<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 100 bps

Full alignment

CR853300.3	1	AAGCTTACACCCCAATACTTAAATTACCAAAAAGAAGACATTTATCTTCC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468516.1	80598	AAGCTTACACCCCAATACTTAAATTACCAAAAAGAAGACATTTATCTTCC	80647

CR853300.3	51	CATGCAATTGCATGAAGAACATTAAATATAAAATGGTATCAGGATAGCGA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468516.1	80648	CATGCAATTGCATGAAGAACATTAAATATAAAATGGTATCAGGATAGCGA	80697

CR853300.3	101	TTGTCTCAGGACCATTCCTGTTTGAACTCCATCAAAAAAGGTCACAAGAT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468516.1	80698	TTGTCTCAGGACCATTCCTGTTTGAACTCCATCAAAAAAGGTCACAAGAT	80747

CR853300.3	151	AATAAGAACTGACATGGATATAACACTTTAAAGCTCGCAAAGTACTGGGC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468516.1	80748	AATAAGAACTGACATGGATATAACACTTTAAAGCTCGCAAAGTACTGGGC	80797

CR853300.3	201	CAAGCTTGAGGGCAAGGGCAAAGAGGAAGAATTGATGGGCCACAATAAAG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468516.1	80798	CAAGCTTGAGGGCAAGGGCAAAGAGGAAGAATTGATGGGCCACAATAAAG	80847

CR853300.3	251	GGGACAATTGACAAGTTCTATTCTAACCTTTCTAAACTCTGAAGATTCTT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468516.1	80848	GGGACAATTGACAAGTTCTATTCTAACCTTTCTAAACTCTGAAGATTCTT	80897

CR853300.3	301	TGAGTCTTGCATTATTCCTTAGGAAGTAGGACCAATGTTTCCCATCCTCC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468516.1	80898	TGAGTCTTGCATTATTCCTTAGGAAGTAGGACCAATGTTTCCCATCCTCC	80947

CR853300.3	351	CAAAAGTGAAAGTTTTGTAGGAACTGTTTTTACCAGGTCATCTGTACCAC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468516.1	80948	CAAAAGTGAAAGTTTTGTAGGAACTGTTTTTACCAGGTCATCTGTACCAC	80997

CR853300.3	401	TATCTCCCGCCCCGCCCCCTCTTGCCCCATTGCCAGCCCACAAGTATACC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468516.1	80998	TATCTCCCGCCCCGCCCCCTCTTGCCCCATTGCCAGCCCACAAGTATACC	81047

CR853300.3	451	TAAGAAACCTCCCTTTGATGATAAAGAGTCCCAAGTCTATCATGAGAAAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468516.1	81048	TAAGAAACCTCCCTTTGATGATAAAGAGTCCCAAGTCTATCATGAGAAAA	81097

CR853300.3	501	GCCCTAGTGCCTGATTCTCATTATGTCTCCTTGTGCTTTCTATACATAAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468516.1	81098	GCCCTAGTGCCTGATTCTCATTATGTCTCCTTGTGCTTTCTATACATAAA	81147

CR853300.3	551	CAAGTCCACATGTCCATATGCCTACATGTGTGCAAGGATAGAGCATCTAC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468516.1	81148	CAAGTCCACATGTCCATATGCCTACATGTGTGCAAGGATAGAGCATCTAC	81197

CR853300.3	601	ACACCTACAGTTCCCCCCCACATACACACATATACCCTTGACCCATTTTT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468516.1	81198	ACACCTACAGTTCCCCCCCACATACACACATATACCCTTGACCCATTTTT	81247

CR853300.3	651	GCTTCCTTTTCCCCAACAATGCAGTTACAAGCTTTGGTATTTCAGACTTT	700
			|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468516.1	81248	GCTTCCTTTTTCCCAACAATGCAGTTACAAGCTTTGGTATTTCAGACTTT	81297

CR853300.3	701	TCCATGGTAGAATAAATAAAAGAAAAGTAGTGAGCCTTTGGATGTGTTAA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468516.1	81298	TCCATGGTAGAATAAATAAAAGAAAAGTAGTGAGCCTTTGGATGTGTTAA	81347

