<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU928651.3	1	AAGCTTTATTTGAAATGATGAAATTCATACTTGTATAGTTATATGATTAA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576541.3	7136	AAGCTTTATTTGAAATGATGAAATTCATACTTGTATAGTTATATGATTAA	7185

CU928651.3	51	CTATGCAAAGATTTTAGCTGTTTGCATATGTAAAATTTTATGGTATTTCA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576541.3	7186	CTATGCAAAGATTTTAGCTGTTTGCATATGTAAAATTTTATGGTATTTCA	7235

CU928651.3	101	ACTCCTCTTCATACCCTAAAAGCTAGATGTTTAGGTTTTTTGTTCAGTTG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576541.3	7236	ACTCCTCTTCATACCCTAAAAGCTAGATGTTTAGGTTTTTTGTTCAGTTG	7285

CU928651.3	151	GAGCTTTCTCTCCCCTGTTAATAGCGTTGCCATTAACAACTTCCTGGAGT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576541.3	7286	GAGCTTTCTCTCCCCTGTTAATAGCGTTGCCATTAACAACTTCCTGGAGT	7335

CU928651.3	201	TTGTTAGCTCCATCAATTTTGTGTTATGTAACTAAGTTTTTACTCCAAAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576541.3	7336	TTGTTAGCTCCATCAATTTTGTGTTATGTAACTAAGTTTTTACTCCAAAA	7385

CU928651.3	251	ACTCACTAGCTTTTGTTTTTACTCCAAAAACTGTCAAGATCATCTGCTTT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576541.3	7386	ACTCACTAGCTTTTGTTTTTACTCCAAAAACTGTCAAGATCATCTGCTTT	7435

CU928651.3	301	TGTAATATGGCACCATCCTGTTGCCTTTTGTCAATGAAAACTTCTTACTT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576541.3	7436	TGTAATATGGCACCATCCTGTTGCCTTTTGTCAATGAAAACTTCTTACTT	7485

CU928651.3	351	CATCAATTTTTTTAATGTCTAACTTCCATGAACTTTAGAAGTTTGTACAC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576541.3	7486	CATCAATTTTTTTAATGTCTAACTTCCATGAACTTTAGAAGTTTGTACAC	7535

CU928651.3	401	TAGAATTTCTGATCTATAATTTGAGTAAATCCATGGAATCTGAAACCTTA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576541.3	7536	TAGAATTTCTGATCTATAATTTGAGTAAATCCATGGAATCTGAAACCTTA	7585

CU928651.3	451	AAGTTCACAAACTACTCCAGAATAGGACATCAGGAAGGCTGTTCTACTTG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576541.3	7586	AAGTTCACAAACTACTCCAGAATAGGACATCAGGAAGGCTGTTCTACTTG	7635

CU928651.3	501	CAAACTGAGTTTTGTTATCGCCCCTGGTGAATGGTGATACAACTATTTAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576541.3	7636	CAAACTGAGTTTTGTTATCGCCCCTGGTGAATGGTGATACAACTATTTAA	7685

CU928651.3	551	ACAGTTTATTGGATGAAAGAGATGCAAAAGTAGAACTAAACTTCTCATTG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576541.3	7686	ACAGTTTATTGGATGAAAGAGATGCAAAAGTAGAACTAAACTTCTCATTG	7735

CU928651.3	601	TTGTACTAATTACTTTTTAACTGGTGTATAAACAAATCTTGGATAAACGA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576541.3	7736	TTGTACTAATTACTTTTTAACTGGTGTATAAACAAATCTTGGATAAACGA	7785

CU928651.3	651	AGTCCTCTTTACCCCTCTTCCTTATTATTACTCTTTAACTGGTATGTCTC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576541.3	7786	AGTCCTCTTTACCCCTCTTCCTTATTATTACTCTTTAACTGGTATGTCTC	7835

CU928651.3	701	ATTTATTCTGTATATAAGTTTTGACCATTTATTTACCGTTCACATTTTCT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576541.3	7836	ATTTATTCTGTATATAAGTTTTGACCATTTATTTACCGTTCACATTTTCT	7885

CU928651.3	751	TGACAAACATCCATTGATCCATCAAATCCAGTTACATCTGCTAATGTTCA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576541.3	7886	TGACAAACATCCATTGATCCATCAAATCCAGTTACATCTGCTAATGTTCA	7935

CU928651.3	801	TAAGATTTTTGAGAATCTTGCTCAGAAGTGCAGACGCAAAGCTTCATTTA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576541.3	7936	TAAGATTTTTGAGAATCTTGCTCAGAAGTGCAGACGCAAAGCTTCATTTA	7985

CU928651.3	851	TTTTGGATGTTCAAGAATGTAGCATAATTTGCAGCTACACATCTAGCGTA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576541.3	7986	TTTTGGATGTTCAAGAATGTAGCATAATTTGCAGCTACACATCTAGCGTA	8035

CU928651.3	901	AGTTAGTTTTGCTGCTTATCGCTAAAACATGTTGTATTTTAGTTACTTTA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576541.3	8036	AGTTAGTTTTGCTGCTTATCGCTAAAACATGTTGTATTTTAGTTACTTTA	8085

CU928651.3	951	TGTCAAGGGGAAATTGTTACTGTTGTCCAACTATTAACTAATTTTAGCTT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576541.3	8086	TGTCAAGGGGAAATTGTTACTGTTGTCCAACTATTAACTAATTTTAGCTT	8135

