<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU392847.12	1	GAATTCTTGGTTTAGTTTTATACTCCATTTTTGATCGGTTTGTTTGGATT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468163.3	1364	GAATTCTTGGTTTAGTTTTATACTCCATTTTTGATCGGTTTGTTTGGATT	1413

CU392847.12	51	TTTGGTGGTTAGCTTCTTGAGTTCTTTTATTTTGGAAACTTTGATGGAAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468163.3	1414	TTTGGTGGTTAGCTTCTTGAGTTCTTTTATTTTGGAAACTTTGATGGAAA	1463

CU392847.12	101	CTAAATAATTCAGAGATATATGGCCTATTCTTACTATTTAATGTTGTTTT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468163.3	1464	CTAAATAATTCAGAGATATATGGCCTATTCTTACTATTTAATGTTGTTTT	1513

CU392847.12	151	TAAGGCCCTAATGATAAATGGTGGAAGAAAATTTAACAGTAGAAAATAAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468163.3	1514	TAAGGCCCTAATGATAAATGGTGGAAGAAAATTTAACAGTAGAAAATAAA	1563

CU392847.12	201	AATATCTGTAAGTATATAGAAACCCAACCAACACAATTTCTCATTGCTTT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468163.3	1564	AATATCTGTAAGTATATAGAAACCCAACCAACACAATTTCTCATTGCTTT	1613

CU392847.12	251	TATCAAAAAAGCATTCATTTTATGCCTATAAAGTATGCAATTTAGTAGTG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468163.3	1614	TATCAAAAAAGCATTCATTTTATGCCTATAAAGTATGCAATTTAGTAGTG	1663

CU392847.12	301	TGAATAATATATAAATTTTATGATTTAAAGAATCAGTTCCCTGTAGGCCT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468163.3	1664	TGAATAATATATAAATTTTATGATTTAAAGAATCAGTTCCCTGTAGGCCT	1713

CU392847.12	351	CATTCACTGTTAAAACATCCTTATATATAGAAATTAAGTAGTTTAAAATA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468163.3	1714	CATTCACTGTTAAAACATCCTTATATATAGAAATTAAGTAGTTTAAAATA	1763

CU392847.12	401	ACAAACATTTAAGATTTAAACAAAAACTTAAGAAATCATTAATCAAAGTA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468163.3	1764	ACAAACATTTAAGATTTAAACAAAAACTTAAGAAATCATTAATCAAAGTA	1813

CU392847.12	451	TAGTTTATATAAAAATTAGAAATATAGACATTTAAATAATGGCAACACTA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468163.3	1814	TAGTTTATATAAAAATTAGAAATATAGACATTTAAATAATGGCAACACTA	1863

CU392847.12	501	TATTTTACCAGTGTCACCCAATTATTACATGAGAAAACTTGGAACTTCAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468163.3	1864	TATTTTACCAGTGTCACCCAATTATTACATGAGAAAACTTGGAACTTCAA	1913

CU392847.12	551	ATGCAATTTTGATACATAAAGAAGCATTAAGGGATAATGAATTATTTATA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468163.3	1914	ATGCAATTTTGATACATAAAGAAGCATTAAGGGATAATGAATTATTTATA	1963

CU392847.12	601	AGTAAATTTTGAAAAAAACATAAAACCAAGAGAATTCTATTAGTATTAAA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468163.3	1964	AGTAAATTTTGAAAAAAACATAAAACCAAGAGAATTCTATTAGTATTAAA	2013

CU392847.12	651	GGTTTTAAAAGCTTAAAATATGAACTTAAGGTAATATAAATTGTGATTTA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468163.3	2014	GGTTTTAAAAGCTTAAAATATGAACTTAAGGTAATATAAATTGTGATTTA	2063

CU392847.12	701	GAAAGTCGAAACTTGATTGGCTGAAATGATTAAAAAGTTTGACGAAACTC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468163.3	2064	GAAAGTCGAAACTTGATTGGCTGAAATGATTAAAAAGTTTGACGAAACTC	2113

CU392847.12	751	TAGAAAAACTATTAAAAATTTGTTCAAAGTATAAATAAATTATATTAGAA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468163.3	2114	TAGAAAAACTATTAAAAATTTGTTCAAAGTATAAATAAATTATATTAGAA	2163

CU392847.12	801	ATATAAGGAACTAGTGGGTATGGATTTTAAAAGCTATCAAGTAAAATGTA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468163.3	2164	ATATAAGGAACTAGTGGGTATGGATTTTAAAAGCTATCAAGTAAAATGTA	2213

CU392847.12	851	TAACAATAACACTAAGTGGTATCAGATATATTTTGTTGAAATCAATGTAA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468163.3	2214	TAACAATAACACTAAGTGGTATCAGATATATTTTGTTGAAATCAATGTAA	2263

CU392847.12	901	AGAAAAAGAAAAGCAAGTTGCAAATATTCTGTAATAATTAAGAAATAAAA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468163.3	2264	AGAAAAAGAAAAGCAAGTTGCAAATATTCTGTAATAATTAAGAAATAAAA	2313

CU392847.12	951	TTGGTAATTAAGAAAGTTCAATCTCATCATATCCATCACTAACACAATCA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468163.3	2314	TTGGTAATTAAGAAAGTTCAATCTCATCATATCCATCACTAACACAATCA	2363

