<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU326408.5	1	GATCCCCTATTAAGGTTATCCTAAGACTCAAATGAGTAAAATATGAAGTG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576540.1	41458	GATCCCCTATTAAGGTTATCCTAAGACTCAAATGAGTAAAATATGAAGTG	41507

CU326408.5	51	GCCGCCTATAAAACCCCTTGACACACACATCGATGATCTATTGGACTACT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576540.1	41508	GCCGCCTATAAAACCCCTTGACACACACATCGATGATCTATTGGACTACT	41557

CU326408.5	101	CAAAGTAAGTTATTACAATACATCACATATCACACCCATTCACATGAACA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576540.1	41558	CAAAGTAAGTTATTACAATACATCACATATCACACCCATTCACATGAACA	41607

CU326408.5	151	TGAGACCCTCCTATGAAAGGTGATTCTAAGGTCTACTTCAGTTAGTTATG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576540.1	41608	TGAGACCCTCCTATGAAAGGTGATTCTAAGGTCTACTTCAGTTAGTTATG	41657

CU326408.5	201	AAGTGACTGCCCATACAATCCCTTTATACACACCAAAGAGATCTTGTAGA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576540.1	41658	AAGTGACTGCCCATACAATCCCTTTATACACACCAAAGAGATCTTGTAGA	41707

CU326408.5	251	CTATCTAAGATAAGTTTATTCACATTTTACAGATTAGACTCCCTACCTAG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576540.1	41708	CTATCTAAGATAAGTTTATTCACATTTTACAGATTAGACTCCCTACCTAG	41757

CU326408.5	301	ACTTACTATAAGACTCACCTAAGTGAAACATGAAGAGAACGCCCACAAAC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576540.1	41758	ACTTACTATAAGACTCACCTAAGTGAAACATGAAGAGAACGCCCACAAAC	41807

CU326408.5	351	CCTCTTCAAGCCTAGCTATGTAATCCTCAAATCTACTCTAGATAGGCACC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576540.1	41808	CCTCTTCAAGCCTAGCTATGTAATCCTCAAATCTACTCTAGATAGGCACC	41857

CU326408.5	401	CTTTCCATTAACAAGTCTTTACTTAAATAATTATGTTCATTAGGTCATTT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576540.1	41858	CTTTCCATTAACAAGTCTTTACTTAAATAATTATGTTCATTAGGTCATTT	41907

CU326408.5	451	ATAAAACATTCAACACTTAAGTACATTCATATAGTGGTCTAGGTGAAGAC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576540.1	41908	ATAAAACATTCAACACTTAAGTACATTCATATAGTGGTCTAGGTGAAGAC	41957

CU326408.5	501	CTAGGTACTCACACACTAACATCTTCCAAGCCTACTGGTCCATTGTCTAG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576540.1	41958	CTAGGTACTCACACACTAACATCTTCCAAGCCTACTGGTCCATTGTCTAG	42007

CU326408.5	551	ATAGCAACCCATACAAATACCTAAACTTCATAAAACTTATCCAACACTAG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576540.1	42008	ATAGCAACCCATACAAATACCTAAACTTCATAAAACTTATCCAACACTAG	42057

CU326408.5	601	CATGTATCATGTAATTATAATAGGCAAATAGCCGACAGATACCATGCTAG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576540.1	42058	CATGTATCATGTAATTATAATAGGCAAATAGCCGACAGATACCATGCTAG	42107

CU326408.5	651	CTATGCATGGAGTTCAGAGTCATTAACCTATTCTGATAGAGGGTGTTCTA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576540.1	42108	CTATGCATGGAGTTCAGAGTCATTAACCTATTCTGATAGAGGGTGTTCTA	42157

CU326408.5	701	CTTGCCAAGTGTAGAATGAGGACACGTCCCATGTAGGCCATGGCTAAGGC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576540.1	42158	CTTGCCAAGTGTAGAATGAGGACACGTCCCATGTAGGCCATGGCTAAGGC	42207

CU326408.5	751	ATATTTATGGTTTCTTTGTACTCCATATTATATCTAATCTAGAGCCTTTT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576540.1	42208	ATATTTATGGTTTCTTTGTACTCCATATTATATCTAATCTAGAGCCTTTT	42257

CU326408.5	801	TTAAAGCATACTCACTCGGTGTTAGCCTTTGTTTTAATAGAGTATTACAA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576540.1	42258	TTAAAGCATACTCACTCGGTGTTAGCCTTTGTTTTAATAGAGTATTACAA	42307

CU326408.5	851	TAAAGGAGCATATGAAGGGGTTCCATATCAAGTTTAAAACCGAATTACAT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576540.1	42308	TAAAGGAGCATATGAAGGGGTTCCATATCAAGTTTAAAACCGAATTACAT	42357

CU326408.5	901	TGCACCTTACCAAAGAGGGTCCACTAAGGCTACCTCTAATGGTAAAGAAT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576540.1	42358	TGCACCTTACCAAAGAGGGTCCACTAAGGCTACCTCTAATGGTAAAGAAT	42407

CU326408.5	951	ATAGCTCAATGACTTTCCTAAAGATGATTTCATGTCGTTCAATCAAATCA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576540.1	42408	ATAGCTCAATGACTTTCCTAAAGATGATTTCATGTCGTTCAATCAAATCA	42457

CU326408.5	1001	ATCCTAAGTCCACTATTCACACAAGAAAGATACTATTGCGACTTTCAACT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576540.1	42458	ATCCTAAGTCCACTATTCACACAAGAAAGATACTATTGCGACTTTCAACT	42507

