<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT797454.6	171261	TGCATGCACTATTAAGATTCATGTCAAAGAAAATTACAAATTTCTACATG	171310
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468849.16	1	TGCATGCACTATTAAGATTCATGTCAAAGAAAATTACAAATTTCTACATG	50

CT797454.6	171311	TCCAGGACCATTAGAAGATTTTTTTTCAGTTTAAAAAACCTCCAAAATTT	171360
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468849.16	51	TCCAGGACCATTAGAAGATTTTTTTTCAGTTTAAAAAACCTCCAAAATTT	100

CT797454.6	171361	AATTTTCCGAATGCCAATTACCATAGTAATTAACTAGTGAGAATAAATTA	171410
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468849.16	101	AATTTTCCGAATGCCAATTACCATAGTAATTAACTAGTGAGAATAAATTA	150

CT797454.6	171411	AGTCCATTCATAAATTTCGAAGCTAACTTATCTTTGCAAACTTAAAAAAA	171460
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468849.16	151	AGTCCATTCATAAATTTCGAAGCTAACTTATCTTTGCAAACTTAAAAAAA	200

CT797454.6	171461	TAGAAACACATTCTTCTGGAGAGAAAGCAAAGTAACGAGTTCTCGGAGAC	171510
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468849.16	201	TAGAAACACATTCTTCTGGAGAGAAAGCAAAGTAACGAGTTCTCGGAGAC	250

CT797454.6	171511	ACCGTGACTTTGTGTTTTCCCCTGTGACTTGAAAATCTCCCTATTTCCTC	171560
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468849.16	251	ACCGTGACTTTGTGTTTTCCCCTGTGACTTGAAAATCTCCCTATTTCCTC	300

CT797454.6	171561	GAACCTCTCCTCTCTGGAGGAGACAATCATTCCTAACGCTTTTCCAGCTG	171610
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468849.16	301	GAACCTCTCCTCTCTGGAGGAGACAATCATTCCTAACGCTTTTCCAGCTG	350

CT797454.6	171611	GATCATCGCCCTGTGACAGATGGGGAAGCCAGGCTCAGAGGCACAAGCCC	171660
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468849.16	351	GATCATCGCCCTGTGACAGATGGGGAAGCCAGGCTCAGAGGCACAAGCCC	400

CT797454.6	171661	AACATCGGACATGACAAATGAGTGACGTGGTCCTGGTTTAACTTGAGGCT	171710
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468849.16	401	AACATCGGACATGACAAATGAGTGACGTGGTCCTGGTTTAACTTGAGGCT	450

CT797454.6	171711	TAATCTGGAGCCCCTTCCTCACCCAGCCAGCTTCGCAGCCCTACTGTGAG	171760
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468849.16	451	TAATCTGGAGCCCCTTCCTCACCCAGCCAGCTTCGCAGCCCTACTGTGAG	500

CT797454.6	171761	GCTCAAACACGCTAGGACAGCTCTTTGGAAAAGGTAAAGTGGGGTGAGTA	171810
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468849.16	501	GCTCAAACACGCTAGGACAGCTCTTTGGAAAAGGTAAAGTGGGGTGAGTA	550

CT797454.6	171811	TAAAATTCAGGCGGGAGGTGATAGGACAAGTGATGGAGTTTGTCTTCCTG	171860
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468849.16	551	TAAAATTCAGGCGGGAGGTGATAGGACAAGTGATGGAGTTTGTCTTCCTG	600

CT797454.6	171861	CCAGGTGTCTCCACGTCCTGTTCCCCACAGCTCCCCGCTCCCCCACCAGA	171910
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468849.16	601	CCAGGTGTCTCCACGTCCTGTTCCCCACAGCTCCCCGCTCCCCCACCAGA	650

CT797454.6	171911	GACCCTCCAGTCCACTCACACGTCTCCCTCTTTCCTTAGGGGTGAAACCA	171960
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468849.16	651	GACCCTCCAGTCCACTCACACGTCTCCCTCTTTCCTTAGGGGTGAAACCA	700

CT797454.6	171961	GGGCTGCCGGGCCGTCTCATCACCTGCTCTCAGGTGTACCCTTCATCCAC	172010
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468849.16	701	GGGCTGCCGGGCCGTCTCATCACCTGCTCTCAGGTGTACCCTTCATCCAC	750

