<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU457785.10	1	GATCCACTTCCATTTTTTAAGTTGAATTCCTGTATGTATTTATTTATTCA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468282.23	37423	GATCCACTTCCATTTTTTAAGTTGAATTCCTGTATGTATTTATTTATTCA	37472

CU457785.10	51	TTTATTTATTTACTTTATATATTGACCAAAGTTTAAACACCTGCCTATGC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468282.23	37473	TTTATTTATTTACTTTATATATTGACCAAAGTTTAAACACCTGCCTATGC	37522

CU457785.10	101	CCCCAGTTCTTCACACCCCACCTCCAATCCCTCCCCCACGTGCCTTCTCC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468282.23	37523	CCCCAGTTCTTCACACCCCACCTCCAATCCCTCCCCCACGTGCCTTCTCC	37572

CU457785.10	151	TCTTACCTTTCTTTTCAGAAGAGTGGAGGCCTCCCATGGGTATCAACAGA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468282.23	37573	TCTTACCTTTCTTTTCAGAAGAGTGGAGGCCTCCCATGGGTATCAACAGA	37622

CU457785.10	201	CCTTATTATGTCAAATTGCAGTAAGACTCCTTTTCTTATTGAGGCTAGAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468282.23	37623	CCTTATTATGTCAAATTGCAGTAAGACTCCTTTTCTTATTGAGGCTAGAA	37672

CU457785.10	251	CAGGCAGACCAGAAGGAAGTATGGTCCCAAAAGCAGGCAAGAGTCAGAGA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468282.23	37673	CAGGCAGACCAGAAGGAAGTATGGTCCCAAAAGCAGGCAAGAGTCAGAGA	37722

CU457785.10	301	CAGTCCATGCTCCTGCTGTTAGGAGTCCCACATGAAAACCAAGCTACTCA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468282.23	37723	CAGTCCATGCTCCTGCTGTTAGGAGTCCCACATGAAAACCAAGCTACTCA	37772

CU457785.10	351	ACTGTTACATATGACAGAGGGTCAGTCCTGTGTTTGCTCCCTGGTTGGTG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468282.23	37773	ACTGTTACATATGACAGAGGGTCAGTCCTGTGTTTGCTCCCTGGTTGGTG	37822

CU457785.10	401	ATTTGGTCTCTGTGAACCGCTATGGGCCCATGTTAGTTGATTCTGTAGGT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468282.23	37823	ATTTGGTCTCTGTGAACCGCTATGGGCCCATGTTAGTTGATTCTGTAGGT	37872

CU457785.10	451	TATCTTGTGGTGTCCTTGACCTTTCTAACTCCTACAATCCTTCTTCTCAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468282.23	37873	TATCTTGTGGTGTCCTTGACCTTTCTAACTCCTACAATCCTTCTTCTCAA	37922

CU457785.10	501	TCATCTGCAGGATTCTTGAAGCTCGGCCTAATACTGAGCTGTGGGTCTCT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468282.23	37923	TCATCTGCAGGATTCTTGAAGCTCGGCCTAATACTGAGCTGTGGGTCTCT	37972

CU457785.10	551	GCTTCTGTTTCCATCACTTGCTGGGTGAAACCTCTCTGATGAAGGTTTTG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468282.23	37973	GCTTCTGTTTCCATCACTTGCTGGGTGAAACCTCTCTGATGAAGGTTTTG	38022

CU457785.10	601	CTAGGCTCCTGTTCGCAAGTATAACAGAGTATCATTAATAGTACCATCAA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468282.23	38023	CTAGGCTCCTGTTCGCAAGTATAACAGAGTATCATTAATAGTACCATCAA	38072

CU457785.10	651	TAATAGATGGGTGGGCTCCTCTAATGACTTGGGTCTCAAGCTGTGCCAGT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468282.23	38073	TAATAGATGGGTGGGCTCCTCTAATGACTTGGGTCTCAAGCTGTGCCAGT	38122

