<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU406989.5	1	GAATTCCATGTAGTAGATGAATAATAAAATTCAGTATAAAGACACCTTGT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468043.5	76835	GAATTCCATGTAGTAGATGAATAATAAAATTCAGTATAAAGACACCTTGT	76884

CU406989.5	51	TCAATAATAATGATGATAATTTTTTTTAAAGGTGGTTTATAGGTTGAGCA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468043.5	76885	TCAATAATAATGATGATAATTTTTTTTAAAGGTGGTTTATAGGTTGAGCA	76934

CU406989.5	101	TATCTAACTAAAAATCTAAAATCTGAAATTTTGAGTTGAGGTCAGCCTCT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468043.5	76935	TATCTAACTAAAAATCTAAAATCTGAAATTTTGAGTTGAGGTCAGCCTCT	76984

CU406989.5	151	TCTGCAGAGTGAATTCCAGAATAGCCAGGTCTACTACACACAGAAACCCT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468043.5	76985	TCTGCAGAGTGAATTCCAGAATAGCCAGGTCTACTACACACAGAAACCCT	77034

CU406989.5	201	GTCTTGGGAGACAAGGGGGAAAAAAAAAGAACAAAAGAAATCACAGTGAG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468043.5	77035	GTCTTGGGAGACAAGGGGGAAAAAAAAAGAACAAAAGAAATCACAGTGAG	77084

CU406989.5	251	AGGGATGCTCTGTACCAACAAGAGTACTAATTAAATTGCCTTCAGCCTGT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468043.5	77085	AGGGATGCTCTGTACCAACAAGAGTACTAATTAAATTGCCTTCAGCCTGT	77134

CU406989.5	301	GCATAGAGCATGCAACCTAAATCTGAGTACTGAGGGTGTCTAAGAATAAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468043.5	77135	GCATAGAGCATGCAACCTAAATCTGAGTACTGAGGGTGTCTAAGAATAAA	77184

CU406989.5	351	TAGTGAGGGCATTATTTATAGGGCACTATGGAGGGGTGTTTGTTTTGTGT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468043.5	77185	TAGTGAGGGCATTATTTATAGGGCACTATGGAGGGGTGTTTGTTTTGTGT	77234

CU406989.5	401	TTTGTTTTTTTTTCCTCTCTATTTGACAGTGTAATATTTCAATGACTGAC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468043.5	77235	TTTGTTTTTTTTTCCTCTCTATTTGACAGTGTAATATTTCAATGACTGAC	77284

CU406989.5	451	TTTTCAAGCTTACTTTTACAGAATATATTTTAGTTTTTGATAAAATTGTG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468043.5	77285	TTTTCAAGCTTACTTTTACAGAATATATTTTAGTTTTTGATAAAATTGTG	77334

CU406989.5	501	TTAGAAGTTTGGAAACAAAAATGAAAATTACCAGGTGTGGTGGTACATAT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468043.5	77335	TTAGAAGTTTGGAAACAAAAATGAAAATTACCAGGTGTGGTGGTACATAT	77384

CU406989.5	551	TTGTAGTCCCAGAAATTAGGTGGTAGATTAAGAGGATCAGGGGTTTAAGG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468043.5	77385	TTGTAGTCCCAGAAATTAGGTGGTAGATTAAGAGGATCAGGGGTTTAAGG	77434

CU406989.5	601	CTATGCTTGTCTACCTAGGGAATTTAAGATTTGTCAGAACTTCTTGAGAT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468043.5	77435	CTATGCTTGTCTACCTAGGGAATTTAAGATTTGTCAGAACTTCTTGAGAT	77484

CU406989.5	651	GCTGTGTCAAAGAAAGCAAAACACAGAAAGGAGGGAGGAAGAAAACTGTC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468043.5	77485	GCTGTGTCAAAGAAAGCAAAACACAGAAAGGAGGGAGGAAGAAAACTGTC	77534

CU406989.5	701	ACTTTTTTCTCTTGATGTAACCTTGTTTTTCTAATTTAACAGAGAAAATA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468043.5	77535	ACTTTTTTCTCTTGATGTAACCTTGTTTTTCTAATTTAACAGAGAAAATA	77584

CU406989.5	751	CTTTATTGGCATTTCATGTTGCAGTCACAATTCTAACATCAATTTACTAA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468043.5	77585	CTTTATTGGCATTTCATGTTGCAGTCACAATTCTAACATCAATTTACTAA	77634

CU406989.5	801	CCTACAAAGTGACAGATTTTTCCCTCAATGTTTTTATTAGTATCTATAAT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468043.5	77635	CCTACAAAGTGACAGATTTTTCCCTCAATGTTTTTATTAGTATCTATAAT	77684

CU406989.5	851	GGCTTTCATTGTGACCTCTTTATGGTTAATGTATTATAGTTTTGGCCTTA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468043.5	77685	GGCTTTCATTGTGACCTCTTTATGGTTAATGTATTATAGTTTTGGCCTTA	77734

CU406989.5	901	TTGACTTCTTTTCTCTTCTTGATTGGCTCCTTTTTACCATTTTGCTCATT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468043.5	77735	TTGACTTCTTTTCTCTTCTTGATTGGCTCCTTTTTACCATTTTGCTCATT	77784

CU406989.5	951	TTGTTTAAGATTTTGATATAATTTTTACATATTCATTACATATTTATTAG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468043.5	77785	TTGTTTAAGATTTTGATATAATTTTTACATATTCATTACATATTTATTAG	77834

