<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU424478.6	1	GAATTCAGCTGACTGACTTAAGGACACTATGGACCTATATTCCAAATACA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU570803.6	90370	GAATTCAGCTGACTGACTTAAGGACACTATGGACCTATATTCCAAATACA	90419

CU424478.6	51	TCATTAATTCATGCATGGAATATGGATACAATTGACACTTAAAAGGGCCT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU570803.6	90420	TCATTAATTCATGCATGGAATATGGATACAATTGACACTTAAAAGGGCCT	90469

CU424478.6	101	GGGTTTTAGTTTCTCATGAAGCATGAGTCTGGCAGTTGAGGCGTCATGAG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU570803.6	90470	GGGTTTTAGTTTCTCATGAAGCATGAGTCTGGCAGTTGAGGCGTCATGAG	90519

CU424478.6	151	TGGAAACAACAAACCAGGCACTTGTGACTTCATGTCCTATCATTCACAGA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU570803.6	90520	TGGAAACAACAAACCAGGCACTTGTGACTTCATGTCCTATCATTCACAGA	90569

CU424478.6	201	TTCATTCACCACAGTACAACAGAAGTCCTGTTTATTTATAGGGTTGCTGT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU570803.6	90570	TTCATTCACCACAGTACAACAGAAGTCCTGTTTATTTATAGGGTTGCTGT	90619

CU424478.6	251	GAATGTTTAATAAGATATACATATAGCATTTTGTTTTCTTGAATGTGAGA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU570803.6	90620	GAATGTTTAATAAGATATACATATAGCATTTTGTTTTCTTGAATGTGAGA	90669

CU424478.6	301	CAAGGCCTCACTATTTAGCCCTATCTGGGCTGGAGTTTTCCATATAGAAC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU570803.6	90670	CAAGGCCTCACTATTTAGCCCTATCTGGGCTGGAGTTTTCCATATAGAAC	90719

CU424478.6	351	AGGTTGGCCTCAAAATCACAGAGATTGAATGATTCTTTCTCCCAGGTGCT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU570803.6	90720	AGGTTGGCCTCAAAATCACAGAGATTGAATGATTCTTTCTCCCAGGTGCT	90769

CU424478.6	401	GGGATTAAATGTCTGAATCACCATTTGACACTTCAAATAATGTTTTTAAT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU570803.6	90770	GGGATTAAATGTCTGAATCACCATTTGACACTTCAAATAATGTTTTTAAT	90819

CU424478.6	451	CATAATATGGCAAATGAATAGGAAGTTGCATTCAATATCAAACATTACAT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU570803.6	90820	CATAATATGGCAAATGAATAGGAAGTTGCATTCAATATCAAACATTACAT	90869

CU424478.6	501	GTGGGGCAACACTCCAGGCTTTGCTTCCCATATTAATATGATCAAACGAC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU570803.6	90870	GTGGGGCAACACTCCAGGCTTTGCTTCCCATATTAATATGATCAAACGAC	90919

CU424478.6	551	TGATAATTTAAGCTTATGTTTTCATGTGGTCATCAGAATTGTATCACCTC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU570803.6	90920	TGATAATTTAAGCTTATGTTTTCATGTGGTCATCAGAATTGTATCACCTC	90969

CU424478.6	601	CTTCTTAGGTTTAGAGTAACTGTAATCTGGAATACTGAAAGAACCTGATA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU570803.6	90970	CTTCTTAGGTTTAGAGTAACTGTAATCTGGAATACTGAAAGAACCTGATA	91019

CU424478.6	651	GATTTTAAGAGAAGGTTGTTTTTTTATGTTGACATTTTTTGAGCATTTTA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU570803.6	91020	GATTTTAAGAGAAGGTTGTTTTTTTATGTTGACATTTTTTGAGCATTTTA	91069

CU424478.6	701	GCTTCCAGAAGCTTTTCTAAGACACAAATAGGCTAGATTTTCTAAGAGTG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU570803.6	91070	GCTTCCAGAAGCTTTTCTAAGACACAAATAGGCTAGATTTTCTAAGAGTG	91119

CU424478.6	751	CACGTGTTTGGAAGGACAAGATAGGGAGGGTACATGAGCAAAAGTGAGAA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU570803.6	91120	CACGTGTTTGGAAGGACAAGATAGGGAGGGTACATGAGCAAAAGTGAGAA	91169

CU424478.6	801	ACTGACACATCTACAGCTTTGAGCTATTGCTGCTCTAGAAAACCCACATT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU570803.6	91170	ACTGACACATCTACAGCTTTGAGCTATTGCTGCTCTAGAAAACCCACATT	91219

CU424478.6	851	CCTCCCTCATCTGAGAGGTTTATGTCACCTTGCACACGGAAATATTAATG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU570803.6	91220	CCTCCCTCATCTGAGAGGTTTATGTCACCTTGCACACGGAAATATTAATG	91269

CU424478.6	901	GTGCTGAGACATTCTTGCATCCTTATCTCTGCTAAGAGGGTGTCATCTTT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU570803.6	91270	GTGCTGAGACATTCTTGCATCCTTATCTCTGCTAAGAGGGTGTCATCTTT	91319

CU424478.6	951	ACCACAGAGGCTAACCACCTGCTCAGGGAACACTTCTTTGTGATTTCTGC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU570803.6	91320	ACCACAGAGGCTAACCACCTGCTCAGGGAACACTTCTTTGTGATTTCTGC	91369

CU424478.6	1001	ATATTGTTTGCCTCCTCTAACATCATGCAAAGTCTGTGAGCAAGTGTGTC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU570803.6	91370	ATATTGTTTGCCTCCTCTAACATCATGCAAAGTCTGTGAGCAAGTGTGTC	91419

