<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU463341.5	1	CTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTCTC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468015.2	46504	CTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTCTC	46553

CU463341.5	51	TCTCTCTCTCTCTCTCTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468015.2	46554	TCTCTCTCTCTCTCTCTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTC	46603

CU463341.5	101	TTTCTTCCTTCCTCTCTCTCTCTTTCTTTCTTTCTTTTTTCCTTTCTTTC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468015.2	46604	TTTCTTCCTTCCTCTCTCTCTCTTTCTTTCTTTCTTTTTTCCTTTCTTTC	46653

CU463341.5	151	TTTCTTTTTTCCTTTTTTCCTTTCTTTCTTCCTTCCTTCCTTTCTCTCTC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468015.2	46654	TTTCTTTTTTCCTTTTTTCCTTTCTTTCTTCCTTCCTTCCTTTCTCTCTC	46703

CU463341.5	201	TTTCTTTCTTTTTTTCCTTCCTTCCTTCCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468015.2	46704	TTTCTTTCTTTTTTTCCTTCCTTCCTTCCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCT	46753

CU463341.5	251	TTCTTTCTTTCTCTCTCTCTCTCCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCTT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468015.2	46754	TTCTTTCTTTCTCTCTCTCTCTCCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCTT	46803

CU463341.5	301	TCTTTCTCTCTCTCTTCCTTCCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468015.2	46804	TCTTTCTCTCTCTCTTCCTTCCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTC	46853

CU463341.5	351	TTTCTTTCTTTCTTTTTTCTTTCTTTTTTCTTTGTTTTTGTTTCTCTGTA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468015.2	46854	TTTCTTTCTTTCTTTTTTCTTTCTTTTTTCTTTGTTTTTGTTTCTCTGTA	46903

CU463341.5	401	TAGTCCTGGCTGTCCTGGAATTCACTCTGTAGACCAGAAATCCACCTGCC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468015.2	46904	TAGTCCTGGCTGTCCTGGAATTCACTCTGTAGACCAGAAATCCACCTGCC	46953

CU463341.5	451	TCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGCATTGCCACCACTGCCCGGCTA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468015.2	46954	TCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGCATTGCCACCACTGCCCGGCTA	47003

CU463341.5	501	TTTTTTTTTTAACACCTTTCATAGACATGTGCTCCTTTCCCACCCCATCC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468015.2	47004	TTTTTTTTTTAACACCTTTCATAGACATGTGCTCCTTTCCCACCCCATCC	47053

CU463341.5	551	ATGGTCCCCAATGAATAAAGTGTCAAAGTTGGCCCCACACTGAATACCAA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468015.2	47054	ATGGTCCCCAATGAATAAAGTGTCAAAGTTGGCCCCACACTGAATACCAA	47103

CU463341.5	601	AGGTGCTGAGTCACAGTTTGGGAAGATGCCCCCACCCTGCTAGCCTTCAA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468015.2	47104	AGGTGCTGAGTCACAGTTTGGGAAGATGCCCCCACCCTGCTAGCCTTCAA	47153

CU463341.5	651	AGATTGGGAAGATGCCAAGAGGGTGAGGCCAGCCCCCCAACATAGTTCAG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468015.2	47154	AGATTGGGAAGATGCCAAGAGGGTGAGGCCAGCCCCCCAACATAGTTCAG	47203

CU463341.5	701	AGAGGCATGGGGGAGACACAAGAAACACCCAATTCTTTGTTTGCCCAGTG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468015.2	47204	AGAGGCATGGGGGAGACACAAGAAACACCCAATTCTTTGTTTGCCCAGTG	47253

CU463341.5	751	CCAAGAGAAGGGTCAGATTTTTCCAAGAGTTGGGAAGGGAAACAGGAAGA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468015.2	47254	CCAAGAGAAGGGTCAGATTTTTCCAAGAGTTGGGAAGGGAAACAGGAAGA	47303

CU463341.5	801	GTGCTGATGTTGACAGAAGAAGGGATGGGAAGGGCCTGAGAAAGAGGCTC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468015.2	47304	GTGCTGATGTTGACAGAAGAAGGGATGGGAAGGGCCTGAGAAAGAGGCTC	47353

CU463341.5	851	TGGGGTGTGGTCTATGGGGCCACACCTGTCTTCTCGATCAACCCTGATGA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468015.2	47354	TGGGGTGTGGTCTATGGGGCCACACCTGTCTTCTCGATCAACCCTGATGA	47403

CU463341.5	901	AGCCAATGGGGTTTCCATACTTTTTCCTGCTATAGAGAGCCTCCATGAGA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468015.2	47404	AGCCAATGGGGTTTCCATACTTTTTCCTGCTATAGAGAGCCTCCATGAGA	47453

CU463341.5	951	GAGAAAATTCAGTTGCTCATAAGAGACTGGACATCTAGATGCCCCCGGGG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468015.2	47454	GAGAAAATTCAGTTGCTCATAAGAGACTGGACATCTAGATGCCCCCGGGG	47503

CU463341.5	1001	TGTGGAGGGAGCAAGAAGTGTGTACCCTCTGCTCCCCACTTGGAAAGAGC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468015.2	47504	TGTGGAGGGAGCAAGAAGTGTGTACCCTCTGCTCCCCACTTGGAAAGAGC	47553

