<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU222537.4	1	AAGCTTGGAAACAAAGGAATAAGAGACCAGTAGATTTTCGATGTTTAGAA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468294.6	145894	AAGCTTGGAAACAAAGGAATAAGAGACCAGTAGATTTTCGATGTTTAGAA	145943

CU222537.4	51	GGACCACCAAAGGGGGGGAAGAGAGTCCGGTTGGGGGATTAAAAGACCTC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468294.6	145944	GGACCACCAAAGGGGGGGAAGAGAGTCCGGTTGGGGGATTAAAAGACCTC	145993

CU222537.4	101	GGTATTGGTTCTTACGAGTATTTTCTTGCTAATGATATCCTTCTTACTTA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468294.6	145994	GGTATTGGTTCTTACGAGTATTTTCTTGCTAATGATATCCTTCTTACTTA	146043

CU222537.4	151	ATCAATCAAGTACCATATTTACTTGTTATGAGTCCACATGTTTCGAGGAC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468294.6	146044	ATCAATCAAGTACCATATTTACTTGTTATGAGTCCACATGTTTCGAGGAC	146093

CU222537.4	201	TATGACACCATTATTGCTTTCTTTACTTTTGTTCTCAGACGTATATGTGA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468294.6	146094	TATGACACCATTATTGCTTTCTTTACTTTTGTTCTCAGACGTATATGTGA	146143

CU222537.4	251	TGTATGCATTACGTCCCAATCACTCTTTTTAATGTTTAGATGGCCTATTG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468294.6	146144	TGTATGCATTACGTCCCAATCACTCTTTTTAATGTTTAGATGGCCTATTG	146193

CU222537.4	301	AGACTTATATTAGACTTTCACTATCAAAACTCTTCATGATATAAGACTAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468294.6	146194	AGACTTATATTAGACTTTCACTATCAAAACTCTTCATGATATAAGACTAA	146243

CU222537.4	351	GATTTTTAAATTCTTTATTTTATTATATTGTATGATGTATGCTAAGTGAA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468294.6	146244	GATTTTTAAATTCTTTATTTTATTATATTGTATGATGTATGCTAAGTGAA	146293

CU222537.4	401	TTGTATAGGACATTTTGGGGTCCTATAATCCATGTTACACCTATGGTATA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468294.6	146294	TTGTATAGGACATTTTGGGGTCCTATAATCCATGTTACACCTATGGTATA	146343

CU222537.4	451	CTTTGGATCTTGACACTGTCTAATGCAGCATAAGGAATAGAGCATTTTAG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468294.6	146344	CTTTGGATCTTGACACTGTCTAATGCAGCATAAGGAATAGAGCATTTTAG	146393

CU222537.4	501	CGTACTTGGCAATCCCCTGTGAAGAAACTTTAATATTACTAATATTAATA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468294.6	146394	CGTACTTGGCAATCCCCTGTGAAGAAACTTTAATATTACTAATATTAATA	146443

CU222537.4	551	TTAAAATGCCACCAATCAATAATCTTTCACTTATTTCAATATTAATTAAG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468294.6	146444	TTAAAATGCCACCAATCAATAATCTTTCACTTATTTCAATATTAATTAAG	146493

CU222537.4	601	AGAGTCTATCAGTTGAAGGTAAACTACTATGCATGATGAGGGTATGCTCT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468294.6	146494	AGAGTCTATCAGTTGAAGGTAAACTACTATGCATGATGAGGGTATGCTCT	146543

CU222537.4	651	TTATGGAACCTCAACTTAGTAAAATAGTAACTTTTACTTTAGAGTCATAG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468294.6	146544	TTATGGAACCTCAACTTAGTAAAATAGTAACTTTTACTTTAGAGTCATAG	146593

CU222537.4	701	TGGTTTCAAACTTGAATTGCTTAAGAGAAATAAAATATCATTACTAACAC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468294.6	146594	TGGTTTCAAACTTGAATTGCTTAAGAGAAATAAAATATCATTACTAACAC	146643

CU222537.4	751	ATAATAATGGAGGTGTTGACATAAACTTTAAAAGTCATCACATTACGATT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468294.6	146644	ATAATAATGGAGGTGTTGACATAAACTTTAAAAGTCATCACATTACGATT	146693

CU222537.4	801	TTGTGTTATTCCATTTTCATGAGTTCTTTTGAGAATACGTCCAATTCACA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468294.6	146694	TTGTGTTATTCCATTTTCATGAGTTCTTTTGAGAATACGTCCAATTCACA	146743

CU222537.4	851	TAGGAATCAACCTACTTCCACACTCACATAGATAAAATCTATCAAGATTA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468294.6	146744	TAGGAATCAACCTACTTCCACACTCACATAGATAAAATCTATCAAGATTA	146793

CU222537.4	901	CTCCTTAACACTCCACTTATACGGACTACATATTTTCATTAAGTGTTTAA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468294.6	146794	CTCCTTAACACTCCACTTATACGGACTACATATTTTCATTAAGTGTTTAA	146843

CU222537.4	951	TAAACTCAATCTTTACAAATCACTATAGCAAACAATACAATTACATCATA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468294.6	146844	TAAACTCAATCTTTACAAATCACTATAGCAAACAATACAATTACATCATA	146893

CU222537.4	1001	GGGAGGGAATAAAAAATAGTGCATTTTTTTTTTTACAAAATATCATCATG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468294.6	146894	GGGAGGGAATAAAAAATAGTGCATTTTTTTTTTTACAAAATATCATCATG	146943

