<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CU457754.5	139577	AAGCTTTCCAGTAGCCAGGCGGGTTCCTTCCCCTCTCCCTTATCCTATTA	139528
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU469490.7	124915	AAGCTTTCCAGTAGCCAGGCGGGTTCCTTCCCCTCTCCCTTATCCTATTA	124964

C  CU457754.5	139527	TACGAAAATTGTACTCGAAGGCCCCAGGTCGAAATCTCCCTTTCTCTCTT	139478
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU469490.7	124965	TACGAAAATTGTACTCGAAGGCCCCAGGTCGAAATCTCCCTTTCTCTCTT	125014

C  CU457754.5	139477	GTCCTTCCTCTAAAATGGGATGTCTCCCTTCGATTTTCTGTTGATGATCG	139428
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU469490.7	125015	GTCCTTCCTCTAAAATGGGATGTCTCCCTTCGATTTTCTGTTGATGATCG	125064

C  CU457754.5	139427	TACAAGGATAGAGTTGGAAGCTTATGCTGAAGAGGGATTTGAATTTCGAA	139378
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU469490.7	125065	TACAAGGATAGAGTTGGAAGCTTATGCTGAAGAGGGATTTGAATTTCGAA	125114

C  CU457754.5	139377	ATCAAATCCCATCCATTTTCCGCCCAAAAATTTTCTTCCCATTTTTCTCT	139328
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU469490.7	125115	ATCAAATCCCATCCATTTTCCGCCCAAAAATTTTCTTCCCATTTTTCTCT	125164

C  CU457754.5	139327	CCTATAAATATCAGTGAGAGAAAAGGGAAAAAACTTCTTTAGCTTGAAAA	139278
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU469490.7	125165	CCTATAAATATCAGTGAGAGAAAAGGGAAAAAACTTCTTTAGCTTGAAAA	125214

C  CU457754.5	139277	AATATTACAAAAAGTAGAAAGATTTTGAGTCCATTTTTGTTAGCAAGAAC	139228
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU469490.7	125215	AATATTACAAAAAGTAGAAAGATTTTGAGTCCATTTTTGTTAGCAAGAAC	125264

C  CU457754.5	139227	TTACAAGAAAAGGAATTACTAGGTTATAATATTCATATAACAAACATGCG	139178
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU469490.7	125265	TTACAAGAAAAGGAATTACTAGGTTATAATATTCATATAACAAACATGCG	125314

C  CU457754.5	139177	ATAATTTATTTTTTTTTGTTATTTGTTGCAAAATTTGTTGGATTTCTGAA	139128
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU469490.7	125315	ATAATTTATTTTTTTTTGTTATTTGTTGCAAAATTTGTTGGATTTCTGAA	125364

C  CU457754.5	139127	TCTTAAAGGAAGATATTGAAGTCTATCCAAGCTCATTCCTATCTCTGGTT	139078
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU469490.7	125365	TCTTAAAGGAAGATATTGAAGTCTATCCAAGCTCATTCCTATCTCTGGTT	125414

C  CU457754.5	139077	CTCTATACGAAGAAGGTACAACTCGTTTCTCGATAACATACTCTCCTTTT	139028
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU469490.7	125415	CTCTATACGAAGAAGGTACAACTCGTTTCTCGATAACATACTCTCCTTTT	125464

C  CU457754.5	139027	CTCCTCCGTTTTCTCTGTGAAATAGCACTTTGTTGCTGGAAATTTTCTGC	138978
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU469490.7	125465	CTCCTCCGTTTTCTCTGTGAAATAGCACTTTGTTGCTGGAAATTTTCTGC	125514

C  CU457754.5	138977	TGTTTGTTCATCTATTTAATGTTAATTCAATGGAGATATTGGTATGACTT	138928
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU469490.7	125515	TGTTTGTTCATCTATTTAATGTTAATTCAATGGAGATATTGGTATGACTT	125564

C  CU457754.5	138927	ATATGTTGTTGATTCATTTAAGTAGATATGGTATCCGGTTAGAGTTGAAG	138878
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU469490.7	125565	ATATGTTGTTGATTCATTTAAGTAGATATGGTATCCGGTTAGAGTTGAAG	125614

