<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU915754.3	1	TAGGAAGAGTCCCTGATGTGTTCATCTCTATGTTACAAGTCGTCTCAATA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571060.3	42765	TAGGAAGAGTCCCTGATGTGTTCATCTCTATGTTACAAGTCGTCTCAATA	42814

CU915754.3	51	AATATTAATGCTTTACTTGATCCGGGTGCTAAATTTTAATTTGTAACTCC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571060.3	42815	AATATTAATGCTTTACTTGATCCGGGTGCTAAATTTTAATTTGTAACTCC	42864

CU915754.3	101	TCTACTAGCTAATTTTTTTTTATGTTCTACCCGATATTTTAATTAAAATA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571060.3	42865	TCTACTAGCTAATTTTTTTTTATGTTCTACCCGATATTTTAATTAAAATA	42914

CU915754.3	151	TTTTCGGTTACAACCCCGGTGGGTGACTCCATTGTGGCTACAACAGTCTT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571060.3	42915	TTTTCGGTTACAACCCCGGTGGGTGACTCCATTGTGGCTACAACAGTCTT	42964

CU915754.3	201	TAGGAGTTTTTCTATATCTTTGCCCAATAAAGTTATTTGGGTGGATATGG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571060.3	42965	TAGGAGTTTTTCTATATCTTTGCCCAATAAAGTTATTTGGGTGGATATGG	43014

CU915754.3	251	TAGAAATTGATATGTTTGATTTTGACGTAACTTTTGTAATTGATTAGTTG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571060.3	43015	TAGAAATTGATATGTTTGATTTTGACGTAACTTTTGTAATTGATTAGTTG	43064

CU915754.3	301	CATGCTTGTTTTGCTTCCATAAATTATCGTACAAGAGTTTTTAAAATCAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571060.3	43065	CATGCTTGTTTTGCTTCCATAAATTATCGTACAAGAGTTTTTAAAATCAA	43114

CU915754.3	351	TTTTCCTAATGAACCCATCTTAGAGTGGAAGAGGGGTAACTCAATTCCTA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571060.3	43115	TTTTCCTAATGAACCCATCTTAGAGTGGAAGAGGGGTAACTCAATTCCTA	43164

CU915754.3	401	GAGATCGTATAGTTTCTTGTCTAAAATCTTGTAAAATTATCTCTAAAGGT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571060.3	43165	GAGATCGTATAGTTTCTTGTCTAAAATCTTGTAAAATTATCTCTAAAGGT	43214

CU915754.3	451	GTCTTTACCATAGAGTAAGAGTCAAAAATCTTGAGTCTGAAATCCTCCTA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571060.3	43215	GTCTTTACCATAGAGTAAGAGTCAAAAATCTTGAGTCTGAAATCCTCCTA	43264

CU915754.3	501	TTGAGTCGGTGTCCGTAGTAAGGGATGTTTCGGAAGTCTTTCTGTAATAC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571060.3	43265	TTGAGTCGGTGTCCGTAGTAAGGGATGTTTCGGAAGTCTTTCTGTAATAC	43314

CU915754.3	551	TATCCCATAATTCCTCTCGAATGGGAAATGGATTTTTGTATTTACTTATT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571060.3	43315	TATCCCATAATTCCTCTCGAATGGGAAATGGATTTTTGTATTTACTTATT	43364

CU915754.3	601	ACCAGATACGAATCCCATTTCAATCCCTCCTTACCGGATGGCTCCGGAGG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571060.3	43365	ACCAGATACGAATCCCATTTCAATCCCTCCTTACCGGATGGCTCCGGAGG	43414

CU915754.3	651	AATTGAAAGAGTTAAATCTCCAACTCAAAGACTTGTTAGATAAGGGTTTC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571060.3	43415	AATTGAAAGAGTTAAATCTCCAACTCAAAGACTTGTTAGATAAGGGTTTC	43464

CU915754.3	701	AATCAACCTAGTATTTCACCATGTGGAGCTCCGATATTGTTTGTTAAGTA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571060.3	43465	AATCAACCTAGTATTTCACCATGTGGAGCTCCGATATTGTTTGTTAAGTA	43514

CU915754.3	751	GAAGGATGCGTCCTTTAGTTTGTGTTTTGATTATCGCCAACTCAATAAAG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571060.3	43515	GAAGGATGCGTCCTTTAGTTTGTGTTTTGATTATCGCCAACTCAATAAAG	43564

CU915754.3	801	TCACCATTAGGAACAAGTATCCTCTCATATGATTGACTACTTGTTTGATC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571060.3	43565	TCACCATTAGGAACAAGTATCCTCTCATATGATTGACTACTTGTTTGATC	43614

CU915754.3	851	AACTCTAATAGGCAAGATACTTTTTGAAGATTGACTTGAGATACGGGTAT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571060.3	43615	AACTCTAATAGGCAAGATACTTTTTGAAGATTGACTTGAGATACGGGTAT	43664

CU915754.3	901	CACCAACTTAGGGTGAGAGGTGAGGATGTACCAAAATGATATTTCAAACT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571060.3	43665	CACCAACTTAGGGTGAGAGGTGAGGATGTACCAAAATGATATTTCAAACT	43714

CU915754.3	951	AGATATGGGCACTATGAGTTCTTAGTGATATTGTGTGGTCTCATGAATGT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571060.3	43715	AGATATGGGCACTATGAGTTCTTAGTGATATTGTGTGGTCTCATGAATGT	43764

