<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT990560.2	1	GAATTCAGGAATAGAGCCAGGCAGGAGATTGGTCCAGGAAGATGTGAGGA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468273.1	97646	GAATTCAGGAATAGAGCCAGGCAGGAGATTGGTCCAGGAAGATGTGAGGA	97695

CT990560.2	51	GACACATGGTACCTGAGCACAGGCAACCAGCCATGTGGCAGAATGTAGAC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468273.1	97696	GACACATGGTACCTGAGCACAGGCAACCAGCCATGTGGCAGAATGTAGAC	97745

CT990560.2	101	TAAGACAAATGGGTATTCTAAGTTATATCTAGTCAGAGAAGAGCCTAGCT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468273.1	97746	TAAGACAAATGGGTATTCTAAGTTATATCTAGTCAGAGAAGAGCCTAGCT	97795

CT990560.2	151	ATATGGCCAAGGTATTTATAAATATATTCTGAGTACAAGTCTTATTTCAG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468273.1	97796	ATATGGCCAAGGTATTTATAAATATATTCTGAGTACAAGTCTTATTTCAG	97845

CT990560.2	201	GGTGCATGGTGCTGAGAGGAAGAACCGGACCTAATTTCTACAATTAGGCT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468273.1	97846	GGTGCATGGTGCTGAGAGGAAGAACCGGACCTAATTTCTACAATTAGGCT	97895

CT990560.2	251	GCACACTAAAGTGTCCTTTTTATATCTGCCTCCTGTGCTCTGGGACCAGA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468273.1	97896	GCACACTAAAGTGTCCTTTTTATATCTGCCTCCTGTGCTCTGGGACCAGA	97945

CT990560.2	301	GATGTGTGCTGCTGTACTCAGCCTGTTTCCATCTCTATGCTTAGTAGATG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468273.1	97946	GATGTGTGCTGCTGTACTCAGCCTGTTTCCATCTCTATGCTTAGTAGATG	97995

CT990560.2	351	CAAATGACAGGACTGAAGCATGAGATACTGTAGTATTTGCCACTTAGTTT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468273.1	97996	CAAATGACAGGACTGAAGCATGAGATACTGTAGTATTTGCCACTTAGTTT	98045

CT990560.2	401	AACATGATTCTGTGGCATAGGAGTGTGTACATAGGCACACATGCATGCAC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468273.1	98046	AACATGATTCTGTGGCATAGGAGTGTGTACATAGGCACACATGCATGCAC	98095

CT990560.2	451	ACACAAAACAGAATCTTCGCCCCCACTCCCCTGCTACGTCAGAGAACAAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468273.1	98096	ACACAAAACAGAATCTTCGCCCCCACTCCCCTGCTACGTCAGAGAACAAA	98145

CT990560.2	501	CCCAGGTCTTCTTCTGCATACTAGGCAGGCACTCTGTGAGCTGCTTCCAG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468273.1	98146	CCCAGGTCTTCTTCTGCATACTAGGCAGGCACTCTGTGAGCTGCTTCCAG	98195

CT990560.2	551	TTCTCCAACAAATGCTTAAAGTTTGTATGTTTATTGTGTATTGATTGAGT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468273.1	98196	TTCTCCAACAAATGCTTAAAGTTTGTATGTTTATTGTGTATTGATTGAGT	98245

CT990560.2	601	CTTACTATGTAGCTTTGGCTGTCTTTAAACTCACTATGTTGGTCAGGCTG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468273.1	98246	CTTACTATGTAGCTTTGGCTGTCTTTAAACTCACTATGTTGGTCAGGCTG	98295

CT990560.2	651	TCCTTGAACTCACAGAGATCTGCCTTTAGAGTGCTGGGATTAAACAGATG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468273.1	98296	TCCTTGAACTCACAGAGATCTGCCTTTAGAGTGCTGGGATTAAACAGATG	98345

CT990560.2	701	TGCTGCCATGCTCTGCCTGCTTAAAGTTTGTGAAAAAGGTTTTTATTATA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468273.1	98346	TGCTGCCATGCTCTGCCTGCTTAAAGTTTGTGAAAAAGGTTTTTATTATA	98395

CT990560.2	751	TTTATATATCCTGTCAAGACATCTGCAGGTGTGGCCCTCGTCTCTCTGCT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468273.1	98396	TTTATATATCCTGTCAAGACATCTGCAGGTGTGGCCCTCGTCTCTCTGCT	98445

CT990560.2	801	GCTTCCGCAGATCTGTGTGCCCTCTGACCTACTCTTTTAGCTCTTCTCTG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468273.1	98446	GCTTCCGCAGATCTGTGTGCCCTCTGACCTACTCTTTTAGCTCTTCTCTG	98495

CT990560.2	851	TGTGTCTGGGAAGCACACATGATTGCTTATCCACAGAGGTATGATCTTTC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468273.1	98496	TGTGTCTGGGAAGCACACATGATTGCTTATCCACAGAGGTATGATCTTTC	98545

CT990560.2	901	TAGGTACCAGCATGTGTTTTACTAGGTTATGCATTCAATTGACAAGTAGA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468273.1	98546	TAGGTACCAGCATGTGTTTTACTAGGTTATGCATTCAATTGACAAGTAGA	98595

CT990560.2	951	AGAAAAATTATCTTTAAAAAAAAGGCAGAAGGCTATGATTGTGCTTGTTC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468273.1	98596	AGAAAAATTATCTTTAAAAAAAAGGCAGAAGGCTATGATTGTGCTTGTTC	98645