CU457785.10	701	CATTGGTTGGCTCATGCCTCCAATTCTGTTCATCTTTACACCTGCATATC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468282.23	38123	CATTGGTTGGCTCATGCCTCCAATTCTGTTCATCTTTACACCTGCATATC	38172

CU457785.10	751	TTGTAGGCAGGACAAATTGTGGGTGTAATGATTTGTGGGTGGGTTGGTGT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468282.23	38173	TTGTAGGCAGGACAAATTGTGGGTGTAATGATTTGTGGGTGGGTTGGTGT	38222

CU457785.10	801	CCTAATCCCTTCATTGGAAATCTTATCTGGTTATAGGCAGTGGTTGTTTC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468282.23	38223	CCTAATCCCTTCATTGGAAATCTTATCTGGTTATAGGCAGTGGTTGTTTC	38272

CU457785.10	851	AGGTTTGATAACTCCCATTGCTAGGAGTCTTAGCTAGGATCACCACAAAA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468282.23	38273	AGGTTTGATAACTCCCATTGCTAGGAGTCTTAGCTAGGATCACCACAAAA	38322

CU457785.10	901	AATTCCTAAGACTTTCCACTGCCCTTGATATCTAGCTCTTTCCAGAAATG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468282.23	38323	AATTCCTAAGACTTTCCACTGCCCTTGATATCTAGCTCTTTCCAGAAATG	38372

CU457785.10	951	TCTGTGTCCCCCAACCCCATTCCTGTTGTCTCTCTGAGCACTGTCTTCCT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468282.23	38373	TCTGTGTCCCCCAACCCCATTCCTGTTGTCTCTCTGAGCACTGTCTTCCT	38422

CU457785.10	1001	TCAAACTCTCCCAACTGATCCCTCATATTCTGGTCCTCACCTCACCCCTG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468282.23	38423	TCAAACTCTCCCAACTGATCCCTCATATTCTGGTCCTCACCTCACCCCTG	38472

CU457785.10	1051	TACAGTCCCCTCGTCCTTACCCCACCCACGTACACCCACATTGTCTATTC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468282.23	38473	TACAGTCCCCTCGTCCTTACCCCACCCACGTACACCCACATTGTCTATTC	38522

CU457785.10	1101	CATTTCTCATTCTCGGTGACTCCTGGATGTGTCCTTCTTGCTGAGTGTTA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468282.23	38523	CATTTCTCATTCTCGGTGACTCCTGGATGTGTCCTTCTTGCTGAGTGTTA	38572

CU457785.10	1151	ATTTAACCAATTCCCCAACACAGAGTCCTCCTCTCCCCCTGCAAAGCTCC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468282.23	38573	ATTTAACCAATTCCCCAACACAGAGTCCTCCTCTCCCCCTGCAAAGCTCC	38622

CU457785.10	1201	CCCAAGCTCTTCCCTCTCTCCAGGCCTCACTCTCCATATGCCTTTCCACA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468282.23	38623	CCCAAGCTCTTCCCTCTCTCCAGGCCTCACTCTCCATATGCCTTTCCACA	38672

CU457785.10	1251	CTTCAACTTCACCCTCCATTCTTCCCTCACTCTGCAGTCCCCTCCCTCAC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468282.23	38673	CTTCAACTTCACCCTCCATTCTTCCCTCACTCTGCAGTCCCCTCCCTCAC	38722

CU457785.10	1301	AGCTACCCACAATGCAACAGGGAAGCAGGAAAACCTTGGTCAGCCTGAGA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468282.23	38723	AGCTACCCACAATGCAACAGGGAAGCAGGAAAACCTTGGTCAGCCTGAGA	38772

CU457785.10	1351	TCTGAATTAGGAGGCAGTGATGTCCACATGCAGTGATGCTGGGGTCAGAT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468282.23	38773	TCTGAATTAGGAGGCAGTGATGTCCACATGCAGTGATGCTGGGGTCAGAT	38822

CU457785.10	1401	CTTGGCCTTACCTTTCTCCATACAACCGTGAAACCAACTTCCCCACAACA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468282.23	38823	CTTGGCCTTACCTTTCTCCATACAACCGTGAAACCAACTTCCCCACAACA	38872

