT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU639404.4	78100	ACGTGAAGTCTAAGCATGAGTTCTCCTAGTTGATGATAGGTGTCACTAGT	78149

CT990638.4	851	ATGCTATAGTGAAGTCTCTATGAGAATGACTTTATATTGAAGTATGATTC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU639404.4	78150	ATGCTATAGTGAAGTCTCTATGAGAATGACTTTATATTGAAGTATGATTC	78199

CT990638.4	901	TTCTTGAGACTTATATGAGGCTTGTGATGGTATATATTGATGATTCTAAA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU639404.4	78200	TTCTTGAGACTTATATGAGGCTTGTGATGGTATATATTGATGATTCTAAA	78249

CT990638.4	951	GAAGAGACTAGGATGACTACCAAGTTTACTTAGTTTTCTCTCTGTGCTCC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU639404.4	78250	GAAGAGACTAGGATGACTACCAAGTTTACTTAGTTTTCTCTCTGTGCTCC	78299

CT990638.4	1001	TTGAATGTTATGTTATATGTGGTTAGATGATAATAAAGTGTGTCTTTCTT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU639404.4	78300	TTGAATGTTATGTTATATGTGGTTAGATGATAATAAAGTGTGTCTTTCTT	78349

CT990638.4	1051	TGGGAGACCTATGTCCCATACTTGATACATGAATGATATGGTATTAATAT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU639404.4	78350	TGGGAGACCTATGTCCCATACTTGATACATGAATGATATGGTATTAATAT	78399

CT990638.4	1101	CTTCACTTTGTAGTCTTATGCACCTTTTTCTTCTATGTCTATGAACGAAT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU639404.4	78400	CTTCACTTTGTAGTCTTATGCACCTTTTTCTTCTATGTCTATGAACGAAT	78449

CT990638.4	1151	GTTGAATGAAAGTCTAGGATGGGTAGACCTAAGATGGTGTCCTTTTGAGT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU639404.4	78450	GTTGAATGAAAGTCTAGGATGGGTAGACCTAAGATGGTGTCCTTTTGAGT	78499

CT990638.4	1201	ATGACTTATATATGGAACCTTCTATAGAGAAAGAAGGTTAAGAATGATCT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU639404.4	78500	ATGACTTATATATGGAACCTTCTATAGAGAAAGAAGGTTAAGAATGATCT	78549

CT990638.4	1251	ATCCTTATGAACCATTGAGTGGCAGCTCTAGTGGACCCATCTTGGGTAGG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU639404.4	78550	ATCCTTATGAACCATTGAGTGGCAGCTCTAGTGGACCCATCTTGGGTAGG	78599

CT990638.4	1301	AGCATTGTGATTAGGTAATGACTAAGAGATGGTACCCTTTCATATTTCCT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU639404.4	78600	AGCATTGTGATTAGGTAATGACTAAGAGATGGTACCCTTTCATATTTCCT	78649

CT990638.4	1351	TACATGAATTGACATTACTCTATCAGAACAAAGGGTAGAATCGAGTGAAT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU639404.4	78650	TACATGAATTGACATTACTCTATCAGAACAAAGGGTAGAATCGAGTGAAT	78699

CT990638.4	1401	ATGTTATGGGTTTTAGTTCTACTTGAGAAGGAGAATAGAGTGCAATGTAT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU639404.4	78700	ATGTTATGGGTTTTAGTTCTACTTGAGAAGGAGAATAGAGTGCAATGTAT	78749

CT990638.4	1451	ATCTACATGATAAGGAGACTAGAGTGAATAAAAGAACATCATATTCCTTA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU639404.4	78750	ATCTACATGATAAGGAGACTAGAGTGAATAAAAGAACATCATATTCCTTA	78799

CT990638.4	1501	ATCATGTGCCTACATGGGTCTTGTCCTAGTTCTACCCTTGTCAAGTAGAA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU639404.4	78800	ATCATGTGCCTACATGGGTCTTGTCCTAGTTCTACCCTTGTCAAGTAGAA	78849

CT990638.4	1551	CACCCTCCATCAGAGTTGGGTAGACTACAAATTTCATGCCTAGCTAGTAT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU639404.4	78850	CACCCTCCATCAGAGTTGGGTAGACTACAAATTTCATGCCTAGCTAGTAT	78899

CT990638.4	1601	GGTGTAAATCGGTTATTGCCTATTCTCATCATGCGGTATACATTCCACTG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU639404.4	78900	GGTGTAAATCGGTTATTGCCTATTCTCATCATGCGGTATACATTCCACTG	78949

CT990638.4	1651	TTTTATAAGGTGTACAACGTTTAGGCAGTGGAATGGGAAACTATCTAGAA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU639404.4	78950	TTTTATAAGGTGTACAACGTTTAGGCAGTGGAATGGGAAACTATCTAGAA	78999

CT990638.4	1701	ATGGCACGAGTAAGATTTGATAATGCAAGAGTATAGGTTCCCTAGGTCTT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU639404.4	79000	ATGGCACGAGTAAGATTTGATAATGCAAGAGTATAGGTTCCCTAGGTCTT	79049

CT990638.4	1751	TCTAAGACCATTATATAAAGTCCTTAATTAATGAAATTTCTTCTAATTGA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU639404.4	79050	TCTAAGACCATTATATAAAGTCCTTAATTAATGAAATTTCTTCTAATTGA	79099

CT990638.4	1801	TATTATGAATGATTATGACATTAAGTAATGAATGTTGACTAGAATATCCT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU639404.4	79100	TATTATGAATGATTATGACATTAAGTAATGAATGTTGACTAGAATATCCT	79149

CT990638.4	1851	CTATCTAGAGGTTCTTAGGTTAGCTTGAAGAGGGTGTATGGGCGGTCTAT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU639404.4	79150	CTATCTAGAGGTTCTTAGGTTAGCTTGAAGAGGGTGTATGGGCGGTCTAT	79199

CT990638.4	1901	TCTTGTCCTAGTTAGGTGAATCTTGGAGTAACCTTAGGTAGTGATTAAAT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU639404.4	79200	TCTTGTCCTAGTTAGGTGAATCTTGGAGTAACCTTAGGTAGTGATTAAAT	79249

CT990638.4	1951	GAAAATAAAATGGAACAATCTTATCTTAAGTAGTCTTAAGAATTTTTTAG	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU639404.4	79250	GAAAATAAAATGGAACAATCTTATCTTAAGTAGTCTTAAGAATTTTTTAG	79299

Overview

Query
CT990638.4 - 120037 bps
Hit
CU639404.4 - 79299 bps
Total alignments
4
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001903200012000177300792991
282.35427106771548220149447505111
384.534399571761132172072730211
479.76354115215032654173315744751
Short-link