CU463341.5	1051	AGCTCCCGTGCTGCTCACACTACAGCTCAGTTCTCAGCTGCCCTCTGTGC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468015.2	47554	AGCTCCCGTGCTGCTCACACTACAGCTCAGTTCTCAGCTGCCCTCTGTGC	47603

CU463341.5	1101	CATTGTAACCCACTTTCTTAGCCACCCACCAGCAACCAGGCGTGGGGCAG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468015.2	47604	CATTGTAACCCACTTTCTTAGCCACCCACCAGCAACCAGGCGTGGGGCAG	47653

CU463341.5	1151	CCATGGGGGGAAATGGCTTGCCTAAGTGGCTCACAGGCCTGCAGAAATAC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468015.2	47654	CCATGGGGGGAAATGGCTTGCCTAAGTGGCTCACAGGCCTGCAGAAATAC	47703

CU463341.5	1201	CGCCTCATTCCCGTTGCTACGTGCATGGGTGCATAGGTACACTCATATCT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468015.2	47704	CGCCTCATTCCCGTTGCTACGTGCATGGGTGCATAGGTACACTCATATCT	47753

CU463341.5	1251	CTGTCTGTGGACATACACGGGTGGCTGTATTCACATAAGCCACACATTAG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468015.2	47754	CTGTCTGTGGACATACACGGGTGGCTGTATTCACATAAGCCACACATTAG	47803

CU463341.5	1301	TGTGTGTGGGCACCCGTGCCTGGCAAGAGAGTGACAGGTGGGGTAGGCCA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468015.2	47804	TGTGTGTGGGCACCCGTGCCTGGCAAGAGAGTGACAGGTGGGGTAGGCCA	47853

CU463341.5	1351	GAGCTCCCTCTCAGAAATGGATGTTCCCTCAGAGGGAAGCACAGCCTTGA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468015.2	47854	GAGCTCCCTCTCAGAAATGGATGTTCCCTCAGAGGGAAGCACAGCCTTGA	47903

CU463341.5	1401	GTCTGGTCCTCTTGCCAGGGGCAGGCACTTCACATGGACACAGTCTGTCC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468015.2	47904	GTCTGGTCCTCTTGCCAGGGGCAGGCACTTCACATGGACACAGTCTGTCC	47953

CU463341.5	1451	CTTGTCTCTCCCATCTCTTTATGTTAGTCTGTGAGACAGGGTCTTATACA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468015.2	47954	CTTGTCTCTCCCATCTCTTTATGTTAGTCTGTGAGACAGGGTCTTATACA	48003

CU463341.5	1501	GCCCAGACTATTCTTAAATCTGCTGTGTAGCCAAGCCTGCCCTTGGCCTG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468015.2	48004	GCCCAGACTATTCTTAAATCTGCTGTGTAGCCAAGCCTGCCCTTGGCCTG	48053

CU463341.5	1551	CTAGTCCCTCTGCCTCTATCTCCCACGTGTTGACATTACAGGCATGTGCC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468015.2	48054	CTAGTCCCTCTGCCTCTATCTCCCACGTGTTGACATTACAGGCATGTGCC	48103

CU463341.5	1601	ACCACACCTAGTTATGTGATTCAGGGGATCATACTTAGAGCCTTCTGTAT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468015.2	48104	ACCACACCTAGTTATGTGATTCAGGGGATCATACTTAGAGCCTTCTGTAT	48153

CU463341.5	1651	GCTAGGCAGGCACCCCAGCAACTGAGTAGCATCCTTCTGTCTCTTGATCA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468015.2	48154	GCTAGGCAGGCACCCCAGCAACTGAGTAGCATCCTTCTGTCTCTTGATCA	48203

CU463341.5	1701	CCAGTCATGGAGAGGCTATGCAAACACCTTCCTCTTTGGCCCAGAGGAAC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468015.2	48204	CCAGTCATGGAGAGGCTATGCAAACACCTTCCTCTTTGGCCCAGAGGAAC	48253

CU463341.5	1751	CTAGGATGTGTGTCCATTGGGAGAGGGGGAGTCACAGTCCTTCCTTCCTG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468015.2	48254	CTAGGATGTGTGTCCATTGGGAGAGGGGGAGTCACAGTCCTTCCTTCCTG	48303

CU463341.5	1801	GCCAGCCAACACTCCCACTGTTCACTCTGCCTCCTGCCCTCTCAGCCTCT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468015.2	48304	GCCAGCCAACACTCCCACTGTTCACTCTGCCTCCTGCCCTCTCAGCCTCT	48353

CU463341.5	1851	CTGTTTCAGAGGATCTGGGCACCTGCCAACATGGCACAACTCTTACCCCA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468015.2	48354	CTGTTTCAGAGGATCTGGGCACCTGCCAACATGGCACAACTCTTACCCCA	48403

CU463341.5	1901	GTTCAAACCTACCCTGTCTCTTCCTGCTCCCTGTTCAAGCCCTCTCTCCT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468015.2	48404	GTTCAAACCTACCCTGTCTCTTCCTGCTCCCTGTTCAAGCCCTCTCTCCT	48453

CU463341.5	1951	ACCTCATACATTTCTTCTCAAACTGTCTCTCCAGTTTTCCCAGAGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU468015.2	48454	ACCTCATACATTTCTTCTCAAACTGTCTCTCCAGTTTTCCCAGAGAATTC	48503

Overview

Query
CU463341.5 - 108074 bps
Hit
CU468015.2 - 48503 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link