<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU457806.5	1	GATCCTGAATATATCTATCTGCATCATAAAAGATGCATGCCAAATGGCTT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576538.4	2140	GATCCTGAATATATCTATCTGCATCATAAAAGATGCATGCCAAATGGCTT	2189

CU457806.5	51	CAGTACATGGAATGTACGCGCATGTAAGAGAAATTCTAAAGTATAAACAT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576538.4	2190	CAGTACATGGAATGTACGCGCATGTAAGAGAAATTCTAAAGTATAAACAT	2239

CU457806.5	101	AAGCTTGAAATGATAGAAAAGAAACATACTTACCTCTTCTCAAACTAACT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576538.4	2240	AAGCTTGAAATGATAGAAAAGAAACATACTTACCTCTTCTCAAACTAACT	2289

CU457806.5	151	TAACTCAACTCAAACTCTCCTCAAGGGTAGGATACTTAGCTCAGGAACAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576538.4	2290	TAACTCAACTCAAACTCTCCTCAAGGGTAGGATACTTAGCTCAGGAACAA	2339

CU457806.5	201	GATACTCAACTCGAAGATACTTAGTTAAGATACTCAACTCAAAGATACTC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576538.4	2340	GATACTCAACTCGAAGATACTTAGTTAAGATACTCAACTCAAAGATACTC	2389

CU457806.5	251	AATACAAGATACTTAAGTAAATCAACAATAAAAAATAGATGCAATATATG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576538.4	2390	AATACAAGATACTTAAGTAAATCAACAATAAAAAATAGATGCAATATATG	2439

CU457806.5	301	GAAAGCTTTTAAAACAATAGATAACAACTCAATTTGTATGTAAAAATACA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576538.4	2440	GAAAGCTTTTAAAACAATAGATAACAACTCAATTTGTATGTAAAAATACA	2489

CU457806.5	351	ATAATGACTCAACTGTATGTAAAATACAATAATAACTTTTATTTAGGAGA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576538.4	2490	ATAATGACTCAACTGTATGTAAAATACAATAATAACTTTTATTTAGGAGA	2539

CU457806.5	401	TACTCTAATCAATAACTATCATTATGATCTATGTAATGATACACCATCTC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576538.4	2540	TACTCTAATCAATAACTATCATTATGATCTATGTAATGATACACCATCTC	2589

CU457806.5	451	CTTCACGTTGCCAACATTTTCCTATACCTTTATGGAGTATAATGTTGGGA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576538.4	2590	CTTCACGTTGCCAACATTTTCCTATACCTTTATGGAGTATAATGTTGGGA	2639

CU457806.5	501	AAGACAAGGCACTAACAAAGAATGCCTGACAGGATAACAGCGGAAGAATA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576538.4	2640	AAGACAAGGCACTAACAAAGAATGCCTGACAGGATAACAGCGGAAGAATA	2689

CU457806.5	551	CCCAAGTCTATACTTTCCCTTTTCGATTTGAACCAAGAGAAGACAAACAA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576538.4	2690	CCCAAGTCTATACTTTCCCTTTTCGATTTGAACCAAGAGAAGACAAACAA	2739

CU457806.5	601	CCACAAGCAATATGATAGTAAGGCAGCAAGTAATTCAATCAAACAAATAT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576538.4	2740	CCACAAGCAATATGATAGTAAGGCAGCAAGTAATTCAATCAAACAAATAT	2789

CU457806.5	651	AACAAGGCAATGATAAACCAATCACACAAGACACCAAGATTTACGTGGAA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576538.4	2790	AACAAGGCAATGATAAACCAATCACACAAGACACCAAGATTTACGTGGAA	2839

CU457806.5	701	AACCCTTCGATGTGAAGAGTAAAAAACCACGGGACCAAAAGCTCCACTAT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576538.4	2840	AACCCTTCGATGTGAAGAGTAAAAAACCACGGGACCAAAAGCTCCACTAT	2889

CU457806.5	751	AATCACCAAGAGTTACAATATTGTTCTCCAAAATTGGCCACAAAACAAGT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576538.4	2890	AATCACCAAGAGTTACAATATTGTTCTCCAAAATTGGCCACAAAACAAGT	2939

CU457806.5	801	GCCAAACAACGAGCAACAACAAAATAAGATTGCACCAAATCTAGAGAATT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576538.4	2940	GCCAAACAACGAGCAACAACAAAATAAGATTGCACCAAATCTAGAGAATT	2989

CU457806.5	851	AAAGGAGCAAAATCACCAATTTCGCAGCTACTGTTCACGACAGCAAAACT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576538.4	2990	AAAGGAGCAAAATCACCAATTTCGCAGCTACTGTTCACGACAGCAAAACT	3039

CU457806.5	901	GAAGCTGCAGGCCACCAAATCCAACTCTGTCAGTTCCTAATCAAAGATTG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576538.4	3040	GAAGCTGCAGGCCACCAAATCCAACTCTGTCAGTTCCTAATCAAAGATTG	3089

CU457806.5	951	AGATGAAGATAATATGCTGTCCAAAAATCAGCTCAATCTGACAAGAAACG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576538.4	3090	AGATGAAGATAATATGCTGTCCAAAAATCAGCTCAATCTGACAAGAAACG	3139

CU457806.5	1001	AAGCGGGAATCGCAATTTGAAGTTGGCAATCTGCTCTTTTTCTCTCTTTT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576538.4	3140	AAGCGGGAATCGCAATTTGAAGTTGGCAATCTGCTCTTTTTCTCTCTTTT	3189