CU424478.6	1051	TCTAGTTGCATATGTATCAGAGGATGGCCTAGTCGGCCATCAATGGGAGG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU570803.6	91420	TCTAGTTGCATATGTATCAGAGGATGGCCTAGTCGGCCATCAATGGGAGG	91469

CU424478.6	1101	AGAGGCCCTTAGTATTGAGAAGATTATATGCCCTAGTACAGAATATGTCA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU570803.6	91470	AGAGGCCCTTAGTATTGAGAAGATTATATGCCCTAGTACAGAATATGTCA	91519

CU424478.6	1151	GGGCCAGGAAGGGAGCAGGAGTGGGTGGGTTTGGTAGCAGTGTCATGGGA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU570803.6	91520	GGGCCAGGAAGGGAGCAGGAGTGGGTGGGTTTGGTAGCAGTGTCATGGGA	91569

CU424478.6	1201	GGGCATAGGGGGCTTTGTGGATAGCATGTGAAATGTAGATGAAGGACATC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU570803.6	91570	GGGCATAGGGGGCTTTGTGGATAGCATGTGAAATGTAGATGAAGGACATC	91619

CU424478.6	1251	TGGGTTATTTCCATCTTCTGGCTATTATAAATAAGGCTGCTATGAAAATA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU570803.6	91620	TGGGTTATTTCCATCTTCTGGCTATTATAAATAAGGCTGCTATGAAAATA	91669

CU424478.6	1301	CTAGAGCATGTGCCCTTATTACCAGTTGGAACTTCTTCTGGGTATATGCC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU570803.6	91670	CTAGAGCATGTGCCCTTATTACCAGTTGGAACTTCTTCTGGGTATATGCC	91719

CU424478.6	1351	CAAGAGAGGTATTGCTGGATCCTCTGGTAGTATTATGTCCAATTTTCTGA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU570803.6	91720	CAAGAGAGGTATTGCTGGATCCTCTGGTAGTATTATGTCCAATTTTCTGA	91769

CU424478.6	1401	AGAACTGTCAGACTGATTTTCAGAGTGGTTATACAAGCTTGTAATAGCAC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU570803.6	91770	AGAACTGTCAGACTGATTTTCAGAGTGGTTATACAAGCTTGTAATAGCAC	91819

CU424478.6	1451	CAGCAATGGAGGATTGTTCCTGTTTCTCCACATCCTCACCAGCATCTGTT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU570803.6	91820	CAGCAATGGAGGATTGTTCCTGTTTCTCCACATCCTCACCAGCATCTGTT	91869

CU424478.6	1501	GTCACTTGAATTTTTAATTCTAGCCATTCTGACTGGTGTGAGGTAGAATC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU570803.6	91870	GTCACTTGAATTTTTAATTCTAGCCATTCTGACTGGTGTGAGGTAGAATC	91919

CU424478.6	1551	TCAAGGTTGTTTTGAAGAGCATTTCCTTGATGATTAATGATGTAGAAAAA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU570803.6	91920	TCAAGGTTGTTTTGAAGAGCATTTCCTTGATGATTAATGATGTAGAAAAA	91969

CU424478.6	1601	TTATTCAGGTGCTTCTCAGCCCTTTGATATTCCTCATTTGAGAATTCTTT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU570803.6	91970	TTATTCAGGTGCTTCTCAGCCCTTTGATATTCCTCATTTGAGAATTCTTT	92019

CU424478.6	1651	GTTTAGCTCTGTACCCCATTTTTAATGGGGTTATTTGAATTTCTTGACTC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU570803.6	92020	GTTTAGCTCTGTACCCCATTTTTAATGGGGTTATTTGAATTTCTTGACTC	92069

CU424478.6	1701	CAGCGTCTTGAGCTCTTTGTATATATTGATTATTAGTCCCCTACCAGATT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU570803.6	92070	CAGCGTCTTGAGCTCTTTGTATATATTGATTATTAGTCCCCTACCAGATT	92119

CU424478.6	1751	TAGGATTGGTTAAAATCCTTTCCCCATCTGTTGGTGGACTTTTTGTCTTA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU570803.6	92120	TAGGATTGGTTAAAATCCTTTCCCCATCTGTTGGTGGACTTTTTGTCTTA	92169

CU424478.6	1801	TTGACAGTATCTTTTGCCTTACAGAACCTTTGCAATTCCATGAGGTCCCA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU570803.6	92170	TTGACAGTATCTTTTGCCTTACAGAACCTTTGCAATTCCATGAGGTCCCA	92219

CU424478.6	1851	TTTGTTGGTTCATGAACTTACAGCACAAGCCATTGCTGTTATGTTTAGTA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU570803.6	92220	TTTGTTGGTTCATGAACTTACAGCACAAGCCATTGCTGTTATGTTTAGTA	92269

CU424478.6	1901	ATTTTTCCCCAGTGCCAATATCTTTGAGGCTTTTCCCCACTTTCTCCTCT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU570803.6	92270	ATTTTTCCCCAGTGCCAATATCTTTGAGGCTTTTCCCCACTTTCTCCTCT	92319

CU424478.6	1951	ATAAATTTCAGTGTCTCTGGTGTTATGTGGAGTTCTTTGATCCACTTAGA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU570803.6	92320	ATAAATTTCAGTGTCTCTGGTGTTATGTGGAGTTCTTTGATCCACTTAGA	92369

Overview

Query
CU424478.6 - 177369 bps
Hit
CU570803.6 - 92369 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link