CT797454.6	172011	AGAGCAGACGTCCAAAGACAATCAGAGCCTGAGGTGCTGACTGGGGCGAG	172060
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468849.16	751	AGAGCAGACGTCCAAAGACAATCAGAGCCTGAGGTGCTGACTGGGGCGAG	800

CT797454.6	172061	AACTGAGGTCCCACCAGATGGCGTGGAGGCAGCGTGGTCCCCCGAGGCTT	172110
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468849.16	801	AACTGAGGTCCCACCAGATGGCGTGGAGGCAGCGTGGTCCCCCGAGGCTT	850

CT797454.6	172111	TGGGGGAAGGAGGATTTAAGCCACTTTCGGCAACTGGAGGGAGAGTCACG	172160
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468849.16	851	TGGGGGAAGGAGGATTTAAGCCACTTTCGGCAACTGGAGGGAGAGTCACG	900

CT797454.6	172161	TTCCTGAGGATGAGATTCCAATCAGGAGCACACGCTCACCTCCTAGAACT	172210
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468849.16	901	TTCCTGAGGATGAGATTCCAATCAGGAGCACACGCTCACCTCCTAGAACT	950

CT797454.6	172211	GTGATCCCCTGAAAAGTGAAACTCAGATGCCAAGTGAACTTTGACTGGGT	172260
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468849.16	951	GTGATCCCCTGAAAAGTGAAACTCAGATGCCAAGTGAACTTTGACTGGGT	1000

CT797454.6	172261	TTGGTTATGAGTTCTTTGGACCCACGGACAAAAGCAGGACATTTAACACT	172310
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468849.16	1001	TTGGTTATGAGTTCTTTGGACCCACGGACAAAAGCAGGACATTTAACACT	1050

CT797454.6	172311	CCTCATTCTTCCCCAGGAAACCAGGCCCCATCTGACCCCTGGAGGCCACC	172360
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468849.16	1051	CCTCATTCTTCCCCAGGAAACCAGGCCCCATCTGACCCCTGGAGGCCACC	1100

CT797454.6	172361	TCCCCTGGTCCTCACAGGCTCTGGCTGCCTGCCCTCTGTCTTGACCATTC	172410
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468849.16	1101	TCCCCTGGTCCTCACAGGCTCTGGCTGCCTGCCCTCTGTCTTGACCATTC	1150

CT797454.6	172411	TTCCCTCTACTCCCTACCTGCCAAGGATCAAATGCCAGGTTTCCACCAGA	172460
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468849.16	1151	TTCCCTCTACTCCCTACCTGCCAAGGATCAAATGCCAGGTTTCCACCAGA	1200

CT797454.6	172461	ACACAATGCACTGCAGGGTACAGAATTGGAAGCAAGACTAATCATCAAAT	172510
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468849.16	1201	ACACAATGCACTGCAGGGTACAGAATTGGAAGCAAGACTAATCATCAAAT	1250

CT797454.6	172511	ATATCCCCCGCCCCCGCTTTTTACTCATGTGAAAACAGTGGCCCAGAGGA	172560
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468849.16	1251	ATATCCCCCGCCCCCGCTTTTTACTCATGTGAAAACAGTGGCCCAGAGGA	1300

CT797454.6	172561	AGGAATTATCTTCTCCAGCATCAGGACGCTGGGCCAAGGTCCCTTCCGTG	172610
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468849.16	1301	AGGAATTATCTTCTCCAGCATCAGGACGCTGGGCCAAGGTCCCTTCCGTG	1350

CT797454.6	172611	CTGGTTTTATTGCTCAACCTTGGTTCTTTATCTTCCTTTACTGGGTAATA	172660
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468849.16	1351	CTGGTTTTATTGCTCAACCTTGGTTCTTTATCTTCCTTTACTGGGTAATA	1400

CT797454.6	172661	AAAAACTTAATTATCCTCAGACATTAAACCAGAAAATTTAATAAGCTTCT	172710
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468849.16	1401	AAAAACTTAATTATCCTCAGACATTAAACCAGAAAATTTAATAAGCTTCT	1450

