<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CU463330.8	160046	GAATTCTTAATTTATCAGCTAAAGTAATGGAGGAAATCTAAACACAGCAA	159997
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU468124.3	1995	GAATTCTTAATTTATCAGCTAAAGTAATGGAGGAAATCTAAACACAGCAA	2044

C  CU463330.8	159996	ATATCTTTTGTATCTGAAGTTTCATGTTAGGAAATGATCTGTACAAATGA	159947
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU468124.3	2045	ATATCTTTTGTATCTGAAGTTTCATGTTAGGAAATGATCTGTACAAATGA	2094

C  CU463330.8	159946	ATGTTGAGTGTGGCCAAGTCCCAGACGATATTATTTAAAAATTGGTTTGC	159897
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU468124.3	2095	ATGTTGAGTGTGGCCAAGTCCCAGACGATATTATTTAAAAATTGGTTTGC	2144

C  CU463330.8	159896	AACACAACATGAGGAAATCTAAAACATCAACAGATCCTACTAAAAAAGCT	159847
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU468124.3	2145	AACACAACATGAGGAAATCTAAAACATCAACAGATCCTACTAAAAAAGCT	2194

C  CU463330.8	159846	ATAGCCAACAAACCTGGAAAACCTGGATGAAATAGACAAATTTCTAGACA	159797
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU468124.3	2195	ATAGCCAACAAACCTGGAAAACCTGGATGAAATAGACAAATTTCTAGACA	2244

C  CU463330.8	159796	GATACCAGGTACCAAAGTAAAATCAGGATCAGATTAATGTCCTAAACAGT	159747
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU468124.3	2245	GATACCAGGTACCAAAGTAAAATCAGGATCAGATTAATGTCCTAAACAGT	2294

C  CU463330.8	159746	CTCATATCCTCTAATAGTCTCTCAATCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCC	159697
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU468124.3	2295	CTCATATCCTCTAATAGTCTCTCAATCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCC	2344

C  CU463330.8	159696	AAGACCAGATGGGTTTAGTGCAGAGTTCTATCAGACCTTCAAAGAAGACC	159647
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU468124.3	2345	AAGACCAGATGGGTTTAGTGCAGAGTTCTATCAGACCTTCAAAGAAGACC	2394

C  CU463330.8	159646	TAATTCCAATTCTCCTCAAACTATTCCACAATATAGAAACAGAAGGTATT	159597
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU468124.3	2395	TAATTCCAATTCTCCTCAAACTATTCCACAATATAGAAACAGAAGGTATT	2444

C  CU463330.8	159596	CTACTCAATTCATTCTATGAAGCCACAGTTACTCTGATTCCTAAACCACG	159547
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU468124.3	2445	CTACTCAATTCATTCTATGAAGCCACAGTTACTCTGATTCCTAAACCACG	2494

C  CU463330.8	159546	TAAAGACCCAACAACGATAGAAAACTTCAGACTAATTTCCCTTATGAATA	159497
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU468124.3	2495	TAAAGACCCAACAACGATAGAAAACTTCAGACTAATTTCCCTTATGAATA	2544

C  CU463330.8	159496	TCGATGCAAAAATACTCAATAAAATTCTCTCAAACCAAATCCAAGGACAC	159447
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU468124.3	2545	TCGATGCAAAAATACTCAATAAAATTCTCTCAAACCAAATCCAAGGACAC	2594

C  CU463330.8	159446	ATCAAAATGATCATCCATCATGATGAAGTAGGCTTCATTTCAGGGATGAA	159397
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU468124.3	2595	ATCAAAATGATCATCCATCATGATGAAGTAGGCTTCATTTCAGGGATGAA	2644

C  CU463330.8	159396	GGGATGATTTAATATATGGAAATCCATCAATGTAATCCACTATATAAAGA	159347
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU468124.3	2645	GGGATGATTTAATATATGGAAATCCATCAATGTAATCCACTATATAAAGA	2694