CU222537.4	1051	TTATTCATTTTTTTCCAATAAACATTATAAGATCTCTAGTCCAGGTTAGA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468294.6	146944	TTATTCATTTTTTTCCAATAAACATTATAAGATCTCTAGTCCAGGTTAGA	146993

CU222537.4	1101	TTTTCTCATAAATGACTCATGGATTTATAAGATTCAATCTCATCCCACTA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468294.6	146994	TTTTCTCATAAATGACTCATGGATTTATAAGATTCAATCTCATCCCACTA	147043

CU222537.4	1151	GATGTGCTTTAGACTTTTTCACTTTTAAAGCTTTAATCAAAGGATCTACA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468294.6	147044	GATGTGCTTTAGACTTTTTCACTTTTAAAGCTTTAATCAAAGGATCTACA	147093

CU222537.4	1201	AGATTATCATAAGATTTGACATAATCATTAATTGTAGCACTTGTCATATA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468294.6	147094	AGATTATCATAAGATTTGACATAATCATTAATTGTAGCACTTGTCATATA	147143

CU222537.4	1251	TGAGCTCATATTATTGACTTCTTCCTTAAAGGTCTAGATTTACCATTGTA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468294.6	147144	TGAGCTCATATTATTGACTTCTTCCTTAAAGGTCTAGATTTACCATTGTA	147193

CU222537.4	1301	ACAACAATTTTGAACTCTTCAAATTTGAGTGGTGCTATCACAATAAATTA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468294.6	147194	ACAACAATTTTGAACTCTTCAAATTTGAGTGGTGCTATCACAATAAATTA	147243

CU222537.4	1351	AAAAGAGAGAAAATATTTTTTCATACTAGGTATTTAAAATAATAAATCTC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468294.6	147244	AAAAGAGAGAAAATATTTTTTCATACTAGGTATTTAAAATAATAAATCTC	147293

CU222537.4	1401	TCAATCAAAGCGCTTCCTCACTAGCTGAATCTAAAGAAATTAGTTCAGCC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468294.6	147294	TCAATCAAAGCGCTTCCTCACTAGCTGAATCTAAAGAAATTAGTTCAGCC	147343

CU222537.4	1451	CCCATGGTAGAGTTATCAATTTTTTTTAATTTTTGACAAATAACACCACT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468294.6	147344	CCCATGGTAGAGTTATCAATTTTTTTTAATTTTTGACAAATAACACCACT	147393

CU222537.4	1501	CCCAAAATAAAAATATAATTAGTGTTAGAGAATGAATCACCTTATCAAGA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468294.6	147394	CCCAAAATAAAAATATAATTAGTGTTAGAGAATGAATCACCTTATCAAGA	147443

CU222537.4	1551	GTGTCAATCTACATCAGAACCATAATTTTTTGTCTCAATTAAATATCTCA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468294.6	147444	GTGTCAATCTACATCAGAACCATAATTTTTTGTCTCAATTAAATATCTCA	147493

CU222537.4	1601	TAACTGTTGTTATGTCATGTCAATATTCATCACCTAGATTTTGTCATGCT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468294.6	147494	TAACTGTTGTTATGTCATGTCAATATTCATCACCTAGATTTTGTCATGCT	147543

CU222537.4	1651	CCAAATTAAGGAAGGCACAGCAGGCATCTGATACTTTACTTGACTGAGCG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468294.6	147544	CCAAATTAAGGAAGGCACAGCAGGCATCTGATACTTTACTTGACTGAGCG	147593

CU222537.4	1701	AACCAACTAAAACATAAGAAAAATAACATAACGAGGATCAATAAGGCCAC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468294.6	147594	AACCAACTAAAACATAAGAAAAATAACATAACGAGGATCAATAAGGCCAC	147643

CU222537.4	1751	CACAATAACATGTTGAAATAGAAAATTGGACCGACAAGGTCACATATTTA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468294.6	147644	CACAATAACATGTTGAAATAGAAAATTGGACCGACAAGGTCACATATTTA	147693

CU222537.4	1801	TTTAAAACATAATGAAATAGGTCGGAAAAACTATTTAACTGAAAGAACTA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468294.6	147694	TTTAAAACATAATGAAATAGGTCGGAAAAACTATTTAACTGAAAGAACTA	147743

CU222537.4	1851	GTAATACGACAAGATGTAACTAAAATCATATATACAATAAGGCAACAAGG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468294.6	147744	GTAATACGACAAGATGTAACTAAAATCATATATACAATAAGGCAACAAGG	147793

CU222537.4	1901	ATATAAATGAAAACTGAAAAGATCCAACATATTTTCTCCACATGTATCTA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468294.6	147794	ATATAAATGAAAACTGAAAAGATCCAACATATTTTCTCCACATGTATCTA	147843

CU222537.4	1951	CAAATACTACGACTTAACTGATTGGGAAAGGTCCCCAACAATACCAATAA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468294.6	147844	CAAATACTACGACTTAACTGATTGGGAAAGGTCCCCAACAATACCAATAA	147893

Overview

Query
CU222537.4 - 144688 bps
Hit
CU468294.6 - 147893 bps
Total alignments
17
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100188620001200011458941478931
278.1576240101709101948127421276581
383.1186215102536102750128246284641
476.0565260104365104624130125303871
591.84161105015105075130737307971
679.13113346105596105941131304316481
780.291864986647666973171780722761
884.28436879104127105005-173179740621
981.86121379103609103987-174265746501
1087.742364291524315671-178148785711
1192.86324395619603181171812121
1286.449417732863462181895820711
1385.88911771028110457181895820711
1482.1811531131523462181937822391
1581.531783731523988181973827991
1682.03982761018210457181973822391
1788.6601147560375716-11086561087691
Short-link