CU457806.5	1051	TGGCTGCTAAAAAATTCTCTGTGTATTTGAAAATAAGACCTAAATAGGCT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576538.4	3190	TGGCTGCTAAAAAATTCTCTGTGTATTTGAAAATAAGACCTAAATAGGCT	3239

CU457806.5	1101	TATATTTGCCTCATAAGAATGGGCCTATGAAAAAATGGGTTGGTCCAAAT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576538.4	3240	TATATTTGCCTCATAAGAATGGGCCTATGAAAAAATGGGTTGGTCCAAAT	3289

CU457806.5	1151	TGGGCTTTTATTTATCCACATAGGAAGGGAAAAAAGACCCATAACCCAAC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576538.4	3290	TGGGCTTTTATTTATCCACATAGGAAGGGAAAAAAGACCCATAACCCAAC	3339

CU457806.5	1201	AATTCTCCCCCTCACGACTATGTGGAGGAGACCGCCATCCCGGCGACCAT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576538.4	3340	AATTCTCCCCCTCACGACTATGTGGAGGAGACCGCCATCCCGGCGACCAT	3389

CU457806.5	1251	GCAACAATCTTCAAACTTCCCTCTTGGCAAAGCTTTAGTCATCATATCGG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576538.4	3390	GCAACAATCTTCAAACTTCCCTCTTGGCAAAGCTTTAGTCATCATATCGG	3439

CU457806.5	1301	AACCATTGTCATTTGTATGAATCTTTTCAAGCTCAAGCAACTTAGAATCC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576538.4	3440	AACCATTGTCATTTGTATGAATCTTTTCAAGCTCAAGCAACTTAGAATCC	3489

CU457806.5	1351	AACACATCTCGAATCCAATGGTATCTCACATCAATGTGTTTAGACCGACC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576538.4	3490	AACACATCTCGAATCCAATGGTATCTCACATCAATGTGTTTAGACCGACC	3539

CU457806.5	1401	ATGGAACGTAGAATTCTTGCCAAGATGTATAGCACTTTGACTGTCACAAT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576538.4	3540	ATGGAACGTAGAATTCTTGCCAAGATGTATAGCACTTTGACTGTCACAAT	3589

CU457806.5	1451	AAAGCACATACCTCTCTTGAGCACAACCAAGTTCCCCCAAGAATCTCTTC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576538.4	3590	AAAGCACATACCTCTCTTGAGCACAACCAAGTTCCCCCAAGAATCTCTTC	3639

CU457806.5	1501	ATCCAAAGCAATTCTTTACAAGCTTCAACGACAACAATAAGCTCAGCTTC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576538.4	3640	ATCCAAAGCAATTCTTTACAAGCTTCAACGACAACAATAAGCTCAGCTTC	3689

CU457806.5	1551	TGTAGTAGATAGAGCAACACATTTTTGCAACCTAGATTGCCAAGACACAG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576538.4	3690	TGTAGTAGATAGAGCAACACATTTTTGCAACCTAGATTGCCAAGACACAG	3739

CU457806.5	1601	CTCCCCCTGCAAAAGTAACCAAGTACCCTGAAGTAGACTTGCGAGTATCG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576538.4	3740	CTCCCCCTGCAAAAGTAACCAAGTACCCTGAAGTAGACTTGCGAGTATCG	3789

CU457806.5	1651	ACATCACCAGCCATGTCTGAATCAGTATAACCACAAAGAATAGGCTTCCC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576538.4	3790	ACATCACCAGCCATGTCTGAATCAGTATAACCACAAAGAATAGGCTTCCC	3839

CU457806.5	1701	TGTACCAAAACACACACTCAGACTAGAAGTTCCACAAAGATATCTCATAA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576538.4	3840	TGTACCAAAACACACACTCAGACTAGAAGTTCCACAAAGATATCTCATAA	3889

CU457806.5	1751	CCCACTTCACAGCATTCCAATGTTCTCTTCCCGGATTAGAAAGAAAACGA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576538.4	3890	CCCACTTCACAGCATTCCAATGTTCTCTTCCCGGATTAGAAAGAAAACGA	3939

CU457806.5	1801	CTAACAACTCCAACAGCGTGAGCAATATTCGGTCTTGTACAAACCATCGC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576538.4	3940	CTAACAACTCCAACAGCGTGAGCAATATTCGGTCTTGTACAAACCATCGC	3989

CU457806.5	1851	ATACATCAAACTACCAACAGCTGAAGCATAAGGAACTTTCTTCATATCTT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576538.4	3990	ATACATCAAACTACCAACAGCTGAAGCATAAGGAACTTTCTTCATATCTT	4039

CU457806.5	1901	TCTTCTCATCATCACTAGAAGGACACTGTTTCGTGCTCAATTTGAAGTGC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576538.4	4040	TCTTCTCATCATCACTAGAAGGACACTGTTTCGTGCTCAATTTGAAGTGC	4089

CU457806.5	1951	ATAGCTAAAGGTGTATGACAACCTTAGCTTTGTCCATGCTGAATCTGCGA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU576538.4	4090	ATAGCTAAAGGTGTATGACAACCTTAGCTTTGTCCATGCTGAATCTGCGA	4139

Overview

Query
CU457806.5 - 106748 bps
Hit
CU576538.4 - 4139 bps
Total alignments
2
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110019292000120001214041391
295.06572735526159951263233401
Short-link