<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU463853.8	1	GAATTCTGTAACAAATTTCAAAGTCCAGTGTAACTGACTGCCTGGCCGGC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468049.4	16469	GAATTCTGTAACAAATTTCAAAGTCCAGTGTAACTGACTGCCTGGCCGGC	16518

CU463853.8	51	TTAGGTCCTTCCCTGCCCCACGGGCTTCAGGTCCAAGCTCTTTAACTATT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468049.4	16519	TTAGGTCCTTCCCTGCCCCACGGGCTTCAGGTCCAAGCTCTTTAACTATT	16568

CU463853.8	101	ACTTGCTACATCTAACGGGGCTGTATGTGTCTCTTCTTCCACACTGTGGG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468049.4	16569	ACTTGCTACATCTAACGGGGCTGTATGTGTCTCTTCTTCCACACTGTGGG	16618

CU463853.8	151	TTTCGGAAGGTGTGACCACTTACATGGCCACTCTTGTGGAATCTCTGGTT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468049.4	16619	TTTCGGAAGGTGTGACCACTTACATGGCCACTCTTGTGGAATCTCTGGTT	16668

CU463853.8	201	GTTTTAGGATCAGCAGCCTCATCCACACTGGCCTAATGGCCTGTCTCAGA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468049.4	16669	GTTTTAGGATCAGCAGCCTCATCCACACTGGCCTAATGGCCTGTCTCAGA	16718

CU463853.8	251	CTTGTTTCAGTTGTGCTGAGTAGTGGGAAATATTTGCTAAAAAACCTTTT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468049.4	16719	CTTGTTTCAGTTGTGCTGAGTAGTGGGAAATATTTGCTAAAAAACCTTTT	16768

CU463853.8	301	GTCTAAAATCTGTTTTCTAAACTCATTCTGCTGAGTCCTGCCATGCACGT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468049.4	16769	GTCTAAAATCTGTTTTCTAAACTCATTCTGCTGAGTCCTGCCATGCACGT	16818

CU463853.8	351	GGCTGTACCGTGACTGCTGGTCGTGGGAAAAATCTCTCTCTTCCTCTCCC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468049.4	16819	GGCTGTACCGTGACTGCTGGTCGTGGGAAAAATCTCTCTCTTCCTCTCCC	16868

CU463853.8	401	TCTCTCTGAGACATATTAATCAAGATACTATGCTTTAGCTCAGGCTGGTC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468049.4	16869	TCTCTCTGAGACATATTAATCAAGATACTATGCTTTAGCTCAGGCTGGTC	16918

CU463853.8	451	TGGAATCCACTATGTGTAGCCCTAACTGGCCTTGACTTTGAGGCAACCCT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468049.4	16919	TGGAATCCACTATGTGTAGCCCTAACTGGCCTTGACTTTGAGGCAACCCT	16968

CU463853.8	501	CCTGCCTCAGCCTTCCCAGTGCTGGGAGGAATTACAGTGTGAATCACTGT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468049.4	16969	CCTGCCTCAGCCTTCCCAGTGCTGGGAGGAATTACAGTGTGAATCACTGT	17018

CU463853.8	551	GCCTGTCTTCTGTATTCCTCATAGATGCATATCAGTTTCATCTCAGTTTT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468049.4	17019	GCCTGTCTTCTGTATTCCTCATAGATGCATATCAGTTTCATCTCAGTTTT	17068

CU463853.8	601	GAAACTTGCTGGCATTGGGTGTCTCCTTCGTGCTTCAGTCAGGGAAGGTA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468049.4	17069	GAAACTTGCTGGCATTGGGTGTCTCCTTCGTGCTTCAGTCAGGGAAGGTA	17118

CU463853.8	651	AATGTTTGTGCGTGTTTCAAAGAGGCGCTGGCCTCAGGGTCACAAGGGTC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468049.4	17119	AATGTTTGTGCGTGTTTCAAAGAGGCGCTGGCCTCAGGGTCACAAGGGTC	17168

CU463853.8	701	TTCAGACATCTGAGTGCCTTCCCATAGAACTTGTAAGCACTTTGAAGGCA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468049.4	17169	TTCAGACATCTGAGTGCCTTCCCATAGAACTTGTAAGCACTTTGAAGGCA	17218

CU463853.8	751	AAGGGTAACTTATGATGCAGCCTCTGAAAAAATGCACACTGTGTGTACAT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468049.4	17219	AAGGGTAACTTATGATGCAGCCTCTGAAAAAATGCACACTGTGTGTACAT	17268

CU463853.8	801	CTGCGACTCATTTGACAGGTAAATGTCAAATAGACTCTGAGCTCTGGGAG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468049.4	17269	CTGCGACTCATTTGACAGGTAAATGTCAAATAGACTCTGAGCTCTGGGAG	17318

CU463853.8	851	CAGATGTGGCCAGCCTATTCTCAAGGGACAGTCTGCTGTCAGGGCACTGA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468049.4	17319	CAGATGTGGCCAGCCTATTCTCAAGGGACAGTCTGCTGTCAGGGCACTGA	17368

CU463853.8	901	GGGACTAGGTGAGGCAGCTAAGTTGTTTCCTGCCTCCAATCCCTGGCACA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468049.4	17369	GGGACTAGGTGAGGCAGCTAAGTTGTTTCCTGCCTCCAATCCCTGGCACA	17418

CU463853.8	951	TACCTGCTTGCTGGTGGAAGCCATCTGCTCTCTGACTCTGGGTACCAGAG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468049.4	17419	TACCTGCTTGCTGGTGGAAGCCATCTGCTCTCTGACTCTGGGTACCAGAG	17468

