<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU012067.8	1	AAGCTTCTGCTTCACAACATATCCAATATATGACATAAAAAATTCAAATT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468283.5	49669	AAGCTTCTGCTTCACAACATATCCAATATATGACATAAAAAATTCAAATT	49718

CU012067.8	51	GATCCAGAGGCTCGGCTAGAGATCTGCAGTAGAAGAGTCGCAAAATAGGT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468283.5	49719	GATCCAGAGGCTCGGCTAGAGATCTGCAGTAGAAGAGTCGCAAAATAGGT	49768

CU012067.8	101	AGAAAAAATACTCCTATCTTGAAGTATCAAGGAAAACCTGGGTTGACTTA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468283.5	49769	AGAAAAAATACTCCTATCTTGAAGTATCAAGGAAAACCTGGGTTGACTTA	49818

CU012067.8	151	CGCATATCCCCACTCAAATTTGCCTTCACCGTAGATGCCCAAAAGATGAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468283.5	49819	CGCATATCCCCACTCAAATTTGCCTTCACCGTAGATGCCCAAAAGATGAA	49868

CU012067.8	201	AAATCACAGCCAGCAAAGCACATATCATCTTAAGTATCATCTGGAAGGAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468283.5	49869	AAATCACAGCCAGCAAAGCACATATCATCTTAAGTATCATCTGGAAGGAA	49918

CU012067.8	251	ATCCTTAATTATTCAGTACATAGAAACTTGACGGAACTGTCACAATCCAT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468283.5	49919	ATCCTTAATTATTCAGTACATAGAAACTTGACGGAACTGTCACAATCCAT	49968

CU012067.8	301	AGCAAATTACTAGAGGGGCACATACATATTGCACTATCCCAATTTTTACT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468283.5	49969	AGCAAATTACTAGAGGGGCACATACATATTGCACTATCCCAATTTTTACT	50018

CU012067.8	351	GCTTGATAGAAGTCAGAACCAAGATACCACTCCCTGATAAAGCAATTCAA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468283.5	50019	GCTTGATAGAAGTCAGAACCAAGATACCACTCCCTGATAAAGCAATTCAA	50068

CU012067.8	401	TGGGAAAGGATGTTCAACAACTCCATATGCATAGGCATCATCCAGCAGAG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468283.5	50069	TGGGAAAGGATGTTCAACAACTCCATATGCATAGGCATCATCCAGCAGAG	50118

CU012067.8	451	GCAAGCTGGAACTTACAAAACTTTGACTTTCCATAAATTCGATGGTGTTT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468283.5	50119	GCAAGCTGGAACTTACAAAACTTTGACTTTCCATAAATTCGATGGTGTTT	50168

CU012067.8	501	TTCTCTCCACCTATGTCATGTAGCTCATATGAGAATCATCTTTAAAGAAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468283.5	50169	TTCTCTCCACCTATGTCATGTAGCTCATATGAGAATCATCTTTAAAGAAA	50218

CU012067.8	551	GGAACTTCTAAAAGAAAAGAAGCTAGCAAGTAGAGGAGTACGGAGAATTG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468283.5	50219	GGAACTTCTAAAAGAAAAGAAGCTAGCAAGTAGAGGAGTACGGAGAATTG	50268

CU012067.8	601	AGAAAACCATACAACTCCATTGTGACATAAGATGCAAAAGCAACATGGAT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468283.5	50269	AGAAAACCATACAACTCCATTGTGACATAAGATGCAAAAGCAACATGGAT	50318

CU012067.8	651	GGAACAATTTGGAAAAGTTGTGCGAATAATAAACACAATTATAGTATAGT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468283.5	50319	GGAACAATTTGGAAAAGTTGTGCGAATAATAAACACAATTATAGTATAGT	50368

CU012067.8	701	TACTCTAGCAGACTCTAAGCTGGTAACTGAAGCACTTAAAATTTTCAAGG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468283.5	50369	TACTCTAGCAGACTCTAAGCTGGTAACTGAAGCACTTAAAATTTTCAAGG	50418

CU012067.8	751	TGGGATTTTTCCAAGGGACAACTTAAAATAGGTGAAGAGGGCAACAACCT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468283.5	50419	TGGGATTTTTCCAAGGGACAACTTAAAATAGGTGAAGAGGGCAACAACCT	50468

CU012067.8	801	ATGCCTGAAGACATACCTAAACAGGCTATCAGATACCTCTCGAAGCAATA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468283.5	50469	ATGCCTGAAGACATACCTAAACAGGCTATCAGATACCTCTCGAAGCAATA	50518

CU012067.8	851	TAATGCAAAAGCCTCATAACAATCGCGTATGATCTCACAGTTGAATGCGG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468283.5	50519	TAATGCAAAAGCCTCATAACAATCGCGTATGATCTCACAGTTGAATGCGG	50568

CU012067.8	901	CATTTGAGTCCATTAAAGATAAGAACTGTCAGGTAAACGCAAAGAACTGG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468283.5	50569	CATTTGAGTCCATTAAAGATAAGAACTGTCAGGTAAACGCAAAGAACTGG	50618

CU012067.8	951	TCAATCATAAACATAAAGAAAGACAACATGATATTCTAAAATTTAGGGTG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468283.5	50619	TCAATCATAAACATAAAGAAAGACAACATGATATTCTAAAATTTAGGGTG	50668

CU012067.8	1001	ATGATAATACTGTAAAATTAGACATATAGGTTGTTGAAGATGCACCCAAG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468283.5	50669	ATGATAATACTGTAAAATTAGACATATAGGTTGTTGAAGATGCACCCAAG	50718

