<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU463333.16	1	GAATTCAAGCTACAGAACCCCACAGTAGGGAGGCAAACATTCCCGCAGGT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468137.5	41279	GAATTCAAGCTACAGAACCCCACAGTAGGGAGGCAAACATTCCCGCAGGT	41328

CU463333.16	51	TGTCCTTTGACAAGTGCCCTCACCAGATGTCACACAGCAAGAAAGGCCAG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468137.5	41329	TGTCCTTTGACAAGTGCCCTCACCAGATGTCACACAGCAAGAAAGGCCAG	41378

CU463333.16	101	GAGTGGTGCCACATGCCTTTAATCCCATCCTTTAGGAGGCAGCAGCAGGC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468137.5	41379	GAGTGGTGCCACATGCCTTTAATCCCATCCTTTAGGAGGCAGCAGCAGGC	41428

CU463333.16	151	GCATCTGTGTCAGGTCAGCCCCGTCTACAGAGCGAGTTCCAGGGCAGCCA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468137.5	41429	GCATCTGTGTCAGGTCAGCCCCGTCTACAGAGCGAGTTCCAGGGCAGCCA	41478

CU463333.16	201	GGACTTTACAGAAATGGGTAAGTGGAGAACTATCCAGCACGGGTTTAACA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468137.5	41479	GGACTTTACAGAAATGGGTAAGTGGAGAACTATCCAGCACGGGTTTAACA	41528

CU463333.16	251	CTTGTGCACTGAAAACGCCATCCGCAGGACTTACATTTCTGCTGTGATGT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468137.5	41529	CTTGTGCACTGAAAACGCCATCCGCAGGACTTACATTTCTGCTGTGATGT	41578

CU463333.16	301	AGTCTAGCCTCTTCCCTACTGTGGCCCGAGCCTCCCCCAGCTCCTGTTTG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468137.5	41579	AGTCTAGCCTCTTCCCTACTGTGGCCCGAGCCTCCCCCAGCTCCTGTTTG	41628

CU463333.16	351	ACAAGCACGGGTCCCAGAAGCTTAAAGACCACGTTGGATCCATCCAGCAG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468137.5	41629	ACAAGCACGGGTCCCAGAAGCTTAAAGACCACGTTGGATCCATCCAGCAG	41678

CU463333.16	401	GGCCAGCTCCTGAGAAGGGGATGAGGCAGTGAATGAGATGATTGTGCCCA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468137.5	41679	GGCCAGCTCCTGAGAAGGGGATGAGGCAGTGAATGAGATGATTGTGCCCA	41728

CU463333.16	451	GGAGAGTCCCTCCTCGCCCCCCACCCCCGCGTCCCATCCTCACCTCCTTC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468137.5	41729	GGAGAGTCCCTCCTCGCCCCCCACCCCCGCGTCCCATCCTCACCTCCTTC	41778

CU463333.16	501	ACGATATTGTTTTCCGTTAGCTGTGCTTCGAGCTTCTGCCTCCCTGACAT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468137.5	41779	ACGATATTGTTTTCCGTTAGCTGTGCTTCGAGCTTCTGCCTCCCTGACAT	41828

CU463333.16	551	AGATTTACTCAAGTCTGGGGTGGAGAGAGGAAATGCACGATTAAAAACAT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468137.5	41829	AGATTTACTCAAGTCTGGGGTGGAGAGAGGAAATGCACGATTAAAAACAT	41878

CU463333.16	601	CAAATGGGCCCAGAACCGCGCAATTCTGGGGAGACTGGGTGTGAGGAAGA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468137.5	41879	CAAATGGGCCCAGAACCGCGCAATTCTGGGGAGACTGGGTGTGAGGAAGA	41928

CU463333.16	651	AAGCGACGATACCGAGGCGAGGGGTAACAAGATGCACCCCCGCAGCCCCC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468137.5	41929	AAGCGACGATACCGAGGCGAGGGGTAACAAGATGCACCCCCGCAGCCCCC	41978