CU915754.3	1001	CCCTGTGACTTTTATGAACCTAACGAATAGGGTGTTCCTAAACTACCTAG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571060.3	43765	CCCTGTGACTTTTATGAACCTAACGAATAGGGTGTTCCTAAACTACCTAG	43814

CU915754.3	1051	ACTTCTTTTTTACCGTCTTCCTTGAAAATATCTTGATGTATTAGAAAAAA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571060.3	43815	ACTTCTTTTTTACCGTCTTCCTTGAAAATATCTTGATGTATTAGAAAAAA	43864

CU915754.3	1101	TAAGGGTGATCATATGGGTCATTTGAGAGTGGTTTACAAGTCCTTAAGCA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571060.3	43865	TAAGGGTGATCATATGGGTCATTTGAGAGTGGTTTACAAGTCCTTAAGCA	43914

CU915754.3	1151	ACACAAACTATTTCCCAAGTATAGCAAGTGTCAGTTTAGGTTGAGATCGG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571060.3	43915	ACACAAACTATTTCCCAAGTATAGCAAGTGTCAGTTTAGGTTGAGATCGG	43964

CU915754.3	1201	TGGCATTTCTTTGTCATATCATCTCCAGTGAGGCTATTGAGGTTAATCCA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571060.3	43965	TGGCATTTCTTTGTCATATCATCTCCAGTGAGGCTATTGAGGTTAATCCA	44014

CU915754.3	1251	AAGGAAAATTGAGGTGGTTAAGAATTGTTCTAGAACATTGACTCTAACTA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571060.3	44015	AAGGAAAATTGAGGTGGTTAAGAATTGTTCTAGAACATTGACTCTAACTA	44064

CU915754.3	1301	ACATTAGAAGTTTCTTGGGTTTAGCAGGGTACTATAGGAGGTTTGATGGT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571060.3	44065	ACATTAGAAGTTTCTTGGGTTTAGCAGGGTACTATAGGAGGTTTGATGGT	44114

CU915754.3	1351	GTCTTATGATGTTGCATTCACTTATGTTTATGTGTTTGTTCTCTAGTTAT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571060.3	44115	GTCTTATGATGTTGCATTCACTTATGTTTATGTGTTTGTTCTCTAGTTAT	44164

CU915754.3	1401	AATGTATGATGATATGTACTCTTATATGATATGCTATGCAAAGTTGGATA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571060.3	44165	AATGTATGATGATATGTACTCTTATATGATATGCTATGCAAAGTTGGATA	44214

CU915754.3	1451	TTAGTCACGGTTCTATTGAGTTTACTTGACAGAGTGAGGTTATGGGGCTT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571060.3	44215	TTAGTCACGGTTCTATTGAGTTTACTTGACAGAGTGAGGTTATGGGGCTT	44264

CU915754.3	1501	TGCTTGGTTATTCCACTTGTTGACTTAATGATGGTTCATGGGTAATTGTC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571060.3	44265	TGCTTGGTTATTCCACTTGTTGACTTAATGATGGTTCATGGGTAATTGTC	44314

CU915754.3	1551	TTGCTTTGGTTATGTTGTAATGAACTCTTATCTATGCTTGTTGTTATTAT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571060.3	44315	TTGCTTTGGTTATGTTGTAATGAACTCTTATCTATGCTTGTTGTTATTAT	44364

CU915754.3	1601	AATTTGATGATAGAGTTGCTTTGACTATGTGTCCAGTTATGTATATGCAT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571060.3	44365	AATTTGATGATAGAGTTGCTTTGACTATGTGTCCAGTTATGTATATGCAT	44414

CU915754.3	1651	GTTGACTTAACTAGACTTAGTATTGTTTGTATTGTTATGAACATGGTTTA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571060.3	44415	GTTGACTTAACTAGACTTAGTATTGTTTGTATTGTTATGAACATGGTTTA	44464

CU915754.3	1701	GACTTAATAAATATGTCTTATTGATTATTATGATCTTCTTGAATGTGCAT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571060.3	44465	GACTTAATAAATATGTCTTATTGATTATTATGATCTTCTTGAATGTGCAT	44514

CU915754.3	1751	AAGGCTTTATAAAGGTAAAATAACATGTTTTAACGAAAGGTCCCTTTTTA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571060.3	44515	AAGGCTTTATAAAGGTAAAATAACATGTTTTAACGAAAGGTCCCTTTTTA	44564

CU915754.3	1801	GCATGAATTGATAATATGTTTGCATATGGTCTCATATTTACTACAAGTAG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571060.3	44565	GCATGAATTGATAATATGTTTGCATATGGTCTCATATTTACTACAAGTAG	44614

CU915754.3	1851	TGTACCTAACCTCATTTTCTCCCATTCCCCCAACATTTTAGGTTCTGCTC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571060.3	44615	TGTACCTAACCTCATTTTCTCCCATTCCCCCAACATTTTAGGTTCTGCTC	44664

CU915754.3	1901	GTTGAAGGGCTTTTAGACGACTTTGAAGAAGACTTGGAACTCTCAATTAT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571060.3	44665	GTTGAAGGGCTTTTAGACGACTTTGAAGAAGACTTGGAACTCTCAATTAT	44714

CU915754.3	1951	CCAAGTTGAGTAGGTCCTCAGTTTCTGAGGGCAATTCCACAATCAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU571060.3	44715	CCAAGTTGAGTAGGTCCTCAGTTTCTGAGGGCAATTCCACAATCAAGCTT	44764

Overview

Query
CU915754.3 - 97844 bps
Hit
CU571060.3 - 44764 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001919200012000142765447641
Short-link