CU928651.3	1001	ATCGTATTGTGTTGTTATTATGAGACAATATGATCATGTTACTGTTAAAG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576541.3	8136	ATCGTATTGTGTTGTTATTATGAGACAATATGATCATGTTACTGTTAAAG	8185

CU928651.3	1051	CTCAAAGAACTCTTTTGGGTTATTGAAAGTATCTGGCAGATCAAAATTCC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576541.3	8186	CTCAAAGAACTCTTTTGGGTTATTGAAAGTATCTGGCAGATCAAAATTCC	8235

CU928651.3	1101	AGTTCCTTTTACAATTATAAGGTCTCTGTTCTAGCTTCAAGAAATAGGGC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576541.3	8236	AGTTCCTTTTACAATTATAAGGTCTCTGTTCTAGCTTCAAGAAATAGGGC	8285

CU928651.3	1151	TTATTGTAGTAACTTGTATCGCGAACGGGCATTGTTCAAGGTTGTGATAC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576541.3	8286	TTATTGTAGTAACTTGTATCGCGAACGGGCATTGTTCAAGGTTGTGATAC	8335

CU928651.3	1201	TGAAACGGGCATAAATGAAGCGTTATGCAAATTAGTTTGAGATTGAGTCG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576541.3	8336	TGAAACGGGCATAAATGAAGCGTTATGCAAATTAGTTTGAGATTGAGTCG	8385

CU928651.3	1251	TAGTTTTTATTTTTTTACCAAATAAATAATTATAAGTATGTGCTTCGCAA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576541.3	8386	TAGTTTTTATTTTTTTACCAAATAAATAATTATAAGTATGTGCTTCGCAA	8435

CU928651.3	1301	ATAAGTCATACCACATCCCTTACAAGGAATTCTTCATGCAATGAACACAA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576541.3	8436	ATAAGTCATACCACATCCCTTACAAGGAATTCTTCATGCAATGAACACAA	8485

CU928651.3	1351	AGGGGGAAGGAAGAAGTAGAATAAACTAATGAATTTTTCCTATTGTAAAT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576541.3	8486	AGGGGGAAGGAAGAAGTAGAATAAACTAATGAATTTTTCCTATTGTAAAT	8535

CU928651.3	1401	TTATCAAGATACTACTACAACAAATTAATATTTGCAATTGTTACAACATC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576541.3	8536	TTATCAAGATACTACTACAACAAATTAATATTTGCAATTGTTACAACATC	8585

CU928651.3	1451	TTGCTGCCTCTCTTTTCGTAGGTATAATATGTGATTGGTGAATAAAGGTA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576541.3	8586	TTGCTGCCTCTCTTTTCGTAGGTATAATATGTGATTGGTGAATAAAGGTA	8635

CU928651.3	1501	AAAGGGTTCTCCAGAGCCCATATATTCTTATTGTCAATCATAACTCACCA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576541.3	8636	AAAGGGTTCTCCAGAGCCCATATATTCTTATTGTCAATCATAACTCACCA	8685

CU928651.3	1551	AAATGGTCATTCATTGAGTTGATGTTGTGCCATTAGAAAACCACAAACTA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576541.3	8686	AAATGGTCATTCATTGAGTTGATGTTGTGCCATTAGAAAACCACAAACTA	8735

CU928651.3	1601	AGGAGTCGTTTGGTTGGTGGTTGTGAAGTGAATTATTCATATATTAAAAC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576541.3	8736	AGGAGTCGTTTGGTTGGTGGTTGTGAAGTGAATTATTCATATATTAAAAC	8785

CU928651.3	1651	TATCATAATAAGTACTATGTTAAGTAGCATTTTAATTCCTCGGTATAAAA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576541.3	8786	TATCATAATAAGTACTATGTTAAGTAGCATTTTAATTCCTCGGTATAAAA	8835

CU928651.3	1701	TTCATCAAAAAAAGTACGGTGTTTGGTTACCTGATTACAGTCCCGCATTA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576541.3	8836	TTCATCAAAAAAAGTACGGTGTTTGGTTACCTGATTACAGTCCCGCATTA	8885

CU928651.3	1751	CTAATATATGTATAAGTTATGAGGAAATGTATGTGTTATTTATGCAGAGA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576541.3	8886	CTAATATATGTATAAGTTATGAGGAAATGTATGTGTTATTTATGCAGAGA	8935

CU928651.3	1801	AAAAGATGAAATAGCTTTTATAACGATAACTATATCCCACCTAACTAATC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576541.3	8936	AAAAGATGAAATAGCTTTTATAACGATAACTATATCCCACCTAACTAATC	8985

CU928651.3	1851	CTTGTATTATAGGAGAAGTGGTTCCCTACAAGAAATGGCCTAAAGATAAA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576541.3	8986	CTTGTATTATAGGAGAAGTGGTTCCCTACAAGAAATGGCCTAAAGATAAA	9035

CU928651.3	1901	AACTTAATAAAATGTCATGAATATTTTAAATAAAATTATGATTTTATTTT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576541.3	9036	AACTTAATAAAATGTCATGAATATTTTAAATAAAATTATGATTTTATTTT	9085

CU928651.3	1951	TCTATATTTACTCTTTTAACCTTTTTTTAGATGCGGAGCTTTAAATTATC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576541.3	9086	TCTATATTTACTCTTTTAACCTTTTTTTAGATGCGGAGCTTTAAATTATC	9135

Overview

Query
CU928651.3 - 60776 bps
Hit
CU576541.3 - 9135 bps
Total alignments
4
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110018952000120001713691351
294.262164274715054178001349162461
384.85512815262153891363837621
486.491450281917893207111624390471
Short-link