C  CU463330.8	159346	AACTCAAAGACAAAAAAAACCAAAAAAACAAACAAAAAAAACCCCACATA	159297
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU468124.3	2695	AACTCAAAGACAAAAAAAACCAAAAAAACAAACAAAAAAAACCCCACATA	2744

C  CU463330.8	159296	ATCATCTCTTTAGATGCTGAGAAATCATTGGACAAAATCCAACACCCCTT	159247
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU468124.3	2745	ATCATCTCTTTAGATGCTGAGAAATCATTGGACAAAATCCAACACCCCTT	2794

C  CU463330.8	159246	CGTGATAAAAGTCTTGGAAAGTTCAGGAATTCAATGCCCATACCTAAACA	159197
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU468124.3	2795	CGTGATAAAAGTCTTGGAAAGTTCAGGAATTCAATGCCCATACCTAAACA	2844

C  CU463330.8	159196	TAATATAAGCAATATACAGCAAAGTAGTAGCCAACATAAAAATAAATGGA	159147
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU468124.3	2845	TAATATAAGCAATATACAGCAAAGTAGTAGCCAACATAAAAATAAATGGA	2894

C  CU463330.8	159146	GAGAAACTCGAAGCAATCCCACTAAAATCAGGAACTAGGCAAGGGTGCCC	159097
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU468124.3	2895	GAGAAACTCGAAGCAATCCCACTAAAATCAGGAACTAGGCAAGGGTGCCC	2944

C  CU463330.8	159096	ACTTTCTCCCTACCTATTCAATTTAGTACTTGAAGTTCTAGCCAGAACAA	159047
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU468124.3	2945	ACTTTCTCCCTACCTATTCAATTTAGTACTTGAAGTTCTAGCCAGAACAA	2994

C  CU463330.8	159046	TTAGACAACAGAAGGCTGTCAAGGATATACAAATTGGAAAGGAAGAAGTC	158997
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU468124.3	2995	TTAGACAACAGAAGGCTGTCAAGGATATACAAATTGGAAAGGAAGAAGTC	3044

C  CU463330.8	158996	AAAATATCATTATTTGCAGATGATATGATAGTACATATAAGTGATCCTAA	158947
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU468124.3	3045	AAAATATCATTATTTGCAGATGATATGATAGTACATATAAGTGATCCTAA	3094

C  CU463330.8	158946	AAATTCCACCAGAGAACTCCTAAAGCTGATAAAAAGCTTCAGTGCAGTAG	158897
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU468124.3	3095	AAATTCCACCAGAGAACTCCTAAAGCTGATAAAAAGCTTCAGTGCAGTAG	3144

C  CU463330.8	158896	CTAGATAAAAAATTGACTCAAACAAATAATTGGCCTTTCTCTACACAACG	158847
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU468124.3	3145	CTAGATAAAAAATTGACTCAAACAAATAATTGGCCTTTCTCTACACAACG	3194

C  CU463330.8	158846	GATAAACTGACTGAGAAAGAAATTAAGGAAACAACACCCTTCACAATAGT	158797
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU468124.3	3195	GATAAACTGACTGAGAAAGAAATTAAGGAAACAACACCCTTCACAATAGT	3244

C  CU463330.8	158796	CACAAATTATATAAAATACCTTGGTGTGACTCTAACTAAGGAAGTGGAAG	158747
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU468124.3	3245	CACAAATTATATAAAATACCTTGGTGTGACTCTAACTAAGGAAGTGGAAG	3294

C  CU463330.8	158746	ATCTGTATGATAAGAACTTCAAGTCTCAGAAGAAAGAAATTGAAGAAGAT	158697
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU468124.3	3295	ATCTGTATGATAAGAACTTCAAGTCTCAGAAGAAAGAAATTGAAGAAGAT	3344