CR853300.3	751	TCAACTGCAGGCCTAAGAAATGGATATGATTTATAAGTAAGATAAATGCA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468516.1	81348	TCAACTGCAGGCCTAAGAAATGGATATGATTTATAAGTAAGATAAATGCA	81397

CR853300.3	801	TTTTTGCATATTCAATAATTGAATGGGAATGATTCCATCATTAGCACCCA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468516.1	81398	TTTTTGCATATTCAATAATTGAATGGGAATGATTCCATCATTAGCACCCA	81447

CR853300.3	851	TTTAAAAGAATGGATAAATAACTAGAAAGCTTCCTCCATAATCACCAGCA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468516.1	81448	TTTAAAAGAATGGATAAATAACTAGAAAGCTTCCTCCATAATCACCAGCA	81497

CR853300.3	901	GAGTTCTCTTCCCTGCGCCCTCCATCCCCAACTACATGTATAGTTTCATG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468516.1	81498	GAGTTCTCTTCCCTGCGCCCTCCATCCCCAACTACATGTATAGTTTCATG	81547

CR853300.3	951	GAAGATGCCTTTGCAGAGCCATAGTCCTCATTTATTTTTTTCAGGGCAAC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468516.1	81548	GAAGATGCCTTTGCAGAGCCATAGTCCTCATTTATTTTTTTCAGGGCAAC	81597

CR853300.3	1001	TCACAAAAGGTTTGTGTGTGCTTTGGCAGGGAGGGGAAGAGAGGCAGCAG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468516.1	81598	TCACAAAAGGTTTGTGTGTGCTTTGGCAGGGAGGGGAAGAGAGGCAGCAG	81647

CR853300.3	1051	GAAGGTTTCATCGCTATTTCTGGGTGTGTACCTATTCGTGTCCTGTGACC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468516.1	81648	GAAGGTTTCATCGCTATTTCTGGGTGTGTACCTATTCGTGTCCTGTGACC	81697

CR853300.3	1101	TGGGAGACATGCTTCAGTGATTTGTAAATGTACACCATGGACTATGGGAC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468516.1	81698	TGGGAGACATGCTTCAGTGATTTGTAAATGTACACCATGGACTATGGGAC	81747

CR853300.3	1151	AGGTTTCTCTGTACTGGAGCACAGTGAGCTAAGGGACAGGTGCGTGTGTG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468516.1	81748	AGGTTTCTCTGTACTGGAGCACAGTGAGCTAAGGGACAGGTGCGTGTGTG	81797

CR853300.3	1201	TGTGCCACATTCATGCTAACATGCACACATGCTAGAGGCATCTTAGAAAT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468516.1	81798	TGTGCCACATTCATGCTAACATGCACACATGCTAGAGGCATCTTAGAAAT	81847

CR853300.3	1251	GCCACCAAATTATACCTTACATATCAGCCCAAGTTTTTATCAGATCGAAT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468516.1	81848	GCCACCAAATTATACCTTACATATCAGCCCAAGTTTTTATCAGATCGAAT	81897

CR853300.3	1301	GAGAAAGTGTGCGGTCAGGATGGTCTCTTGGTACTTATGACCTAGACTGC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468516.1	81898	GAGAAAGTGTGCGGTCAGGATGGTCTCTTGGTACTTATGACCTAGACTGC	81947

CR853300.3	1351	CTTGACTAAGTGAACAAAGTGCATTTTCACTGTCAGAAAACACTGAAACA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468516.1	81948	CTTGACTAAGTGAACAAAGTGCATTTTCACTGTCAGAAAACACTGAAACA	81997

CR853300.3	1401	ACATTGCTGTTTCAGTTAACCCTCTCACCCTTTTTCTGATCTCTTCCATT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468516.1	81998	ACATTGCTGTTTCAGTTAACCCTCTCACCCTTTTTCTGATCTCTTCCATT	82047