CU392847.12	1001	TAAGACAATCTTACTCCCAAATATGTACTCTGCAAAATTATTACCAACAA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468163.3	2364	TAAGACAATCTTACTCCCAAATATGTACTCTGCAAAATTATTACCAACAA	2413

CU392847.12	1051	CCATGCAAAATGCAAAGTGTTTATAGCAATTTTACTAATGATAGGGGAAA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468163.3	2414	CCATGCAAAATGCAAAGTGTTTATAGCAATTTTACTAATGATAGGGGAAA	2463

CU392847.12	1101	AAATATCAAAGCAGTCTAAATACCGACCAGCAGTTGAAGGTGAATTGTGA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468163.3	2464	AAATATCAAAGCAGTCTAAATACCGACCAGCAGTTGAAGGTGAATTGTGA	2513

CU392847.12	1151	CTATGTTCATAATTGAATTTTACTTAGCTATAAGAAGGAATGAACTTTAG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468163.3	2514	CTATGTTCATAATTGAATTTTACTTAGCTATAAGAAGGAATGAACTTTAG	2563

CU392847.12	1201	ACAGAATCATTGGTGAACACCCAGGACACTAAATTGAGTTAAAGACAATA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468163.3	2564	ACAGAATCATTGGTGAACACCCAGGACACTAAATTGAGTTAAAGACAATA	2613

CU392847.12	1251	AATATAATAAAATACATCCTATAGGAATCTATAACACGAAGATTTTGTTG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468163.3	2614	AATATAATAAAATACATCCTATAGGAATCTATAACACGAAGATTTTGTTG	2663

CU392847.12	1301	TTGTTGCTCATTGAAAATAGTCTTCTCTCAGATAATACATCCCAATCACA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468163.3	2664	TTGTTGCTCATTGAAAATAGTCTTCTCTCAGATAATACATCCCAATCACA	2713

CU392847.12	1351	GCTTCCTCTCTTCATCTCCCTTCACTCCTCCTAGCTTCCCACTATTCCCA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468163.3	2714	GCTTCCTCTCTTCATCTCCCTTCACTCCTCCTAGCTTCCCACTATTCCCA	2763

CU392847.12	1401	TGTCCTCTAGATCCACTCAACTTTGTCTTCAGAAAAGAAAATGTCTCCAA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468163.3	2764	TGTCCTCTAGATCCACTCAACTTTGTCTTCAGAAAAGAAAATGTCTCCAA	2813

CU392847.12	1451	GGAACAACACTCAAAATTGACAAAAAAAGGAAGAAATGAAAAATAAAGAG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468163.3	2814	GGAACAACACTCAAAATTGACAAAAAAAGGAAGAAATGAAAAATAAAGAG	2863

CU392847.12	1501	AGAAAGAAATGAAAAAATAAAGAGAGAAAGAAAGAGAGAGAGAGAGAGAG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468163.3	2864	AGAAAGAAATGAAAAAATAAAGAGAGAAAGAAAGAGAGAGAGAGAGAGAG	2913

CU392847.12	1551	AGAGAGAGAAGGAAGGGAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468163.3	2914	AGAGAGAGAAGGAAGGGAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAA	2963

CU392847.12	1601	AGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGATGCTCAG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468163.3	2964	AGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGATGCTCAG	3013

CU392847.12	1651	ACAAGGCAAAAGCCCTGTTCTAAAAGCTTGGACAAGGCAACAATTTTTCC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468163.3	3014	ACAAGGCAAAAGCCCTGTTCTAAAAGCTTGGACAAGGCAACAATTTTTCC	3063

CU392847.12	1701	TAATCTGGGTTCTCTTTTCTACATAAAGTTTCAAGGCAGACAGAATGAAT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468163.3	3064	TAATCTGGGTTCTCTTTTCTACATAAAGTTTCAAGGCAGACAGAATGAAT	3113

CU392847.12	1751	TCATGAAGCAAGACATGAATGTCACATTCGAAGTGTTCAAAGGGACCTAG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468163.3	3114	TCATGAAGCAAGACATGAATGTCACATTCGAAGTGTTCAAAGGGACCTAG	3163

CU392847.12	1801	GTACGGCAAATGCCTCTGATATAATACTTAAGAGGCAAGGCCAGTTATTA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468163.3	3164	GTACGGCAAATGCCTCTGATATAATACTTAAGAGGCAAGGCCAGTTATTA	3213

CU392847.12	1851	TGAGGTCAAGTTTAATCAGGCTCACCAAGTAAGATCACTTAAAGAATAAA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468163.3	3214	TGAGGTCAAGTTTAATCAGGCTCACCAAGTAAGATCACTTAAAGAATAAA	3263

CU392847.12	1901	GAAACAGATATAGTTCAGTGGTAGAGCACGTACTTAGCCAGTCTAGCTCT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468163.3	3264	GAAACAGATATAGTTCAGTGGTAGAGCACGTACTTAGCCAGTCTAGCTCT	3313

CU392847.12	1951	CAGCACCAGAAAGTACCAAAAAATTCTCTCCCCTGCTTCAGTCTAATTCT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468163.3	3314	CAGCACCAGAAAGTACCAAAAAATTCTCTCCCCTGCTTCAGTCTAATTCT	3363

Overview

Query
CU392847.12 - 166914 bps
Hit
CU468163.3 - 3363 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link