<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 910 bps / non-identical: 800 bps

Full alignment

CU463835.6	3775	TTTTTTTTTCCATTTTTTATTAGGTATTTAGCTCATTTACATTTCCAATG	3824
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
CU571156.2	60534	TTTTTTTTTCCATTTTTTATTAGGTATTTAGCTCATTTACATTTCCAGTG	60583

CU463835.6	3825	CTATACCAAAAGTCCCCCATAACCACCCACCCCCACTCCCCTACCCACCC	3874
			||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
CU571156.2	60584	CTATACCAAAAGTCCCCCATACCCACCCACCCCCACTCCCCTACCCACCC	60633

CU463835.6	3875	AATCCCCCTTTTTGGCACTGGCGTTCCACTGTACTGGGGCATATAAAGTT	3924
			| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||
CU571156.2	60634	ACTCCCCCTTTTTGGCCCTGGCGTTCCCCTGTACTGGGGCATATAAAGTT	60683

CU463835.6	3925	TGAAAGTCCAAGGGGCCTCTCTTTCCAGTGATGGCCG----ACTAGGCCA	3970
			|| |||||||| |||||||||||||||||||||||||    |||||||||
CU571156.2	60684	TGCAAGTCCAATGGGCCTCTCTTTCCAGTGATGGCCGGCCGACTAGGCCA	60733

CU463835.6	3971	TCTTTTGATACATATGCAGCTAGAGTCAAGAGCTCCGGGGTACTGGTTAG	4020
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571156.2	60734	TCTTTTGATACATATGCAGCTAGAGTCAAGAGCTCCGGGGTACTGGTTAG	60783

CU463835.6	4021	TTCATAATGTTGTTCCACCTATAGGGTTGCAGATCCCTTTAGCTCCTTGG	4070
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571156.2	60784	TTCATAATGTTGTTCCACCTATAGGGTTGCAGATCCCTTTAGCTCCTTGG	60833

CU463835.6	4071	GTACTTTCTCTAGCTCCTCCATTGGGAGCCCTGTGATCCATTCAATAGCT	4120
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||
CU571156.2	60834	GTACTTTCTCTAGCTCCTCCATTGGGAGCCCTGTGATCCATCCATTAGCT	60883

CU463835.6	4121	GACTGTGAGCATACACTTCTGTGTTTGCTAGGCCCCGGCATAGTCTCACA	4170
			|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571156.2	60884	GACTGTGAGCATCCACTTCTGTGTTTGCTAGGCCCCGGCATAGTCTCACA	60933

CU463835.6	4171	AGAGACATCTACATCTGGGTCCTTTCGATAAAATCTTGCTAGTGTATGCA	4220
			||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
CU571156.2	60934	AGAGACAGCTACATCTGGGTCCTTTCAATAAAATCTTGCTAGTGTATGCA	60983

CU463835.6	4221	ATGGTGTCAGCGTTTGGATTCTGATTATGGGGTGGATCCCTGGATATGGC	4270
			||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||
CU571156.2	60984	ATGGTGTCAGCGTTTGGATGCTGATTATGGGGTGGTTCCCTGGATATGGC	61033

CU463835.6	4271	AGTCTCTACATGGTCCATCCTTTTGTCTCAGCTCCAAACTTTGTCTCTGT	4320
			|||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||
CU571156.2	61034	AGTCTCTACATGGTCCATCCTTTCATCTCAGCTCCAAACTTTGTCTCTGT	61083

CU463835.6	4321	AACTCCTTCCATGGGTGTTTTGTTCCCACTTCTAAGGAGGGGCATAGTGT	4370
			|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||
CU571156.2	61084	AACTCCTTCCATGGGTGTTTTGTTCCCAATTCTAAGGAGAGGCATAGTGT	61133

CU463835.6	4371	CCACACTTCAGTCTTGATTTTTCTTGAGTTTCATGTGTTTAGCAAATTGT	4420
			||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||
CU571156.2	61134	CCACACTTCAGTCTTCATTCTTCTTGAGTTTCATGTGTTTAGCAAATTGT	61183

CU463835.6	4421	ATCTTATATCTTGGGTATCCTAGGTTTTGGGCTAATATCCACTTATCAGT	4470
			||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
CU571156.2	61184	ATCTTATATCTTGGGTATCCTAGGTTTGGGGCTAATATCCACTTATCAGT	61233

CU463835.6	4471	GAGTACATATTGTGTGAGTTCCTTTGTGAATGTGTTACCTCACTCAGGAT	4520
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
CU571156.2	61234	GAGTACATATTGTGTGAGTTCCTTTGTGAATGTGTTACCTCACTCAGTAT	61283

CU463835.6	4521	GATGCCCTCCAGGTCCATCCATTTGGCTAGGAATTTCATAAATTCATTAT	4570
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
CU571156.2	61284	GATGCCCTCCAGGTCCATCCATTTGGCTAGGAATTTCATAAATTCATTCT	61333

CU463835.6	4571	TTTTAATAGCTGAGTAGTACTCCATTATGTAAATGTACCACATTTTCTGT	4620
			|||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||
CU571156.2	61334	TTTTAATAGCTGAGTAGTACTCCATTGTGTAGATGTACCACATTTTCTGT	61383

CU463835.6	4621	ATCCATTCCTCTGTTGAGGGGCATCTGGGTTCTTTCCAGCTTCTGGCTAT	4670
			|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571156.2	61384	ATCCATTCCTCTGTGGAGGGGCATCTGGGTTCTTTCCAGCTTCTGGCTAT	61433