CU012067.8	1051	TCAATTTTAACTTAAAAGTACCACATTTTTACCCTTTACATCCATTCAAT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468283.5	50719	TCAATTTTAACTTAAAAGTACCACATTTTTACCCTTTACATCCATTCAAT	50768

CU012067.8	1101	TTTTTTTATGACAAGGAAAAAACACCCTTTTCATCCATTCTTTTATGAAA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468283.5	50769	TTTTTTTATGACAAGGAAAAAACACCCTTTTCATCCATTCTTTTATGAAA	50818

CU012067.8	1151	TTTTCTTTTTTTGGAACTTATGCTATGCTAGAGCATCTGTACCACCTCAT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468283.5	50819	TTTTCTTTTTTTGGAACTTATGCTATGCTAGAGCATCTGTACCACCTCAT	50868

CU012067.8	1201	ATACTTTATCTGGTTCCTTTATCTAAGTTTTCTCCTGTTTAATTGGTAGT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468283.5	50869	ATACTTTATCTGGTTCCTTTATCTAAGTTTTCTCCTGTTTAATTGGTAGT	50918

CU012067.8	1251	TTAACCATTTGTTAAGGCTTTCATTTGTATTTAGCTGAGTAAAGAGTACA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468283.5	50919	TTAACCATTTGTTAAGGCTTTCATTTGTATTTAGCTGAGTAAAGAGTACA	50968

CU012067.8	1301	TGTTTCGTTCATCAGTTCTTTTTCATTTTTCATGAGAAATGAATCATGTG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468283.5	50969	TGTTTCGTTCATCAGTTCTTTTTCATTTTTCATGAGAAATGAATCATGTG	51018

CU012067.8	1351	GCGATTGCTCAGAAATTATTGTGGACCAAAAAACAATATTAACCAACACT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468283.5	51019	GCGATTGCTCAGAAATTATTGTGGACCAAAAAACAATATTAACCAACACT	51068

CU012067.8	1401	GAAATAAACAGGGAGCCATGAATTCTGTTCCTGAGGCATCATAAAATCCA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468283.5	51069	GAAATAAACAGGGAGCCATGAATTCTGTTCCTGAGGCATCATAAAATCCA	51118

CU012067.8	1451	AACTCGCCCACAAACATATCAAGTGTTCGCCGTAGGATTACAGGAAATGC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468283.5	51119	AACTCGCCCACAAACATATCAAGTGTTCGCCGTAGGATTACAGGAAATGC	51168

CU012067.8	1501	AATGCAAAGACATAATCAAAGTCCCAGTAAGTTACCAACTGAATTTTTCT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468283.5	51169	AATGCAAAGACATAATCAAAGTCCCAGTAAGTTACCAACTGAATTTTTCT	51218

CU012067.8	1551	TTAATAAAAAATACTTAAATGCAGAACTGACAAAACCCTAAAGTGACTTG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468283.5	51219	TTAATAAAAAATACTTAAATGCAGAACTGACAAAACCCTAAAGTGACTTG	51268

CU012067.8	1601	TATTTTCTTATCTTAGCCGTTCTTTTACTGTCTTTGTAAGCATATACTTT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468283.5	51269	TATTTTCTTATCTTAGCCGTTCTTTTACTGTCTTTGTAAGCATATACTTT	51318

CU012067.8	1651	TGGTAGGTCGTATTTTCTCTGCTTGTCCATAGAGAGATTTATTTCAAATA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468283.5	51319	TGGTAGGTCGTATTTTCTCTGCTTGTCCATAGAGAGATTTATTTCAAATA	51368

CU012067.8	1701	ATAATAATAATAACCGCCAATGTCTCAATATGTTTATGACAAACTTTAAA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468283.5	51369	ATAATAATAATAACCGCCAATGTCTCAATATGTTTATGACAAACTTTAAA	51418

CU012067.8	1751	GATCACTTCCAAATAAACTGGAGAAAATGCTAGCATACAAGCTAAAGGTT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468283.5	51419	GATCACTTCCAAATAAACTGGAGAAAATGCTAGCATACAAGCTAAAGGTT	51468

CU012067.8	1801	CTCTTACCGATTCCACTGCATAAACAGGAACCATCAAGATCAGTCCAATC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468283.5	51469	CTCTTACCGATTCCACTGCATAAACAGGAACCATCAAGATCAGTCCAATC	51518

CU012067.8	1851	AAAAACTTCTGCTCCTGTGATGATAAATAATTCAGTCGTATCAGTTTCTC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468283.5	51519	AAAAACTTCTGCTCCTGTGATGATAAATAATTCAGTCGTATCAGTTTCTC	51568

CU012067.8	1901	TAAGGCAATTTAGCTAAGCAATGGAACAACGACCAGGTGTCTGTACAAAA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468283.5	51569	TAAGGCAATTTAGCTAAGCAATGGAACAACGACCAGGTGTCTGTACAAAA	51618

CU012067.8	1951	ATAACAATACAAGCATGTATTCAATCAAGCACCACAAACTGATCCAAAAA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468283.5	51619	ATAACAATACAAGCATGTATTCAATCAAGCACCACAAACTGATCCAAAAA	51668

Overview

Query
CU012067.8 - 117561 bps
Hit
CU468283.5 - 51668 bps
Total alignments
3
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001927200012000149669516681
288.8831253020330327-118995191191
387.83731153777237886118996191101
Short-link