CU406989.5	1001	AAAGTTAAGGCTTTTTTTATACCTCTGGTTTTTGTTTTGTCTTGTTTGTT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468043.5	77835	AAAGTTAAGGCTTTTTTTATACCTCTGGTTTTTGTTTTGTCTTGTTTGTT	77884

CU406989.5	1051	TGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTCTGT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468043.5	77885	TGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTCTGT	77934

CU406989.5	1101	AGACTTGTCACACCTCAGACTCAGAGATCCATCTGAATTACTACCTGTGA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468043.5	77935	AGACTTGTCACACCTCAGACTCAGAGATCCATCTGAATTACTACCTGTGA	77984

CU406989.5	1151	TTTTGTTTGTTTGCTTTTGTTTTTTGAGGCAGGGTGTCTATTATGTATGA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468043.5	77985	TTTTGTTTGTTTGCTTTTGTTTTTTGAGGCAGGGTGTCTATTATGTATGA	78034

CU406989.5	1201	GCTCTGGCTGTCCTGGAACTGTATCGACCAGGCTGGCCTTAAACTCACGG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468043.5	78035	GCTCTGGCTGTCCTGGAACTGTATCGACCAGGCTGGCCTTAAACTCACGG	78084

CU406989.5	1251	ATGCTTTTACCTCCTAAGTGTACAAGATTAAATGTCTGCACCACCACGCC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468043.5	78085	ATGCTTTTACCTCCTAAGTGTACAAGATTAAATGTCTGCACCACCACGCC	78134

CU406989.5	1301	TGGCTTTTCCGTAACTCTAAATAAATATATAATTAAACTAGAGAAGTTTA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468043.5	78135	TGGCTTTTCCGTAACTCTAAATAAATATATAATTAAACTAGAGAAGTTTA	78184

CU406989.5	1351	TATATTTATTTGTACATTAAAAGAGAAATAGGGGGCTGGTGAGATGGCTC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468043.5	78185	TATATTTATTTGTACATTAAAAGAGAAATAGGGGGCTGGTGAGATGGCTC	78234

CU406989.5	1401	AGTGGGTAAGAGCACCCGACTGCTCTTCCAAAGGTCTGGAGTTCAAATCC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468043.5	78235	AGTGGGTAAGAGCACCCGACTGCTCTTCCAAAGGTCTGGAGTTCAAATCC	78284

CU406989.5	1451	CAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCTGTAACGAGATCTGACGCCCT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468043.5	78285	CAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCTGTAACGAGATCTGACGCCCT	78334

CU406989.5	1501	CTTCTGGAGTGTCTGAAGACAGCTACAGTGTACTTACGTATAATAAATAA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468043.5	78335	CTTCTGGAGTGTCTGAAGACAGCTACAGTGTACTTACGTATAATAAATAA	78384

CU406989.5	1551	ATAAATCTTTTTAAAAAAAAAGAAAGAAAGAGAAATAGGAAAACCTTTCT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468043.5	78385	ATAAATCTTTTTAAAAAAAAAGAAAGAAAGAGAAATAGGAAAACCTTTCT	78434

CU406989.5	1601	GCTATTTTTATCCAAATGGCACAAATAGTATAAAAAAGAGTGTGCAGGCT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468043.5	78435	GCTATTTTTATCCAAATGGCACAAATAGTATAAAAAAGAGTGTGCAGGCT	78484

CU406989.5	1651	GGGCAGTGGTGGCGCACGCCTTTAATCCCAGCCCTTGGGAAGCGGAGGCA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468043.5	78485	GGGCAGTGGTGGCGCACGCCTTTAATCCCAGCCCTTGGGAAGCGGAGGCA	78534

CU406989.5	1701	GGCGGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGAGTGTTCCAGG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468043.5	78535	GGCGGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGAGTGTTCCAGG	78584

CU406989.5	1751	ACAGCCAGGGATACACAGAGAAACTCTGTCTGGAAAAACAAAAGAAAACC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468043.5	78585	ACAGCCAGGGATACACAGAGAAACTCTGTCTGGAAAAACAAAAGAAAACC	78634

CU406989.5	1801	AAAAAACAAAACTAGTGTGTGGGAATGACTAGGAGTGTGATCCACCAGTC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468043.5	78635	AAAAAACAAAACTAGTGTGTGGGAATGACTAGGAGTGTGATCCACCAGTC	78684

CU406989.5	1851	AAAGAAAATACTTAGACAGAAGCTTTTCTAATGTTTTCCCATGAATACTA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468043.5	78685	AAAGAAAATACTTAGACAGAAGCTTTTCTAATGTTTTCCCATGAATACTA	78734

CU406989.5	1901	AAAATAGTGATTGTGTTCAGTTCTGCCTTCTCATCCATGAGTGTCATTGG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468043.5	78735	AAAATAGTGATTGTGTTCAGTTCTGCCTTCTCATCCATGAGTGTCATTGG	78784

CU406989.5	1951	CTAGCTTAGATGCTGCTGCAGTTAACTAGATGTAAGCTCTTAGGTAAAAC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468043.5	78785	CTAGCTTAGATGCTGCTGCAGTTAACTAGATGTAAGCTCTTAGGTAAAAC	78834

Overview

Query
CU406989.5 - 211014 bps
Hit
CU468043.5 - 78834 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link