CT797454.6	172711	CAACAAAATGTTTAGGCACAAAAATTATAATGATGGAGGTTATAGGCATG	172760
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468849.16	1451	CAACAAAATGTTTAGGCACAAAAATTATAATGATGGAGGTTATAGGCATG	1500

CT797454.6	172761	TTTTGTGTGTGCATTGGTTTAGGTTAGATTTTCTCCTTCAAATTCCCCGT	172810
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468849.16	1501	TTTTGTGTGTGCATTGGTTTAGGTTAGATTTTCTCCTTCAAATTCCCCGT	1550

CT797454.6	172811	AGGTCAGTTTTTCTTGAATCAGAGTGCAAGTACCCCTGGGGTCTGCCGAT	172860
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468849.16	1551	AGGTCAGTTTTTCTTGAATCAGAGTGCAAGTACCCCTGGGGTCTGCCGAT	1600

CT797454.6	172861	TCAGCATAACTTCTTTTAAGATGCCTCCCAGATGCTATGTTGTTTTTTGC	172910
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468849.16	1601	TCAGCATAACTTCTTTTAAGATGCCTCCCAGATGCTATGTTGTTTTTTGC	1650

CT797454.6	172911	TTTTTTGTTTTTTTTTAACTTCAGGGAACCTTAAGTCAAGCAAGTCCATT	172960
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468849.16	1651	TTTTTTGTTTTTTTTTAACTTCAGGGAACCTTAAGTCAAGCAAGTCCATT	1700

CT797454.6	172961	GGCACTATTTTTTCCAAATGGCATTTGCTCACTTCATGGCTCTATGTCAC	173010
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468849.16	1701	GGCACTATTTTTTCCAAATGGCATTTGCTCACTTCATGGCTCTATGTCAC	1750

CT797454.6	173011	ATTTTGGGGAAAGAAGTTTCTTTACCCTGATTCTCTCTCTGCCCCACTTT	173060
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468849.16	1751	ATTTTGGGGAAAGAAGTTTCTTTACCCTGATTCTCTCTCTGCCCCACTTT	1800

CT797454.6	173061	ACCTCTGGTTCCTAGGACAGCAGGGGTGCCACAGACATCCCTCTTCCACA	173110
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468849.16	1801	ACCTCTGGTTCCTAGGACAGCAGGGGTGCCACAGACATCCCTCTTCCACA	1850

CT797454.6	173111	AAAGTGCCAAGGAGCAGCCGCAAAGGGAAAGCTACCCAAGGCAAGTGGCG	173160
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468849.16	1851	AAAGTGCCAAGGAGCAGCCGCAAAGGGAAAGCTACCCAAGGCAAGTGGCG	1900

CT797454.6	173161	GGCCCTGGAAGACTCAACTATTGGAATGAAAATTTGCTGCCTAAAATGAT	173210
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468849.16	1901	GGCCCTGGAAGACTCAACTATTGGAATGAAAATTTGCTGCCTAAAATGAT	1950

CT797454.6	173211	TAACCCCTTTTCTGTAAGACATCATAGTGCTTGATGTAAAAATTAGGATC	173260
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468849.16	1951	TAACCCCTTTTCTGTAAGACATCATAGTGCTTGATGTAAAAATTAGGATC	2000

Overview

Query
CT797454.6 - 173260 bps
Hit
CU468849.16 - 193434 bps
Total alignments
22
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100199420001712611732601120001
298.732202375864558881135463356991
396.513193745850758880-137720380921
496.77321372110900111271-137722380921
584.7235873781738909-153850545821
685.5758611318669887828153866549951
787.8461410475772858774-153943549951
888.146221047110121111167-153943549951
986.6620239375287920-154574549781
1089.292614675568556151154992554581
1189.94271467108076108542154992554581
1294.19210258169510169767-199057993141
1392.27223298131537131834-199058993551
1493.16202261115614115874-11120091122711
1595.37220259169510169768-11159351161931
1693.6519925310564910590111159361161871
1794.72244298131537131834-11159371162391
1885.14859508670087649-11380791390311
1986.72472871579075877711380791389591
2086.7148989311030011119211380791389811
2185.743787368173890811383141390491
2292.37200263131572131834-11924921927531
Short-link