<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 150 bps

Full alignment

CU466306.2	1	AGGCAGAGTGAAGCAAAGTGACTTGCCTCAGCTTCCACGGCAGACAGGTG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU582830.1	191009	AGGCAGAGTGAAGCAAAGTGACTTGCCTCAGCTTCCACGGCAGACAGGTG	191058

CU466306.2	51	GCACAGGCGGAATTAGAACTCAGGTCCTCCCTGGACATCCCACCCCCCTG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU582830.1	191059	GCACAGGCGGAATTAGAACTCAGGTCCTCCCTGGACATCCCACCCCCCTG	191108

CU466306.2	101	CAGCGGCTCCCAAGCCGATTTGGGTGGCCAGGGTGAGGCAGGCCGGGAGG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU582830.1	191109	CAGCGGCTCCCAAGCCGATTTGGGTGGCCAGGGTGAGGCAGGCCGGGAGG	191158

CU466306.2	151	TCTCCAACCCAGTCCCCTCAGGCTCTGGGTTTATTTTTTAGGATAGGGGA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU582830.1	191159	TCTCCAACCCAGTCCCCTCAGGCTCTGGGTTTATTTTTTAGGATAGGGGA	191208

CU466306.2	201	GAGATGGGCATGTTCGAAAGCAGCGGGGAAGAGGCCTTTGGAGAGCAAAC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU582830.1	191209	GAGATGGGCATGTTCGAAAGCAGCGGGGAAGAGGCCTTTGGAGAGCAAAC	191258

CU466306.2	251	AGTTGTTCACAGAGTCTAATGAATCAAAAGCAATTTTTTTTTCCTTGAAC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU582830.1	191259	AGTTGTTCACAGAGTCTAATGAATCAAAAGCAATTTTTTTTTCCTTGAAC	191308

CU466306.2	301	GAACAGGATAATTCCTGGGTCCTTAAGTCCTAGAGAAGCATCATGACCTA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU582830.1	191309	GAACAGGATAATTCCTGGGTCCTTAAGTCCTAGAGAAGCATCATGACCTA	191358

CU466306.2	351	TTGGAAAGAAGCACGGGCCCGGGATTCAGAGGACCTGGGTTACCTGCTGG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU582830.1	191359	TTGGAAAGAAGCACGGGCCCGGGATTCAGAGGACCTGGGTTACCTGCTGG	191408

CU466306.2	401	TCTGACCTTTATAATATCGCCAAGACCTGCCCTTTCCTCTCCACCCAAAC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU582830.1	191409	TCTGACCTTTATAATATCGCCAAGACCTGCCCTTTCCTCTCCACCCAAAC	191458

CU466306.2	451	GGCTGTCTTACTGGTACAGGCTCTCATAATATCCCGGCTGGATTATCGTG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU582830.1	191459	GGCTGTCTTACTGGTACAGGCTCTCATAATATCCCGGCTGGATTATCGTG	191508

CU466306.2	501	TCAGCCTTCTCTCTGACCTCCCTTCCTCCTCTCTCTCCCCGCTCCAGTCT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU582830.1	191509	TCAGCCTTCTCTCTGACCTCCCTTCCTCCTCTCTCTCCCCGCTCCAGTCT	191558

CU466306.2	551	ATTCTTCACTGCGCTGCCCGGCTCATCTTCCTTCAGAAACGCTTTGGGCA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU582830.1	191559	ATTCTTCACTGCGCTGCCCGGCTCATCTTCCTTCAGAAACGCTTTGGGCA	191608

CU466306.2	601	TGTCACTACCCTTCTTAAAAACCTCCAGTGGTTGCCTATCGACCTCCGCA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU582830.1	191609	TGTCACTACCCTTCTTAAAAACCTCCAGTGGTTGCCTATCGACCTCCGCA	191658

CU466306.2	651	CGAAACAAAAACTTCTCATCCTAGGCTTCAAGGCTCTCCATCACCTTGCT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU582830.1	191659	CGAAACAAAAACTTCTCATCCTAGGCTTCAAGGCTCTCCATCACCTTGCT	191708

CU466306.2	701	CCTTCCTACCTCTCCTCCCTTCCCTCTTTCTCCTGCCCTCCCCCTCACGC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU582830.1	191709	CCTTCCTACCTCTCCTCCCTTCCCTCTTTCTCCTGCCCTCCCCCTCACGC	191758

CU466306.2	751	TCCTCTGCCGCCCACCTCCGCTCCTCTGCCGCCCACCTCCTCACCGTCCC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU582830.1	191759	TCCTCTGCCGCCCACCTCCGCTCCTCTGCCGCCCACCTCCTCACCGTCCC	191808