CT990560.2	1001	TGACACTGATTTTACGGAGTCCTTTTTACTCATAATCAATAATTTGTGGC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468273.1	98646	TGACACTGATTTTACGGAGTCCTTTTTACTCATAATCAATAATTTGTGGC	98695

CT990560.2	1051	TTGGTTTGATTTTGAGACAGGGTCTCACTGCGTAGCCTTTAGAACTGCCC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468273.1	98696	TTGGTTTGATTTTGAGACAGGGTCTCACTGCGTAGCCTTTAGAACTGCCC	98745

CT990560.2	1101	TGGAACTCACTGTATAAACAAGGTGGCCTCCCAGGACAGAGGTGGTGCAG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468273.1	98746	TGGAACTCACTGTATAAACAAGGTGGCCTCCCAGGACAGAGGTGGTGCAG	98795

CT990560.2	1151	GCCTTTAATCCCAGAACTCAGGAGGCAGAGGCAGAGGCAGGCCAATTTCT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468273.1	98796	GCCTTTAATCCCAGAACTCAGGAGGCAGAGGCAGAGGCAGGCCAATTTCT	98845

CT990560.2	1201	GAGTTTGAGCCCAGCCTAGTCTACAGAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468273.1	98846	GAGTTTGAGCCCAGCCTAGTCTACAGAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGC	98895

CT990560.2	1251	TACACAGAGAAACCCTGACTCGAGAACCAAAAACCAAAAACCAACCAACC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468273.1	98896	TACACAGAGAAACCCTGACTCGAGAACCAAAAACCAAAAACCAACCAACC	98945

CT990560.2	1301	AAACAACAAAACCCAGGGTGGCCTCCAAGTCAGAGACCAGCTGCTTCTGC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468273.1	98946	AAACAACAAAACCCAGGGTGGCCTCCAAGTCAGAGACCAGCTGCTTCTGC	98995

CT990560.2	1351	CTTCTGTGTGCTGGGATTAAACATTGTACAACCATGCTCATCGGCAGGAA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468273.1	98996	CTTCTGTGTGCTGGGATTAAACATTGTACAACCATGCTCATCGGCAGGAA	99045

CT990560.2	1401	ACAAGTTTTATGCCAGTGGGGAATCTGTGGCTGCATTCTGGCATCCATTA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468273.1	99046	ACAAGTTTTATGCCAGTGGGGAATCTGTGGCTGCATTCTGGCATCCATTA	99095

CT990560.2	1451	GTCATGACTACTCCATCCAGGTACTTCTGACTCTAATGCCAGTCTTCACA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468273.1	99096	GTCATGACTACTCCATCCAGGTACTTCTGACTCTAATGCCAGTCTTCACA	99145

CT990560.2	1501	GCTAGTCTGCCTCTACTAAGTCACATACTCACCTTCATCACAGGTGGAGC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468273.1	99146	GCTAGTCTGCCTCTACTAAGTCACATACTCACCTTCATCACAGGTGGAGC	99195

CT990560.2	1551	AAAGTATACAATCATCTAGGTAATTATCTTTCTCTGTGAATGTTCCTGGG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468273.1	99196	AAAGTATACAATCATCTAGGTAATTATCTTTCTCTGTGAATGTTCCTGGG	99245

CT990560.2	1601	TGACACTTCTCACATTGTCCTTGAGTATGGGGGATTTTGCAGGGCGCCTT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468273.1	99246	TGACACTTCTCACATTGTCCTTGAGTATGGGGGATTTTGCAGGGCGCCTT	99295

CT990560.2	1651	GACAAATGTACCTGGGGATAAGGGCAGATGGGATCAGCCTTGCTCTATGT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468273.1	99296	GACAAATGTACCTGGGGATAAGGGCAGATGGGATCAGCCTTGCTCTATGT	99345

CT990560.2	1701	AGGCTTACATCTTTATCACAAGTTTAAAATAATCTCTGGGCTGTCACAAA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468273.1	99346	AGGCTTACATCTTTATCACAAGTTTAAAATAATCTCTGGGCTGTCACAAA	99395

CT990560.2	1751	GTGCTTGAGGATCTATGAGGGCTGCTGGTTCCCTGAGCTACACTCAGTCC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468273.1	99396	GTGCTTGAGGATCTATGAGGGCTGCTGGTTCCCTGAGCTACACTCAGTCC	99445

CT990560.2	1801	TGTGGACATCTGACCCTTAGGGGACTAGGAACCAAGGTAGCCTAGGGTGA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468273.1	99446	TGTGGACATCTGACCCTTAGGGGACTAGGAACCAAGGTAGCCTAGGGTGA	99495

CT990560.2	1851	GTAGAATGAGATCCTGACTCCCTCCTGCTGGGCTTCCATAGGCCCATGTA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468273.1	99496	GTAGAATGAGATCCTGACTCCCTCCTGCTGGGCTTCCATAGGCCCATGTA	99545

CT990560.2	1901	AGTCACTAGGGAGTGACACTATTTGAAAGGATTAAGGGGTGTGGCCTTGT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468273.1	99546	AGTCACTAGGGAGTGACACTATTTGAAAGGATTAAGGGGTGTGGCCTTGT	99595

CT990560.2	1951	TGGAGGTAGTGTGTCACTGGGACTGGGCTTTGAAGTTTCAAGGGTCCAAG	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468273.1	99596	TGGAGGTAGTGTGTCACTGGGACTGGGCTTTGAAGTTTCAAGGGTCCAAG	99645

Overview

Query
CT990560.2 - 194774 bps
Hit
CU468273.1 - 99645 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link