C  CU463330.8	158696	CTCAGAAAATGGAAATATCTCCCATGCTCATGGATTGGCAGGATCAATAT	158647
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU468124.3	3345	CTCAGAAAATGGAAATATCTCCCATGCTCATGGATTGGCAGGATCAATAT	3394

C  CU463330.8	158646	AGCCAAAATGGCTATCTTGCCGAAAGCGATCTACAGATTCAATGCAAATT	158597
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU468124.3	3395	AGCCAAAATGGCTATCTTGCCGAAAGCGATCTACAGATTCAATGCAAATT	3444

C  CU463330.8	158596	CCATCAAAATTCCAACTCAATTCTTCACTGAGTTAATAAGGACTATTTGA	158547
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU468124.3	3445	CCATCAAAATTCCAACTCAATTCTTCACTGAGTTAATAAGGACTATTTGA	3494

C  CU463330.8	158546	AAATTCATCTGGAATAATAAAAAACCTAGGATAGAGAAAACTATTTTCAG	158497
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU468124.3	3495	AAATTCATCTGGAATAATAAAAAACCTAGGATAGAGAAAACTATTTTCAG	3544

C  CU463330.8	158496	CAATAAAAGAACCTCTGGTGGAATCACCATGCCTGACCTCAAGCTGTACT	158447
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU468124.3	3545	CAATAAAAGAACCTCTGGTGGAATCACCATGCCTGACCTCAAGCTGTACT	3594

C  CU463330.8	158446	ACAGAGGAATTGTGATAAAATCTGCATGGTACTGGTACAATGCCAGACAC	158397
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU468124.3	3595	ACAGAGGAATTGTGATAAAATCTGCATGGTACTGGTACAATGCCAGACAC	3644

C  CU463330.8	158396	TATTCTATTGGAATAGAATTGAAGACCCATAAATGAACCCACACATCTAT	158347
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU468124.3	3645	TATTCTATTGGAATAGAATTGAAGACCCATAAATGAACCCACACATCTAT	3694

C  CU463330.8	158346	GGTCACTTGATCTTTGACAAGGGAACTAAAACCATCCAGTGGAAAAAAAG	158297
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU468124.3	3695	GGTCACTTGATCTTTGACAAGGGAACTAAAACCATCCAGTGGAAAAAAAG	3744

C  CU463330.8	158296	ACAACATTTTCAAAAAATGGTGCTGGCACAACTGGCAGTTATCATGCAGA	158247
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU468124.3	3745	ACAACATTTTCAAAAAATGGTGCTGGCACAACTGGCAGTTATCATGCAGA	3794

C  CU463330.8	158246	AGAATGTGAATTGATCCCTCCTTATCTACTGTACAAAGCTCAAGTCTAAG	158197
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU468124.3	3795	AGAATGTGAATTGATCCCTCCTTATCTACTGTACAAAGCTCAAGTCTAAG	3844

C  CU463330.8	158196	AGGATCAAGGAACTCCACATAAAACCAGAGACATTGAAACTTATAGAGGG	158147
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU468124.3	3845	AGGATCAAGGAACTCCACATAAAACCAGAGACATTGAAACTTATAGAGGG	3894

C  CU463330.8	158146	GAAACTGGGGGAAAGCCTTGATGATATGGGCACAGGGGAAAAATTCCTAA	158097
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU468124.3	3895	GAAACTGGGGGAAAGCCTTGATGATATGGGCACAGGGGAAAAATTCCTAA	3944

C  CU463330.8	158096	ACAGAATAGCAATAGCTTGTGCTGTAAGATTGAGAATCATTAAATGGGAC	158047
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU468124.3	3945	ACAGAATAGCAATAGCTTGTGCTGTAAGATTGAGAATCATTAAATGGGAC	3994

Overview

Query
CU463330.8 - 160046 bps
Hit
CU468124.3 - 3994 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110002000158047160046-1199539941
Short-link