CU463853.8	1001	CTGTTGTAGTATTGCCGAATGTTTCTCAGGCTCAACTGGAAAATCTTCAT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468049.4	17469	CTGTTGTAGTATTGCCGAATGTTTCTCAGGCTCAACTGGAAAATCTTCAT	17518

CU463853.8	1051	CCGATTGGTGAAAACCTCGGTCTCGTGAGTGAAGTACTGTGCATTTTCCC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468049.4	17519	CCGATTGGTGAAAACCTCGGTCTCGTGAGTGAAGTACTGTGCATTTTCCC	17568

CU463853.8	1101	TCAGCCAGTCAGCACAAGGCTCTGCCTTCATGCTCCTGCTGTCGTAGTGG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468049.4	17569	TCAGCCAGTCAGCACAAGGCTCTGCCTTCATGCTCCTGCTGTCGTAGTGG	17618

CU463853.8	1151	ATGAAGGGCTGGTTATCTAAGAAGCCACTGGCGAAAAATGAAGGAACTCC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468049.4	17619	ATGAAGGGCTGGTTATCTAAGAAGCCACTGGCGAAAAATGAAGGAACTCC	17668

CU463853.8	1201	CGGGCCCGGCTCAGTCACAGCTGAGTAACAGTAATGCAGAGAGTGTGACC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468049.4	17669	CGGGCCCGGCTCAGTCACAGCTGAGTAACAGTAATGCAGAGAGTGTGACC	17718

CU463853.8	1251	CTGAGGTTAGAATAGGACTTAGTGTGAGGTACCGAGTGAGGGCCCAGCTC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468049.4	17719	CTGAGGTTAGAATAGGACTTAGTGTGAGGTACCGAGTGAGGGCCCAGCTC	17768

CU463853.8	1301	TAGAAGAGACAGGACACACAAACATGAATGAGAACACTTCATAACAACCC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468049.4	17769	TAGAAGAGACAGGACACACAAACATGAATGAGAACACTTCATAACAACCC	17818

CU463853.8	1351	ACCAGCCAAGAGAATCGGATTCCTTACTGCGCACTGGGATAATTCAGAGA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468049.4	17819	ACCAGCCAAGAGAATCGGATTCCTTACTGCGCACTGGGATAATTCAGAGA	17868

CU463853.8	1401	ACCAACAAAGTGTGCGCGTAAGGGGCTGGAGAGATGGCTCAGTGGTTAAG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468049.4	17869	ACCAACAAAGTGTGCGCGTAAGGGGCTGGAGAGATGGCTCAGTGGTTAAG	17918

CU463853.8	1451	AGCATTGGTCACTCTTATAGAGGACCTGAGTTCAATTCCCAGCATCCACG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468049.4	17919	AGCATTGGTCACTCTTATAGAGGACCTGAGTTCAATTCCCAGCATCCACG	17968

CU463853.8	1501	TGTCCTCTCCCAACCATCTGTACCTCCAGCTTCAGGGGATCTGATGCCTT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468049.4	17969	TGTCCTCTCCCAACCATCTGTACCTCCAGCTTCAGGGGATCTGATGCCTT	18018

CU463853.8	1551	TTGGCCCCTCCAGGGCACTGTCCGTGTGTTGCGCATAGATGAAGCTGCAG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468049.4	18019	TTGGCCCCTCCAGGGCACTGTCCGTGTGTTGCGCATAGATGAAGCTGCAG	18068

CU463853.8	1601	TAATTGAGCTCAGGACCTTTGGAAGACCAGTTAGTGCTCTTAACTGCTGA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468049.4	18069	TAATTGAGCTCAGGACCTTTGGAAGACCAGTTAGTGCTCTTAACTGCTGA	18118

CU463853.8	1651	GCCATCTCTCCAGCCCTCCCCCCTTTTTAAAATATGTTTGTTTTTTAATC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468049.4	18119	GCCATCTCTCCAGCCCTCCCCCCTTTTTAAAATATGTTTGTTTTTTAATC	18168

CU463853.8	1701	TTTATTTTTGAGACAGGGTCTCATGTAGCTGAGGCTGGCCTTGAACTTCT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468049.4	18169	TTTATTTTTGAGACAGGGTCTCATGTAGCTGAGGCTGGCCTTGAACTTCT	18218

CU463853.8	1751	GATCTTTCTGCCTGCACCTCCCAAATGCTGGGATCACAGGTGTGCACCAT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468049.4	18219	GATCTTTCTGCCTGCACCTCCCAAATGCTGGGATCACAGGTGTGCACCAT	18268

CU463853.8	1801	TATACCCAGCACATACAAAATAATAATAATTGTAAACTGGAGTTCCAGAG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468049.4	18269	TATACCCAGCACATACAAAATAATAATAATTGTAAACTGGAGTTCCAGAG	18318

CU463853.8	1851	ACAAGATGTGATATTTGTCTTTCTGAGGCTTGCTTCTTTCAGTTGTATCC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468049.4	18319	ACAAGATGTGATATTTGTCTTTCTGAGGCTTGCTTCTTTCAGTTGTATCC	18368

CU463853.8	1901	ATCTCTCCCAATATCATAATTTAATTTTGCTTAAAAAGGGCATAGAATTT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468049.4	18369	ATCTCTCCCAATATCATAATTTAATTTTGCTTAAAAAGGGCATAGAATTT	18418

CU463853.8	1951	CATTTTATAGCTAAATAAGACTTCATTGTATTGTATCAAATTCTAGAGTG	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468049.4	18419	CATTTTATAGCTAAATAAGACTTCATTGTATTGTATCAAATTCTAGAGTG	18468

Overview

Query
CU463853.8 - 168649 bps
Hit
CU468049.4 - 18468 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link