CU463333.16	701	AATGGGGCGCGACGCTTCATCATAGAAGAGAGCGGACAGGAGCGAGACCA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468137.5	41979	AATGGGGCGCGACGCTTCATCATAGAAGAGAGCGGACAGGAGCGAGACCA	42028

CU463333.16	751	CACCAACTCCCTCTCTTACCCTTCTGCAGCTGTTGATATTTCTCTACCTC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468137.5	42029	CACCAACTCCCTCTCTTACCCTTCTGCAGCTGTTGATATTTCTCTACCTC	42078

CU463333.16	801	TCCCTGCAGCTTCTTTTGGATCAGTTCAGCCATGGTGAAGGAGAAAGCCT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468137.5	42079	TCCCTGCAGCTTCTTTTGGATCAGTTCAGCCATGGTGAAGGAGAAAGCCT	42128

CU463333.16	851	CCTGGGCGGGGGTCGCTGGGTCTCAAGCTCTGGGAGGCACCTGAATCCCC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468137.5	42129	CCTGGGCGGGGGTCGCTGGGTCTCAAGCTCTGGGAGGCACCTGAATCCCC	42178

CU463333.16	901	CCTCCCTGACCCTGCAGAAGGACAGCACTTTCTACCCGCAACTCTCCGAG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468137.5	42179	CCTCCCTGACCCTGCAGAAGGACAGCACTTTCTACCCGCAACTCTCCGAG	42228

CU463333.16	951	GCGCCGCAGCCTCTTTTCGTCCAGAATAGCCACTCCCTAGGCAAAGGAGA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468137.5	42229	GCGCCGCAGCCTCTTTTCGTCCAGAATAGCCACTCCCTAGGCAAAGGAGA	42278

CU463333.16	1001	GCGAAAGAAGAGATCCCCGAACCCTCCAAGCCAAACGCTAACCTCTTCAC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468137.5	42279	GCGAAAGAAGAGATCCCCGAACCCTCCAAGCCAAACGCTAACCTCTTCAC	42328

CU463333.16	1051	GCTCTACCCGCTGAATCAATAAACCCGGAAGTAAACAAGGCATGACGGGA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468137.5	42329	GCTCTACCCGCTGAATCAATAAACCCGGAAGTAAACAAGGCATGACGGGA	42378

CU463333.16	1101	GGGAAAAAGACGGCGCCGGAAGTTACATTCCGATACATGCTGGAACATGT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468137.5	42379	GGGAAAAAGACGGCGCCGGAAGTTACATTCCGATACATGCTGGAACATGT	42428

CU463333.16	1151	AGTTCTGACTTGTGTGAGGCTCGTTCGACCTAAAAGACTCGGCTCGAGAG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468137.5	42429	AGTTCTGACTTGTGTGAGGCTCGTTCGACCTAAAAGACTCGGCTCGAGAG	42478

CU463333.16	1201	GTTTTGGGCAAGACAGAAAAGTTAATATGGAAAAATCTAAGCTCATAGTT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468137.5	42479	GTTTTGGGCAAGACAGAAAAGTTAATATGGAAAAATCTAAGCTCATAGTT	42528

CU463333.16	1251	AACAAGATTCGGGGCCCAGACATGCTTTTTAAATTTTTATTTGGTTATAA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468137.5	42529	AACAAGATTCGGGGCCCAGACATGCTTTTTAAATTTTTATTTGGTTATAA	42578

CU463333.16	1301	GCTGCTCCTCAGGCGATCCTCCCGGGCTCACAGAGGCATGCCCTCACTTA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468137.5	42579	GCTGCTCCTCAGGCGATCCTCCCGGGCTCACAGAGGCATGCCCTCACTTA	42628