CU466306.2	801	CCGTTCTCGCCTATCCCGCCGTCGACCCCCGGGCCGCGTCTTCCCGCGGC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU582830.1	191809	CCGTTCTCGCCTATCCCGCCGTCGACCCCCGGGCCGCGTCTTCCCGCGGC	191858

CU466306.2	851	CCTGGAACGCCCTCCCTCCTCACCTCTGCCAAACTAATTCTCTTCCCCTC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU582830.1	191859	CCTGGAACGCCCTCCCTCCTCACCTCTGCCAAACTAATTCTCTTCCCCTC	191908

CU466306.2	901	TTCAAAATCCTACTTAAAGCTCACCTCCTCCAAGAGGCCTACCCAGACTG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU582830.1	191909	TTCAAAATCCTACTTAAAGCTCACCTCCTCCAAGAGGCCTACCCAGACTG	191958

CU466306.2	951	AGCTCCCCTTTTCCCTCTGCTCCTCCTCTATTCCTCCTTCACCTTTCTTC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU582830.1	191959	AGCTCCCCTTTTCCCTCTGCTCCTCCTCTATTCCTCCTTCACCTTTCTTC	192008

CU466306.2	1001	AGCTAAGCCCTCTTTTCCCCCCTTTCCATCTGCTCCTCCCCCTCTCCCGT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU582830.1	192009	AGCTAAGCCCTCTTTTCCCCCCTTTCCATCTGCTCCTCCCCCTCTCCCGT	192058

CU466306.2	1051	CTCTCCCCTCAGCACTGTACTCGTCCACTCAACTGTATATATTTTCATTA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU582830.1	192059	CTCTCCCCTCAGCACTGTACTCGTCCACTCAACTGTATATATTTTCATTA	192108

CU466306.2	1101	CCCTATTTATTTTGTTAATGAGATGTACATCACCTTGATTCTATTTATTT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU582830.1	192109	CCCTATTTATTTTGTTAATGAGATGTACATCACCTTGATTCTATTTATTT	192158

CU466306.2	1151	GCTATTGTTTTAATGAGATGTTCATCCCCTTGATTCTATTTATTGCTGTT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU582830.1	192159	GCTATTGTTTTAATGAGATGTTCATCCCCTTGATTCTATTTATTGCTGTT	192208

CU466306.2	1201	GTTCTTGTCTGTCTCCCCCGATTAGACTGTAAGCCCGTCAAAGGGCAGGG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU582830.1	192209	GTTCTTGTCTGTCTCCCCCGATTAGACTGTAAGCCCGTCAAAGGGCAGGG	192258

CU466306.2	1251	ACTGTCTCTGTTAACCGATTTGTACATTCCAAGCACCTAGTACAGTGCTC	1300
			||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU582830.1	192259	ACTGTCTCTGTTA-CCGATTTGTACATTCCAAGCACCTAGTACAGTGCTC	192307

CU466306.2	1301	TGCACATAGTAAGCGCTCAATAAATACTATTGAATGAATGAATCCCGACC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU582830.1	192308	TGCACATAGTAAGCGCTCAATAAATACTATTGAATGAATGAATCCCGACC	192357

CU466306.2	1351	CTGCCACGTTTCTGTTGTGTGATCTTGGGCAAGGCACTTCATTTCTCTGG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU582830.1	192358	CTGCCACGTTTCTGTTGTGTGATCTTGGGCAAGGCACTTCATTTCTCTGG	192407

CU466306.2	1401	ACCTCATTTCTGACGTGTAAAATGAGGATGAAGACTGTAAGCTCCGGGTG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU582830.1	192408	ACCTCATTTCTGACGTGTAAAATGAGGATGAAGACTGTAAGCTCCGGGTG	192457

CU466306.2	1451	GGATGTGGACTGTGTCCAACTTGATTATCTTGTATCTACCCCAATGCTCA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU582830.1	192458	GGATGTGGACTGTGTCCAACTTGATTATCTTGTATCTACCCCAATGCTCA	192507

CU466306.2	1501	GTATGGTGCCTGGCACATAGTAAGCGCTTAACAAATAACATTAGAAAGAA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU582830.1	192508	GTATGGTGCCTGGCACATAGTAAGCGCTTAACAAATAACATTAGAAAGAA	192557

CU466306.2	1551	AAAAGTTCTTCATTTTGTTTTGTCCGTGGGGGCCTGACCAGTGAATATAG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU582830.1	192558	AAAAGTTCTTCATTTTGTTTTGTCCGTGGGGGCCTGACCAGTGAATATAG	192607

CU466306.2	1601	CTAGAACCAAGACTAACTCCTGTTCCGGCCCTTGTGGCAGTGACCTCAGC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU582830.1	192608	CTAGAACCAAGACTAACTCCTGTTCCGGCCCTTGTGGCAGTGACCTCAGC	192657