CU457785.10	1451	CCATTTTTTTTAACTTTAAAAATGGTCACTAGAATTGCAAAATAAAATAA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468282.23	38873	CCATTTTTTTTAACTTTAAAAATGGTCACTAGAATTGCAAAATAAAATAA	38922

CU457785.10	1501	TTCTTTGGTAACAGCCAGTTGAATTTCTCTATACCACTACAAATAGGCTT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468282.23	38923	TTCTTTGGTAACAGCCAGTTGAATTTCTCTATACCACTACAAATAGGCTT	38972

CU457785.10	1551	TCATGTCCACTTATATTTTATCAATACAGCTCAGTTCTGTGTTGTTGGAC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468282.23	38973	TCATGTCCACTTATATTTTATCAATACAGCTCAGTTCTGTGTTGTTGGAC	39022

CU457785.10	1601	CCAAGGCAGGCAGCCGTGATAGTTTGTATATGCTTGGCCCAGGGAGTGAC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468282.23	39023	CCAAGGCAGGCAGCCGTGATAGTTTGTATATGCTTGGCCCAGGGAGTGAC	39072

CU457785.10	1651	ATTATTTCAGGGGTGTGGCCTTGTTGAAATAGGTGTGTCACTGTGGGTGT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468282.23	39073	ATTATTTCAGGGGTGTGGCCTTGTTGAAATAGGTGTGTCACTGTGGGTGT	39122

CU457785.10	1701	GAGCTTTAATGCCCTCACCCAAGCTGCATGGAAACCAGTCTTCCACTAGC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468282.23	39123	GAGCTTTAATGCCCTCACCCAAGCTGCATGGAAACCAGTCTTCCACTAGC	39172

CU457785.10	1751	AGCCTTCAGATGAAGATGTACAACTCTCAGCTCTTCCTGCCCCATGACTG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468282.23	39173	AGCCTTCAGATGAAGATGTACAACTCTCAGCTCTTCCTGCCCCATGACTG	39222

CU457785.10	1801	CATGAAAGCTGCCATGTTCCTGCCTTGATGTTAATGAACTGATCCTCTGA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468282.23	39223	CATGAAAGCTGCCATGTTCCTGCCTTGATGTTAATGAACTGATCCTCTGA	39272

CU457785.10	1851	ACCTGTAAGTCAGCCCTAATTAAATGTTGTCCTTTATAAGACTTGCCTTG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468282.23	39273	ACCTGTAAGTCAGCCCTAATTAAATGTTGTCCTTTATAAGACTTGCCTTG	39322

CU457785.10	1901	GTCATAGTGTTTGTGCACAGCAGTAACACCCTAACCAAGACAGAAGTCAT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468282.23	39323	GTCATAGTGTTTGTGCACAGCAGTAACACCCTAACCAAGACAGAAGTCAT	39372

CU457785.10	1951	ACAGACTATACAAATAAGAGAATGCCACTATGTTCCTATAAAACTTTATT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468282.23	39373	ACAGACTATACAAATAAGAGAATGCCACTATGTTCCTATAAAACTTTATT	39422

Overview

Query
CU457785.10 - 129712 bps
Hit
CU468282.23 - 39422 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001974200012000137423394221
286.143869733612408575113501208691
388.981512231010932132411123061
489.12148522881095413241121299235601
590.3182311991716618364124301254971
689.91799119917166183641294341311
781.4850212622190523166137289385411
890.0434450320169206711543859391
990.43425032016920671126717272161
1091.1631543021167215961707675051
1187.772804722112521596127733281901
1290.5251358361718113033133901
1390.223033838375112552128881
1488.032203512240522755113037133871
1591.8116622819345195721474349741
1691.181652311974019970126488267251
1792.411632201935319572126025262481
1889.6815523619740199751521054511
1989.941041581072210879120970211281
2085.269718687554877391750776961
2182.968618918919191071411842991
Short-link