C  CU457754.5	138877	AAGGCTATGTGGTATTATCTAAAGCGATATTTCGTTGTTCTTCCTTCTTG	138828
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU469490.7	125615	AAGGCTATGTGGTATTATCTAAAGCGATATTTCGTTGTTCTTCCTTCTTG	125664

C  CU457754.5	138827	AGCCTTTTTTTCTTATAGTCTAATCTACATCGGTGTTCAACATTCGGCGT	138778
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU469490.7	125665	AGCCTTTTTTTCTTATAGTCTAATCTACATCGGTGTTCAACATTCGGCGT	125714

C  CU457754.5	138777	CTTATCATTCATTCTCTCACCTCAAGTTGAACGAATTGATTAAGATATTC	138728
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU469490.7	125715	CTTATCATTCATTCTCTCACCTCAAGTTGAACGAATTGATTAAGATATTC	125764

C  CU457754.5	138727	AAATTTGAAGTTTATTTGTGAGGTTGATGATTGTTTGAAGTTCATGTGTT	138678
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU469490.7	125765	AAATTTGAAGTTTATTTGTGAGGTTGATGATTGTTTGAAGTTCATGTGTT	125814

C  CU457754.5	138677	GCGTTCTTGACTCGTCTAATGATTTTGTTGTTCCAAGATGATATCAAATC	138628
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU469490.7	125815	GCGTTCTTGACTCGTCTAATGATTTTGTTGTTCCAAGATGATATCAAATC	125864

C  CU457754.5	138627	CGATTTCTAGCGGAAGTATATCATTGATACAGGGAGAGATTATTGTTAGG	138578
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU469490.7	125865	CGATTTCTAGCGGAAGTATATCATTGATACAGGGAGAGATTATTGTTAGG	125914

C  CU457754.5	138577	TCTTATATCAAAAAGGTTACGGCATTCGAAGGTCGATTTTACATTATTTT	138528
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU469490.7	125915	TCTTATATCAAAAAGGTTACGGCATTCGAAGGTCGATTTTACATTATTTT	125964

C  CU457754.5	138527	GGTCTTGAATATATACCCATTTGTTCGAAAATTTGTGTTAAATCTCATGG	138478
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU469490.7	125965	GGTCTTGAATATATACCCATTTGTTCGAAAATTTGTGTTAAATCTCATGG	126014

C  CU457754.5	138477	TATACCCTCGTTGCCTTAGTATGTTTTCTTTATTACCTATAGTCTAAAGA	138428
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU469490.7	126015	TATACCCTCGTTGCCTTAGTATGTTTTCTTTATTACCTATAGTCTAAAGA	126064

C  CU457754.5	138427	AAGTGCTAAAAAAATAATAAAAGGGACAGTGGCATGCTGGTGTTTGTATG	138378
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU469490.7	126065	AAGTGCTAAAAAAATAATAAAAGGGACAGTGGCATGCTGGTGTTTGTATG	126114

C  CU457754.5	138377	CTTACTGCCATGCCCATATGGTTGCCTAATGACATTGATTTTTTTTTCTT	138328
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU469490.7	126115	CTTACTGCCATGCCCATATGGTTGCCTAATGACATTGATTTTTTTTTCTT	126164

C  CU457754.5	138327	GAACAGGTCTGCGTTTTTTATTTGTTCTTGTTTCTTTTCAAAGAACATTA	138278
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU469490.7	126165	GAACAGGTCTGCGTTTTTTATTTGTTCTTGTTTCTTTTCAAAGAACATTA	126214

C  CU457754.5	138277	GTCGTGTTTCGGTTAGCTTTCAAGTTTGACTTTTCTTGGTTGTTATTCAA	138228
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU469490.7	126215	GTCGTGTTTCGGTTAGCTTTCAAGTTTGACTTTTCTTGGTTGTTATTCAA	126264

C  CU457754.5	138227	GCTCTTGATTTCAGGATGAAGTTTTCTTGCTGGATGCTCGTTTCTTTATT	138178
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU469490.7	126265	GCTCTTGATTTCAGGATGAAGTTTTCTTGCTGGATGCTCGTTTCTTTATT	126314

C  CU457754.5	138177	TGTGTGTGGATAACATATCCCATTTGAGCATGTTTATTTGTTCTCAAAGT	138128
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU469490.7	126315	TGTGTGTGGATAACATATCCCATTTGAGCATGTTTATTTGTTCTCAAAGT	126364