CU463333.16	1351	ACATGGCGCCGGAGGCTTCAGACGCCGGTACGGCGCTGATTGGATGAAGG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468137.5	42629	ACATGGCGCCGGAGGCTTCAGACGCCGGTACGGCGCTGATTGGATGAAGG	42678

CU463333.16	1401	CGGGGGGGGGGACTTCCGGAAGTTTTCCTAGACCGCGGAGCTACTACTCA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468137.5	42679	CGGGGGGGGGGACTTCCGGAAGTTTTCCTAGACCGCGGAGCTACTACTCA	42728

CU463333.16	1451	AGGGAGTTTCGCACGTGGATCGTTGTTCGGTCTTGGAGATGGAGACAGCC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468137.5	42729	AGGGAGTTTCGCACGTGGATCGTTGTTCGGTCTTGGAGATGGAGACAGCC	42778

CU463333.16	1501	CCCAAGCCGGGTAGGGGTGTCCCACCCAAGAGAGACAAGCCTCAGGCCAA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468137.5	42779	CCCAAGCCGGGTAGGGGTGTCCCACCCAAGAGAGACAAGCCTCAGGCCAA	42828

CU463333.16	1551	GAGGAAGGTAGCTTTGGTGGGAGGTGTCCGCGTCCCGGGCCCAGGCTCGG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468137.5	42829	GAGGAAGGTAGCTTTGGTGGGAGGTGTCCGCGTCCCGGGCCCAGGCTCGG	42878

CU463333.16	1601	GCAGCGTGTGCGAAGGCTTTTCCTCTGCCCCTTAGAAACCGCGGCGCTAC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468137.5	42879	GCAGCGTGTGCGAAGGCTTTTCCTCTGCCCCTTAGAAACCGCGGCGCTAC	42928

CU463333.16	1651	TGGGAGGAGGAGACCACCCCGGCCGCCGTCGCCGCCTCCCCGGGGCCGCC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468137.5	42929	TGGGAGGAGGAGACCACCCCGGCCGCCGTCGCCGCCTCCCCGGGGCCGCC	42978

CU463333.16	1701	TCGGAAGAAGGCGAGGACTGGGGAGTCGCGACCCCCGAGGTCCAAGAGCG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468137.5	42979	TCGGAAGAAGGCGAGGACTGGGGAGTCGCGACCCCCGAGGTCCAAGAGCG	43028

CU463333.16	1751	CGCACATCGCCCAGAAGTCCCGGTTCTCCAAGAAGCCCCCGATCTCAAAG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468137.5	43029	CGCACATCGCCCAGAAGTCCCGGTTCTCCAAGAAGCCCCCGATCTCAAAG	43078

CU463333.16	1801	ACCGCTCCAGACTGGAAGAAGCCTCAGAGGACGCTGTCGGGGGTGAGCCT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468137.5	43079	ACCGCTCCAGACTGGAAGAAGCCTCAGAGGACGCTGTCGGGGGTGAGCCT	43128

CU463333.16	1851	GGGGTTGACAGGGTGGCGGTGCAGGTCGCCCCCGGAGATCGAGAGGAACC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468137.5	43129	GGGGTTGACAGGGTGGCGGTGCAGGTCGCCCCCGGAGATCGAGAGGAACC	43178

CU463333.16	1901	GGATCCATCAGAATCTGCCTCCTGCCTCCTTGTCCTCACCAGGCTCAGGA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468137.5	43179	GGATCCATCAGAATCTGCCTCCTGCCTCCTTGTCCTCACCAGGCTCAGGA	43228

CU463333.16	1951	CCCGTTCCCAGGACCCGTCCCCGCCCCCCTGGAGGAGGCCCGGAAGTTCT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468137.5	43229	CCCGTTCCCAGGACCCGTCCCCGCCCCCCTGGAGGAGGCCCGGAAGTTCT	43278

Overview

Query
CU463333.16 - 204310 bps
Hit
CU468137.5 - 43278 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link