CU463835.6	4671	TATAAATAAGGCTG	4684
			||||||||||||||
CU571156.2	61434	TATAAATAAGGCTG	61447

Compact alignment

CU463835.6	3775	TTTTTTTTTCCATTTTTTATTAGGTATTTAGCTCATTTACATTTCCAATG	3824
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
CU571156.2	60534	TTTTTTTTTCCATTTTTTATTAGGTATTTAGCTCATTTACATTTCCAGTG	60583

CU463835.6	3825	CTATACCAAAAGTCCCCCATAACCACCCACCCCCACTCCCCTACCCACCC	3874
			||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
CU571156.2	60584	CTATACCAAAAGTCCCCCATACCCACCCACCCCCACTCCCCTACCCACCC	60633

CU463835.6	3875	AATCCCCCTTTTTGGCACTGGCGTTCCACTGTACTGGGGCATATAAAGTT	3924
			| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||
CU571156.2	60634	ACTCCCCCTTTTTGGCCCTGGCGTTCCCCTGTACTGGGGCATATAAAGTT	60683

CU463835.6	3925	TGAAAGTCCAAGGGGCCTCTCTTTCCAGTGATGGCCG----ACTAGGCCA	3970
			|| |||||||| |||||||||||||||||||||||||    |||||||||
CU571156.2	60684	TGCAAGTCCAATGGGCCTCTCTTTCCAGTGATGGCCGGCCGACTAGGCCA	60733

skip 100 bps 100% identity alignment

CU463835.6	4071	GTACTTTCTCTAGCTCCTCCATTGGGAGCCCTGTGATCCATTCAATAGCT	4120
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||
CU571156.2	60834	GTACTTTCTCTAGCTCCTCCATTGGGAGCCCTGTGATCCATCCATTAGCT	60883

CU463835.6	4121	GACTGTGAGCATACACTTCTGTGTTTGCTAGGCCCCGGCATAGTCTCACA	4170
			|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571156.2	60884	GACTGTGAGCATCCACTTCTGTGTTTGCTAGGCCCCGGCATAGTCTCACA	60933

CU463835.6	4171	AGAGACATCTACATCTGGGTCCTTTCGATAAAATCTTGCTAGTGTATGCA	4220
			||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
CU571156.2	60934	AGAGACAGCTACATCTGGGTCCTTTCAATAAAATCTTGCTAGTGTATGCA	60983

CU463835.6	4221	ATGGTGTCAGCGTTTGGATTCTGATTATGGGGTGGATCCCTGGATATGGC	4270
			||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||
CU571156.2	60984	ATGGTGTCAGCGTTTGGATGCTGATTATGGGGTGGTTCCCTGGATATGGC	61033

CU463835.6	4271	AGTCTCTACATGGTCCATCCTTTTGTCTCAGCTCCAAACTTTGTCTCTGT	4320
			|||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||
CU571156.2	61034	AGTCTCTACATGGTCCATCCTTTCATCTCAGCTCCAAACTTTGTCTCTGT	61083

CU463835.6	4321	AACTCCTTCCATGGGTGTTTTGTTCCCACTTCTAAGGAGGGGCATAGTGT	4370
			|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||
CU571156.2	61084	AACTCCTTCCATGGGTGTTTTGTTCCCAATTCTAAGGAGAGGCATAGTGT	61133

CU463835.6	4371	CCACACTTCAGTCTTGATTTTTCTTGAGTTTCATGTGTTTAGCAAATTGT	4420
			||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||
CU571156.2	61134	CCACACTTCAGTCTTCATTCTTCTTGAGTTTCATGTGTTTAGCAAATTGT	61183

CU463835.6	4421	ATCTTATATCTTGGGTATCCTAGGTTTTGGGCTAATATCCACTTATCAGT	4470
			||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
CU571156.2	61184	ATCTTATATCTTGGGTATCCTAGGTTTGGGGCTAATATCCACTTATCAGT	61233

CU463835.6	4471	GAGTACATATTGTGTGAGTTCCTTTGTGAATGTGTTACCTCACTCAGGAT	4520
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
CU571156.2	61234	GAGTACATATTGTGTGAGTTCCTTTGTGAATGTGTTACCTCACTCAGTAT	61283

CU463835.6	4521	GATGCCCTCCAGGTCCATCCATTTGGCTAGGAATTTCATAAATTCATTAT	4570
			|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
CU571156.2	61284	GATGCCCTCCAGGTCCATCCATTTGGCTAGGAATTTCATAAATTCATTCT	61333

CU463835.6	4571	TTTTAATAGCTGAGTAGTACTCCATTATGTAAATGTACCACATTTTCTGT	4620
			|||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||
CU571156.2	61334	TTTTAATAGCTGAGTAGTACTCCATTGTGTAGATGTACCACATTTTCTGT	61383

CU463835.6	4621	ATCCATTCCTCTGTTGAGGGGCATCTGGGTTCTTTCCAGCTTCTGGCTAT	4670
			|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571156.2	61384	ATCCATTCCTCTGTGGAGGGGCATCTGGGTTCTTTCCAGCTTCTGGCTAT	61433

skip 14 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CU463835.6 - 25836 bps
Hit
CU571156.2 - 213184 bps
Total alignments
8
Best alignment
alignment #1 (HSP: 910 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
196.7280791037754684160534614471
283.2827455537864340-1789784701
380.4625958020001205801789784691
483.683327691281913587-11127111134821
584.911613595097545511131261134831
688.22666111859147031-11882551893581
781.684731066112921235711882581893541
895.2865978437754558-12078392086221
Short-link