C  CU457754.5	138127	TGATTTCTATCAACCTTGTTGTTCCGTATAATATGAAGGAGTTTTGATTA	138078
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU469490.7	126365	TGATTTCTATCAACCTTGTTGTTCCGTATAATATGAAGGAGTTTTGATTA	126414

C  CU457754.5	138077	TTCTTTCTTCACAGGTAGCATTTGTTTAGGTGTTCTCTTCGTTATTAGAG	138028
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU469490.7	126415	TTCTTTCTTCACAGGTAGCATTTGTTTAGGTGTTCTCTTCGTTATTAGAG	126464

C  CU457754.5	138027	ACAATGTATTTTGAGATTTCTTGTAAATTTTAAAGCAGTAGCATAAGTAT	137978
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU469490.7	126465	ACAATGTATTTTGAGATTTCTTGTAAATTTTAAAGCAGTAGCATAAGTAT	126514

C  CU457754.5	137977	TCGTTATTGTGTCATTGTCATTACTTAGGCTTTGACATTCCATAGTACAT	137928
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU469490.7	126515	TCGTTATTGTGTCATTGTCATTACTTAGGCTTTGACATTCCATAGTACAT	126564

C  CU457754.5	137927	ATGGTCGCATGATTTGGCTTAATCAAATTATTTTTGTTTATTAGTATGGG	137878
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU469490.7	126565	ATGGTCGCATGATTTGGCTTAATCAAATTATTTTTGTTTATTAGTATGGG	126614

C  CU457754.5	137877	GGCTGCTCTAGTCTTTGTTTTAATTTTAGAAGTATCTTTGCTTTATTATT	137828
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU469490.7	126615	GGCTGCTCTAGTCTTTGTTTTAATTTTAGAAGTATCTTTGCTTTATTATT	126664

C  CU457754.5	137827	TTCGGGATGCGAATTCCTTATCGCTTGCATTCCTCCGAGTCAAACTTTTT	137778
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU469490.7	126665	TTCGGGATGCGAATTCCTTATCGCTTGCATTCCTCCGAGTCAAACTTTTT	126714

C  CU457754.5	137777	TGGTCGTCCTCATTCTTTTCAAGTGAAAGAGGAGAAATTGCAGGGGCAAG	137728
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU469490.7	126715	TGGTCGTCCTCATTCTTTTCAAGTGAAAGAGGAGAAATTGCAGGGGCAAG	126764

C  CU457754.5	137727	GACTGATTTACGTGTCTTGGAATAGTCCAAAAAGGACTCTATTCATGTGA	137678
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU469490.7	126765	GACTGATTTACGTGTCTTGGAATAGTCCAAAAAGGACTCTATTCATGTGA	126814

C  CU457754.5	137677	ATGTACACTATGATACATTGATATACTGACTGTATACGCCGATATACAGT	137628
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU469490.7	126815	ATGTACACTATGATACATTGATATACTGACTGTATACGCCGATATACAGT	126864

C  CU457754.5	137627	CAGGATATACAGCATACAGGTTTTAAATCACGGAAAATACAGGTAGAAGT	137578
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU469490.7	126865	CAGGATATACAGCATACAGGTTTTAAATCACGGAAAATACAGGTAGAAGT	126914

Overview

Query
CU457754.5 - 139577 bps
Hit
CU469490.7 - 126914 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110019072000137578139577-11249151269141
285.272254576219362649-132773332271
384.612184577101471470-132773332271
485.6260911756988171055135204363851
587.324898576138162237135545363881
686.88203836376783371469137649412621
787.61774129711297-138028393261
890.864005906205962648140672412621
981.63154405125539125943-188921893231
1080.6286234124729124962-189920901461
1181.748832275131176133450-191549938321
1280.062317249040591128-191577923081
1377.922148429203092871-191578924241
1481.595941518135256136773-196462979761
1582.1613603354131176134529-11010411043821
1677.43612874986550151-11017221020091
1780.534710329040591436-11018441028841
1878.5430210894863549723-11021481032511
1974.88553904795548344-11035291039181
2088.0310401781137797139577-11076741094531
Short-link