CR853300.3	1451	AGAGGGCTGGTCAGACCCCATGCCATAAATGCAAACTCAGAGTGTATCCA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468516.1	82048	AGAGGGCTGGTCAGACCCCATGCCATAAATGCAAACTCAGAGTGTATCCA	82097

CR853300.3	1501	AAATGGAATGAATTTGATCAGATTCCCTCTTTGGCCAGATTAAATACAAA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468516.1	82098	AAATGGAATGAATTTGATCAGATTCCCTCTTTGGCCAGATTAAATACAAA	82147

CR853300.3	1551	TTATTTAAATCTCTTCACTTGTAGTGCTTTTGTATAGCTTGACAATGGGA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468516.1	82148	TTATTTAAATCTCTTCACTTGTAGTGCTTTTGTATAGCTTGACAATGGGA	82197

CR853300.3	1601	TCTCCTCATATTAGATGCTCTGTGCCGTCCAATTTTTAAGAGTTCAAATA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468516.1	82198	TCTCCTCATATTAGATGCTCTGTGCCGTCCAATTTTTAAGAGTTCAAATA	82247

CR853300.3	1651	TATACTCTAGTCAGAATTGCTATCAAACTACACCCTAGAAAACCTAACAT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468516.1	82248	TATACTCTAGTCAGAATTGCTATCAAACTACACCCTAGAAAACCTAACAT	82297

CR853300.3	1701	CTCTTCCAGGTTTTCTCCTTTCCCCTATATAATGATATCAGTCAAATAGG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468516.1	82298	CTCTTCCAGGTTTTCTCCTTTCCCCTATATAATGATATCAGTCAAATAGG	82347

CR853300.3	1751	TTCATTTTTATTTTTGCTACCATTAACAGGTTGTGATACGTGAGGGCTAG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468516.1	82348	TTCATTTTTATTTTTGCTACCATTAACAGGTTGTGATACGTGAGGGCTAG	82397

CR853300.3	1801	GCCATGAGACTATGTGTTAGGTAACCACAGCTAATTTGATAAACAAAACC	1850
			|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
CU468516.1	82398	GCCATGAGACTATGTGTTAGGTAACCCCAGCTAATTTGATAAACAAAACC	82447

CR853300.3	1851	ACTTGATCTCCAAAGAAAGTTAGAGCTGCTGTTTCACCTTTTTGAATGAA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468516.1	82448	ACTTGATCTCCAAAGAAAGTTAGAGCTGCTGTTTCACCTTTTTGAATGAA	82497

CR853300.3	1901	TGGCAAGCAAAATATAACATAATCTACAAAGTTTTTTTGCATTTATACTT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468516.1	82498	TGGCAAGCAAAATATAACATAATCTACAAAGTTTTTTTGCATTTATACTT	82547

CR853300.3	1951	TGGTCAAAACAACTTTTTTGAAGGAAGTTATTTTAAATTTGTGTACATTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468516.1	82548	TGGTCAAAACAACTTTTTTGAAGGAAGTTATTTTAAATTTGTGTACATTT	82597

Compact alignment

skip 650 bps 100% identity alignment

CR853300.3	651	GCTTCCTTTTCCCCAACAATGCAGTTACAAGCTTTGGTATTTCAGACTTT	700
			|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468516.1	81248	GCTTCCTTTTTCCCAACAATGCAGTTACAAGCTTTGGTATTTCAGACTTT	81297

skip 1100 bps 100% identity alignment

CR853300.3	1801	GCCATGAGACTATGTGTTAGGTAACCACAGCTAATTTGATAAACAAAACC	1850
			|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
CU468516.1	82398	GCCATGAGACTATGTGTTAGGTAACCCCAGCTAATTTGATAAACAAAACC	82447

skip 150 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CR853300.3 - 165531 bps
Hit
CU468516.1 - 82597 bps
Total alignments
8
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.91959200012000180598825971
291.111301829658296763146871470501
392.78141180158129158308146871470501
492.48131171156449156619146879470511
588.5786139155125155263-146910470491
682.8310828652545539-152917532131
710030555742457478-175182752361
810031565297853033175182752371
Short-link