CU466306.2	1651	AGTGTTTTTGGGTTTTAGGATTTTTTTT-AAAGGAAGAAATGCTGTTTAT	1699
			|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
CU582830.1	192658	AGTGTTTTTGGGTTTTAGGATTTTTTTTTAAAGGAAGAAATGCTGTTTAT	192707

CU466306.2	1700	CACTACTTGAGGTCTAATTACCACAGACAGAGCTACTGTTTTCTAAAGTG	1749
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU582830.1	192708	CACTACTTGAGGTCTAATTACCACAGACAGAGCTACTGTTTTCTAAAGTG	192757

CU466306.2	1750	TTACAAAAACGTATCCAATGTTTACTGTTCTGCATAGGCTAATAGACTGA	1799
			|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU582830.1	192758	TTACAAAAACGTGTCCAATGTTTACTGTTCTGCATAGGCTAATAGACTGA	192807

CU466306.2	1800	TAAAGAAAAAATGATCCAGTACAACCTTTTCCCTCTGGGTTAGACCAATT	1849
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU582830.1	192808	TAAAGAAAAAATGATCCAGTACAACCTTTTCCCTCTGGGTTAGACCAATT	192857

CU466306.2	1850	TTCCTCATAGTTATTAGAATATCTTCCTGCTAGTCTCAAAACACAGTTGT	1899
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU582830.1	192858	TTCCTCATAGTTATTAGAATATCTTCCTGCTAGTCTCAAAACACAGTTGT	192907

CU466306.2	1900	TCACAAAGGCGGCGTTTTAAATTCTCATATCTGACTCAACAGCAGTAGCA	1949
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU582830.1	192908	TCACAAAGGCGGCGTTTTAAATTCTCATATCTGACTCAACAGCAGTAGCA	192957

CU466306.2	1950	CGACAGGATCAGATCAGACTTTAGGAAACCGTCTTTGAGAGTCTCAAGCT	1999
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU582830.1	192958	CGACAGGATCAGATCAGACTTTAGGAAACCGTCTTTGAGAGTCTCAAGCT	193007

CU466306.2	2000	T	2000
			|
CU582830.1	193008	T	193008

Compact alignment

skip 1250 bps 100% identity alignment

CU466306.2	1251	ACTGTCTCTGTTAACCGATTTGTACATTCCAAGCACCTAGTACAGTGCTC	1300
			||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU582830.1	192259	ACTGTCTCTGTTA-CCGATTTGTACATTCCAAGCACCTAGTACAGTGCTC	192307

skip 350 bps 100% identity alignment

CU466306.2	1651	AGTGTTTTTGGGTTTTAGGATTTTTTTT-AAAGGAAGAAATGCTGTTTAT	1699
			|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
CU582830.1	192658	AGTGTTTTTGGGTTTTAGGATTTTTTTTTAAAGGAAGAAATGCTGTTTAT	192707

skip 50 bps 100% identity alignment

CU466306.2	1750	TTACAAAAACGTATCCAATGTTTACTGTTCTGCATAGGCTAATAGACTGA	1799
			|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU582830.1	192758	TTACAAAAACGTGTCCAATGTTTACTGTTCTGCATAGGCTAATAGACTGA	192807

skip 201 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CU466306.2 - 66376 bps
Hit
CU582830.1 - 193008 bps
Total alignments
33
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.85196420001200011910091930081
293.3820225554705724-135402356581
391.631852582928829545-135404356541
493.892122614535345613-135407356681
584.42435747661339140565411471
684.79373829507133511168841177051
791.1218525654685723-11183721186301
894.551842204537545594-11211261213451
993.16186234453644559711261831264161
1091.1618625754645720-11277031279621
1190.261892674189342159-11277031279691
1290.49187265130241328811308961311581
1393.8220925854675724-11309001311581
1490.9418425683898644-11309051311581
1594.092092544536045613-11309051311581
1694.811902314627485711329001331301
1795.352212594190042158-11363911366481
1890.771842594535545613-11363911366501
1985.074499523921343-11371361380791
2091.231832505473572211402031404531
2185.29453952392134311417651427091
2292.72022614190142161-11458231460821
2391.481852561277013025-11603521606211
2491.941862475462570811640141642611
2591.87186246453574560211640161642611
2691.3418625354695721-11754861757391
2791.671892524536245613-11754881757391
2893.7720625754685724-11759111761671
2994.042062534536145613-11759161761671
3087.5720437539576911791711795481
3192.4619325154645714-11818771821281
3293.72062544535545608-11818771821301
3393.751942434536045602-11900441902831
Short-link