CU326408.5	1051	TCAAAGACATCATAACCTTGTTTCTAAAAGGTTCCACATAAAGGACCATT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576540.1	42508	TCAAAGACATCATAACCTTGTTTCTAAAAGGTTCCACATAAAGGACCATT	42557

CU326408.5	1101	TTAACTATGTCAATAACACATACAAGACTAAGAATCTTTAGCACACTAAG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576540.1	42558	TTAACTATGTCAATAACACATACAAGACTAAGAATCTTTAGCACACTAAG	42607

CU326408.5	1151	TGAAGGAGTCACATTTCTTTCACGTATCAAGAAGAGGGACTTAGGTCTAC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576540.1	42608	TGAAGGAGTCACATTTCTTTCACGTATCAAGAAGAGGGACTTAGGTCTAC	42657

CU326408.5	1201	CAAATTAAAATACAACATTCCTCACAGCAGATATAAGAATTCATCATAAA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576540.1	42658	CAAATTAAAATACAACATTCCTCACAGCAGATATAAGAATTCATCATAAA	42707

CU326408.5	1251	ATACCTTAGTCACACATAAACATTTAAGAGCACATGTTAACAAAAACACA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576540.1	42708	ATACCTTAGTCACACATAAACATTTAAGAGCACATGTTAACAAAAACACA	42757

CU326408.5	1301	TTCTTATACAACTTAATCATATATCATCACTTAACAAGAATCATAACATA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576540.1	42758	TTCTTATACAACTTAATCATATATCATCACTTAACAAGAATCATAACATA	42807

CU326408.5	1351	ATCATTCACACAACATCATACAAGCACTACTAAAGTACCTCACTATACAT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576540.1	42808	ATCATTCACACAACATCATACAAGCACTACTAAAGTACCTCACTATACAT	42857

CU326408.5	1401	TCTCACAATTAACACAAATATCATGCCATCCTTCAACCCACATGTTCATA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576540.1	42858	TCTCACAATTAACACAAATATCATGCCATCCTTCAACCCACATGTTCATA	42907

CU326408.5	1451	CAATCCATAACAACCCATGCATGATCACCTTACTTAACATAAACATATTC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576540.1	42908	CAATCCATAACAACCCATGCATGATCACCTTACTTAACATAAACATATTC	42957

CU326408.5	1501	ACATTGCACCTCCATATATGTCCTAAACATCATACTTATACAATTCGTAA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576540.1	42958	ACATTGCACCTCCATATATGTCCTAAACATCATACTTATACAATTCGTAA	43007

CU326408.5	1551	AGTAATGTTGACGAGGCCTAATCTTTCACAAAGGTAATACATAAACACTA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576540.1	43008	AGTAATGTTGACGAGGCCTAATCTTTCACAAAGGTAATACATAAACACTA	43057

CU326408.5	1601	TAACATTCCGGAAAATTACATGTCTAGTGAAGAATGTGTATTGGGGATAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576540.1	43058	TAACATTCCGGAAAATTACATGTCTAGTGAAGAATGTGTATTGGGGATAA	43107

CU326408.5	1651	ATGGGCCTTCCAATGCCAAATATTGAGAAATATTGAGTCTAGTATAGAAT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576540.1	43108	ATGGGCCTTCCAATGCCAAATATTGAGAAATATTGAGTCTAGTATAGAAT	43157

CU326408.5	1701	ACTCACTAAGGGGTATTAGACAATTTCTATATAGTCCCCAAATAAGCAAA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576540.1	43158	ACTCACTAAGGGGTATTAGACAATTTCTATATAGTCCCCAAATAAGCAAA	43207

CU326408.5	1751	ATATTAGGGATATTAGAAAATATTTGCTTAAAGAGTGTTAGCCAATTTTT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576540.1	43208	ATATTAGGGATATTAGAAAATATTTGCTTAAAGAGTGTTAGCCAATTTTT	43257

CU326408.5	1801	CTATGTATTAATGAGCTTGTTTAGGAGATGTACCTGCAATAAAGACCTTT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576540.1	43258	CTATGTATTAATGAGCTTGTTTAGGAGATGTACCTGCAATAAAGACCTTT	43307

CU326408.5	1851	AATATAAAATTCAATAATTTTATCATATACACAATAGGTGCTAGGGATCT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576540.1	43308	AATATAAAATTCAATAATTTTATCATATACACAATAGGTGCTAGGGATCT	43357

CU326408.5	1901	ATGTGTCAAGCCTTGACAACATAGCACATGACCACTTAAAATAGGCATGT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576540.1	43358	ATGTGTCAAGCCTTGACAACATAGCACATGACCACTTAAAATAGGCATGT	43407

CU326408.5	1951	AGATTAAGACGTGCCCATGGCTATAGCGAGGCTCCTTGTAACAATAAAAA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576540.1	43408	AGATTAAGACGTGCCCATGGCTATAGCGAGGCTCCTTGTAACAATAAAAA	43457

Overview

Query
CU326408.5 - 147720 bps
Hit
CU576540.1 - 43457 bps
Total alignments
18
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001914200012000141458434571
285.98761148440535536112507139961
389.9412318547274911113023132111
490.4217525646564911113028132881
586.02578109646625757116834179501
689.8811917547374911116834170111
792.6417222746114837116858170881
890.2610115046114760116935170881
996.1647546114685117012170881
1074.53452643471034973-129823300891
1184.0631693440134469-130334304021
1278.78913128879389104-132444327541
1382.35471187220572322-132497326151
1481.1630697171271780-133027330951
1574.258135506815371702-133115366601
1676.3772131708489188060-133477366581
1793.6532742739064332-136662370861
1882.451463562023920594143087434451
Short-link